# TARGET T0313 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0313.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1285 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.148 0.005 0.003 0.002 0.163 0.679 2 I 0.635 0.007 0.002 0.001 0.063 0.292 3 R 0.902 0.003 0.001 0.001 0.015 0.078 4 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 5 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 6 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 7 R 0.954 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 8 V 0.741 0.007 0.001 0.001 0.022 0.231 9 R 0.295 0.011 0.001 0.001 0.108 0.585 10 P 0.060 0.008 0.002 0.001 0.178 0.751 11 V 0.027 0.015 0.005 0.005 0.272 0.677 12 T 0.029 0.013 0.012 0.018 0.463 0.465 13 K 0.017 0.005 0.093 0.249 0.441 0.196 14 E 0.022 0.008 0.076 0.355 0.367 0.172 15 D 0.042 0.014 0.115 0.342 0.373 0.114 16 G 0.050 0.011 0.079 0.324 0.297 0.238 17 E 0.071 0.020 0.091 0.214 0.381 0.223 18 G 0.051 0.014 0.104 0.188 0.394 0.249 19 P 0.046 0.006 0.047 0.054 0.406 0.442 20 E 0.095 0.015 0.057 0.033 0.386 0.413 21 A 0.258 0.010 0.031 0.024 0.298 0.379 22 T 0.537 0.007 0.017 0.019 0.173 0.248 23 N 0.811 0.007 0.005 0.009 0.063 0.104 24 A 0.882 0.005 0.002 0.007 0.035 0.068 25 V 0.897 0.004 0.002 0.004 0.034 0.058 26 T 0.799 0.010 0.003 0.004 0.070 0.114 27 F 0.467 0.012 0.008 0.005 0.328 0.180 28 D 0.119 0.007 0.025 0.008 0.691 0.150 29 A 0.083 0.006 0.036 0.009 0.711 0.155 30 D 0.312 0.019 0.028 0.011 0.445 0.186 31 D 0.648 0.009 0.008 0.010 0.116 0.209 32 D 0.864 0.009 0.003 0.007 0.032 0.086 33 S 0.908 0.007 0.002 0.006 0.025 0.051 34 I 0.881 0.006 0.003 0.006 0.040 0.064 35 I 0.764 0.009 0.004 0.007 0.082 0.134 36 H 0.446 0.010 0.009 0.012 0.269 0.256 37 L 0.214 0.012 0.024 0.016 0.474 0.260 38 L 0.142 0.019 0.034 0.015 0.542 0.248 39 H 0.152 0.020 0.052 0.013 0.542 0.221 40 K 0.147 0.014 0.037 0.012 0.427 0.362 41 G 0.202 0.022 0.042 0.012 0.380 0.342 42 K 0.276 0.017 0.026 0.008 0.299 0.373 43 P 0.371 0.011 0.017 0.005 0.223 0.373 44 V 0.659 0.009 0.006 0.003 0.111 0.212 45 S 0.860 0.008 0.002 0.002 0.038 0.089 46 F 0.912 0.007 0.001 0.002 0.019 0.060 47 E 0.887 0.006 0.001 0.002 0.028 0.076 48 L 0.817 0.008 0.004 0.005 0.054 0.112 49 D 0.552 0.015 0.017 0.008 0.240 0.168 50 K 0.373 0.015 0.026 0.010 0.391 0.186 51 V 0.226 0.030 0.017 0.008 0.487 0.233 52 F 0.147 0.106 0.006 0.006 0.381 0.355 53 S 0.048 0.037 0.006 0.004 0.754 0.151 54 P 0.016 0.006 0.046 0.017 0.844 0.071 55 Q 0.017 0.008 0.055 0.015 0.836 0.069 56 A 0.052 0.059 0.043 0.025 0.727 0.093 57 S 0.070 0.044 0.016 0.053 0.230 0.587 58 Q 0.024 0.011 0.061 0.675 0.137 0.092 59 Q 0.010 0.001 0.049 0.829 0.083 0.028 60 D 0.013 0.004 0.046 0.857 0.055 0.025 61 V 0.020 0.006 0.034 0.865 0.042 0.032 62 F 0.024 0.002 0.025 0.869 0.036 0.044 63 Q 0.028 0.003 0.041 0.842 0.044 0.043 64 E 0.013 