# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.060 0.079 0.113 0.134 0.145 0.119 0.076 0.059 0.048 0.028 0.012 0.006 0.003 2 S 0.141 0.111 0.132 0.157 0.167 0.108 0.082 0.044 0.029 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 3 I 0.097 0.043 0.054 0.092 0.124 0.156 0.117 0.103 0.084 0.065 0.033 0.019 0.011 0.003 4 T 0.095 0.083 0.098 0.175 0.170 0.134 0.106 0.064 0.041 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 5 S 0.087 0.067 0.079 0.132 0.157 0.159 0.119 0.075 0.060 0.035 0.020 0.006 0.002 0.001 6 T 0.254 0.204 0.164 0.135 0.102 0.064 0.035 0.018 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 7 D 0.186 0.171 0.166 0.153 0.127 0.090 0.050 0.030 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 8 I 0.019 0.016 0.026 0.070 0.139 0.170 0.184 0.194 0.123 0.042 0.010 0.003 0.002 0.001 9 C 0.044 0.058 0.092 0.148 0.176 0.192 0.138 0.080 0.039 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 10 Q 0.326 0.260 0.189 0.090 0.068 0.029 0.017 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 11 A 0.036 0.039 0.074 0.152 0.177 0.187 0.173 0.105 0.031 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 12 A 0.031 0.036 0.068 0.125 0.202 0.195 0.159 0.084 0.068 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 13 D 0.195 0.174 0.152 0.173 0.129 0.075 0.047 0.032 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 14 A 0.232 0.172 0.160 0.140 0.108 0.082 0.053 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 15 L 0.043 0.034 0.065 0.113 0.181 0.206 0.147 0.087 0.062 0.038 0.015 0.006 0.003 0.001 16 K 0.167 0.125 0.141 0.143 0.144 0.099 0.082 0.046 0.027 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 17 G 0.146 0.077 0.087 0.109 0.132 0.125 0.100 0.070 0.059 0.042 0.030 0.014 0.006 0.003 18 F 0.073 0.045 0.053 0.089 0.119 0.137 0.121 0.102 0.093 0.065 0.053 0.028 0.014 0.007 19 V 0.077 0.041 0.049 0.085 0.104 0.117 0.127 0.107 0.100 0.078 0.055 0.038 0.016 0.008 20 G 0.097 0.059 0.060 0.094 0.109 0.122 0.117 0.116 0.098 0.054 0.043 0.019 0.009 0.004 21 F 0.092 0.063 0.074 0.115 0.130 0.151 0.111 0.073 0.071 0.048 0.041 0.018 0.010 0.004 22 N 0.205 0.149 0.143 0.154 0.124 0.080 0.060 0.030 0.028 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 23 R 0.199 0.146 0.168 0.142 0.126 0.084 0.056 0.034 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 24 K 0.217 0.165 0.156 0.144 0.117 0.082 0.048 0.034 0.019 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 25 T 0.140 0.131 0.141 0.147 0.151 0.100 0.071 0.056 0.031 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 26 G 0.068 0.067 0.081 0.123 0.161 0.135 0.118 0.103 0.061 0.045 0.024 0.009 0.005 0.002 27 R 0.046 0.058 0.067 0.107 0.123 0.128 0.133 0.105 0.094 0.061 0.044 0.019 0.010 0.007 28 Y 0.012 0.009 0.018 0.030 0.050 0.086 0.111 0.122 0.145 0.143 0.134 0.081 0.036 0.024 29 I 0.006 0.005 0.008 0.017 0.034 0.051 0.071 0.128 0.142 0.145 0.168 0.122 0.069 0.033 30 V 0.006 0.004 0.005 0.011 0.013 0.027 0.049 0.087 0.125 0.157 0.194 0.182 0.100 0.041 31 R 0.007 0.010 0.016 0.033 0.052 0.067 0.108 0.185 0.191 0.142 0.094 0.057 0.023 0.015 32 F 0.009 0.008 0.011 0.019 0.035 0.067 0.074 0.164 0.158 0.160 0.155 0.081 0.044 0.014 33 S 0.036 0.056 0.071 0.116 0.143 0.143 0.122 0.094 0.092 0.061 0.033 0.019 0.007 0.007 34 E 0.048 0.071 0.090 0.127 0.171 0.124 0.103 0.084 0.086 0.054 0.025 0.010 0.003 0.003 35 D 0.083 0.106 0.129 0.141 0.133 0.126 0.102 0.076 