# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.7579 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.108 0.167 0.046 0.003 0.049 0.069 0.360 0.008 0.004 0.006 0.009 0.008 0.013 0.002 0.019 0.016 0.008 0.028 0.018 0.030 0.013 2 K 0.011 0.057 0.237 0.079 0.003 0.022 0.076 0.365 0.007 0.002 0.005 0.007 0.008 0.014 0.004 0.014 0.011 0.004 0.019 0.007 0.012 0.036 3 M 0.012 0.085 0.294 0.033 0.003 0.013 0.167 0.210 0.012 0.004 0.008 0.016 0.008 0.015 0.003 0.016 0.008 0.016 0.013 0.019 0.029 0.017 4 A 0.032 0.120 0.386 0.082 0.004 0.014 0.190 0.053 0.009 0.003 0.010 0.007 0.006 0.013 0.006 0.013 0.010 0.005 0.009 0.005 0.010 0.011 5 N 0.064 0.184 0.318 0.104 0.018 0.017 0.163 0.009 0.008 0.004 0.004 0.009 0.004 0.014 0.004 0.013 0.002 0.005 0.016 0.009 0.017 0.013 6 H 0.017 0.258 0.150 0.397 0.030 0.027 0.025 0.010 0.005 0.002 0.008 0.004 0.004 0.008 0.003 0.008 0.003 0.010 0.021 0.002 0.005 0.003 7 P 0.007 0.077 0.277 0.529 0.014 0.018 0.033 0.005 0.003 0.002 0.001 0.006 0.003 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.005 8 R 0.008 0.397 0.041 0.391 0.025 0.029 0.054 0.020 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 9 P 0.008 0.048 0.401 0.228 0.007 0.248 0.014 0.019 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 10 G 0.019 0.081 0.048 0.089 0.013 0.076 0.276 0.320 0.003 0.005 0.006 0.014 0.005 0.008 0.006 0.006 0.002 0.001 0.003 0.004 0.012 0.003 11 D 0.005 0.029 0.058 0.017 0.002 0.514 0.031 0.308 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.002 12 I 0.001 0.037 0.026 0.016 0.001 0.021 0.111 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 13 I 0.001 0.003 0.027 0.007 0.001 0.018 0.029 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.002 0.004 0.035 0.004 0.001 0.011 0.041 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 15 E 0.002 0.007 0.046 0.004 0.001 0.020 0.035 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 16 S 0.007 0.022 0.191 0.022 0.001 0.057 0.054 0.627 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 17 L 0.010 0.041 0.186 0.057 0.001 0.064 0.048 0.572 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.002 0.003 18 D 0.009 0.013 0.114 0.021 0.003 0.039 0.062 0.725 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 19 E 0.002 0.007 0.391 0.005 0.001 0.009 0.300 0.278 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.017 0.008 0.077 0.013 0.001 0.004 0.837 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.823 0.012 0.011 0.002 0.029 0.018 0.077 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 22 V 0.003 0.068 0.141 0.145 0.001 0.157 0.006 0.062 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.399 0.001 0.002 0.002 23 S 0.003 0.263 0.037 0.261 0.007 0.048 0.024 0.337 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 24 L 0.001 0.001 0.040 0.003 0.001 0.868 0.002 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.021 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.002 0.054 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.002 0.001 0.419 0.001 0.001 0.002 0.124 0.449 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 M 0.037 0.009 0.240 0.013 0.001 0.004 0.648 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.832 0.011 0.011 0.002 0.028 0.003 0.095 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 33 I 0.002 0.283 0.048 0.327 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.317 0.001 0.003 0.001 34 A 0.004 0.239 0.038 0.623 0.031 0.030 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 35 P 0.003 0.007 0.179 0.031 0.003 0.751 