# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.016 0.017 0.047 0.038 0.043 0.037 0.004 0.001 0.004 0.721 2 S 0.042 0.009 0.009 0.054 0.039 0.066 0.149 0.003 0.001 0.005 0.624 3 I 0.114 0.011 0.018 0.131 0.047 0.085 0.104 0.002 0.001 0.010 0.477 4 T 0.049 0.014 0.004 0.108 0.056 0.097 0.281 0.002 0.001 0.006 0.383 5 S 0.033 0.007 0.004 0.054 0.011 0.020 0.115 0.001 0.001 0.004 0.750 6 T 0.008 0.012 0.001 0.021 0.005 0.009 0.291 0.001 0.001 0.004 0.649 7 D 0.027 0.021 0.001 0.007 0.004 0.006 0.529 0.001 0.001 0.016 0.388 8 I 0.062 0.288 0.002 0.010 0.004 0.011 0.409 0.002 0.001 0.008 0.204 9 C 0.035 0.777 0.001 0.007 0.004 0.009 0.039 0.003 0.001 0.004 0.120 10 Q 0.024 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.103 11 A 0.018 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.071 12 A 0.027 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 13 D 0.024 0.911 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.045 14 A 0.032 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.037 15 L 0.091 0.855 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.032 16 K 0.049 0.715 0.026 0.002 0.005 0.006 0.015 0.040 0.001 0.002 0.141 17 G 0.147 0.454 0.024 0.016 0.012 0.011 0.011 0.109 0.001 0.003 0.214 18 F 0.352 0.279 0.145 0.015 0.010 0.013 0.015 0.016 0.001 0.005 0.150 19 V 0.026 0.157 0.049 0.131 0.139 0.126 0.035 0.011 0.001 0.001 0.326 20 G 0.022 0.056 0.010 0.173 0.116 0.185 0.043 0.005 0.001 0.002 0.386 21 F 0.051 0.062 0.010 0.150 0.186 0.257 0.047 0.003 0.001 0.004 0.231 22 N 0.021 0.044 0.002 0.122 0.179 0.291 0.071 0.004 0.001 0.003 0.264 23 R 0.031 0.031 0.004 0.097 0.154 0.176 0.086 0.004 0.001 0.008 0.408 24 K 0.070 0.042 0.005 0.052 0.085 0.123 0.164 0.004 0.001 0.020 0.435 25 T 0.081 0.022 0.004 0.029 0.082 0.091 0.229 0.008 0.001 0.030 0.424 26 G 0.202 0.015 0.018 0.045 0.073 0.072 0.156 0.005 0.001 0.039 0.375 27 R 0.096 0.010 0.049 0.058 0.106 0.144 0.144 0.002 0.001 0.020 0.369 28 Y 0.011 0.003 0.009 0.131 0.302 0.301 0.063 0.001 0.001 0.003 0.175 29 I 0.004 0.002 0.002 0.149 0.235 0.398 0.039 0.001 0.001 0.002 0.169 30 V 0.002 0.002 0.001 0.180 0.280 0.429 0.020 0.001 0.001 0.001 0.085 31 R 0.003 0.002 0.001 0.145 0.186 0.365 0.032 0.001 0.001 0.002 0.265 32 F 0.005 0.002 0.001 0.143 0.178 0.394 0.062 0.001 0.001 0.004 0.210 33 S 0.013 0.003 0.001 0.105 0.145 0.214 0.178 0.001 0.001 0.006 0.333 34 E 0.004 0.002 0.001 0.029 0.024 0.040 0.077 0.001 0.001 0.004 0.820 35 D 0.019 0.007 0.001 0.018 0.030 0.037 0.392 0.001 0.001 0.020 0.476 36 S 0.300 0.028 0.002 0.007 0.010 