# TARGET T0314 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.420 0.261 0.152 0.100 0.047 0.017 0.002 2 S 0.387 0.272 0.163 0.099 0.051 0.024 0.004 3 I 0.117 0.117 0.147 0.238 0.224 0.137 0.022 4 T 0.216 0.261 0.216 0.161 0.090 0.045 0.009 5 S 0.161 0.213 0.226 0.212 0.135 0.046 0.007 6 T 0.479 0.311 0.140 0.049 0.015 0.005 0.001 7 D 0.158 0.261 0.269 0.190 0.091 0.029 0.002 8 I 0.067 0.051 0.079 0.187 0.334 0.252 0.029 9 C 0.094 0.154 0.226 0.291 0.171 0.059 0.004 10 Q 0.199 0.399 0.236 0.114 0.038 0.012 0.002 11 A 0.042 0.067 0.125 0.295 0.306 0.150 0.015 12 A 0.028 0.049 0.101 0.235 0.333 0.223 0.032 13 D 0.204 0.358 0.236 0.126 0.051 0.020 0.003 14 A 0.184 0.347 0.268 0.144 0.046 0.010 0.001 15 L 0.032 0.046 0.100 0.221 0.340 0.233 0.028 16 K 0.169 0.334 0.255 0.152 0.063 0.024 0.004 17 G 0.090 0.111 0.164 0.245 0.234 0.136 0.021 18 F 0.066 0.082 0.103 0.175 0.255 0.265 0.054 19 V 0.051 0.074 0.092 0.160 0.241 0.283 0.099 20 G 0.076 0.133 0.160 0.200 0.191 0.175 0.065 21 F 0.032 0.045 0.070 0.164 0.295 0.302 0.092 22 N 0.114 0.206 0.229 0.228 0.143 0.069 0.011 23 R 0.160 0.298 0.257 0.175 0.083 0.024 0.003 24 K 0.186 0.203 0.243 0.216 0.117 0.032 0.004 25 T 0.414 0.334 0.156 0.066 0.022 0.006 0.001 26 G 0.076 0.117 0.203 0.300 0.217 0.080 0.007 27 R 0.124 0.287 0.291 0.185 0.083 0.027 0.003 28 Y 0.025 0.036 0.082 0.211 0.342 0.274 0.030 29 I 0.023 0.036 0.052 0.121 0.249 0.411 0.108 30 V 0.023 0.049 0.074 0.146 0.234 0.339 0.135 31 R 0.030 0.067 0.132 0.230 0.245 0.219 0.077 32 F 0.030 0.056 0.092 0.176 0.265 0.274 0.106 33 S 0.095 0.135 0.161 0.205 0.179 0.149 0.076 34 E 0.147 0.166 0.139 0.151 0.159 0.166 0.072 35 D 0.107 0.135 0.172 0.194 0.172 0.155 0.066 36 S 0.113 0.140 0.154 0.178 0.173 0.173 0.070 37 F 0.109 0.090 0.103 0.142 0.177 0.250 0.130 38 G 0.100 0.108 0.118 0.152 0.167 0.219 0.135 39 M 0.083 0.086 0.095 0.151 0.205 0.241 0.139 40 D 0.099 0.113 0.147 0.207 0.218 0.161 0.053 41 V 0.119 0.097 0.108 0.144 0.188 0.230 0.113 42 A 0.191 0.148 0.166 0.209 0.168 0.095 0.023 43 D 0.319 0.264 0.172 0.116 0.074 0.043 0.013 44 D 0.359 0.219 0.157 0.140 0.077 0.036 0.012 45 S 0.255 0.208 0.150 0.150 0.124 0.093 0.020 46 I 0.179 0.121 0.126 0.180 0.194 0.155 0.046 47 T 0.198 0.183 0.168 0.175 0.135 0.106 0.035 48 P 0.199 0.201 0.179 0.171 0.130 0.087 0.032 49 T 0.175 0.189 0.197 0.189 0.136 0.083 0.031 50 S 0.198 0.226 0.195 0.152 0.111 0.085 0.033 51 E 0.061 0.135 0.209 0.241 0.197 0.124 0.033 52 F 0.028 0.035 0.060 0.147 0.309 0.361 0.060 53 V 0.028 0.067 0.126 0.222 0.276 