0.049 0.026 0.019 0.005 0.003 0.002 36 S 0.130 0.115 0.116 0.112 0.124 0.121 0.099 0.070 0.054 0.028 0.020 0.006 0.003 0.002 37 F 0.050 0.037 0.055 0.089 0.138 0.139 0.130 0.123 0.091 0.070 0.039 0.022 0.011 0.004 38 G 0.089 0.075 0.080 0.109 0.128 0.112 0.113 0.106 0.079 0.044 0.032 0.019 0.009 0.004 39 M 0.042 0.033 0.043 0.068 0.090 0.111 0.123 0.129 0.116 0.107 0.073 0.037 0.019 0.008 40 D 0.074 0.063 0.077 0.108 0.125 0.122 0.115 0.093 0.086 0.057 0.042 0.022 0.009 0.007 41 V 0.043 0.029 0.040 0.066 0.097 0.125 0.114 0.114 0.121 0.097 0.074 0.049 0.021 0.011 42 A 0.045 0.032 0.043 0.079 0.100 0.130 0.139 0.137 0.121 0.076 0.047 0.031 0.014 0.006 43 D 0.064 0.072 0.080 0.118 0.141 0.131 0.115 0.110 0.074 0.044 0.029 0.014 0.007 0.003 44 D 0.166 0.114 0.122 0.121 0.114 0.103 0.085 0.063 0.045 0.028 0.022 0.010 0.004 0.002 45 S 0.115 0.096 0.108 0.137 0.167 0.129 0.094 0.061 0.046 0.026 0.012 0.006 0.002 0.002 46 I 0.054 0.037 0.050 0.087 0.134 0.154 0.141 0.115 0.099 0.067 0.033 0.018 0.010 0.003 47 T 0.089 0.082 0.106 0.153 0.146 0.135 0.121 0.077 0.047 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 48 P 0.092 0.065 0.080 0.106 0.138 0.142 0.110 0.086 0.074 0.053 0.032 0.014 0.006 0.003 49 T 0.059 0.048 0.059 0.102 0.147 0.146 0.125 0.098 0.083 0.060 0.038 0.021 0.010 0.005 50 S 0.080 0.064 0.078 0.113 0.113 0.113 0.132 0.085 0.078 0.059 0.046 0.024 0.009 0.007 51 E 0.055 0.044 0.067 0.084 0.112 0.127 0.131 0.122 0.102 0.066 0.051 0.022 0.009 0.006 52 F 0.037 0.021 0.028 0.045 0.070 0.103 0.099 0.146 0.126 0.111 0.101 0.060 0.039 0.014 53 V 0.029 0.024 0.030 0.070 0.096 0.096 0.142 0.150 0.138 0.100 0.056 0.044 0.016 0.008 54 W 0.026 0.029 0.039 0.074 0.096 0.144 0.137 0.162 0.124 0.082 0.054 0.020 0.010 0.003 55 S 0.167 0.139 0.133 0.144 0.142 0.099 0.064 0.041 0.034 0.016 0.013 0.005 0.002 0.001 56 S 0.194 0.142 0.145 0.163 0.131 0.084 0.062 0.033 0.024 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 57 V 0.184 0.139 0.152 0.161 0.154 0.102 0.048 0.026 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 58 R 0.358 0.188 0.154 0.131 0.083 0.042 0.021 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 D 0.541 0.218 0.119 0.058 0.035 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.381 0.214 0.136 0.110 0.083 0.040 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 V 0.151 0.116 0.140 0.155 0.193 0.106 0.069 0.036 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 62 M 0.141 0.062 0.072 0.136 0.159 0.165 0.115 0.075 0.033 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 63 R 0.356 0.181 0.142 0.115 0.093 0.048 0.032 0.015 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 64 L 0.069 0.034 0.060 0.116 0.168 0.175 0.122 0.108 0.063 0.054 0.019 0.008 0.004 0.001 65 G 0.148 0.124 0.145 0.191 0.172 0.103 0.061 0.023 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 66 R 0.228 0.141 0.149 0.170 0.132 0.079 0.040 0.027 0.018 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 67 E 0.334 0.236 0.136 0.117 0.080 0.048 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.064 0.083 0.089 0.174 0.249 0.142 0.078 0.064 0.037 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 69 L 0.020 0.020 0.042 0.110 0.161 0.207 0.194 0.130 0.062 0.036 0.013 0.004 0.002 0.001 70 Q 0.204 0.154 0.207 0.138 0.131 0.078 0.044 0.020 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 71 I 0.068 0.044 0.068 0.127 0.162 0.147 0.096 0.122 0.069 0.060 