# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.013 0.002 0.104 0.086 0.120 0.120 0.003 0.001 0.074 0.456 2 S 0.024 0.008 0.001 0.069 0.074 0.114 0.120 0.001 0.001 0.105 0.483 3 I 0.012 0.020 0.002 0.095 0.080 0.100 0.122 0.003 0.001 0.076 0.489 4 T 0.110 0.372 0.003 0.031 0.024 0.031 0.077 0.010 0.002 0.070 0.271 5 S 0.085 0.676 0.003 0.008 0.004 0.008 0.030 0.017 0.001 0.026 0.141 6 T 0.042 0.584 0.002 0.010 0.005 0.009 0.036 0.006 0.001 0.058 0.247 7 D 0.013 0.801 0.004 0.006 0.006 0.007 0.021 0.004 0.001 0.054 0.083 8 I 0.032 0.884 0.002 0.002 0.002 0.002 0.009 0.010 0.001 0.012 0.044 9 C 0.021 0.750 0.005 0.006 0.004 0.004 0.012 0.006 0.001 0.098 0.092 10 Q 0.008 0.898 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.017 0.057 11 A 0.037 0.858 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.002 0.017 0.049 12 A 0.049 0.546 0.040 0.004 0.001 0.003 0.025 0.016 0.023 0.150 0.142 13 D 0.176 0.099 0.052 0.004 0.002 0.005 0.069 0.007 0.040 0.213 0.333 14 A 0.183 0.031 0.018 0.009 0.002 0.006 0.086 0.014 0.011 0.131 0.511 15 L 0.174 0.015 0.004 0.012 0.003 0.006 0.115 0.006 0.003 0.069 0.594 16 K 0.021 0.010 0.001 0.044 0.004 0.012 0.145 0.001 0.001 0.033 0.729 17 G 0.006 0.005 0.001 0.042 0.016 0.056 0.137 0.004 0.001 0.073 0.661 18 F 0.018 0.006 0.001 0.097 0.052 0.085 0.129 0.002 0.001 0.125 0.485 19 V 0.009 0.005 0.002 0.211 0.071 0.165 0.078 0.001 0.001 0.065 0.391 20 G 0.049 0.007 0.003 0.126 0.057 0.133 0.081 0.002 0.001 0.110 0.431 21 F 0.061 0.004 0.002 0.133 0.075 0.115 0.094 0.003 0.002 0.095 0.417 22 N 0.051 0.002 0.004 0.060 0.037 0.089 0.122 0.002 0.003 0.082 0.548 23 R 0.060 0.001 0.002 0.031 0.038 0.066 0.140 0.005 0.002 0.043 0.612 24 K 0.050 0.001 0.001 0.022 0.035 0.054 0.133 0.002 0.001 0.046 0.655 25 T 0.005 0.001 0.001 0.034 0.061 0.104 0.133 0.001 0.001 0.037 0.623 26 G 0.001 0.001 0.001 0.055 0.109 0.282 0.100 0.002 0.001 0.062 0.388 27 R 0.001 0.001 0.001 0.147 0.198 0.213 0.056 0.001 0.001 0.059 0.324 28 Y 0.001 0.001 0.001 0.237 0.261 0.388 0.012 0.001 0.001 0.047 0.055 29 I 0.001 0.001 0.001 0.260 0.264 0.228 0.019 0.001 0.001 0.060 0.168 30 V 0.001 0.001 0.001 0.371 0.299 0.206 0.019 0.001 0.001 0.025 0.079 31 R 0.013 0.002 0.001 0.259 0.140 0.254 0.058 0.002 0.001 0.089 0.182 32 F 0.106 0.012 0.002 0.202 0.055 0.072 0.091 0.005 0.003 0.105 0.349 33 S 0.104 0.037 0.005 0.082 0.024 0.046 0.138 0.007 0.005 0.124 0.429 34 E 0.094 0.042 0.007 0.048 0.015 0.025 0.145 0.006 0.004 0.099 0.517 35 D 0.184 0.060 0.004 0.041 0.038 0.043 0.126 0.014 0.002 0.158 0.331 