# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 2 S 0.237 0.074 0.008 0.006 0.007 0.014 0.653 3 I 0.220 0.040 0.009 0.008 0.057 0.017 0.650 4 T 0.108 0.035 0.006 0.018 0.118 0.033 0.683 5 S 0.026 0.008 0.014 0.517 0.137 0.023 0.275 6 T 0.001 0.001 0.010 0.959 0.010 0.012 0.008 7 D 0.001 0.001 0.013 0.961 0.005 0.010 0.011 8 I 0.001 0.001 0.016 0.961 0.002 0.009 0.009 9 C 0.002 0.001 0.013 0.963 0.006 0.012 0.004 10 Q 0.002 0.001 0.012 0.926 0.003 0.050 0.006 11 A 0.003 0.001 0.021 0.876 0.011 0.064 0.024 12 A 0.005 0.002 0.050 0.864 0.015 0.044 0.021 13 D 0.009 0.003 0.115 0.632 0.033 0.172 0.036 14 A 0.008 0.002 0.173 0.519 0.026 0.251 0.020 15 L 0.044 0.011 0.099 0.428 0.119 0.196 0.103 16 K 0.056 0.008 0.089 0.218 0.102 0.391 0.135 17 G 0.174 0.008 0.062 0.117 0.147 0.356 0.136 18 F 0.415 0.032 0.035 0.099 0.079 0.070 0.270 19 V 0.549 0.029 0.030 0.066 0.068 0.060 0.196 20 G 0.494 0.016 0.026 0.050 0.097 0.079 0.238 21 F 0.394 0.028 0.041 0.059 0.109 0.117 0.252 22 N 0.314 0.044 0.038 0.047 0.123 0.129 0.305 23 R 0.095 0.008 0.106 0.047 0.183 0.326 0.234 24 K 0.103 0.008 0.097 0.038 0.166 0.413 0.174 25 T 0.065 0.014 0.051 0.006 0.213 0.542 0.110 26 G 0.190 0.005 0.009 0.001 0.243 0.183 0.368 27 R 0.468 0.005 0.002 0.001 0.166 0.013 0.346 28 Y 0.974 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 29 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 30 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 31 R 0.962 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.031 32 F 0.642 0.008 0.001 0.003 0.034 0.007 0.305 33 S 0.287 0.010 0.002 0.007 0.089 0.018 0.588 34 E 0.088 0.010 0.063 0.065 0.274 0.302 0.198 35 D 0.044 0.005 0.132 0.078 0.149 0.430 0.163 36 S 0.042 0.013 0.199 0.141 0.156 0.339 0.110 37 F 0.057 0.015 0.082 0.120 0.156 0.439 0.131 38 G 0.106 0.023 0.039 0.055 0.190 0.275 0.312 39 M 0.192 0.082 0.022 0.039 0.122 0.035 0.508 40 D 0.225 0.054 0.022 0.026 0.067 0.028 0.578 41 V 0.073 0.018 0.202 0.121 0.069 0.394 0.124 42 A 0.051 0.020 0.170 0.101 0.117 0.389 0.151 43 D 0.047 0.016 0.199 0.078 0.169 0.154 0.337 44 D 0.021 0.007 0.166 0.074 0.131 0.491 0.110 45 S 0.046 0.013 0.116 0.044 0.146 0.436 0.200 46 I 0.122 0.050 0.064 0.031 0.268 0.143 0.323 47 T 0.165 0.060 0.006 0.015 0.180 0.023 0.550 48 P 0.162 0.037 0.008 0.008 0.067 0.036 0.682 49 T 0.156 0.025 0.079 0.037 0.098 0.118 0.487 50 S 0.258 0.007 0.119 0.055 0.217 0.110 0.233 51 E 0.507 0.010 0.119 0.065 0.093 0.055 0.150 52 F 0.766 0.011 0.018 0.045 0.021 0.023 0.116 53 V 0.812 0.025 0.011 0.028 