# TARGET T0313 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0313.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.7817 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.071 0.001 0.004 0.001 0.142 0.781 2 I 0.646 0.007 0.001 0.001 0.037 0.309 3 R 0.932 0.001 0.001 0.001 0.007 0.060 4 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 5 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 6 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 7 R 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 8 V 0.883 0.003 0.001 0.001 0.019 0.094 9 R 0.566 0.007 0.001 0.001 0.111 0.314 10 P 0.257 0.012 0.004 0.002 0.220 0.506 11 V 0.108 0.026 0.009 0.003 0.281 0.573 12 T 0.062 0.032 0.012 0.005 0.505 0.384 13 K 0.027 0.013 0.121 0.025 0.633 0.183 14 E 0.030 0.007 0.162 0.030 0.632 0.139 15 D 0.042 0.015 0.165 0.032 0.636 0.110 16 G 0.043 0.017 0.050 0.020 0.579 0.292 17 E 0.043 0.040 0.021 0.018 0.443 0.435 18 G 0.033 0.013 0.009 0.003 0.482 0.461 19 P 0.058 0.011 0.036 0.005 0.484 0.407 20 E 0.169 0.019 0.089 0.006 0.366 0.351 21 A 0.387 0.013 0.065 0.005 0.277 0.252 22 T 0.582 0.006 0.018 0.003 0.136 0.255 23 N 0.795 0.005 0.006 0.002 0.051 0.141 24 A 0.891 0.009 0.003 0.002 0.027 0.069 25 V 0.906 0.006 0.001 0.001 0.021 0.064 26 T 0.852 0.011 0.002 0.001 0.047 0.088 27 F 0.633 0.032 0.002 0.001 0.117 0.215 28 D 0.225 0.017 0.005 0.001 0.658 0.094 29 A 0.058 0.005 0.010 0.001 0.851 0.074 30 D 0.040 0.002 0.014 0.003 0.848 0.093 31 D 0.274 0.015 0.011 0.005 0.592 0.104 32 D 0.606 0.008 0.005 0.008 0.129 0.244 33 S 0.881 0.013 0.003 0.009 0.031 0.063 34 I 0.928 0.005 0.003 0.011 0.016 0.037 35 I 0.869 0.006 0.004 0.013 0.029 0.079 36 H 0.693 0.007 0.010 0.013 0.102 0.175 37 L 0.340 0.015 0.048 0.019 0.268 0.310 38 L 0.210 0.019 0.094 0.017 0.365 0.295 39 H 0.136 0.016 0.124 0.013 0.451 0.260 40 K 0.089 0.010 0.074 0.013 0.452 0.361 41 G 0.081 0.006 0.015 0.002 0.289 0.607 42 K 0.160 0.010 0.005 0.001 0.213 0.611 43 P 0.230 0.007 0.003 0.001 0.156 0.604 44 V 0.639 0.013 0.002 0.001 0.056 0.290 45 S 0.941 0.004 0.001 0.001 0.010 0.044 46 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 47 E 0.951 0.002 0.001 0.001 0.011 0.035 48 L 0.819 0.005 0.007 0.005 0.058 0.105 49 D 0.556 0.003 0.036 0.012 0.202 0.191 50 K 0.527 0.013 0.082 0.020 0.224 0.135 51 V 0.519 0.034 0.035 0.015 0.189 0.208 52 F 0.401 0.082 0.016 0.018 0.163 0.321 53 S 0.062 0.012 0.007 0.008 0.826 0.086 54 P 0.004 0.001 0.132 0.041 0.794 0.028 55 Q 0.002 0.001 0.134 0.030 0.815 0.019 56 A 0.008 0.022 0.099 0.033 0.810 0.028 57 S 0.012 0.024 0.018 0.132 0.149 0.664 58 Q 0.014 0.011 0.022 0.828 0.036 0.089 59 Q 0.003 0.001 0.012 0.964 0.013 0.008 60 D 0.010 0.001 0.010 0.957 0.014 0.009 61 V 0.004 0.001 0.005 0.980 0.006 0.003 62 F 0.003 0.001 0.007 0.983 0.004 0.003 63 Q 0.001 0.001 0.012 0.978 0.005 0.004 64 E 