# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.7579 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.034 0.038 0.057 0.063 0.087 0.157 0.136 0.148 0.131 0.103 2 K 0.126 0.143 0.117 0.208 0.149 0.101 0.080 0.036 0.023 0.012 0.006 3 M 0.047 0.055 0.082 0.120 0.099 0.099 0.147 0.105 0.103 0.089 0.055 4 A 0.052 0.048 0.045 0.095 0.112 0.136 0.187 0.118 0.092 0.069 0.047 5 N 0.109 0.114 0.115 0.182 0.122 0.099 0.095 0.059 0.053 0.033 0.017 6 H 0.039 0.038 0.039 0.087 0.103 0.126 0.187 0.131 0.107 0.087 0.056 7 P 0.109 0.075 0.050 0.092 0.080 0.089 0.125 0.114 0.111 0.085 0.069 8 R 0.060 0.106 0.039 0.133 0.121 0.124 0.150 0.102 0.076 0.051 0.038 9 P 0.063 0.131 0.044 0.098 0.097 0.098 0.110 0.110 0.112 0.080 0.057 10 G 0.091 0.055 0.020 0.111 0.138 0.148 0.165 0.099 0.087 0.050 0.034 11 D 0.355 0.133 0.080 0.187 0.104 0.056 0.039 0.022 0.014 0.007 0.003 12 I 0.004 0.013 0.011 0.050 0.059 0.072 0.177 0.156 0.174 0.156 0.126 13 I 0.002 0.005 0.009 0.009 0.013 0.026 0.085 0.143 0.244 0.257 0.207 14 Q 0.013 0.026 0.098 0.217 0.278 0.187 0.120 0.033 0.017 0.009 0.003 15 E 0.078 0.049 0.468 0.177 0.083 0.062 0.047 0.019 0.010 0.006 0.002 16 S 0.008 0.018 0.019 0.078 0.068 0.091 0.289 0.200 0.126 0.071 0.032 17 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.018 0.096 0.175 0.211 0.256 0.230 18 D 0.075 0.163 0.273 0.339 0.109 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 19 E 0.357 0.175 0.269 0.102 0.062 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 20 L 0.041 0.017 0.006 0.015 0.026 0.063 0.186 0.207 0.207 0.134 0.098 21 N 0.435 0.262 0.053 0.120 0.074 0.035 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 22 V 0.085 0.030 0.114 0.056 0.047 0.064 0.101 0.141 0.133 0.134 0.094 23 S 0.050 0.371 0.113 0.190 0.134 0.085 0.037 0.014 0.005 0.001 0.001 24 L 0.004 0.014 0.012 0.030 0.029 0.070 0.179 0.154 0.216 0.174 0.118 25 R 0.124 0.090 0.091 0.274 0.234 0.112 0.051 0.014 0.005 0.003 0.001 26 E 0.159 0.098 0.194 0.285 0.128 0.077 0.036 0.015 0.005 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.011 0.061 0.114 0.249 0.301 0.249 28 A 0.001 0.001 0.010 0.005 0.016 0.052 0.177 0.190 0.218 0.211 0.119 29 R 0.002 0.017 0.554 0.226 0.105 0.052 0.030 0.008 0.004 0.003 0.001 30 A 0.007 0.026 0.238 0.136 0.128 0.197 0.174 0.067 0.017 0.007 0.002 31 M 0.002 0.001 0.005 0.004 0.005 0.014 0.092 0.125 0.245 0.278 0.229 32 E 0.242 0.159 0.169 0.173 0.119 0.072 0.042 0.015 0.006 0.002 0.001 33 I 0.028 0.045 0.120 0.086 0.083 0.103 0.150 0.137 0.109 0.086 0.054 34 A 0.096 0.218 0.088 0.121 0.107 0.115 0.121 0.068 0.037 0.016 0.013 35 P 0.179 0.119 0.057 0.172 0.134 0.117 0.101 0.047 0.040 0.022 0.011 36 S 0.437 0.129 0.136 0.143 0.069 0.038 0.024 0.010 0.007 0.004 0.002 37 T 0.024 0.080 0.024 0.167 0.167 0.160 0.204 0.098 0.044 0.021 0.010 38 A 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.014 0.054 0.105 0.225 0.283 0.304 39 S 0.038 0.039 0.123 0.210 0.219 0.158 0.115 0.046 0.029 0.016 0.007 40 R 0.022 0.034 0.175 0.232 0.177 0.134 0.127 0.052 0.028 0.015 0.005 41 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.009 0.050 0.092 0.217 0.292 0.324 42 L 0.003 0.004 0.006 0.010 0.022 0.051 0.170 0.257 0.214 0.159 0.104 43 T 0.042 0.107 0.350 0.224 0.128 0.065 0.037 0.021 0.013 0.007 0.004 44 G 0.118 0.115 0.109 0.142 0.154 0.158 0.116 0.049 0.025 0.010 0.004 45 K 0.169 0.094 0.037 0.105 0.090 0.088 0.119 0.089 0.106 0.066 0.038 46 A 0.084 0.055 0.038 0.117 0.114 0.146 0.223 0.086 0.071 0.041 0.024 47 A 0.072 0.075 0.177 0.232 0.147 0.101 0.091 0.047 0.028 0.020 0.010 48 L 0.005 0.011 0.021 0.026 0.036 0.070 