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 36 S 0.002 0.011 0.042 0.013 0.001 0.035 0.201 0.682 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 T 0.005 0.038 0.024 0.029 0.001 0.098 0.074 0.715 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 38 A 0.002 0.011 0.075 0.013 0.001 0.087 0.023 0.773 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 39 S 0.001 0.002 0.029 0.002 0.001 0.007 0.053 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.008 0.042 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 41 L 0.001 0.002 0.054 0.003 0.001 0.007 0.032 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 42 L 0.012 0.022 0.332 0.014 0.001 0.007 0.058 0.508 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 0.003 0.004 0.005 0.004 43 T 0.234 0.018 0.132 0.036 0.007 0.024 0.452 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.007 0.002 0.006 0.005 44 G 0.549 0.017 0.042 0.007 0.079 0.027 0.162 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.081 0.001 0.004 0.001 45 K 0.013 0.118 0.157 0.172 0.003 0.036 0.022 0.082 0.002 0.001 0.004 0.004 0.005 0.004 0.002 0.003 0.004 0.001 0.354 0.001 0.003 0.008 46 A 0.012 0.144 0.237 0.224 0.002 0.027 0.082 0.141 0.005 0.002 0.003 0.011 0.017 0.015 0.003 0.007 0.003 0.001 0.019 0.003 0.008 0.037 47 A 0.071 0.117 0.109 0.058 0.017 0.037 0.166 0.131 0.004 0.002 0.006 0.007 0.006 0.019 0.005 0.009 0.002 0.003 0.212 0.003 0.012 0.004 48 L 0.011 0.145 0.389 0.101 0.002 0.061 0.088 0.039 0.003 0.003 0.002 0.013 0.004 0.007 0.004 0.006 0.001 0.001 0.086 0.005 0.013 0.016 49 T 0.008 0.231 0.076 0.168 0.014 0.274 0.011 0.174 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.007 0.007 0.003 0.002 50 P 0.002 0.001 0.074 0.014 0.002 0.758 0.001 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.019 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.015 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 0.013 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.004 0.020 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.002 0.001 0.049 0.002 0.001 0.010 0.012 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 S 0.003 0.001 0.074 0.002 0.001 0.005 0.040 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 58 V 0.008 0.004 0.076 0.003 0.001 0.007 0.061 0.814 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.004 0.004 59 V 0.011 0.012 0.507 0.007 0.001 0.008 0.081 0.323 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.004 0.001 0.005 0.004 0.003 0.005 0.004 0.007 0.006 60 I 0.044 0.033 0.363 0.039 0.001 0.009 0.355 0.084 0.003 0.002 0.004 0.005 0.003 0.007 0.002 0.008 0.002 0.004 0.007 0.005 0.012 0.008 61 G 0.637 0.023 0.038 0.010 0.063 0.014 0.148 0.016 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.001 0.004 0.001 0.002 0.018 0.002 0.008 0.002 62 S 0.012 0.212 0.242 0.182 0.003 0.039 0.029 0.009 0.002 0.005 0.002 0.005 0.002 0.006 0.003 0.007 0.002 0.001 0.213 0.004 0.012 0.007 63 S 0.006 0.355 0.072 0.364 0.017 0.088 0.008 0.035 0.003 0.002 0.002 0.008 0.008 0.004 0.001 0.006 0.003 0.003 0.006 0.002 0.006 0.004 64 P 0.003 0.007 0.168 0.041 0.003 0.716 0.004 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.006 0.021 0.005 0.001 0.025 0.138 0.793 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 M 0.001 0.010 0.009 0.010 0.001 0.032 0.026 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 67 W 0.002 0.007 0.028 0.008 0.001 0.022 0.023 0.884 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 68 L 0.002 0.006 0.038 0.005 0.001 0.018 0.027 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.006 0.002 