# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.155 0.104 0.069 0.004 0.021 0.043 0.038 0.022 0.028 0.032 0.034 0.028 0.041 0.009 0.074 0.061 0.009 0.055 0.042 0.097 0.018 2 S 0.032 0.114 0.066 0.113 0.010 0.027 0.049 0.050 0.022 0.019 0.024 0.026 0.039 0.059 0.044 0.049 0.014 0.008 0.054 0.019 0.049 0.114 3 I 0.010 0.147 0.076 0.048 0.003 0.031 0.028 0.038 0.029 0.042 0.040 0.062 0.036 0.055 0.014 0.071 0.026 0.016 0.037 0.053 0.113 0.024 4 T 0.013 0.221 0.134 0.162 0.008 0.036 0.045 0.041 0.023 0.014 0.015 0.032 0.025 0.034 0.017 0.046 0.010 0.005 0.015 0.021 0.043 0.041 5 S 0.017 0.171 0.116 0.135 0.019 0.231 0.029 0.080 0.011 0.013 0.013 0.022 0.017 0.019 0.012 0.023 0.006 0.005 0.006 0.016 0.031 0.008 6 T 0.009 0.024 0.157 0.052 0.008 0.410 0.022 0.273 0.003 0.002 0.003 0.004 0.005 0.006 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 7 D 0.002 0.012 0.020 0.015 0.001 0.025 0.049 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 8 I 0.003 0.016 0.032 0.013 0.001 0.095 0.033 0.796 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 9 C 0.001 0.007 0.046 0.006 0.001 0.036 0.025 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 10 Q 0.001 0.004 0.035 0.004 0.001 0.013 0.036 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.002 0.005 0.071 0.007 0.001 0.027 0.054 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.003 0.005 0.144 0.007 0.001 0.024 0.043 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.005 0.004 0.122 0.005 0.001 0.011 0.113 0.731 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.006 0.009 0.268 0.005 0.001 0.018 0.285 0.395 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 15 L 0.018 0.054 0.411 0.030 0.001 0.030 0.259 0.162 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 0.002 0.005 0.002 0.005 0.003 16 K 0.097 0.031 0.304 0.046 0.013 0.038 0.235 0.145 0.004 0.002 0.002 0.005 0.004 0.008 0.002 0.013 0.014 0.001 0.019 0.003 0.009 0.005 17 G 0.071 0.054 0.109 0.041 0.010 0.037 0.259 0.132 0.009 0.007 0.009 0.017 0.009 0.021 0.007 0.025 0.045 0.004 0.087 0.009 0.021 0.015 18 F 0.018 0.118 0.147 0.054 0.003 0.050 0.065 0.064 0.021 0.014 0.023 0.037 0.032 0.028 0.012 0.052 0.098 0.013 0.062 0.012 0.028 0.049 19 V 0.014 0.138 0.123 0.088 0.004 0.034 0.033 0.043 0.022 0.019 0.032 0.053 0.037 0.042 0.022 0.063 0.065 0.024 0.036 0.014 0.038 0.053 20 G 0.028 0.090 0.083 0.060 0.021 0.038 0.058 0.058 0.020 0.020 0.041 0.057 0.032 0.031 0.023 0.038 0.048 0.111 0.026 0.020 0.042 0.055 21 F 0.012 0.105 0.194 0.076 0.004 0.032 0.051 0.049 0.019 0.011 0.016 0.030 0.021 0.017 0.014 0.038 0.038 0.157 0.016 0.016 0.019 0.065 22 N 0.033 0.123 0.097 0.082 0.012 0.038 0.068 0.047 0.011 0.006 0.011 0.020 0.015 0.008 0.008 0.025 0.030 0.248 0.008 0.016 0.022 0.070 23 R 0.042 0.066 0.275 0.049 0.017 0.078 0.040 0.049 0.006 0.003 0.008 0.012 0.006 0.007 0.004 0.022 0.031 0.141 0.017 