36 S 0.142 0.064 0.003 0.034 0.018 0.029 0.132 0.011 0.001 0.128 0.439 37 F 0.069 0.089 0.002 0.037 0.024 0.052 0.155 0.007 0.001 0.054 0.508 38 G 0.049 0.078 0.003 0.034 0.045 0.078 0.160 0.006 0.001 0.057 0.488 39 M 0.039 0.046 0.004 0.035 0.036 0.061 0.165 0.006 0.002 0.055 0.551 40 D 0.083 0.126 0.007 0.052 0.027 0.058 0.133 0.015 0.004 0.111 0.383 41 V 0.343 0.076 0.019 0.026 0.009 0.016 0.080 0.008 0.010 0.132 0.280 42 A 0.128 0.062 0.011 0.044 0.011 0.024 0.121 0.010 0.005 0.085 0.500 43 D 0.136 0.029 0.002 0.019 0.011 0.024 0.105 0.008 0.001 0.075 0.590 44 D 0.085 0.013 0.002 0.046 0.021 0.035 0.147 0.006 0.001 0.097 0.546 45 S 0.016 0.004 0.001 0.037 0.025 0.057 0.163 0.003 0.001 0.049 0.644 46 I 0.028 0.003 0.001 0.047 0.038 0.052 0.141 0.001 0.001 0.059 0.626 47 T 0.039 0.008 0.002 0.055 0.060 0.075 0.176 0.004 0.001 0.076 0.505 48 P 0.093 0.015 0.002 0.032 0.014 0.030 0.156 0.005 0.002 0.052 0.599 49 T 0.093 0.053 0.002 0.046 0.020 0.036 0.155 0.016 0.001 0.076 0.501 50 S 0.108 0.093 0.003 0.045 0.021 0.048 0.143 0.010 0.001 0.074 0.455 51 E 0.032 0.044 0.002 0.102 0.061 0.135 0.111 0.007 0.001 0.093 0.411 52 F 0.024 0.025 0.003 0.102 0.092 0.137 0.104 0.003 0.001 0.126 0.384 53 V 0.033 0.028 0.003 0.103 0.121 0.143 0.106 0.003 0.001 0.085 0.374 54 W 0.038 0.045 0.003 0.070 0.078 0.121 0.110 0.003 0.002 0.065 0.464 55 S 0.067 0.056 0.004 0.033 0.053 0.082 0.126 0.007 0.003 0.067 0.501 56 S 0.097 0.196 0.006 0.020 0.018 0.033 0.094 0.011 0.004 0.073 0.447 57 V 0.133 0.491 0.006 0.005 0.006 0.008 0.041 0.011 0.002 0.032 0.266 58 R 0.064 0.665 0.002 0.004 0.003 0.005 0.024 0.006 0.001 0.024 0.201 59 D 0.048 0.642 0.004 0.005 0.004 0.007 0.029 0.005 0.001 0.060 0.195 60 D 0.048 0.719 0.003 0.005 0.006 0.008 0.025 0.007 0.001 0.069 0.109 61 V 0.030 0.701 0.004 0.005 0.007 0.007 0.028 0.006 0.001 0.078 0.133 62 M 0.018 0.889 0.001 0.002 0.003 0.005 0.011 0.003 0.001 0.017 0.050 63 R 0.017 0.856 0.001 0.004 0.002 0.004 0.011 0.002 0.001 0.031 0.071 64 L 0.015 0.789 0.010 0.004 0.003 0.004 0.017 0.004 0.003 0.090 0.062 65 G 0.017 0.910 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.030 0.028 66 R 0.017 0.893 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.035 0.037 67 E 0.012 0.899 0.002 0.003 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.021 0.046 68 Q 0.007 0.916 0.003 0.003 0.002 0.003 0.009 0.004 0.001 0.015 0.037 69 L 0.035 0.864 0.003 0.005 0.005 0.005 0.012 0.008 0.001 0.021 0.041 70 Q 0.055 0.650 0.010 0.019 0.010 0.020 0.029 0.005 0.003 0.093 0.107 71 I 0.080 0.340 