0.003 0.041 0.874 0.033 0.037 65 V 0.009 0.002 0.020 0.899 0.020 0.049 66 Q 0.006 0.001 0.029 0.898 0.020 0.047 67 A 0.002 0.001 0.038 0.898 0.018 0.042 68 L 0.001 0.001 0.033 0.956 0.005 0.004 69 V 0.001 0.001 0.022 0.964 0.009 0.004 70 T 0.001 0.001 0.024 0.962 0.011 0.002 71 S 0.001 0.001 0.026 0.935 0.029 0.008 72 C 0.001 0.001 0.025 0.917 0.041 0.015 73 I 0.005 0.006 0.061 0.795 0.111 0.022 74 D 0.006 0.003 0.061 0.490 0.316 0.124 75 G 0.009 0.001 0.012 0.027 0.393 0.558 76 F 0.051 0.004 0.004 0.004 0.295 0.641 77 N 0.222 0.009 0.001 0.002 0.153 0.614 78 V 0.786 0.007 0.002 0.003 0.055 0.148 79 C 0.971 0.003 0.001 0.001 0.007 0.017 80 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 81 F 0.975 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 82 A 0.921 0.004 0.004 0.005 0.027 0.040 83 Y 0.631 0.004 0.009 0.010 0.136 0.210 84 G 0.314 0.023 0.009 0.009 0.334 0.311 85 Q 0.143 0.061 0.019 0.006 0.596 0.175 86 T 0.067 0.013 0.029 0.011 0.685 0.194 87 G 0.035 0.015 0.042 0.008 0.715 0.184 88 A 0.047 0.022 0.024 0.014 0.642 0.251 89 G 0.055 0.011 0.017 0.013 0.306 0.597 90 K 0.267 0.049 0.044 0.045 0.229 0.367 91 T 0.441 0.029 0.057 0.056 0.204 0.213 92 Y 0.473 0.038 0.066 0.111 0.170 0.143 93 T 0.318 0.068 0.082 0.142 0.234 0.156 94 M 0.269 0.042 0.068 0.172 0.304 0.144 95 E 0.134 0.031 0.046 0.105 0.454 0.230 96 G 0.059 0.045 0.014 0.036 0.443 0.403 97 T 0.019 0.040 0.011 0.012 0.809 0.110 98 A 0.011 0.012 0.030 0.024 0.842 0.081 99 E 0.004 0.005 0.031 0.016 0.877 0.067 100 N 0.010 0.040 0.034 0.044 0.815 0.058 101 P 0.033 0.017 0.024 0.172 0.494 0.260 102 G 0.038 0.030 0.024 0.184 0.409 0.315 103 I 0.044 0.045 0.045 0.535 0.209 0.123 104 N 0.037 0.032 0.032 0.672 0.087 0.140 105 Q 0.004 0.001 0.040 0.891 0.032 0.032 106 R 0.001 0.001 0.029 0.944 0.014 0.012 107 A 0.001 0.001 0.024 0.958 0.008 0.007 108 L 0.001 0.001 0.007 0.980 0.006 0.006 109 Q 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.006 110 L 0.001 0.001 0.004 0.979 0.009 0.007 111 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.007 0.003 112 F 0.001 0.001 0.006 0.968 0.017 0.008 113 S 0.001 0.001 0.008 0.948 0.027 0.016 114 E 0.001 0.001 0.009 0.949 0.023 0.018 115 V 0.001 0.001 0.013 0.934 0.029 0.021 116 Q 0.005 0.004 0.038 0.838 0.072 0.043 117 E 0.016 0.004 0.048 0.592 0.210 0.130 118 K 0.024 0.007 0.032 0.255 0.322 0.361 119 A 0.017 0.012 0.019 0.066 0.736 0.151 120 S 0.009 0.004 0.030 0.054 0.769 0.134 121 D 0.015 0.001 0.015 0.011 0.794 0.164 122 W 0.221 0.016 0.010 0.009 0.551 0.194 123 E 0.727 0.010 0.001 0.002 0.058 0.202 124 Y 0.955 0.006 0.001 0.001 0.008 0.031 125 T 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 126 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 127 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 128 V 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 