0.016 0.015 0.093 54 W 0.776 0.014 0.005 0.018 0.027 0.009 0.152 55 S 0.464 0.013 0.013 0.029 0.112 0.027 0.342 56 S 0.138 0.010 0.067 0.107 0.195 0.144 0.339 57 V 0.086 0.010 0.076 0.158 0.140 0.295 0.235 58 R 0.076 0.012 0.076 0.102 0.194 0.224 0.315 59 D 0.066 0.007 0.060 0.104 0.300 0.269 0.193 60 D 0.175 0.008 0.048 0.149 0.251 0.128 0.240 61 V 0.438 0.049 0.042 0.203 0.069 0.051 0.148 62 M 0.501 0.022 0.024 0.189 0.049 0.046 0.171 63 R 0.390 0.013 0.022 0.289 0.076 0.077 0.133 64 L 0.237 0.018 0.027 0.377 0.048 0.085 0.209 65 G 0.111 0.006 0.019 0.388 0.056 0.138 0.280 66 R 0.047 0.001 0.031 0.749 0.042 0.047 0.082 67 E 0.055 0.002 0.017 0.862 0.019 0.020 0.025 68 Q 0.040 0.002 0.013 0.906 0.005 0.018 0.017 69 L 0.036 0.002 0.006 0.925 0.004 0.010 0.017 70 Q 0.030 0.001 0.005 0.938 0.007 0.009 0.010 71 I 0.020 0.001 0.004 0.959 0.003 0.009 0.004 72 L 0.026 0.002 0.006 0.935 0.004 0.020 0.008 73 L 0.027 0.002 0.012 0.893 0.008 0.045 0.013 74 E 0.035 0.002 0.021 0.762 0.032 0.110 0.038 75 Q 0.030 0.006 0.020 0.537 0.095 0.186 0.125 76 N 0.026 0.012 0.010 0.143 0.105 0.182 0.522 77 I 0.026 0.016 0.037 0.210 0.120 0.162 0.427 78 N 0.037 0.006 0.135 0.203 0.142 0.149 0.329 79 E 0.056 0.006 0.139 0.349 0.143 0.129 0.177 80 R 0.045 0.014 0.093 0.494 0.072 0.111 0.171 81 L 0.072 0.071 0.039 0.456 0.073 0.118 0.171 82 N 0.041 0.014 0.029 0.137 0.052 0.244 0.483 83 I 0.007 0.003 0.035 0.067 0.047 0.759 0.081 84 G 0.008 0.003 0.044 0.056 0.175 0.625 0.089 85 E 0.026 0.006 0.010 0.025 0.642 0.018 0.274 86 P 0.101 0.031 0.019 0.116 0.106 0.094 0.532 87 L 0.488 0.031 0.019 0.129 0.078 0.050 0.204 88 L 0.794 0.012 0.012 0.085 0.025 0.010 0.062 89 V 0.851 0.004 0.012 0.090 0.008 0.010 0.025 90 Y 0.827 0.009 0.011 0.085 0.011 0.021 0.037 91 L 0.677 0.017 0.019 0.074 0.060 0.036 0.117 92 R 0.480 0.025 0.022 0.050 0.078 0.095 0.250 93 R 0.075 0.012 0.164 0.086 0.129 0.123 0.411 94 Q 0.032 0.006 0.140 0.042 0.285 0.286 0.210 95 D 0.025 0.009 0.086 0.024 0.335 0.264 0.257 96 L 0.052 0.009 0.030 0.033 0.376 0.020 0.480 97 P 0.075 0.007 0.039 0.061 0.094 0.056 0.668 98 E 0.449 0.017 0.042 0.138 0.062 0.051 0.241 99 I 0.696 0.010 0.011 0.121 0.015 0.008 0.140 100 T 0.817 0.006 0.005 0.089 0.007 0.006 0.069 101 A 0.726 0.002 0.008 0.118 0.013 0.012 0.120 102 Q 0.699 0.003 0.010 0.108 0.030 0.019 0.131 103 R 0.587 0.007 0.021 0.091 0.109 0.031 0.154 104 Q 0.367 0.018 0.026 0.069 0.113 0.089 0.318 105 L 0.095 0.017 0.013 0.037 0.014 0.030 0.794 106 R 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992