# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.040 0.120 0.109 0.096 0.006 0.062 0.032 0.003 0.001 0.008 0.008 0.019 0.015 0.085 0.034 0.058 0.043 0.102 0.121 0.008 2 S 0.035 0.039 0.063 0.076 0.190 0.006 0.038 0.040 0.004 0.001 0.011 0.011 0.020 0.019 0.059 0.057 0.073 0.065 0.101 0.082 0.012 3 I 0.034 0.034 0.084 0.099 0.108 0.005 0.030 0.035 0.003 0.001 0.010 0.010 0.023 0.020 0.109 0.059 0.095 0.029 0.110 0.097 0.007 4 T 0.020 0.024 0.049 0.078 0.131 0.004 0.045 0.050 0.003 0.001 0.007 0.007 0.016 0.019 0.088 0.056 0.093 0.045 0.091 0.168 0.004 5 S 0.007 0.010 0.041 0.040 0.076 0.003 0.032 0.098 0.003 0.001 0.006 0.004 0.005 0.010 0.072 0.060 0.197 0.053 0.125 0.154 0.004 6 T 0.002 0.003 0.015 0.009 0.022 0.006 0.047 0.364 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.039 0.012 0.404 0.025 0.018 0.022 0.001 7 D 0.001 0.002 0.005 0.005 0.008 0.019 0.105 0.740 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.061 0.010 0.006 0.012 0.001 8 I 0.002 0.003 0.004 0.006 0.013 0.005 0.044 0.763 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.008 0.097 0.014 0.012 0.010 0.001 9 C 0.002 0.002 0.005 0.006 0.004 0.003 0.024 0.830 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.004 0.080 0.008 0.009 0.006 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.022 0.874 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.067 0.003 0.003 0.003 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.045 0.859 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.047 0.007 0.003 0.004 0.001 12 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.027 0.828 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.094 0.006 0.007 0.004 0.001 13 D 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.024 0.060 0.755 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.096 0.008 0.005 0.005 0.001 14 A 0.002 0.002 0.006 0.006 0.006 0.030 0.156 0.435 0.056 0.039 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.005 0.208 0.018 0.007 0.008 0.001 15 L 0.003 0.004 0.008 0.022 0.012 0.014 0.259 0.136 0.048 0.095 0.001 0.002 0.002 0.015 0.022 0.020 0.180 0.046 0.043 0.069 0.001 16 K 0.002 0.004 0.015 0.014 0.031 0.013 0.259 0.089 0.015 0.007 0.002 0.002 0.002 0.011 0.032 0.030 0.244 0.087 0.038 0.099 0.001 17 G 0.009 0.017 0.036 0.033 0.073 0.020 0.176 0.054 0.014 0.005 0.004 0.005 0.012 0.046 0.069 0.090 0.074 0.145 0.046 0.069 0.005 18 F 0.027 0.033 0.079 0.053 0.107 0.004 0.038 0.035 0.008 0.002 0.018 0.016 0.028 0.074 0.113 0.088 0.070 0.038 0.097 0.050 0.022 19 V 0.053 0.047 0.099 0.050 0.137 0.005 0.016 0.036 0.005 0.001 0.025 0.025 0.049 0.082 0.126 0.057 0.047 0.030 0.058 0.032 0.022 20 G 0.044 0.051 0.077 0.104 0.098 0.007 0.022 0.025 0.004 0.001 0.020 0.026 0.048 0.102 0.140 0.067 0.032 0.022 0.043 0.043 0.024 21 F 0.061 0.052 0.049 0.082 0.279 0.003 0.021 0.013 0.004 0.001 0.016 0.014 0.038 0.051 0.094 0.046 0.067 0.024 0.039 0.034 0.015 22 N 0.059 0.051 0.126 0.125 0.148 0.003 0.042 0.017 0.004 0.002 0.012 0.013 0.022 0.029 0.078 0.030 0.047 0.034 0.084 0.064 0.012 23 R 0.040 0.033 0.103 0.104 0.294 0.004 0.026 0.009 0.005 0.004 0.003 0.003 0.006 0.005 0.034 0.025 0.140 0.037 0.049 0.074 0.002 24 K 0.026 0.024 0.085 0.097 0.196 0.006 0.109 0.006 0.012 0.023 0.002 0.002 0.005 0.003 0.035 0.018 0.193 0.038 0.032 0.088 0.001 25 T 0.016 0.029 0.053 0.076 0.222 0.003 0.218 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.022 0.022 0.084 0.037 0.035 0.164 0.002 26 G 0.050 0.118 0.075 0.081 0.367 0.001 0.071 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 0.004 0.018 0.023 0.017 0.083 0.019 0.039 0.006 27 R 0.206 