0.003 0.001 0.013 0.960 0.009 0.014 65 V 0.002 0.001 0.006 0.967 0.006 0.018 66 Q 0.002 0.001 0.006 0.957 0.012 0.022 67 A 0.001 0.001 0.007 0.978 0.007 0.006 68 L 0.004 0.001 0.008 0.971 0.010 0.008 69 V 0.003 0.001 0.005 0.979 0.008 0.005 70 T 0.003 0.001 0.010 0.970 0.012 0.005 71 S 0.004 0.001 0.013 0.942 0.026 0.015 72 C 0.011 0.002 0.014 0.853 0.069 0.051 73 I 0.018 0.006 0.016 0.714 0.171 0.075 74 D 0.016 0.004 0.012 0.553 0.225 0.191 75 G 0.019 0.004 0.007 0.073 0.337 0.561 76 F 0.081 0.014 0.012 0.051 0.415 0.427 77 N 0.297 0.015 0.006 0.015 0.257 0.408 78 V 0.783 0.011 0.004 0.008 0.083 0.111 79 C 0.915 0.003 0.002 0.003 0.028 0.048 80 I 0.962 0.002 0.003 0.003 0.013 0.018 81 F 0.951 0.003 0.003 0.005 0.013 0.025 82 A 0.852 0.004 0.004 0.008 0.049 0.083 83 Y 0.587 0.021 0.009 0.009 0.114 0.260 84 G 0.259 0.019 0.015 0.004 0.244 0.459 85 Q 0.280 0.038 0.035 0.007 0.383 0.257 86 T 0.271 0.032 0.036 0.006 0.385 0.270 87 G 0.172 0.019 0.044 0.008 0.526 0.232 88 A 0.118 0.007 0.015 0.006 0.562 0.291 89 G 0.190 0.008 0.009 0.006 0.386 0.400 90 K 0.524 0.028 0.010 0.017 0.189 0.232 91 T 0.745 0.016 0.006 0.011 0.092 0.130 92 Y 0.860 0.011 0.004 0.011 0.037 0.077 93 T 0.870 0.007 0.004 0.009 0.043 0.068 94 M 0.828 0.014 0.005 0.009 0.058 0.086 95 E 0.651 0.018 0.006 0.015 0.093 0.218 96 G 0.228 0.029 0.011 0.020 0.242 0.469 97 T 0.048 0.017 0.005 0.006 0.477 0.447 98 A 0.015 0.018 0.075 0.033 0.629 0.229 99 E 0.012 0.027 0.061 0.039 0.671 0.189 100 N 0.005 0.011 0.063 0.022 0.854 0.045 101 P 0.003 0.004 0.065 0.059 0.748 0.120 102 G 0.005 0.016 0.068 0.081 0.643 0.187 103 I 0.017 0.081 0.033 0.199 0.444 0.225 104 N 0.019 0.019 0.009 0.306 0.118 0.529 105 Q 0.002 0.001 0.009 0.954 0.016 0.018 106 R 0.002 0.001 0.009 0.972 0.009 0.007 107 A 0.002 0.001 0.006 0.982 0.005 0.004 108 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 109 Q 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 110 L 0.001 0.001 0.006 0.982 0.007 0.004 111 L 0.001 0.001 0.005 0.983 0.005 0.005 112 F 0.001 0.001 0.007 0.978 0.007 0.007 113 S 0.001 0.001 0.011 0.973 0.008 0.006 114 E 0.001 0.001 0.011 0.965 0.010 0.013 115 V 0.002 0.001 0.017 0.921 0.024 0.036 116 Q 0.005 0.002 0.033 0.857 0.060 0.043 117 E 0.010 0.002 0.049 0.769 0.103 0.067 118 K 0.020 0.007 0.047 0.464 0.234 0.227 119 A 0.017 0.005 0.053 0.106 0.725 0.094 120 S 0.019 0.004 0.052 0.032 0.749 0.144 121 D 0.032 0.004 0.040 0.008 0.701 0.215 122 W 0.287 0.020 0.013 0.002 0.446 0.231 123 E 0.547 0.003 0.002 0.001 0.073 0.374 124 Y 0.950 0.002 0.001 0.001 0.011 0.035 125 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 126 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 127 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 128 V 0.941 0.001 0.001 0.001 0.009 0.048 129 S 0.776 0.001 0.002 0.005 0.049 0.167 130 A 0.729 0.004 0.014 0.062 