129 S 0.922 0.001 0.001 0.003 0.007 0.067 130 A 0.883 0.003 0.002 0.012 0.014 0.087 131 A 0.899 0.004 0.004 0.025 0.023 0.046 132 E 0.814 0.005 0.008 0.054 0.052 0.066 133 I 0.651 0.007 0.016 0.113 0.115 0.097 134 Y 0.423 0.023 0.019 0.171 0.191 0.173 135 N 0.239 0.005 0.034 0.289 0.288 0.145 136 E 0.120 0.004 0.041 0.484 0.237 0.114 137 V 0.304 0.034 0.038 0.359 0.160 0.105 138 L 0.280 0.015 0.044 0.466 0.107 0.088 139 R 0.206 0.005 0.087 0.515 0.096 0.092 140 D 0.266 0.012 0.096 0.460 0.086 0.080 141 L 0.183 0.012 0.067 0.432 0.137 0.168 142 L 0.115 0.028 0.020 0.164 0.215 0.458 143 G 0.045 0.013 0.020 0.079 0.371 0.472 144 K 0.019 0.010 0.064 0.083 0.486 0.337 145 E 0.011 0.012 0.092 0.058 0.629 0.198 146 P 0.015 0.013 0.118 0.042 0.651 0.160 147 Q 0.024 0.014 0.089 0.046 0.547 0.280 148 E 0.030 0.024 0.071 0.051 0.478 0.346 149 K 0.051 0.027 0.043 0.034 0.477 0.369 150 L 0.097 0.026 0.038 0.030 0.374 0.435 151 E 0.209 0.022 0.032 0.018 0.270 0.449 152 I 0.573 0.011 0.017 0.012 0.128 0.258 153 R 0.740 0.013 0.007 0.006 0.048 0.186 154 L 0.845 0.010 0.003 0.004 0.022 0.116 155 C 0.858 0.008 0.005 0.003 0.036 0.091 156 P 0.813 0.043 0.003 0.002 0.037 0.102 157 D 0.279 0.026 0.008 0.003 0.632 0.053 158 G 0.018 0.002 0.015 0.002 0.947 0.016 159 S 0.011 0.001 0.009 0.001 0.963 0.016 160 G 0.039 0.012 0.007 0.001 0.904 0.037 161 Q 0.250 0.012 0.001 0.001 0.173 0.563 162 L 0.785 0.064 0.001 0.001 0.036 0.113 163 Y 0.876 0.020 0.001 0.001 0.033 0.069 164 V 0.768 0.024 0.004 0.001 0.163 0.040 165 P 0.286 0.003 0.010 0.005 0.580 0.115 166 G 0.263 0.003 0.006 0.002 0.628 0.098 167 L 0.513 0.011 0.003 0.001 0.375 0.096 168 T 0.760 0.011 0.001 0.001 0.056 0.171 169 E 0.912 0.005 0.001 0.001 0.016 0.066 170 F 0.822 0.005 0.001 0.001 0.027 0.145 171 Q 0.697 0.006 0.001 0.001 0.026 0.270 172 V 0.563 0.015 0.002 0.001 0.064 0.354 173 Q 0.178 0.033 0.001 0.002 0.089 0.697 174 S 0.027 0.005 0.001 0.005 0.074 0.888 175 V 0.001 0.001 0.026 0.940 0.021 0.012 176 D 0.001 0.001 0.017 0.964 0.016 0.004 177 D 0.001 0.001 0.021 0.968 0.010 0.001 178 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 179 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 180 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 181 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 182 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.002 183 E 0.001 0.001 0.002 0.983 0.011 0.004 184 F 0.001 0.001 0.003 0.957 0.022 0.017 185 G 0.002 0.001 0.005 0.839 0.065 0.088 186 H 0.008 0.005 0.019 0.723 0.128 0.117 187 T 0.014 0.005 0.024 0.641 0.173 0.143 188 N 0.035 0.004 0.026 0.451 0.228 0.257 189 R 0.097 0.009 0.025 0.306 0.228 0.335 190 T 0.213 0.024 0.019 0.294 0.168 0.282 191 T 0.203 0.027 0.019 0.276 0.170 0.305 192 E 0.107 0.014 0.028 0.242 0.230 0.379 193 F 0.153 0.013 0.066 0.191 0.265 0.312 194 T 0.141 