0.301 0.130 0.088 0.126 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.035 0.008 0.026 0.012 0.005 0.003 0.008 0.007 0.016 28 Y 0.303 0.332 0.034 0.031 0.125 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.024 0.056 0.010 0.013 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 29 I 0.330 0.396 0.035 0.035 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.023 0.064 0.010 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 30 V 0.277 0.396 0.024 0.046 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.023 0.075 0.014 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 31 R 0.246 0.389 0.028 0.057 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.026 0.061 0.017 0.036 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.031 32 F 0.249 0.312 0.051 0.089 0.113 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.046 0.011 0.054 0.014 0.006 0.003 0.005 0.010 0.009 33 S 0.091 0.085 0.093 0.124 0.194 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.009 0.009 0.010 0.008 0.039 0.032 0.012 0.013 0.081 0.182 0.008 34 E 0.007 0.005 0.031 0.012 0.087 0.002 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.013 0.651 0.039 0.018 0.038 0.001 35 D 0.004 0.006 0.026 0.027 0.023 0.032 0.568 0.065 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.031 0.011 0.073 0.029 0.044 0.048 0.001 36 S 0.006 0.005 0.032 0.020 0.045 0.011 0.187 0.058 0.008 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.029 0.021 0.286 0.108 0.094 0.077 0.001 37 F 0.005 0.007 0.026 0.030 0.045 0.020 0.247 0.072 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.026 0.026 0.199 0.054 0.061 0.162 0.001 38 G 0.007 0.010 0.028 0.027 0.079 0.009 0.218 0.064 0.004 0.001 0.003 0.003 0.004 0.006 0.033 0.031 0.103 0.180 0.073 0.114 0.002 39 M 0.009 0.008 0.113 0.053 0.066 0.003 0.035 0.069 0.004 0.001 0.005 0.003 0.007 0.009 0.064 0.033 0.132 0.060 0.147 0.173 0.004 40 D 0.014 0.014 0.066 0.046 0.117 0.012 0.055 0.149 0.008 0.001 0.005 0.006 0.011 0.020 0.036 0.032 0.116 0.041 0.143 0.102 0.004 41 V 0.011 0.011 0.057 0.048 0.069 0.017 0.080 0.158 0.006 0.002 0.003 0.003 0.008 0.018 0.054 0.043 0.264 0.038 0.064 0.047 0.002 42 A 0.008 0.010 0.030 0.037 0.052 0.020 0.220 0.151 0.012 0.006 0.003 0.005 0.012 0.034 0.060 0.032 0.159 0.048 0.046 0.052 0.002 43 D 0.004 0.006 0.031 0.042 0.044 0.011 0.176 0.100 0.017 0.011 0.002 0.004 0.005 0.019 0.054 0.048 0.126 0.061 0.114 0.123 0.002 44 D 0.003 0.003 0.030 0.018 0.051 0.020 0.166 0.064 0.017 0.006 0.002 0.002 0.003 0.007 0.037 0.038 0.313 0.096 0.041 0.086 0.001 45 S 0.003 0.003 0.040 0.032 0.038 0.039 0.321 0.035 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.034 0.026 0.168 0.070 0.057 0.118 0.001 46 I 0.003 0.005 0.021 0.027 0.165 0.005 0.124 0.009 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.026 0.048 0.087 0.139 0.176 0.149 0.001 47 T 0.003 0.003 0.143 0.080 0.024 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.066 0.011 0.055 0.031 0.133 0.428 0.001 48 P 0.002 0.003 0.015 0.020 0.261 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.057 0.101 0.041 0.126 0.335 0.001 49 T 0.004 0.006 0.142 0.081 0.054 0.003 0.040 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.115 0.017 0.190 0.044 0.083 0.202 0.001 50 S 0.011 0.023 0.053 0.055 0.197 0.009 0.153 0.029 0.002 0.001 0.005 0.003 0.005 0.004 0.038 0.036 0.143 0.040 0.068 0.123 0.002 51 E 0.034 0.082 0.095 0.182 0.094 0.007 0.118 0.038 0.001 0.001 0.007 0.009 0.019 0.010 0.056 0.033 0.063 0.037 0.062 0.046 0.008 52 F 0.089 0.168 0.025 0.033 0.405 0.002 0.039 0.022 0.001 0.001 0.010 0.010 0.029 0.008 0.022 0.054 