0.082 0.110 131 A 0.822 0.003 0.020 0.091 0.038 0.026 132 E 0.770 0.002 0.028 0.156 0.030 0.013 133 I 0.645 0.006 0.025 0.246 0.067 0.012 134 Y 0.229 0.006 0.017 0.579 0.115 0.055 135 N 0.043 0.003 0.012 0.546 0.188 0.209 136 E 0.033 0.003 0.016 0.753 0.153 0.042 137 V 0.125 0.017 0.024 0.676 0.074 0.083 138 L 0.042 0.007 0.028 0.881 0.025 0.016 139 R 0.015 0.001 0.053 0.896 0.022 0.013 140 D 0.006 0.001 0.037 0.927 0.018 0.012 141 L 0.003 0.002 0.042 0.883 0.033 0.037 142 L 0.002 0.002 0.033 0.818 0.057 0.088 143 G 0.003 0.002 0.014 0.060 0.190 0.730 144 K 0.005 0.006 0.040 0.052 0.226 0.672 145 E 0.013 0.021 0.048 0.018 0.379 0.520 146 P 0.010 0.009 0.176 0.025 0.520 0.260 147 Q 0.019 0.008 0.266 0.036 0.466 0.206 148 E 0.084 0.011 0.205 0.054 0.424 0.222 149 K 0.136 0.011 0.086 0.038 0.359 0.371 150 L 0.249 0.011 0.027 0.021 0.251 0.440 151 E 0.487 0.009 0.011 0.007 0.119 0.367 152 I 0.838 0.009 0.005 0.003 0.033 0.112 153 R 0.917 0.004 0.002 0.002 0.019 0.057 154 L 0.921 0.006 0.001 0.001 0.014 0.056 155 C 0.884 0.005 0.001 0.001 0.063 0.046 156 P 0.784 0.014 0.002 0.001 0.107 0.091 157 D 0.289 0.021 0.005 0.001 0.609 0.076 158 G 0.086 0.015 0.011 0.001 0.877 0.010 159 S 0.053 0.003 0.014 0.001 0.903 0.027 160 G 0.035 0.002 0.018 0.001 0.919 0.024 161 Q 0.402 0.019 0.005 0.001 0.428 0.146 162 L 0.882 0.025 0.001 0.001 0.018 0.073 163 Y 0.925 0.024 0.001 0.001 0.013 0.036 164 V 0.807 0.014 0.002 0.001 0.152 0.024 165 P 0.367 0.003 0.005 0.001 0.567 0.056 166 G 0.080 0.002 0.013 0.002 0.840 0.064 167 L 0.595 0.017 0.005 0.001 0.336 0.046 168 T 0.855 0.005 0.003 0.001 0.031 0.104 169 E 0.942 0.004 0.003 0.002 0.016 0.033 170 F 0.925 0.004 0.003 0.004 0.016 0.049 171 Q 0.907 0.003 0.002 0.003 0.026 0.059 172 V 0.717 0.009 0.003 0.003 0.070 0.197 173 Q 0.299 0.024 0.003 0.004 0.153 0.518 174 S 0.066 0.006 0.001 0.007 0.086 0.833 175 V 0.001 0.001 0.040 0.948 0.006 0.004 176 D 0.001 0.001 0.033 0.964 0.002 0.001 177 D 0.001 0.001 0.021 0.977 0.001 0.001 178 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 179 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 180 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 181 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 182 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 183 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.001 184 F 0.001 0.001 0.005 0.961 0.017 0.016 185 G 0.002 0.002 0.021 0.556 0.132 0.287 186 H 0.010 0.005 0.089 0.342 0.307 0.247 187 T 0.042 0.006 0.096 0.411 0.268 0.178 188 N 0.074 0.008 0.044 0.357 0.205 0.312 189 R 0.118 0.016 0.022 0.250 0.137 0.456 190 T 0.202 0.020 0.012 0.161 0.117 0.488 191 T 0.260 0.017 0.018 0.123 0.178 0.405 192 E 0.254 0.017 0.026 0.141 0.216 0.345 193 F 0.201 0.021 0.071 0.188 0.269 0.249 194 T 0.176 0.019 0.079 0.152 0.307 0.267 195 N 0.148 0.018 0.100 0.119 0.328 0.286 