0.019 0.026 0.012 0.018 0.074 0.009 0.008 0.101 0.312 72 L 0.145 0.168 0.040 0.048 0.014 0.021 0.098 0.028 0.019 0.158 0.261 73 L 0.308 0.084 0.007 0.028 0.011 0.016 0.093 0.014 0.004 0.079 0.355 74 E 0.062 0.025 0.003 0.024 0.010 0.023 0.108 0.002 0.002 0.032 0.710 75 Q 0.010 0.010 0.002 0.021 0.014 0.032 0.123 0.003 0.001 0.023 0.761 76 N 0.139 0.034 0.007 0.035 0.026 0.040 0.130 0.008 0.004 0.074 0.503 77 I 0.174 0.029 0.004 0.036 0.014 0.020 0.105 0.016 0.002 0.092 0.508 78 N 0.149 0.024 0.002 0.029 0.007 0.017 0.115 0.004 0.001 0.059 0.591 79 E 0.049 0.013 0.002 0.085 0.018 0.040 0.124 0.005 0.001 0.073 0.591 80 R 0.034 0.008 0.001 0.055 0.030 0.050 0.157 0.002 0.001 0.066 0.595 81 L 0.012 0.003 0.001 0.069 0.074 0.100 0.126 0.003 0.001 0.044 0.566 82 N 0.095 0.015 0.002 0.054 0.041 0.057 0.129 0.002 0.001 0.064 0.538 83 I 0.022 0.005 0.002 0.042 0.046 0.083 0.157 0.006 0.001 0.064 0.574 84 G 0.075 0.065 0.002 0.030 0.022 0.046 0.127 0.004 0.002 0.048 0.579 85 E 0.067 0.048 0.003 0.041 0.095 0.145 0.133 0.013 0.001 0.080 0.373 86 P 0.017 0.100 0.002 0.053 0.082 0.168 0.108 0.002 0.001 0.056 0.412 87 L 0.009 0.097 0.002 0.051 0.209 0.381 0.042 0.004 0.001 0.050 0.154 88 L 0.010 0.110 0.002 0.058 0.273 0.281 0.036 0.002 0.001 0.043 0.184 89 V 0.006 0.085 0.003 0.051 0.288 0.399 0.023 0.002 0.001 0.031 0.112 90 Y 0.021 0.065 0.007 0.061 0.243 0.307 0.029 0.003 0.003 0.116 0.144 91 L 0.055 0.043 0.018 0.057 0.192 0.219 0.050 0.009 0.010 0.151 0.197 92 R 0.203 0.044 0.004 0.039 0.089 0.137 0.075 0.014 0.004 0.088 0.303 93 R 0.134 0.012 0.003 0.028 0.041 0.061 0.080 0.002 0.002 0.045 0.592 94 Q 0.006 0.005 0.002 0.025 0.032 0.058 0.102 0.001 0.001 0.017 0.752 95 D 0.078 0.107 0.002 0.020 0.027 0.042 0.101 0.010 0.001 0.046 0.566 96 L 0.153 0.125 0.006 0.020 0.016 0.014 0.094 0.013 0.002 0.202 0.355 97 P 0.027 0.510 0.003 0.016 0.014 0.022 0.062 0.006 0.001 0.029 0.309 98 E 0.057 0.559 0.003 0.013 0.015 0.033 0.034 0.009 0.001 0.015 0.261 99 I 0.027 0.603 0.004 0.024 0.029 0.029 0.032 0.009 0.001 0.043 0.198 100 T 0.094 0.489 0.010 0.016 0.023 0.036 0.040 0.015 0.005 0.104 0.168 101 A 0.156 0.283 0.040 0.028 0.025 0.035 0.046 0.023 0.016 0.112 0.236 102 Q 0.178 0.105 0.018 0.025 0.028 0.053 0.085 0.014 0.012 0.064 0.417 103 R 0.113 0.038 0.005 0.023 0.025 0.040 0.091 0.004 0.003 0.041 0.616 104 Q 0.037 0.020 0.003 0.021 0.024 0.039 0.105 0.004 0.001 0.034 0.713 105 L 0.047 0.015 0.003 0.016 0.021 0.035 0.114 0.007 0.002 0.038 0.702 106 R 0.077 0.019 0.003 0.018 0.021 0.031 0.099 0.008 0.002 0.039 0.683