# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.262 0.043 0.095 0.558 2 S 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.136 0.058 0.118 0.644 3 I 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.220 0.043 0.139 0.556 4 T 0.100 0.539 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.051 0.037 0.244 5 S 0.101 0.679 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.069 0.021 0.119 6 T 0.025 0.606 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.115 0.037 0.201 7 D 0.027 0.795 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.030 0.019 0.107 8 I 0.047 0.792 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.014 0.108 9 C 0.026 0.664 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.086 0.028 0.162 10 Q 0.046 0.698 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 0.026 0.171 11 A 0.137 0.599 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.051 0.024 0.156 12 A 0.134 0.345 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.142 0.044 0.263 13 D 0.199 0.114 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.131 0.106 0.409 14 A 0.104 0.057 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.064 0.136 0.582 15 L 0.107 0.051 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.080 0.152 0.542 16 K 0.014 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.070 0.158 0.589 17 G 0.040 0.048 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.069 0.123 0.463 18 F 0.042 0.026 0.005 0.001 0.001 0.002 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.340 0.116 0.110 0.336 19 V 0.027 0.025 0.011 0.002 0.010 0.016 0.014 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.281 0.052 0.108 0.431 20 G 0.020 0.013 0.003 0.002 0.047 0.040 0.408 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.035 0.043 0.197 21 F 0.043 0.009 0.003 0.010 0.014 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.069 0.085 0.544 22 N 0.095 0.019 0.031 0.005 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.217 0.060 0.494 23 R 0.098 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.026 0.073 0.760 24 K 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.020 0.085 0.769 25 T 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.033 0.139 0.714 26 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.200 0.061 0.118 0.573 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 0.399 0.025 0.043 0.020 0.006 0.005 0.235 0.063 0.026 0.148 28 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.027 0.013 0.060 0.003 0.007 0.637 0.069 0.028 0.151 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.013 0.120 0.008 0.652 0.063 0.017 0.107 30 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.047 0.065 0.742 0.034 0.016 0.084 31 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.054 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.750 0.040 0.027 0.104 32 F 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.449 0.038 0.080 0.402 33 S 0.085 0.041 0.010 0.006 0.029 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.241 0.093 0.311 34 E 0.080 0.040 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.094 0.129 0.595 35 D 0.324 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.065 0.092 0.417 36 S 0.202 0.046 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.059 0.122 0.498 37 F 0.044 0.044 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.051 0.135 0.605 38 G 0.025 0.075 0.005 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.023 0.005 0.064 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.109 0.064 0.109 0.490 39 M 0.032 0.055 0.004 0.002 0.003 0.009 0.003 0.002 0.011 0.062 0.005 0.012 0.004 0.013 0.003 0.003 0.145 0.057 0.108 0.466 40 D 0.147 0.147 0.019 0.002 0.010 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.039 0.004 0.014 0.002 0.065 0.194 0.065 0.275 41 V 0.115 0.037 0.007 0.012 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.003 0.007 0.059 0.145 0.109 0.472 42 A 0.074 0.038 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.119 0.107 0.568 43 D 0.245 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.105 0.109 0.456 44 D 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.060 0.150 0.623 45 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.045 0.145 0.633 46 I 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.036 0.167 0.718 47 T 0.037 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.011 0.002 0.015 0.007 0.007 0.003 0.145 0.073 0.178 0.483 48 P 0.084 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.054 0.131 0.633 49 T 0.101 0.055 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.085 0.067 0.118 0.564 50 S 0.046 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.175 0.070 0.133 0.504 51 E 0.021 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.392 0.155 0.084 0.303 52 F 0.010 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.432 0.110 0.092 0.302 53 V 0.014 0.030 0.003 0.001 0.004 0.008 0.028 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.542 0.063 0.050 0.227 54 W 0.036 0.036 0.003 0.002 0.009 0.021 0.045 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.234 0.062 0.069 0.463 55 S 0.057 0.083 0.006 0.003 0.012 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.111 0.078 0.478 56 S 0.088 0.087 0.019 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.072 0.089 0.582 57 V 0.125 0.109 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.051 0.087 0.580 58 R 0.151 0.132 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.030 0.072 0.581 59 D 0.049 0.148 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.041 0.077 0.638 60 D 0.049 0.255 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.144 0.065 0.061 0.378 61 V 0.064 0.141 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.013 0.005 0.003 0.003 0.002 0.003 0.072 0.055 0.065 0.540 62 M 0.043 0.217 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.008 0.008 0.013 0.005 0.153 0.053 0.062 0.419 63 R 0.057 0.358 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.010 0.006 0.076 0.036 0.048 0.389 64 L 0.016 0.481 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.061 0.060 0.321 65 G 0.028 0.844 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 0.008 0.075 66 R 0.024 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.008 0.074 67 E 0.010 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 0.007 0.078 68 Q 0.009 0.878 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.007 0.077 69 L 0.013 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.004 0.038 70 Q 0.036 0.695 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.095 0.021 0.121 71 I 0.041 0.590 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.097 0.054 0.204 72 L 0.195 0.120 0.117 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.392 0.038 0.131 73 L 0.292 0.036 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.095 0.098 0.464 74 E 0.018 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.058 0.084 0.797 75 Q 0.011 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.033 0.140 0.754 76 N 0.112 0.150 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.117 0.140 0.436 77 I 0.109 0.169 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.078 0.110 0.494 78 N 0.121 0.127 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.139 0.096 0.467 79 E 0.099 0.072 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.111 0.103 0.539 80 R 0.062 0.049 0.019 0.002 0.010 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.058 0.109 0.613 81 L 0.031 0.054 0.002 0.006 0.007 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.035 0.108 0.597 82 N 0.176 0.058 0.012 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.049 0.096 0.082 0.507 83 I 0.013 0.066 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.059 0.132 0.634 84 G 0.054 0.136 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.053 0.111 0.595 85 E 0.054 0.215 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.151 0.065 0.103 0.388 86 P 0.023 0.172 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.047 0.097 0.531 87 L 0.012 0.223 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.005 0.003 0.432 0.073 0.039 0.186 88 L 0.017 0.170 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.004 0.005 0.009 0.008 0.004 0.009 0.429 0.070 0.037 0.218 89 V 0.006 0.103 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.003 0.001 0.636 0.046 0.032 0.152 90 Y 0.023 0.060 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.005 0.500 0.114 0.038 0.233 91 L 0.040 0.020 0.023 0.002 0.012 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.351 0.157 0.066 0.313 92 R 0.205 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.117 0.061 0.436 93 R 0.319 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.031 0.069 0.529 94 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.012 0.106 0.829 95 D 0.013 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.017 0.099 0.800 96 L 0.172 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.223 0.126 0.376 97 P 0.021 0.266 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.098 0.106 0.461 98 E 0.080 0.237 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.103 0.075 0.056 0.437 99 I 0.044 0.355 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.001 0.114 0.064 0.052 0.346 100 T 0.053 0.372 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.088 0.078 0.049 0.345 101 A 0.069 0.245 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.128 0.096 0.046 0.378 102 Q 0.086 0.092 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.070 0.057 0.609 103 R 0.074 0.018 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.036 0.060 0.684 104 Q 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.025 0.059 0.843 105 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.022 0.085 0.844 106 R 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.020 0.087 0.842