0.015 0.021 0.022 0.018 0.007 53 V 0.181 0.144 0.238 0.202 0.035 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.012 0.011 0.032 0.007 0.059 0.005 0.008 0.006 0.016 0.011 0.012 54 W 0.126 0.136 0.017 0.035 0.447 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 0.017 0.015 0.035 0.010 0.015 0.050 0.012 0.012 0.026 0.009 0.017 55 S 0.107 0.117 0.184 0.251 0.037 0.001 0.009 0.014 0.001 0.001 0.008 0.012 0.029 0.008 0.122 0.006 0.015 0.007 0.028 0.036 0.007 56 S 0.033 0.041 0.020 0.049 0.533 0.001 0.014 0.020 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.019 0.037 0.099 0.028 0.033 0.055 0.003 57 V 0.030 0.034 0.113 0.099 0.099 0.004 0.107 0.064 0.003 0.001 0.004 0.002 0.006 0.002 0.094 0.011 0.142 0.045 0.055 0.084 0.002 58 R 0.013 0.019 0.049 0.058 0.120 0.006 0.099 0.128 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 0.017 0.161 0.060 0.075 0.153 0.001 59 D 0.008 0.008 0.039 0.024 0.106 0.006 0.118 0.206 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.010 0.305 0.047 0.040 0.055 0.001 60 D 0.005 0.012 0.032 0.042 0.039 0.019 0.149 0.469 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.007 0.096 0.038 0.026 0.041 0.001 61 V 0.014 0.013 0.016 0.023 0.112 0.005 0.094 0.453 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.010 0.013 0.148 0.030 0.035 0.018 0.001 62 M 0.016 0.018 0.059 0.058 0.023 0.011 0.053 0.580 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.020 0.005 0.077 0.014 0.027 0.023 0.001 63 R 0.012 0.019 0.009 0.042 0.054 0.011 0.099 0.490 0.012 0.004 0.001 0.003 0.004 0.004 0.011 0.012 0.118 0.039 0.024 0.030 0.001 64 L 0.006 0.007 0.020 0.031 0.023 0.006 0.063 0.533 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.008 0.151 0.017 0.036 0.061 0.001 65 G 0.003 0.005 0.008 0.015 0.035 0.005 0.069 0.572 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.088 0.060 0.048 0.060 0.001 66 R 0.002 0.002 0.013 0.009 0.014 0.002 0.018 0.565 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.297 0.010 0.030 0.016 0.001 67 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.016 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.068 0.002 0.003 0.003 0.001 68 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.016 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 0.002 0.002 0.002 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.017 0.917 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 72 L 0.003 0.003 0.003 0.005 0.003 0.006 0.049 0.822 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.003 0.047 0.009 0.004 0.004 0.001 73 L 0.006 0.004 0.008 0.012 0.008 0.016 0.077 0.640 0.035 0.004 0.001 0.001 0.002 0.010 0.008 0.005 0.113 0.018 0.017 0.013 0.001 74 E 0.005 0.006 0.005 0.017 0.011 0.031 0.186 0.269 0.140 0.051 0.001 0.002 0.004 0.022 0.016 0.011 0.120 0.062 0.027 0.016 0.001 75 Q 0.002 0.003 0.010 0.016 0.013 0.022 0.211 0.241 0.025 0.007 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.011 0.175 0.038 0.064 0.125 0.001 76 N 0.002 0.001 0.010 0.005 0.039 0.009 0.086 0.164 0.019 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.023 0.115 0.234 0.124 0.144 0.001 77 I 0.001 0.001 0.022 0.008 0.029 0.004 0.036 0.109 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.028 0.372 0.075 0.126 0.139 0.001 78 N 0.002 0.002 0.026 0.012 0.026 0.021 0.149 0.254 0.026 0.006 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.015 0.184 0.046 0.107 0.081 0.001 79 E 0.002 0.002 0.025 0.018 0.034 0.080 0.124 0.225 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.030 0.259 0.028 0.058 0.076 0.001 80 R 0.003 0.003 0.013 0.021 0.040 0.022 0.351 0.063 0.012 0.012 