# TARGET T0314 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.351 0.261 0.071 0.123 0.031 0.042 0.007 0.046 0.004 0.001 2 S 0.051 0.409 0.391 0.024 0.046 0.048 0.010 0.002 0.014 0.003 0.002 3 I 0.021 0.659 0.198 0.015 0.065 0.025 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 4 T 0.029 0.356 0.442 0.023 0.083 0.044 0.002 0.001 0.016 0.003 0.001 5 S 0.498 0.130 0.140 0.043 0.111 0.037 0.007 0.004 0.020 0.009 0.001 6 T 0.969 0.003 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 D 0.911 0.003 0.008 0.061 0.002 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 8 I 0.915 0.004 0.005 0.071 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 C 0.945 0.008 0.017 0.022 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.960 0.002 0.006 0.025 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 11 A 0.935 0.003 0.006 0.049 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.976 0.001 0.004 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.986 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.893 0.003 0.002 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.527 0.039 0.069 0.332 0.004 0.012 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 16 K 0.557 0.052 0.126 0.098 0.018 0.013 0.105 0.015 0.010 0.005 0.001 17 G 0.396 0.029 0.046 0.093 0.127 0.003 0.032 0.171 0.003 0.100 0.001 18 F 0.403 0.137 0.249 0.090 0.034 0.052 0.011 0.003 0.013 0.003 0.006 19 V 0.186 0.384 0.153 0.159 0.016 0.026 0.008 0.001 0.065 0.001 0.001 20 G 0.163 0.038 0.108 0.034 0.121 0.008 0.034 0.149 0.004 0.342 0.001 21 F 0.429 0.186 0.119 0.157 0.034 0.028 0.014 0.003 0.023 0.005 0.001 22 N 0.181 0.073 0.148 0.243 0.035 0.101 0.146 0.012 0.048 0.011 0.002 23 R 0.312 0.068 0.164 0.174 0.068 0.029 0.107 0.051 0.011 0.013 0.002 24 K 0.319 0.231 0.214 0.107 0.032 0.036 0.023 0.009 0.024 0.005 0.001 25 T 0.146 0.228 0.210 0.299 0.034 0.013 0.041 0.003 0.025 0.002 0.001 26 G 0.023 0.016 0.081 0.021 0.179 0.003 0.074 0.369 0.002 0.231 0.001 27 R 0.041 0.531 0.281 0.053 0.072 0.012 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 28 Y 0.005 0.646 0.248 0.005 0.051 0.020 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 29 I 0.004 0.692 0.263 0.001 0.011 0.019 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 30 V 0.004 0.819 0.101 0.002 0.020 0.025 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 31 R 0.008 0.610 0.292 0.003 0.022 0.049 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 32 F 0.022 0.546 0.197 0.023 0.093 0.056 0.009 0.002 0.051 0.001 0.001 33 S 0.041 0.281 0.215 0.025 0.373 0.017 0.004 0.005 0.011 0.027 0.001 34 E 0.516 0.141 0.089 0.126 0.075 0.017 0.007 0.005 0.012 0.013 0.001 35 D 0.245 0.143 0.206 0.223 0.071 0.048 0.026 0.005 0.027 0.007 0.001 36 S 0.458 0.123 0.087 0.179 0.059 0.022 0.032 0.015 0.019 0.004 0.001 37 F 0.165 0.119 0.128 0.425 0.065 0.008 0.059 0.013 0.011 0.006 0.001 38 G 0.066 0.021 0.048 0.055 0.095 0.005 0.125 0.363 0.004 0.218 0.001 39 M 0.078 0.527 0.244 0.021 0.072 0.022 0.006 0.001 0.025 0.002 0.001 40 D 0.122 0.155 0.390 0.025 0.018 0.214 0.027 0.002 0.039 0.002 0.005 41 V 0.336 0.326 0.125 0.118 0.016 0.041 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 42 A 0.305 0.194 0.290 0.068 0.060 0.038 0.012 0.005 0.016 0.011 0.001 43 D 0.398 0.115 0.139 0.182 0.047 0.041 0.043 0.005 0.025 0.004 0.001 44 D 0.402 0.101 0.094 0.247 0.066 0.011 0.050 0.016 0.009 0.003 0.001 45 S 0.259 0.175 0.184 0.210 0.079 0.019 0.028 0.021 0.012 0.012 0.001 46 I 0.129 0.421 0.261 0.072 0.039 0.034 0.008 0.001 0.032 0.002 0.001 47 T 0.027 0.350 0.343 0.003 0.024 0.039 0.013 0.001 0.200 0.001 0.001 48 P 0.092 0.008 0.809 0.007 0.001 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 49 T 0.341 0.140 0.270 0.094 0.065 0.037 0.021 0.012 0.013 0.006 0.001 50 S 0.422 0.172 0.111 0.126 0.116 0.010 0.014 0.014 0.005 0.009 0.001 51 E 0.129 0.467 0.147 0.076 0.144 0.010 0.006 0.002 0.018 0.001 0.001 52 F 0.066 0.500 0.279 0.024 0.085 0.023 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 53 V 0.054 0.720 0.089 0.023 0.038 0.034 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 