196 L 0.104 0.047 0.075 0.119 0.287 0.369 197 N 0.062 0.026 0.039 0.082 0.528 0.264 198 E 0.034 0.011 0.093 0.155 0.516 0.191 199 H 0.031 0.012 0.071 0.184 0.489 0.212 200 S 0.050 0.021 0.042 0.116 0.536 0.235 201 S 0.064 0.026 0.033 0.078 0.277 0.522 202 R 0.099 0.032 0.113 0.208 0.259 0.290 203 S 0.202 0.009 0.174 0.099 0.244 0.272 204 H 0.545 0.011 0.155 0.066 0.110 0.113 205 A 0.821 0.007 0.022 0.023 0.060 0.068 206 L 0.877 0.004 0.011 0.014 0.045 0.049 207 L 0.883 0.001 0.006 0.014 0.051 0.045 208 I 0.921 0.001 0.002 0.011 0.032 0.033 209 V 0.938 0.001 0.001 0.018 0.016 0.026 210 T 0.947 0.001 0.001 0.011 0.010 0.031 211 V 0.896 0.001 0.001 0.008 0.013 0.082 212 R 0.839 0.003 0.001 0.005 0.025 0.129 213 G 0.847 0.003 0.001 0.003 0.067 0.080 214 V 0.771 0.010 0.001 0.003 0.095 0.120 215 D 0.583 0.014 0.004 0.002 0.241 0.156 216 C 0.372 0.026 0.021 0.004 0.481 0.096 217 S 0.142 0.008 0.041 0.004 0.737 0.069 218 T 0.070 0.004 0.036 0.005 0.829 0.056 219 G 0.087 0.003 0.015 0.007 0.743 0.145 220 L 0.557 0.029 0.005 0.006 0.216 0.187 221 R 0.860 0.016 0.003 0.005 0.047 0.069 222 T 0.934 0.006 0.003 0.004 0.022 0.032 223 T 0.904 0.005 0.003 0.003 0.034 0.050 224 G 0.832 0.002 0.005 0.002 0.065 0.095 225 K 0.884 0.003 0.002 0.001 0.030 0.080 226 L 0.917 0.004 0.001 0.001 0.023 0.053 227 N 0.924 0.003 0.002 0.002 0.019 0.051 228 L 0.960 0.003 0.004 0.006 0.008 0.019 229 V 0.922 0.002 0.010 0.021 0.015 0.029 230 D 0.887 0.003 0.016 0.031 0.026 0.037 231 L 0.636 0.013 0.021 0.076 0.116 0.139 232 A 0.221 0.014 0.046 0.142 0.278 0.299 233 G 0.084 0.014 0.068 0.158 0.315 0.361 234 S 0.042 0.010 0.219 0.341 0.229 0.157 235 E 0.046 0.012 0.285 0.414 0.158 0.085 236 R 0.038 0.014 0.317 0.406 0.165 0.059 237 V 0.025 0.014 0.143 0.497 0.240 0.081 238 G 0.036 0.011 0.145 0.407 0.307 0.094 239 K 0.033 0.018 0.095 0.348 0.385 0.121 240 S 0.018 0.013 0.041 0.327 0.390 0.211 241 G 0.007 0.006 0.012 0.069 0.431 0.474 242 A 0.014 0.016 0.021 0.184 0.519 0.246 243 E 0.029 0.021 0.019 0.241 0.473 0.216 244 G 0.017 0.007 0.022 0.460 0.322 0.172 245 S 0.020 0.009 0.019 0.738 0.104 0.110 246 R 0.018 0.006 0.013 0.887 0.026 0.050 247 L 0.014 0.002 0.008 0.913 0.022 0.041 248 R 0.007 0.001 0.005 0.958 0.013 0.016 249 E 0.006 0.001 0.003 0.973 0.007 0.010 250 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 251 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 252 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 253 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 254 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 255 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 256 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 257 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 258 S 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 259 A 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.003 