0.013 0.022 0.094 24 K 0.030 0.084 0.367 0.076 0.007 0.018 0.116 0.062 0.004 0.002 0.004 0.012 0.005 0.003 0.002 0.019 0.019 0.069 0.019 0.011 0.017 0.054 25 T 0.085 0.108 0.141 0.128 0.008 0.022 0.266 0.013 0.004 0.003 0.005 0.004 0.003 0.004 0.002 0.027 0.020 0.023 0.024 0.017 0.041 0.054 26 G 0.300 0.041 0.043 0.044 0.073 0.009 0.103 0.005 0.006 0.002 0.003 0.006 0.005 0.009 0.002 0.055 0.029 0.003 0.160 0.017 0.059 0.028 27 R 0.011 0.050 0.015 0.034 0.001 0.004 0.010 0.004 0.012 0.007 0.008 0.005 0.009 0.008 0.018 0.075 0.090 0.001 0.417 0.029 0.055 0.135 28 Y 0.003 0.029 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.020 0.014 0.024 0.027 0.024 0.006 0.185 0.158 0.001 0.062 0.139 0.176 0.092 29 I 0.002 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.018 0.032 0.013 0.023 0.035 0.024 0.156 0.198 0.002 0.146 0.090 0.104 0.115 30 V 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.034 0.030 0.036 0.028 0.036 0.007 0.115 0.042 0.007 0.019 0.308 0.259 0.047 31 R 0.001 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.038 0.037 0.023 0.029 0.030 0.018 0.094 0.035 0.024 0.002 0.452 0.137 0.034 32 F 0.001 0.023 0.012 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.050 0.026 0.028 0.022 0.029 0.016 0.092 0.019 0.015 0.001 0.371 0.185 0.058 33 S 0.003 0.158 0.022 0.100 0.016 0.010 0.003 0.006 0.032 0.028 0.033 0.033 0.034 0.020 0.010 0.086 0.034 0.163 0.002 0.100 0.088 0.019 34 E 0.009 0.033 0.471 0.085 0.016 0.157 0.014 0.026 0.012 0.012 0.013 0.008 0.014 0.011 0.007 0.020 0.009 0.015 0.001 0.014 0.020 0.033 35 D 0.018 0.090 0.177 0.037 0.007 0.021 0.284 0.223 0.007 0.007 0.007 0.011 0.007 0.009 0.003 0.022 0.010 0.019 0.002 0.009 0.022 0.009 36 S 0.047 0.114 0.232 0.063 0.007 0.110 0.228 0.085 0.004 0.004 0.007 0.004 0.004 0.004 0.003 0.019 0.012 0.004 0.006 0.006 0.019 0.017 37 F 0.051 0.159 0.211 0.088 0.011 0.034 0.229 0.062 0.006 0.004 0.005 0.005 0.003 0.009 0.002 0.037 0.012 0.004 0.020 0.010 0.031 0.009 38 G 0.135 0.092 0.080 0.073 0.048 0.042 0.184 0.063 0.005 0.003 0.005 0.004 0.005 0.008 0.006 0.021 0.010 0.006 0.160 0.007 0.021 0.021 39 M 0.012 0.172 0.150 0.105 0.005 0.044 0.055 0.060 0.010 0.006 0.010 0.012 0.008 0.017 0.005 0.039 0.030 0.007 0.125 0.019 0.047 0.063 40 D 0.012 0.191 0.084 0.158 0.015 0.033 0.044 0.096 0.012 0.006 0.007 0.026 0.015 0.011 0.005 0.037 0.023 0.038 0.065 0.030 0.045 0.047 41 V 0.017 0.065 0.317 0.053 0.007 0.121 0.049 0.107 0.012 0.004 0.007 0.011 0.011 0.011 0.009 0.037 0.021 0.018 0.025 0.016 0.022 0.058 42 A 0.010 0.065 0.235 0.052 0.005 0.012 0.264 0.172 0.007 0.003 0.006 0.020 0.009 0.012 0.003 0.020 0.013 0.017 0.009 0.029 0.019 0.017 43 D 0.045 0.119 0.167 0.107 0.013 0.041 0.169 0.087 0.007 0.004 0.011 0.015 0.008 0.011 0.004 0.026 0.022 0.010 0.015 0.052 0.046 0.022 44 D 0.063 0.054 0.415 0.054 0.017 0.034 0.140 0.068 0.007 0.004 0.007 0.007 0.005 0.011 