54 W 0.072 0.482 0.260 0.039 0.050 0.061 0.004 0.001 0.029 0.002 0.001 55 S 0.077 0.399 0.243 0.030 0.129 0.033 0.020 0.003 0.059 0.005 0.001 56 S 0.272 0.134 0.429 0.042 0.043 0.044 0.008 0.006 0.010 0.004 0.007 57 V 0.353 0.235 0.171 0.156 0.029 0.023 0.007 0.003 0.019 0.003 0.001 58 R 0.266 0.213 0.216 0.089 0.067 0.028 0.045 0.010 0.032 0.033 0.001 59 D 0.451 0.048 0.090 0.148 0.036 0.024 0.146 0.028 0.017 0.012 0.001 60 D 0.463 0.100 0.126 0.148 0.037 0.032 0.063 0.012 0.015 0.003 0.001 61 V 0.411 0.258 0.136 0.139 0.014 0.025 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 62 M 0.254 0.320 0.276 0.042 0.038 0.025 0.011 0.002 0.027 0.005 0.001 63 R 0.333 0.250 0.240 0.033 0.020 0.066 0.017 0.002 0.035 0.002 0.002 64 L 0.657 0.053 0.186 0.065 0.006 0.015 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 65 G 0.608 0.030 0.108 0.049 0.040 0.013 0.037 0.073 0.005 0.037 0.001 66 R 0.930 0.013 0.020 0.020 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 67 E 0.940 0.014 0.022 0.017 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.962 0.009 0.009 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.979 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.993 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.992 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.981 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.938 0.007 0.008 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.744 0.011 0.025 0.176 0.006 0.009 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 75 Q 0.261 0.106 0.201 0.320 0.043 0.028 0.023 0.006 0.010 0.002 0.001 76 N 0.102 0.061 0.142 0.114 0.037 0.211 0.222 0.020 0.085 0.005 0.001 77 I 0.677 0.081 0.061 0.083 0.008 0.060 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 78 N 0.717 0.006 0.014 0.229 0.002 0.017 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 79 E 0.588 0.068 0.033 0.228 0.029 0.012 0.027 0.005 0.011 0.001 0.001 80 R 0.528 0.152 0.115 0.127 0.010 0.023 0.015 0.001 0.027 0.001 0.001 81 L 0.404 0.195 0.217 0.122 0.018 0.023 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 82 N 0.142 0.113 0.124 0.101 0.030 0.268 0.121 0.007 0.085 0.007 0.001 83 I 0.345 0.100 0.076 0.427 0.013 0.015 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 84 G 0.328 0.012 0.125 0.091 0.043 0.006 0.063 0.186 0.003 0.141 0.002 85 E 0.176 0.278 0.337 0.007 0.060 0.014 0.011 0.001 0.110 0.004 0.002 86 P 0.116 0.005 0.678 0.006 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 87 L 0.207 0.290 0.338 0.041 0.046 0.034 0.017 0.006 0.020 0.001 0.001 88 L 0.186 0.476 0.213 0.019 0.039 0.044 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 89 V 0.120 0.700 0.106 0.014 0.029 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 90 Y 0.127 0.586 0.101 0.030 0.042 0.047 0.006 0.001 0.060 0.001 0.001 91 L 0.108 0.500 0.251 0.025 0.044 0.043 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 92 R 0.154 0.317 0.288 0.045 0.066 0.063 0.026 0.004 0.033 0.003 0.001 93 R 0.452 0.148 0.145 0.148 0.026 0.038 0.018 0.004 0.020 0.002 0.001 94 Q 0.468 0.156 0.176 0.118 0.036 0.012 0.015 0.003 0.012 0.004 0.001 95 D 0.260 0.042 0.119 0.338 0.015 0.072 0.117 0.011 0.021 0.004 0.003 96 L 0.043 0.296 0.426 0.004 0.018 0.020 0.014 0.001 0.178 0.001 0.001 97 P 0.233 0.004 0.695 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 98 E 0.384 0.182 0.312 0.039 0.023 0.034 0.006 0.004 0.014 0.001 0.002 99 I 0.218 0.432 0.240 0.027 0.023 0.041 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 100 T 0.261 0.433 0.134 0.068 0.049 0.024 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 101 A 0.255 0.274 0.209 0.027 0.184 0.018 0.010 0.006 0.009 0.007 0.001 102 Q 0.385 0.306 0.140 0.078 0.036 0.030 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 103 R 0.339 0.281 0.205 0.041 0.058 0.025 0.016 0.003 0.028 0.004 0.001 104 Q 0.373 0.207 0.248 0.049 0.031 0.036 0.014 0.002 0.036 0.002 0.001 105 L 0.490 0.084 0.234 0.108 0.009 0.046 0.009 0.002 0.015 0.001 0.003 106 R 0.463 0.149 0.158 0.115 0.039 0.022 0.022 0.006 0.016 0.009 0.001