0.016 0.107 0.213 0.290 0.234 195 N 0.109 0.016 0.115 0.215 0.279 0.266 196 L 0.085 0.025 0.076 0.167 0.323 0.324 197 N 0.043 0.018 0.039 0.115 0.436 0.350 198 E 0.018 0.006 0.074 0.316 0.388 0.198 199 H 0.016 0.011 0.062 0.280 0.468 0.163 200 S 0.027 0.015 0.054 0.186 0.535 0.182 201 S 0.046 0.027 0.033 0.227 0.403 0.264 202 R 0.078 0.018 0.058 0.207 0.458 0.181 203 S 0.194 0.037 0.067 0.104 0.397 0.202 204 H 0.354 0.012 0.052 0.052 0.344 0.185 205 A 0.623 0.004 0.017 0.022 0.159 0.175 206 L 0.899 0.005 0.003 0.007 0.028 0.059 207 L 0.952 0.001 0.001 0.003 0.011 0.031 208 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 209 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 210 T 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 211 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 212 R 0.963 0.001 0.001 0.001 0.012 0.022 213 G 0.937 0.003 0.001 0.002 0.026 0.031 214 V 0.835 0.005 0.003 0.004 0.080 0.074 215 D 0.700 0.016 0.006 0.007 0.163 0.109 216 C 0.453 0.012 0.019 0.012 0.371 0.133 217 S 0.259 0.013 0.029 0.014 0.512 0.173 218 T 0.165 0.017 0.033 0.014 0.630 0.141 219 G 0.120 0.005 0.021 0.007 0.670 0.176 220 L 0.215 0.007 0.014 0.004 0.486 0.276 221 R 0.513 0.022 0.006 0.002 0.215 0.243 222 T 0.730 0.027 0.001 0.001 0.059 0.181 223 T 0.710 0.008 0.001 0.001 0.057 0.222 224 G 0.770 0.002 0.001 0.001 0.055 0.171 225 K 0.956 0.004 0.001 0.001 0.011 0.028 226 L 0.978 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 227 N 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 228 L 0.954 0.003 0.002 0.003 0.006 0.032 229 V 0.842 0.009 0.005 0.007 0.028 0.109 230 D 0.523 0.014 0.019 0.014 0.181 0.249 231 L 0.100 0.005 0.025 0.014 0.508 0.349 232 A 0.057 0.027 0.020 0.021 0.491 0.384 233 G 0.038 0.017 0.022 0.041 0.493 0.389 234 S 0.048 0.011 0.029 0.166 0.402 0.344 235 E 0.052 0.013 0.038 0.457 0.274 0.167 236 R 0.037 0.013 0.035 0.397 0.361 0.156 237 V 0.027 0.008 0.029 0.536 0.316 0.084 238 G 0.024 0.009 0.035 0.508 0.330 0.094 239 K 0.023 0.008 0.037 0.514 0.321 0.098 240 S 0.015 0.004 0.039 0.528 0.226 0.187 241 G 0.012 0.010 0.010 0.094 0.233 0.642 242 A 0.014 0.021 0.010 0.080 0.273 0.602 243 E 0.016 0.008 0.015 0.174 0.314 0.474 244 G 0.014 0.005 0.037 0.453 0.280 0.211 245 S 0.046 0.010 0.038 0.573 0.199 0.135 246 R 0.079 0.010 0.052 0.594 0.133 0.132 247 L 0.113 0.007 0.059 0.663 0.072 0.086 248 R 0.167 0.009 0.079 0.614 0.082 0.049 249 E 0.058 0.002 0.060 0.779 0.060 0.040 250 A 0.040 0.003 0.051 0.791 0.062 0.053 251 Q 0.034 0.003 0.041 0.764 0.073 0.085 252 H 0.044 0.007 0.034 0.671 0.095 0.148 253 I 0.034 0.006 0.028 0.748 0.085 0.099 254 N 0.025 0.005 0.031 0.709 0.121 0.109 255 K 0.018 0.008 0.041 0.762 0.107 0.064 256 S 0.016 0.008 0.038 0.734 0.095 0.108 257 L 0.001 0.001 0.017 0.962 0.013 0.007 258 S 0.001 0.001 0.011 0.974 0.010 0.004 259 A 