260 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.005 0.005 261 G 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.004 262 D 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.004 263 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 264 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 265 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 266 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 267 L 0.001 0.001 0.005 0.983 0.004 0.008 268 R 0.001 0.001 0.012 0.955 0.016 0.015 269 S 0.001 0.001 0.021 0.888 0.046 0.043 270 R 0.003 0.005 0.038 0.433 0.176 0.345 271 Q 0.006 0.005 0.024 0.060 0.338 0.566 272 G 0.013 0.005 0.011 0.007 0.315 0.650 273 H 0.089 0.033 0.008 0.004 0.226 0.639 274 V 0.240 0.046 0.008 0.004 0.224 0.478 275 P 0.241 0.068 0.012 0.004 0.210 0.465 276 F 0.162 0.047 0.026 0.013 0.520 0.232 277 R 0.094 0.023 0.039 0.029 0.605 0.209 278 N 0.027 0.009 0.024 0.042 0.711 0.187 279 S 0.032 0.024 0.030 0.160 0.573 0.180 280 K 0.025 0.016 0.027 0.686 0.145 0.101 281 L 0.010 0.006 0.021 0.895 0.045 0.023 282 T 0.007 0.002 0.017 0.923 0.028 0.025 283 Y 0.012 0.001 0.015 0.946 0.015 0.011 284 L 0.011 0.002 0.013 0.946 0.019 0.009 285 L 0.007 0.002 0.014 0.937 0.027 0.013 286 Q 0.005 0.002 0.031 0.903 0.041 0.018 287 D 0.006 0.003 0.073 0.791 0.102 0.025 288 S 0.003 0.003 0.115 0.680 0.152 0.048 289 L 0.006 0.008 0.090 0.359 0.317 0.219 290 S 0.006 0.012 0.034 0.111 0.482 0.356 291 G 0.006 0.006 0.035 0.046 0.502 0.404 292 D 0.024 0.010 0.027 0.028 0.504 0.407 293 S 0.136 0.021 0.040 0.020 0.455 0.328 294 K 0.396 0.011 0.019 0.007 0.273 0.293 295 T 0.831 0.005 0.004 0.002 0.060 0.097 296 L 0.969 0.002 0.001 0.001 0.008 0.020 297 M 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 298 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 299 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 300 Q 0.920 0.002 0.001 0.001 0.015 0.061 301 V 0.659 0.010 0.002 0.003 0.064 0.263 302 S 0.196 0.014 0.005 0.004 0.325 0.457 303 P 0.037 0.007 0.059 0.023 0.586 0.288 304 V 0.031 0.012 0.184 0.043 0.518 0.211 305 E 0.014 0.010 0.330 0.071 0.516 0.058 306 K 0.009 0.009 0.266 0.152 0.432 0.131 307 N 0.010 0.013 0.089 0.184 0.425 0.278 308 T 0.013 0.012 0.041 0.502 0.280 0.152 309 S 0.011 0.004 0.023 0.774 0.095 0.092 310 E 0.015 0.004 0.021 0.885 0.042 0.033 311 T 0.012 0.002 0.009 0.928 0.022 0.027 312 L 0.012 0.002 0.007 0.941 0.016 0.022 313 Y 0.007 0.001 0.004 0.961 0.012 0.016 314 S 0.003 0.001 0.002 0.978 0.006 0.010 315 L 0.002 0.001 0.003 0.987 0.005 0.003 316 K 0.003 0.001 0.005 0.981 0.008 0.003 317 F 0.002 0.001 0.005 0.984 0.006 0.004 318 A 0.003 0.001 0.012 0.957 0.012 0.015 319 E 0.003 0.001 0.034 0.903 0.029 0.030 320 R 0.006 0.001 0.036 0.817 0.044 0.095 321 V 0.011 0.005 0.017 0.525 0.062 0.379 322 R 0.017 0.007 0.009 0.164 0.090 0.713