0.004 0.015 0.015 0.007 0.018 0.012 0.021 0.020 45 S 0.057 0.123 0.190 0.058 0.009 0.016 0.253 0.071 0.010 0.003 0.006 0.010 0.006 0.011 0.005 0.027 0.015 0.011 0.057 0.016 0.024 0.021 46 I 0.046 0.252 0.199 0.104 0.007 0.031 0.121 0.013 0.006 0.005 0.005 0.008 0.006 0.012 0.010 0.021 0.008 0.010 0.045 0.008 0.021 0.063 47 T 0.009 0.312 0.092 0.226 0.017 0.025 0.013 0.008 0.009 0.005 0.007 0.014 0.006 0.012 0.002 0.033 0.019 0.012 0.119 0.019 0.031 0.012 48 P 0.005 0.113 0.058 0.701 0.015 0.011 0.008 0.007 0.004 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.006 0.007 0.009 0.007 0.002 0.006 0.023 49 T 0.022 0.132 0.234 0.177 0.015 0.079 0.090 0.025 0.018 0.007 0.007 0.020 0.014 0.011 0.007 0.033 0.030 0.007 0.007 0.020 0.030 0.016 50 S 0.017 0.114 0.129 0.123 0.017 0.035 0.261 0.054 0.012 0.006 0.017 0.017 0.011 0.011 0.005 0.035 0.034 0.009 0.011 0.029 0.034 0.020 51 E 0.017 0.076 0.121 0.079 0.007 0.022 0.152 0.059 0.026 0.009 0.015 0.034 0.025 0.019 0.011 0.100 0.115 0.002 0.014 0.029 0.037 0.031 52 F 0.033 0.119 0.053 0.035 0.004 0.019 0.109 0.045 0.022 0.026 0.031 0.016 0.020 0.029 0.058 0.057 0.088 0.015 0.021 0.020 0.065 0.117 53 V 0.009 0.109 0.053 0.028 0.002 0.010 0.014 0.020 0.026 0.019 0.029 0.039 0.030 0.034 0.012 0.144 0.110 0.016 0.052 0.077 0.120 0.050 54 W 0.016 0.117 0.050 0.075 0.005 0.012 0.026 0.015 0.018 0.025 0.028 0.023 0.021 0.029 0.039 0.069 0.052 0.038 0.040 0.042 0.070 0.189 55 S 0.007 0.164 0.044 0.098 0.010 0.028 0.015 0.018 0.023 0.019 0.021 0.051 0.021 0.026 0.009 0.072 0.040 0.070 0.025 0.082 0.120 0.037 56 S 0.015 0.140 0.124 0.292 0.015 0.051 0.026 0.035 0.014 0.008 0.009 0.011 0.019 0.012 0.023 0.030 0.018 0.035 0.005 0.021 0.021 0.074 57 V 0.012 0.165 0.205 0.115 0.007 0.038 0.061 0.047 0.008 0.008 0.009 0.018 0.008 0.011 0.005 0.033 0.027 0.031 0.005 0.092 0.066 0.029 58 R 0.028 0.186 0.143 0.267 0.018 0.064 0.086 0.077 0.004 0.003 0.005 0.010 0.006 0.005 0.003 0.015 0.010 0.012 0.007 0.013 0.022 0.016 59 D 0.032 0.077 0.277 0.098 0.014 0.188 0.093 0.111 0.003 0.003 0.005 0.004 0.003 0.005 0.002 0.012 0.011 0.005 0.011 0.011 0.017 0.019 60 D 0.028 0.083 0.113 0.056 0.006 0.051 0.163 0.366 0.005 0.001 0.003 0.005 0.003 0.004 0.002 0.015 0.029 0.004 0.026 0.007 0.013 0.016 61 V 0.021 0.130 0.114 0.069 0.001 0.065 0.095 0.300 0.004 0.001 0.004 0.004 0.005 0.005 0.007 0.017 0.027 0.006 0.029 0.011 0.014 0.073 62 M 0.015 0.108 0.116 0.062 0.003 0.052 0.076 0.320 0.004 0.003 0.006 0.011 0.005 0.010 0.002 0.025 0.024 0.016 0.052 0.022 0.038 0.030 63 R 0.025 0.085 0.095 0.069 0.009 0.058 0.107 0.293 0.005 0.001 0.004 0.009 0.005 0.007 0.004 0.020 0.013 0.010 0.054 0.021 0.023 0.084 64 L 0.010 0.167 0.134 0.185 0.003 0.065 0.066 0.161 0.005 0.005 0.004 0.005 0.004 0.006 0.003 0.018 0.015 0.018 0.022 0.027 0.046 0.032 65 G 0.070 0.096 0.109 0.119 0.021 0.105 0.066 0.273 0.004 0.001 0.001 