0.014 0.312 0.002 0.001 0.058 0.267 37 F 0.229 0.225 0.008 0.013 0.022 0.028 0.185 0.006 0.001 0.015 0.269 38 G 0.239 0.142 0.013 0.015 0.032 0.044 0.129 0.010 0.001 0.024 0.352 39 M 0.099 0.114 0.069 0.020 0.032 0.083 0.063 0.003 0.001 0.007 0.510 40 D 0.026 0.045 0.003 0.027 0.063 0.068 0.097 0.008 0.001 0.001 0.663 41 V 0.091 0.043 0.008 0.016 0.027 0.033 0.033 0.002 0.001 0.004 0.742 42 A 0.027 0.098 0.003 0.043 0.079 0.186 0.227 0.003 0.001 0.008 0.327 43 D 0.107 0.096 0.003 0.041 0.040 0.076 0.239 0.006 0.001 0.011 0.379 44 D 0.204 0.202 0.003 0.043 0.021 0.023 0.039 0.009 0.001 0.006 0.449 45 S 0.215 0.180 0.013 0.026 0.043 0.052 0.176 0.011 0.001 0.022 0.262 46 I 0.226 0.155 0.047 0.046 0.046 0.085 0.103 0.019 0.001 0.015 0.257 47 T 0.089 0.124 0.021 0.131 0.134 0.208 0.065 0.009 0.001 0.003 0.215 48 P 0.003 0.003 0.002 0.006 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.971 49 T 0.046 0.015 0.004 0.073 0.076 0.265 0.120 0.002 0.001 0.007 0.392 50 S 0.154 0.023 0.004 0.054 0.043 0.069 0.062 0.003 0.001 0.007 0.580 51 E 0.108 0.060 0.002 0.093 0.088 0.131 0.106 0.003 0.001 0.008 0.401 52 F 0.112 0.025 0.005 0.081 0.123 0.223 0.122 0.004 0.001 0.010 0.295 53 V 0.102 0.048 0.008 0.168 0.158 0.246 0.068 0.004 0.001 0.006 0.192 54 W 0.026 0.032 0.011 0.080 0.190 0.259 0.050 0.004 0.001 0.003 0.345 55 S 0.031 0.011 0.004 0.052 0.201 0.268 0.059 0.003 0.001 0.003 0.369 56 S 0.006 0.001 0.002 0.014 0.025 0.034 0.023 0.001 0.001 0.001 0.893 57 V 0.009 0.002 0.001 0.027 0.044 0.100 0.292 0.001 0.001 0.008 0.516 58 R 0.179 0.007 0.002 0.014 0.017 0.030 0.284 0.001 0.001 0.046 0.421 59 D 0.207 0.043 0.002 0.014 0.010 0.015 0.211 0.001 0.001 0.022 0.473 60 D 0.160 0.045 0.005 0.014 0.015 0.015 0.230 0.001 0.001 0.018 0.497 61 V 0.145 0.096 0.009 0.022 0.036 0.062 0.258 0.002 0.001 0.019 0.351 62 M 0.047 0.199 0.006 0.046 0.130 0.174 0.139 0.002 0.001 0.004 0.252 63 R 0.045 0.217 0.003 0.020 0.047 0.110 0.094 0.003 0.001 0.003 0.459 64 L 0.089 0.270 0.011 0.041 0.102 0.211 0.049 0.004 0.001 0.004 0.219 65 G 0.079 0.189 0.004 0.022 0.042 0.073 0.112 0.007 0.001 0.004 0.467 66 R 0.027 0.176 0.016 0.030 0.014 0.042 0.044 0.003 0.001 0.003 0.644 67 E 0.010 0.168 0.002 0.010 0.008 0.011 0.045 0.002 0.001 0.001 0.743 68 Q 0.067 0.423 0.001 0.017 0.019 0.053 0.198 0.015 0.001 0.016 0.190 69 L 0.033 0.866 0.002 0.007 0.005 0.013 0.007 0.005 0.001 0.001 0.061 70 Q 0.009 0.954 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 71 I 0.010 0.959 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 72 L 0.020 