0.238 0.044 54 W 0.030 0.045 0.078 0.184 0.310 0.314 0.038 55 S 0.106 0.214 0.278 0.241 0.121 0.036 0.004 56 S 0.349 0.324 0.186 0.101 0.032 0.006 0.001 57 V 0.416 0.293 0.169 0.085 0.029 0.007 0.001 58 R 0.608 0.240 0.094 0.042 0.013 0.002 0.001 59 D 0.669 0.214 0.081 0.028 0.007 0.001 0.001 60 D 0.519 0.272 0.126 0.059 0.019 0.004 0.001 61 V 0.221 0.296 0.247 0.154 0.062 0.018 0.001 62 M 0.191 0.160 0.171 0.238 0.181 0.057 0.003 63 R 0.248 0.320 0.240 0.132 0.046 0.012 0.001 64 L 0.118 0.109 0.167 0.274 0.224 0.098 0.009 65 G 0.389 0.290 0.174 0.089 0.040 0.016 0.002 66 R 0.296 0.298 0.218 0.126 0.049 0.011 0.001 67 E 0.346 0.261 0.196 0.126 0.055 0.015 0.001 68 Q 0.214 0.275 0.230 0.160 0.087 0.031 0.003 69 L 0.085 0.078 0.102 0.239 0.298 0.184 0.014 70 Q 0.181 0.274 0.271 0.194 0.066 0.014 0.001 71 I 0.250 0.132 0.126 0.182 0.179 0.122 0.009 72 L 0.278 0.164 0.111 0.118 0.138 0.162 0.030 73 L 0.280 0.133 0.141 0.177 0.153 0.101 0.015 74 E 0.433 0.264 0.160 0.094 0.037 0.010 0.001 75 Q 0.355 0.230 0.158 0.141 0.084 0.030 0.003 76 N 0.442 0.246 0.168 0.093 0.040 0.010 0.001 77 I 0.477 0.190 0.146 0.108 0.063 0.016 0.001 78 N 0.749 0.171 0.054 0.020 0.005 0.001 0.001 79 E 0.613 0.252 0.085 0.036 0.011 0.003 0.001 80 R 0.459 0.225 0.156 0.105 0.044 0.011 0.001 81 L 0.298 0.143 0.121 0.181 0.162 0.086 0.009 82 N 0.386 0.282 0.163 0.093 0.044 0.024 0.006 83 I 0.338 0.150 0.123 0.164 0.140 0.072 0.013 84 G 0.433 0.250 0.155 0.103 0.041 0.015 0.003 85 E 0.317 0.240 0.168 0.148 0.082 0.038 0.007 86 P 0.345 0.185 0.176 0.148 0.092 0.043 0.010 87 L 0.240 0.120 0.113 0.161 0.187 0.155 0.023 88 L 0.238 0.246 0.217 0.169 0.085 0.038 0.007 89 V 0.237 0.192 0.150 0.162 0.142 0.103 0.016 90 Y 0.140 0.141 0.153 0.215 0.206 0.123 0.021 91 L 0.154 0.114 0.139 0.219 0.219 0.140 0.016 92 R 0.345 0.291 0.193 0.115 0.043 0.012 0.001 93 R 0.478 0.275 0.153 0.071 0.020 0.003 0.001 94 Q 0.644 0.223 0.085 0.034 0.011 0.003 0.001 95 D 0.610 0.234 0.093 0.044 0.015 0.004 0.001 96 L 0.508 0.187 0.137 0.106 0.050 0.011 0.001 97 P 0.707 0.175 0.062 0.036 0.015 0.004 0.001 98 E 0.568 0.240 0.110 0.055 0.020 0.007 0.001 99 I 0.594 0.155 0.107 0.087 0.045 0.012 0.001 100 T 0.629 0.233 0.088 0.036 0.011 0.003 0.001 101 A 0.717 0.141 0.069 0.049 0.019 0.005 0.001 102 Q 0.656 0.193 0.099 0.039 0.011 0.002 0.001 103 R 0.744 0.158 0.058 0.030 0.009 0.002 0.001 104 Q 0.699 0.203 0.067 0.024 0.006 0.001 0.001 105 L 0.717 0.149 0.082 0.037 0.012 0.002 0.001 106 R 0.862 0.103 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001