# TARGET T0311 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 219 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.992 2 K 0.042 0.028 0.016 0.015 0.016 0.054 0.828 3 M 0.054 0.025 0.023 0.013 0.130 0.060 0.695 4 A 0.061 0.063 0.028 0.020 0.135 0.055 0.638 5 N 0.016 0.015 0.012 0.011 0.243 0.031 0.672 6 H 0.010 0.005 0.012 0.011 0.209 0.083 0.670 7 P 0.009 0.036 0.021 0.026 0.271 0.093 0.543 8 R 0.006 0.049 0.021 0.064 0.219 0.042 0.600 9 P 0.007 0.007 0.075 0.226 0.064 0.299 0.321 10 G 0.019 0.007 0.079 0.335 0.117 0.253 0.190 11 D 0.030 0.017 0.076 0.651 0.077 0.038 0.111 12 I 0.018 0.020 0.032 0.801 0.019 0.028 0.082 13 I 0.007 0.003 0.025 0.893 0.008 0.036 0.028 14 Q 0.003 0.001 0.033 0.918 0.004 0.030 0.011 15 E 0.003 0.001 0.022 0.929 0.005 0.032 0.008 16 S 0.002 0.001 0.020 0.900 0.011 0.054 0.012 17 L 0.006 0.004 0.025 0.851 0.029 0.060 0.025 18 D 0.007 0.002 0.085 0.755 0.023 0.083 0.045 19 E 0.010 0.001 0.134 0.477 0.059 0.267 0.052 20 L 0.003 0.001 0.066 0.096 0.027 0.787 0.019 21 N 0.009 0.010 0.019 0.016 0.076 0.776 0.094 22 V 0.064 0.026 0.003 0.008 0.168 0.017 0.714 23 S 0.102 0.062 0.001 0.017 0.051 0.005 0.762 24 L 0.001 0.001 0.011 0.970 0.005 0.007 0.005 25 R 0.001 0.001 0.005 0.986 0.002 0.005 0.002 26 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 29 R 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.012 0.001 30 A 0.001 0.001 0.004 0.932 0.002 0.061 0.001 31 M 0.001 0.001 0.006 0.288 0.016 0.686 0.004 32 E 0.001 0.001 0.004 0.014 0.065 0.864 0.053 33 I 0.002 0.015 0.003 0.003 0.269 0.014 0.694 34 A 0.008 0.007 0.003 0.002 0.038 0.003 0.939 35 P 0.001 0.001 0.516 0.322 0.026 0.102 0.031 36 S 0.002 0.003 0.229 0.590 0.061 0.082 0.031 37 T 0.004 0.004 0.063 0.817 0.030 0.026 0.057 38 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.002 0.004 0.005 39 S 0.001 0.001 0.004 0.987 0.002 0.004 0.003 40 R 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.004 0.001 41 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.005 0.001 42 L 0.001 0.001 0.005 0.954 0.003 0.033 0.002 43 T 0.001 0.001 0.006 0.595 0.010 0.380 0.007 44 G 0.002 0.001 0.007 0.265 0.109 0.514 0.103 45 K 0.009 0.014 0.018 0.045 0.266 0.113 0.536 46 A 0.023 0.010 0.032 0.028 0.377 0.132 0.398 47 A 0.022 0.024 0.018 0.013 0.221 0.123 0.579 48 L 0.013 0.047 0.004 0.015 0.248 0.015 0.659 49 T 0.009 0.009 0.001 0.039 0.098 0.003 0.841 50 P 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.004 0.001 51 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 52 M 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 55 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 56 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 57 S 0.001 0.001 0.009 0.975 0.001 0.013 0.001 58 V 0.001 0.001 0.011 0.941 0.003 0.043 0.001 59 V 0.001 0.001 0.016 0.869 0.009 0.102 0.004 60 I 0.001 0.002 0.014 0.544 0.049 0.370 0.020 61 G 0.002 0.004 0.018 0.138 0.184 0.464 0.189 62 S 0.003 0.012 0.010 0.092 0.448 0.064 0.370 63 S 0.004 0.004 0.004 0.117 0.174 0.014 0.683 64 P 0.001 0.001 0.012 0.941 0.011 0.023 0.012 65 Q 0.001 0.001 0.009 0.967 0.004 0.015 0.004 66 M 0.001 0.001 0.009 0.974 0.003 0.010 0.004 67 W 0.001 0.001 0.003 0.986 0.003 0.005 0.003 68 L 0.001 0.001 0.005 0.975 0.004 0.012 0.004 69 N 0.001 0.001 0.008 0.946 0.004 0.036 0.006 70 L 0.001 0.001 0.008 0.924 0.010 0.039 0.018 71 Q 0.001 0.001 0.015 0.905 0.010 0.052 0.017 72 N 0.001 0.001 0.006 0.898 0.012 0.071 0.012 73 A 0.001 0.001 0.003 0.918 0.014 0.034 0.030 74 W 0.001 0.001 0.002 0.935 0.017 0.015 0.030 75 S 0.001 0.001 0.002 0.937 0.012 0.022 0.026 76 L 0.001 0.001 0.001 0.963 0.012 0.013 0.010 77 A 0.001 0.001 0.001 0.975 0.004 0.012 0.007 78 E 0.001 0.001 0.001 0.962 0.006 0.020 0.009 79 A 0.001 0.001 0.002 0.953 0.009 0.022 0.013 80 E 0.001 0.001 0.005 0.938 0.011 0.033 0.011 81 K 0.001 0.001 0.006 0.890 0.014 0.076 0.012 82 T 0.001 0.001 0.006 0.800 0.016 0.138 0.038 83 V 0.001 0.002 0.011 0.640 0.045 0.167 0.133 84 D 0.004 0.003 0.038 0.525 0.068 0.149 0.213 85 V 0.007 0.005 0.082 0.642 0.062 0.097 0.106 86 S 0.010 0.004 0.079 0.656 0.056 0.101 0.094 87 R 0.017 0.006 0.071 0.697 0.036 0.088 0.085 88 L 0.029 0.005 0.098 0.648 0.037 0.108 0.075 89 R 0.040 0.003 0.080 0.568 0.049 0.189 0.070 90 R 0.055 0.011 0.060 0.502 0.079 0.149 0.143 91 L 0.091 0.015 0.026 0.286 0.158 0.058 0.367 92 V 0.083 0.011 0.018 0.121 0.118 0.052 0.596 93 T 0.077 0.030 0.045 0.155 0.132 0.096 0.465 94 Q 0.069 0.009 0.061 0.106 0.181 0.163 0.410 95 S 0.043 0.019 0.042 0.083 0.300 0.143 0.369 96 T 0.024 0.023 0.012 0.050 0.067 0.049 0.774 97 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.993