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.004 260 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 261 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 262 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.003 263 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 264 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 265 A 0.001 0.001 0.005 0.992 0.003 0.001 266 A 0.001 0.001 0.007 0.988 0.004 0.001 267 L 0.001 0.001 0.008 0.980 0.008 0.004 268 R 0.001 0.001 0.023 0.935 0.028 0.013 269 S 0.002 0.002 0.026 0.514 0.256 0.199 270 R 0.004 0.002 0.023 0.070 0.382 0.520 271 Q 0.011 0.007 0.036 0.016 0.611 0.320 272 G 0.042 0.016 0.041 0.011 0.517 0.373 273 H 0.092 0.051 0.051 0.011 0.443 0.352 274 V 0.138 0.135 0.013 0.008 0.288 0.419 275 P 0.057 0.045 0.019 0.013 0.404 0.462 276 F 0.010 0.012 0.138 0.030 0.734 0.076 277 R 0.005 0.002 0.066 0.019 0.823 0.085 278 N 0.004 0.004 0.054 0.048 0.771 0.119 279 S 0.017 0.012 0.012 0.151 0.575 0.233 280 K 0.022 0.042 0.012 0.518 0.213 0.193 281 L 0.050 0.039 0.025 0.653 0.132 0.101 282 T 0.016 0.002 0.017 0.909 0.037 0.020 283 Y 0.007 0.001 0.019 0.941 0.019 0.013 284 L 0.004 0.002 0.019 0.957 0.013 0.004 285 L 0.003 0.001 0.010 0.963 0.019 0.005 286 Q 0.001 0.001 0.019 0.947 0.025 0.008 287 D 0.001 0.001 0.026 0.907 0.045 0.020 288 S 0.001 0.001 0.022 0.799 0.109 0.067 289 L 0.004 0.022 0.022 0.310 0.389 0.253 290 S 0.005 0.007 0.029 0.039 0.689 0.231 291 G 0.008 0.007 0.043 0.017 0.748 0.177 292 D 0.020 0.008 0.031 0.005 0.722 0.214 293 S 0.134 0.012 0.031 0.005 0.486 0.332 294 K 0.541 0.008 0.008 0.002 0.177 0.264 295 T 0.884 0.005 0.003 0.001 0.040 0.067 296 L 0.968 0.002 0.001 0.001 0.008 0.022 297 M 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 298 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 299 V 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 300 Q 0.901 0.005 0.001 0.001 0.018 0.075 301 V 0.571 0.029 0.001 0.001 0.063 0.336 302 S 0.171 0.014 0.002 0.001 0.299 0.512 303 P 0.035 0.008 0.184 0.021 0.589 0.161 304 V 0.019 0.004 0.286 0.023 0.603 0.064 305 E 0.014 0.005 0.402 0.047 0.505 0.027 306 K 0.013 0.011 0.135 0.119 0.502 0.221 307 N 0.019 0.025 0.044 0.159 0.392 0.360 308 T 0.003 0.002 0.081 0.786 0.094 0.034 309 S 0.004 0.001 0.057 0.864 0.056 0.019 310 E 0.004 0.001 0.072 0.882 0.034 0.007 311 T 0.007 0.002 0.025 0.934 0.019 0.014 312 L 0.006 0.001 0.016 0.954 0.015 0.009 313 Y 0.003 0.001 0.020 0.956 0.013 0.008 314 S 0.004 0.001 0.013 0.951 0.014 0.018 315 L 0.004 0.002 0.015 0.936 0.018 0.025 316 K 0.005 0.001 0.020 0.914 0.018 0.042 317 F 0.003 0.001 0.041 0.933 0.013 0.009 318 A 0.006 0.001 0.053 0.909 0.022 0.009 319 E 0.009 0.001 0.090 0.811 0.059 0.029 320 R 0.007 0.003 0.080 0.693 0.099 0.119 321 V 0.007 0.006 0.020 0.252 0.106 0.610 322 R 0.001 0.003 0.002 0.027 0.078 0.889