0.006 0.005 0.005 0.002 0.013 0.012 0.006 0.011 0.028 0.022 0.025 66 R 0.009 0.048 0.094 0.041 0.002 0.474 0.036 0.226 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.007 0.003 0.001 0.012 0.010 0.013 0.010 67 E 0.002 0.010 0.039 0.025 0.001 0.036 0.033 0.826 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 0.004 0.003 0.003 68 Q 0.005 0.017 0.023 0.012 0.001 0.047 0.047 0.797 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.004 0.001 0.005 0.007 0.011 0.011 69 L 0.002 0.012 0.021 0.011 0.001 0.043 0.008 0.846 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.005 0.010 0.001 0.005 0.003 0.010 0.010 70 Q 0.002 0.005 0.020 0.004 0.001 0.026 0.010 0.846 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.001 0.006 0.007 0.001 0.014 0.019 0.020 0.006 71 I 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.006 0.005 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.007 0.001 0.003 0.002 0.002 0.009 72 L 0.001 0.004 0.044 0.006 0.001 0.008 0.017 0.870 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.006 0.008 0.007 73 L 0.004 0.010 0.115 0.006 0.001 0.018 0.028 0.748 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.006 0.003 0.002 0.014 0.018 0.010 74 E 0.007 0.008 0.335 0.006 0.001 0.013 0.151 0.437 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.008 0.009 0.006 75 Q 0.024 0.026 0.240 0.016 0.001 0.021 0.293 0.331 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.006 0.003 0.002 0.004 0.007 0.009 0.006 76 N 0.109 0.133 0.173 0.052 0.009 0.049 0.108 0.295 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.006 0.004 0.006 0.021 0.004 0.008 0.007 77 I 0.016 0.072 0.385 0.069 0.002 0.108 0.038 0.220 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.002 0.008 0.008 0.005 0.031 0.003 0.006 0.013 78 N 0.019 0.064 0.168 0.038 0.007 0.055 0.172 0.397 0.002 0.001 0.003 0.006 0.004 0.004 0.001 0.007 0.009 0.009 0.013 0.003 0.009 0.010 79 E 0.015 0.047 0.180 0.033 0.003 0.097 0.093 0.444 0.004 0.001 0.002 0.006 0.004 0.004 0.002 0.008 0.010 0.005 0.021 0.003 0.004 0.013 80 R 0.012 0.063 0.260 0.031 0.001 0.028 0.162 0.367 0.003 0.001 0.003 0.005 0.004 0.005 0.002 0.005 0.004 0.013 0.006 0.003 0.004 0.016 81 L 0.021 0.124 0.243 0.112 0.002 0.024 0.196 0.135 0.006 0.002 0.006 0.009 0.005 0.011 0.002 0.017 0.015 0.006 0.025 0.011 0.015 0.016 82 N 0.141 0.095 0.168 0.060 0.063 0.021 0.198 0.078 0.006 0.002 0.005 0.007 0.004 0.010 0.002 0.009 0.006 0.031 0.035 0.008 0.020 0.031 83 I 0.027 0.128 0.350 0.149 0.005 0.044 0.079 0.034 0.008 0.003 0.004 0.007 0.005 0.006 0.004 0.019 0.010 0.012 0.070 0.006 0.014 0.015 84 G 0.093 0.132 0.237 0.067 0.030 0.040 0.247 0.014 0.005 0.002 0.002 0.009 0.005 0.007 0.002 0.012 0.006 0.004 0.012 0.006 0.014 0.053 85 E 0.008 0.280 0.077 0.277 0.006 0.082 0.011 0.016 0.008 0.004 0.005 0.005 0.005 0.005 0.002 0.034 0.021 0.005 0.117 0.008 0.020 0.005 86 P 