0.001 0.002 0.005 0.012 0.033 0.021 0.207 0.095 0.052 0.030 0.001 81 L 0.003 0.003 0.028 0.053 0.029 0.007 0.139 0.020 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.060 0.049 0.064 0.036 0.167 0.322 0.001 82 N 0.002 0.002 0.030 0.018 0.063 0.005 0.039 0.015 0.009 0.002 0.002 0.002 0.003 0.007 0.027 0.044 0.094 0.196 0.222 0.215 0.002 83 I 0.001 0.001 0.039 0.024 0.034 0.002 0.030 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.061 0.332 0.032 0.140 0.260 0.001 84 G 0.002 0.004 0.029 0.024 0.098 0.010 0.214 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.032 0.081 0.102 0.111 0.232 0.001 85 E 0.002 0.004 0.155 0.056 0.027 0.002 0.032 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.062 0.040 0.231 0.053 0.099 0.210 0.002 86 P 0.009 0.036 0.021 0.026 0.349 0.005 0.078 0.034 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.011 0.059 0.105 0.086 0.045 0.040 0.071 0.003 87 L 0.048 0.130 0.156 0.110 0.067 0.004 0.050 0.068 0.001 0.001 0.008 0.008 0.015 0.016 0.178 0.048 0.041 0.013 0.015 0.019 0.004 88 L 0.204 0.191 0.051 0.061 0.161 0.002 0.012 0.072 0.001 0.001 0.023 0.018 0.058 0.024 0.037 0.024 0.022 0.007 0.012 0.005 0.014 89 V 0.263 0.206 0.063 0.058 0.052 0.001 0.011 0.045 0.001 0.001 0.020 0.038 0.068 0.043 0.074 0.012 0.009 0.003 0.007 0.003 0.021 90 Y 0.227 0.290 0.027 0.071 0.067 0.001 0.009 0.029 0.002 0.001 0.016 0.020 0.088 0.043 0.048 0.016 0.010 0.004 0.006 0.004 0.020 91 L 0.209 0.210 0.083 0.110 0.071 0.001 0.009 0.032 0.003 0.001 0.033 0.030 0.060 0.027 0.032 0.013 0.019 0.009 0.018 0.009 0.022 92 R 0.072 0.141 0.043 0.056 0.243 0.006 0.041 0.068 0.008 0.002 0.004 0.007 0.016 0.010 0.040 0.046 0.074 0.044 0.031 0.042 0.005 93 R 0.040 0.038 0.047 0.088 0.077 0.007 0.136 0.041 0.023 0.012 0.004 0.003 0.007 0.006 0.136 0.015 0.175 0.033 0.045 0.064 0.003 94 Q 0.008 0.007 0.034 0.046 0.041 0.040 0.236 0.059 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.030 0.015 0.209 0.042 0.059 0.156 0.001 95 D 0.003 0.003 0.014 0.011 0.041 0.010 0.314 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.133 0.257 0.077 0.076 0.001 96 L 0.002 0.002 0.031 0.029 0.021 0.001 0.020 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.101 0.024 0.381 0.343 0.001 97 P 0.001 0.003 0.024 0.015 0.057 0.009 0.043 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.012 0.437 0.061 0.032 0.147 0.001 98 E 0.005 0.015 0.027 0.068 0.053 0.029 0.142 0.326 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.022 0.041 0.089 0.030 0.078 0.059 0.001 99 I 0.020 0.030 0.040 0.061 0.093 0.006 0.053 0.406 0.003 0.001 0.004 0.005 0.009 0.006 0.045 0.017 0.101 0.019 0.043 0.037 0.002 100 T 0.013 0.026 0.027 0.039 0.045 0.006 0.040 0.620 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.037 0.019 0.069 0.013 0.013 0.020 0.001 101 A 0.025 0.024 0.020 0.045 0.076 0.006 0.033 0.546 0.007 0.001 0.004 0.004 0.008 0.009 0.035 0.021 0.091 0.012 0.017 0.012 0.002 102 Q 0.030 0.029 0.034 0.041 0.050 0.008 0.072 0.519 0.013 0.002 0.002 0.003 0.006 0.006 0.041 0.009 0.082 0.017 0.019 0.014 0.001 103 R 0.030 0.040 0.031 0.075 0.054 0.013 0.113 0.379 0.016 0.004 0.002 0.003 0.008 0.007 0.028 0.009 0.121 0.020 0.020 0.024 0.002 104 Q 0.020 0.026 0.032 0.057 0.093 0.011 0.107 0.311 0.018 0.006 0.002 0.003 0.005 0.006 0.035 0.013 0.115 0.047 0.041 0.051 0.002 105 L 0.012 0.017 0.030 0.040 0.108 0.008 0.106 0.220 0.011 0.003 0.002 0.002 0.004 0.003 0.039 0.018 0.172 0.070 0.055 0.077 0.001 106 R 0.013 0.015 0.061 0.070 0.084 0.012 0.104 0.190 0.012 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.040 0.014 0.143 0.060 0.068 0.096 0.002