0.008 0.004 69 N 0.004 0.006 0.045 0.007 0.001 0.017 0.032 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 70 L 0.007 0.009 0.076 0.010 0.001 0.063 0.027 0.786 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 71 Q 0.005 0.006 0.077 0.008 0.001 0.026 0.022 0.837 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 72 N 0.004 0.010 0.051 0.017 0.001 0.021 0.043 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 73 A 0.014 0.016 0.112 0.011 0.001 0.092 0.094 0.640 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.002 74 W 0.007 0.008 0.061 0.010 0.001 0.050 0.034 0.815 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 75 S 0.004 0.011 0.034 0.011 0.001 0.029 0.020 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 76 L 0.002 0.006 0.049 0.007 0.001 0.071 0.018 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 77 A 0.001 0.002 0.029 0.002 0.001 0.014 0.018 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.002 0.024 0.003 0.001 0.008 0.033 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.002 0.006 0.055 0.008 0.001 0.011 0.039 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 80 E 0.010 0.020 0.189 0.016 0.001 0.023 0.091 0.627 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.002 0.003 0.004 81 K 0.016 0.022 0.144 0.018 0.002 0.030 0.145 0.590 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.007 0.003 0.004 0.007 82 T 0.021 0.088 0.190 0.068 0.002 0.058 0.119 0.400 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.013 0.003 0.004 0.010 83 V 0.023 0.128 0.258 0.202 0.002 0.060 0.050 0.218 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.005 0.005 0.003 0.013 0.003 0.006 0.009 84 D 0.053 0.156 0.123 0.111 0.013 0.097 0.096 0.281 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.003 0.004 0.004 0.009 0.013 0.003 0.008 0.012 85 V 0.008 0.038 0.228 0.042 0.002 0.334 0.031 0.270 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.002 0.014 0.002 0.003 0.007 86 S 0.004 0.022 0.061 0.036 0.001 0.019 0.067 0.764 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 87 R 0.008 0.046 0.083 0.045 0.001 0.054 0.066 0.640 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.011 0.002 0.007 0.003 0.005 0.014 88 L 0.010 0.057 0.161 0.043 0.001 0.029 0.092 0.509 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.001 0.009 0.017 0.003 0.010 0.008 0.015 0.020 89 R 0.018 0.045 0.149 0.032 0.003 0.027 0.127 0.379 0.004 0.002 0.004 0.007 0.004 0.006 0.002 0.017 0.038 0.006 0.036 0.029 0.034 0.031 90 R 0.029 0.072 0.126 0.044 0.003 0.033 0.106 0.288 0.011 0.004 0.005 0.010 0.009 0.010 0.005 0.030 0.053 0.005 0.040 0.018 0.024 0.074 91 L 0.012 0.174 0.153 0.127 0.001 0.020 0.040 0.153 0.015 0.007 0.010 0.009 0.011 0.020 0.009 0.028 0.036 0.016 0.049 0.025 0.029 0.055 92 V 0.018 0.158 0.119 0.164 0.006 0.014 0.030 0.100 0.017 0.007 0.014 0.018 0.020 0.025 0.007 0.039 0.062 0.008 0.029 0.039 0.048 0.056 93 T 0.012 0.194 0.166 0.147 0.004 0.017 0.051 0.054 0.015 0.012 0.015 0.010 0.014 0.019 0.022 0.025 0.018 0.023 0.019 0.028 0.049 0.085 94 Q 0.023 0.159 0.220 0.094 0.011 0.013 0.080 0.049 0.019 0.011 0.018 0.028 0.019 0.024 0.006 0.044 0.027 0.028 0.014 0.039 0.053 0.021 95 S 0.032 0.195 0.283 0.109 0.005 0.014 0.142 0.009 0.009 0.007 0.009 0.012 0.007 0.010 0.019 0.019 0.006 0.006 0.008 0.015 0.022 0.062 96 T 0.010 0.417 0.110 0.236 0.014 0.026 0.015 0.008 0.010 0.005 0.011 0.014 0.007 0.011 0.003 0.028 0.013 0.009 0.015 0.013 0.020 0.006 97 P 0.006 0.063 0.153 0.653 0.039 0.023 0.009 0.011 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.009