0.020 0.009 0.005 0.002 72 L 0.048 0.040 0.040 0.145 0.196 0.150 0.125 0.124 0.081 0.035 0.009 0.005 0.002 0.001 73 L 0.033 0.037 0.054 0.135 0.142 0.189 0.159 0.085 0.082 0.045 0.027 0.009 0.003 0.001 74 E 0.312 0.212 0.168 0.119 0.085 0.053 0.025 0.010 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.302 0.217 0.169 0.146 0.087 0.041 0.020 0.008 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 76 N 0.357 0.234 0.162 0.100 0.072 0.040 0.019 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.113 0.078 0.119 0.162 0.220 0.145 0.077 0.043 0.028 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 78 N 0.411 0.206 0.151 0.113 0.064 0.027 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.622 0.203 0.089 0.041 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.152 0.149 0.153 0.183 0.189 0.080 0.049 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 81 L 0.092 0.046 0.071 0.109 0.149 0.191 0.152 0.100 0.044 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 82 N 0.222 0.138 0.139 0.147 0.147 0.088 0.055 0.031 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 83 I 0.086 0.036 0.051 0.101 0.134 0.165 0.119 0.093 0.080 0.073 0.034 0.018 0.008 0.002 84 G 0.130 0.116 0.117 0.164 0.170 0.114 0.075 0.048 0.037 0.016 0.007 0.005 0.001 0.001 85 E 0.127 0.106 0.115 0.151 0.132 0.117 0.088 0.068 0.040 0.029 0.016 0.006 0.003 0.001 86 P 0.077 0.073 0.079 0.124 0.168 0.157 0.125 0.082 0.061 0.028 0.015 0.007 0.002 0.001 87 L 0.030 0.027 0.048 0.080 0.111 0.159 0.172 0.119 0.097 0.070 0.053 0.019 0.010 0.005 88 L 0.060 0.054 0.086 0.114 0.168 0.135 0.141 0.091 0.071 0.037 0.022 0.013 0.004 0.004 89 V 0.040 0.023 0.035 0.053 0.074 0.107 0.096 0.149 0.128 0.120 0.093 0.041 0.032 0.009 90 Y 0.046 0.033 0.043 0.102 0.151 0.131 0.139 0.122 0.100 0.063 0.029 0.025 0.009 0.008 91 L 0.055 0.032 0.037 0.071 0.090 0.113 0.124 0.143 0.121 0.099 0.070 0.030 0.013 0.003 92 R 0.151 0.141 0.142 0.185 0.138 0.104 0.064 0.030 0.024 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 93 R 0.211 0.143 0.129 0.158 0.135 0.096 0.053 0.024 0.030 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.267 0.203 0.166 0.147 0.109 0.051 0.026 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 95 D 0.488 0.247 0.135 0.064 0.033 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.174 0.122 0.150 0.148 0.193 0.100 0.053 0.030 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 97 P 0.331 0.136 0.115 0.134 0.112 0.073 0.051 0.025 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 98 E 0.374 0.213 0.157 0.090 0.081 0.037 0.025 0.010 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 99 I 0.113 0.042 0.063 0.113 0.156 0.168 0.121 0.078 0.050 0.050 0.026 0.011 0.007 0.002 100 T 0.185 0.126 0.149 0.160 0.154 0.086 0.067 0.033 0.021 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 101 A 0.075 0.027 0.032 0.075 0.107 0.162 0.123 0.122 0.092 0.111 0.044 0.020 0.009 0.002 102 Q 0.137 0.131 0.122 0.193 0.170 0.092 0.064 0.038 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 103 R 0.210 0.105 0.113 0.137 0.119 0.111 0.070 0.056 0.033 0.026 0.013 0.004 0.002 0.001 104 Q 0.219 0.132 0.135 0.149 0.151 0.090 0.054 0.031 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 105 L 0.095 0.055 0.079 0.132 0.156 0.157 0.117 0.092 0.054 0.040 0.014 0.005 0.002 0.001 106 R 0.262 0.155 0.153 0.139 0.119 0.075 0.044 0.025 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001