0.013 0.048 0.098 0.465 0.016 0.053 0.033 0.067 0.010 0.004 0.003 0.008 0.022 0.010 0.009 0.017 0.021 0.001 0.009 0.004 0.009 0.081 87 L 0.005 0.082 0.030 0.044 0.001 0.019 0.059 0.091 0.027 0.023 0.024 0.029 0.017 0.023 0.009 0.075 0.193 0.004 0.023 0.076 0.131 0.017 88 L 0.008 0.036 0.021 0.027 0.001 0.016 0.025 0.088 0.045 0.014 0.020 0.021 0.053 0.040 0.018 0.133 0.147 0.003 0.031 0.037 0.066 0.151 89 V 0.002 0.020 0.009 0.006 0.001 0.005 0.006 0.038 0.023 0.029 0.043 0.028 0.024 0.037 0.021 0.115 0.190 0.014 0.014 0.123 0.197 0.055 90 Y 0.003 0.014 0.015 0.008 0.001 0.006 0.006 0.049 0.054 0.026 0.031 0.047 0.064 0.049 0.016 0.096 0.088 0.036 0.012 0.081 0.129 0.168 91 L 0.003 0.032 0.038 0.014 0.001 0.005 0.009 0.052 0.039 0.033 0.045 0.025 0.034 0.041 0.013 0.091 0.044 0.090 0.006 0.166 0.141 0.077 92 R 0.013 0.068 0.110 0.045 0.005 0.012 0.036 0.058 0.030 0.020 0.021 0.028 0.038 0.048 0.015 0.075 0.035 0.032 0.006 0.089 0.113 0.102 93 R 0.019 0.129 0.255 0.063 0.009 0.026 0.050 0.046 0.012 0.021 0.018 0.019 0.018 0.019 0.010 0.029 0.008 0.069 0.005 0.062 0.088 0.026 94 Q 0.051 0.076 0.337 0.145 0.013 0.027 0.132 0.039 0.008 0.009 0.009 0.010 0.010 0.012 0.002 0.026 0.009 0.009 0.009 0.019 0.036 0.013 95 D 0.181 0.130 0.109 0.041 0.029 0.027 0.363 0.016 0.003 0.004 0.003 0.004 0.002 0.006 0.003 0.010 0.006 0.002 0.013 0.007 0.023 0.018 96 L 0.005 0.358 0.076 0.171 0.003 0.214 0.007 0.016 0.005 0.004 0.004 0.003 0.004 0.004 0.002 0.016 0.009 0.002 0.080 0.003 0.012 0.003 97 P 0.006 0.050 0.165 0.418 0.022 0.077 0.030 0.142 0.004 0.002 0.003 0.007 0.010 0.006 0.003 0.009 0.010 0.001 0.006 0.003 0.006 0.019 98 E 0.006 0.063 0.044 0.043 0.002 0.046 0.214 0.422 0.011 0.003 0.006 0.012 0.008 0.012 0.005 0.019 0.020 0.002 0.019 0.010 0.017 0.015 99 I 0.005 0.147 0.034 0.085 0.001 0.074 0.046 0.348 0.015 0.011 0.008 0.010 0.021 0.017 0.010 0.025 0.035 0.007 0.015 0.010 0.034 0.041 100 T 0.005 0.051 0.078 0.039 0.002 0.038 0.022 0.372 0.024 0.007 0.013 0.025 0.022 0.021 0.007 0.050 0.065 0.009 0.010 0.055 0.055 0.031 101 A 0.006 0.029 0.068 0.028 0.002 0.025 0.061 0.546 0.017 0.006 0.009 0.010 0.018 0.015 0.008 0.028 0.038 0.009 0.007 0.009 0.022 0.040 102 Q 0.007 0.035 0.147 0.023 0.001 0.032 0.102 0.401 0.010 0.006 0.009 0.019 0.018 0.017 0.005 0.026 0.033 0.008 0.006 0.025 0.038 0.032 103 R 0.025 0.062 0.163 0.038 0.003 0.033 0.073 0.339 0.008 0.008 0.012 0.014 0.012 0.015 0.004 0.023 0.026 0.014 0.010 0.032 0.049 0.035 104 Q 0.029 0.076 0.209 0.060 0.004 0.038 0.066 0.266 0.008 0.006 0.007 0.011 0.011 0.013 0.006 0.027 0.025 0.011 0.018 0.024 0.035 0.052 105 L 0.025 0.132 0.232 0.085 0.003 0.044 0.094 0.175 0.008 0.005 0.006 0.009 0.010 0.012 0.005 0.023 0.022 0.011 0.018 0.015 0.028 0.036 106 R 0.027 0.165 0.218 0.125 0.008 0.046 0.074 0.136 0.007 0.004 0.006 0.010 0.009 0.011 0.005 0.023 0.017 0.012 0.025 0.016 0.031 0.025