0.948 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.020 73 L 0.010 0.961 0.004 0.002 0.003 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.010 74 E 0.040 0.860 0.005 0.002 0.002 0.007 0.005 0.017 0.001 0.001 0.061 75 Q 0.084 0.757 0.026 0.003 0.004 0.007 0.012 0.025 0.001 0.001 0.080 76 N 0.137 0.426 0.018 0.008 0.015 0.009 0.045 0.079 0.001 0.004 0.259 77 I 0.071 0.369 0.239 0.009 0.008 0.010 0.045 0.006 0.001 0.004 0.238 78 N 0.014 0.292 0.008 0.037 0.034 0.047 0.100 0.015 0.001 0.003 0.449 79 E 0.178 0.224 0.007 0.014 0.016 0.016 0.098 0.011 0.001 0.013 0.423 80 R 0.233 0.364 0.016 0.011 0.012 0.018 0.102 0.011 0.001 0.013 0.221 81 L 0.111 0.383 0.024 0.063 0.047 0.047 0.096 0.018 0.001 0.008 0.204 82 N 0.141 0.186 0.012 0.051 0.039 0.038 0.111 0.024 0.001 0.010 0.388 83 I 0.131 0.104 0.062 0.038 0.021 0.031 0.041 0.007 0.001 0.006 0.559 84 G 0.073 0.059 0.017 0.057 0.031 0.061 0.141 0.010 0.001 0.007 0.545 85 E 0.128 0.030 0.024 0.057 0.023 0.047 0.075 0.003 0.001 0.007 0.606 86 P 0.005 0.008 0.002 0.012 0.004 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.949 87 L 0.039 0.043 0.002 0.114 0.067 0.212 0.132 0.001 0.001 0.009 0.379 88 L 0.122 0.201 0.001 0.087 0.046 0.089 0.045 0.003 0.001 0.003 0.403 89 V 0.038 0.553 0.001 0.076 0.078 0.080 0.014 0.003 0.001 0.001 0.157 90 Y 0.051 0.596 0.003 0.037 0.042 0.102 0.024 0.002 0.001 0.002 0.141 91 L 0.039 0.474 0.005 0.050 0.095 0.191 0.025 0.006 0.001 0.001 0.113 92 R 0.055 0.522 0.008 0.059 0.070 0.098 0.025 0.010 0.001 0.001 0.153 93 R 0.078 0.299 0.011 0.026 0.039 0.063 0.035 0.015 0.001 0.003 0.431 94 Q 0.084 0.234 0.020 0.033 0.030 0.074 0.068 0.015 0.001 0.004 0.438 95 D 0.188 0.084 0.012 0.020 0.021 0.029 0.070 0.031 0.001 0.009 0.537 96 L 0.292 0.094 0.073 0.032 0.015 0.036 0.069 0.006 0.001 0.008 0.376 97 P 0.006 0.008 0.003 0.007 0.005 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.955 98 E 0.047 0.033 0.003 0.066 0.046 0.098 0.117 0.001 0.001 0.004 0.583 99 I 0.094 0.102 0.003 0.058 0.050 0.099 0.073 0.002 0.001 0.003 0.516 100 T 0.039 0.304 0.002 0.123 0.105 0.148 0.068 0.002 0.001 0.002 0.209 101 A 0.040 0.303 0.002 0.043 0.060 0.125 0.055 0.002 0.001 0.002 0.368 102 Q 0.056 0.405 0.003 0.064 0.069 0.161 0.049 0.005 0.001 0.004 0.185 103 R 0.079 0.407 0.009 0.028 0.044 0.081 0.054 0.010 0.001 0.004 0.283 104 Q 0.106 0.342 0.011 0.021 0.040 0.055 0.048 0.016 0.001 0.005 0.356 105 L 0.128 0.238 0.025 0.020 0.035 0.057 0.045 0.013 0.001 0.006 0.433 106 R 0.070 0.179 0.018 0.026 0.042 0.062 0.062 0.011 0.001 0.004 0.527