0.178 0.195 0.177 0.158 0.124 49 T 0.018 0.055 0.051 0.087 0.088 0.105 0.149 0.161 0.126 0.089 0.071 50 P 0.033 0.034 0.037 0.086 0.100 0.125 0.178 0.126 0.125 0.092 0.065 51 E 0.333 0.152 0.129 0.184 0.110 0.051 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 52 M 0.008 0.020 0.011 0.049 0.062 0.092 0.209 0.166 0.176 0.128 0.079 53 A 0.006 0.010 0.016 0.028 0.035 0.061 0.144 0.150 0.215 0.183 0.152 54 I 0.014 0.021 0.106 0.132 0.130 0.142 0.197 0.105 0.073 0.054 0.027 55 K 0.010 0.042 0.166 0.205 0.203 0.162 0.120 0.058 0.021 0.010 0.003 56 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.037 0.075 0.216 0.315 0.343 57 S 0.017 0.019 0.056 0.085 0.136 0.160 0.225 0.118 0.090 0.062 0.032 58 V 0.016 0.034 0.226 0.217 0.136 0.109 0.125 0.053 0.041 0.029 0.013 59 V 0.009 0.012 0.036 0.046 0.064 0.111 0.243 0.173 0.132 0.105 0.070 60 I 0.012 0.013 0.011 0.022 0.026 0.049 0.148 0.189 0.211 0.182 0.136 61 G 0.165 0.155 0.143 0.168 0.117 0.084 0.067 0.043 0.029 0.018 0.012 62 S 0.117 0.130 0.049 0.109 0.112 0.115 0.134 0.090 0.067 0.044 0.034 63 S 0.311 0.260 0.038 0.121 0.097 0.064 0.045 0.028 0.022 0.010 0.006 64 P 0.188 0.095 0.026 0.113 0.100 0.104 0.127 0.078 0.081 0.052 0.036 65 Q 0.247 0.154 0.085 0.203 0.145 0.083 0.045 0.019 0.012 0.005 0.002 66 M 0.006 0.011 0.018 0.043 0.047 0.072 0.181 0.156 0.178 0.165 0.122 67 W 0.004 0.012 0.030 0.051 0.062 0.088 0.178 0.165 0.158 0.141 0.111 68 L 0.005 0.009 0.060 0.052 0.061 0.091 0.171 0.152 0.171 0.144 0.084 69 N 0.016 0.034 0.141 0.171 0.173 0.163 0.154 0.073 0.040 0.023 0.011 70 L 0.005 0.007 0.019 0.027 0.028 0.049 0.147 0.149 0.221 0.207 0.142 71 Q 0.017 0.020 0.037 0.054 0.065 0.095 0.193 0.150 0.152 0.126 0.088 72 N 0.030 0.072 0.135 0.161 0.127 0.132 0.158 0.074 0.057 0.035 0.019 73 A 0.068 0.072 0.130 0.166 0.142 0.142 0.145 0.065 0.039 0.022 0.010 74 W 0.090 0.050 0.057 0.092 0.074 0.100 0.183 0.121 0.107 0.076 0.050 75 S 0.064 0.177 0.100 0.167 0.128 0.119 0.115 0.065 0.041 0.017 0.008 76 L 0.010 0.020 0.038 0.062 0.066 0.103 0.213 0.141 0.144 0.116 0.087 77 A 0.151 0.087 0.215 0.175 0.139 0.097 0.074 0.032 0.018 0.009 0.003 78 E 0.045 0.069 0.167 0.271 0.167 0.125 0.096 0.035 0.016 0.006 0.002 79 A 0.005 0.007 0.041 0.019 0.019 0.042 0.142 0.150 0.228 0.215 0.133 80 E 0.011 0.029 0.118 0.124 0.164 0.190 0.223 0.067 0.039 0.026 0.009 81 K 0.026 0.053 0.630 0.158 0.060 0.039 0.024 0.006 0.003 0.002 0.001 82 T 0.068 0.067 0.302 0.187 0.105 0.108 0.114 0.032 0.010 0.005 0.001 83 V 0.087 0.073 0.088 0.063 0.058 0.112 0.226 0.144 0.086 0.045 0.019 84 D 0.192 0.206 0.281 0.157 0.077 0.044 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 85 V 0.201 0.116 0.229 0.139 0.109 0.088 0.068 0.027 0.014 0.007 0.003 86 S 0.342 0.172 0.208 0.126 0.070 0.041 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 87 R 0.066 0.085 0.089 0.149 0.116 0.138 0.182 0.084 0.052 0.027 0.013 88 L 0.039 0.050 0.131 0.111 0.106 0.122 0.169 0.096 0.079 0.061 0.036 89 R 0.051 0.079 0.257 0.248 0.129 0.095 0.083 0.028 0.016 0.009 0.004 90 R 0.051 0.066 0.208 0.182 0.133 0.123 0.119 0.059 0.033 0.020 0.007 91 L 0.022 0.018 0.038 0.042 0.050 0.086 0.192 0.165 0.162 0.136 0.088 92 V 0.113 0.123 0.133 0.195 0.140 0.108 0.094 0.046 0.027 0.014 0.007 93 T 0.092 0.076 0.133 0.113 0.095 0.093 0.119 0.091 0.084 0.065 0.039 94 Q 0.162 0.127 0.069 0.130 0.120 0.112 0.123 0.068 0.045 0.026 0.018 95 S 0.281 0.184 0.073 0.137 0.091 0.069 0.065 0.041 0.033 0.018 0.010 96 T 0.261 0.157 0.059 0.131 0.109 0.085 0.079 0.049 0.035 0.021 0.013 97 P 0.358 0.192 0.064 0.118 0.087 0.062 0.049 0.029 0.023 0.011 0.006