# TARGET T0311 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 219 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.163 0.139 0.083 0.052 0.247 0.029 0.024 0.054 0.050 0.097 0.062 2 K 0.114 0.256 0.115 0.017 0.285 0.009 0.016 0.053 0.038 0.059 0.037 3 M 0.120 0.281 0.160 0.012 0.243 0.005 0.010 0.041 0.034 0.053 0.040 4 A 0.072 0.341 0.184 0.030 0.190 0.010 0.015 0.048 0.036 0.040 0.032 5 N 0.031 0.311 0.293 0.029 0.129 0.020 0.046 0.063 0.043 0.025 0.010 6 H 0.040 0.367 0.340 0.013 0.130 0.004 0.009 0.023 0.026 0.034 0.013 7 P 0.126 0.275 0.092 0.010 0.261 0.014 0.054 0.077 0.029 0.026 0.036 8 R 0.008 0.348 0.521 0.053 0.041 0.010 0.003 0.004 0.002 0.006 0.004 9 P 0.015 0.030 0.009 0.027 0.038 0.072 0.205 0.429 0.161 0.009 0.005 10 G 0.007 0.002 0.005 0.007 0.003 0.003 0.004 0.053 0.103 0.753 0.060 11 D 0.027 0.451 0.183 0.013 0.162 0.004 0.018 0.075 0.022 0.032 0.012 12 I 0.069 0.143 0.032 0.007 0.079 0.007 0.012 0.550 0.068 0.014 0.018 13 I 0.007 0.015 0.009 0.010 0.008 0.016 0.036 0.573 0.268 0.051 0.007 14 Q 0.008 0.020 0.008 0.004 0.017 0.004 0.012 0.591 0.291 0.040 0.006 15 E 0.007 0.013 0.006 0.003 0.009 0.003 0.033 0.747 0.151 0.025 0.004 16 S 0.011 0.018 0.009 0.004 0.023 0.005 0.021 0.535 0.236 0.130 0.008 17 L 0.017 0.018 0.016 0.020 0.023 0.009 0.018 0.507 0.240 0.112 0.021 18 D 0.002 0.030 0.028 0.008 0.008 0.010 0.104 0.563 0.235 0.011 0.002 19 E 0.006 0.022 0.004 0.003 0.008 0.013 0.196 0.529 0.181 0.035 0.002 20 L 0.007 0.621 0.180 0.004 0.136 0.009 0.011 0.010 0.015 0.006 0.001 21 N 0.141 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.330 0.506 22 V 0.022 0.656 0.108 0.002 0.191 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.006 23 S 0.009 0.745 0.212 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.758 0.235 0.004 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.046 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.040 0.012 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.042 0.002 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.920 0.061 0.006 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.067 0.827 0.092 0.007 0.001 30 A 0.001 0.007 0.003 0.003 0.002 0.004 0.138 0.709 0.112 0.020 0.001 31 M 0.001 0.848 0.089 0.001 0.046 0.003 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 32 E 0.075 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.478 0.435 33 I 0.005 0.368 0.569 0.005 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 34 A 0.010 0.724 0.180 0.006 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 35 P 0.004 0.005 0.002 0.001 0.015 0.003 0.009 0.392 0.561 0.007 0.001 36 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.826 0.142 0.011 0.001 37 T 0.005 0.027 0.004 0.001 0.016 0.001 0.018 0.739 0.084 0.103 0.002 38 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.882 0.091 0.016 0.001 39 S 0.003 0.007 0.004 0.001 0.006 0.001 0.003 0.913 0.054 0.005 0.004 40 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.925 0.051 0.007 0.001 41 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.889 0.077 0.006 0.001 42 L 0.003 0.005 0.005 0.006 0.004 0.010 0.069 0.732 0.122 0.042 0.002 43 T 0.003 0.490 0.146 0.073 0.022 0.027 0.047 0.120 0.018 0.049 0.004 44 G 0.012 0.034 0.025 0.012 0.016 0.002 0.005 0.043 0.031 0.620 0.200 45 K 0.029 0.073 0.024 0.026 0.051 0.107 0.187 0.206 0.136 0.136 0.025 46 A 0.029 0.325 0.146 0.026 0.163 0.039 0.080 0.094 0.055 0.033 0.011 47 A 0.175 0.186 0.061 0.010 0.119 0.009 0.017 0.012 0.024 0.223 0.164 48 L 0.030 0.456 0.278 0.014 0.197 0.002 0.002 0.002 0.002 0.011 0.007 49 T 0.001 0.548 0.445 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.798 0.192 0.003 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.056 0.001 0.001 52 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.045 0.008 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.041 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.061 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.955 0.035 0.003 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.089 0.003 0.001 57 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.821 0.145 0.004 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.117 0.742 0.123 0.010 0.001 59 V 0.002 0.006 0.002 0.002 0.004 0.024 0.480 0.383 0.068 0.028 0.001 60 I 0.014 0.427 0.154 0.031 0.107 0.047 0.079 0.047 0.041 0.047 0.008 61 G 0.090 0.015 0.015 0.041 0.022 0.017 0.010 0.012 0.026 0.520 0.231 62 S 0.013 0.395 0.416 0.039 0.071 0.004 0.004 0.010 0.011 0.028 0.009 63 S 0.004 0.643 0.285 0.011 0.026 0.002 0.001 0.013 0.007 0.005 0.003 64 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.669 0.301 0.009 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.868 0.118 0.006 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.918 0.069 0.007 0.001 67 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.929 0.064 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.926 0.063 0.001 0.001 69 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.941 0.043 0.006 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.930 0.061 0.003 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.881 0.103 0.004 0.001 72 N 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.030 0.892 0.059 0.007 0.001 73 A 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.035 0.867 0.065 0.013 0.002 74 W 0.002 0.014 0.005 0.003 0.006 0.007 0.025 0.843 0.074 0.017 0.004 75 S 0.011 0.009 0.002 0.001 0.011 0.001 0.003 0.892 0.053 0.011 0.006 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.919 0.070 0.004 0.001 77 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.944 0.036 0.003 0.001 78 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.903 0.063 0.019 0.001 79 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.884 0.077 0.015 0.002 80 E 0.003 0.009 0.003 0.002 0.007 0.002 0.010 0.820 0.104 0.036 0.004 81 K 0.003 0.027 0.009 0.003 0.011 0.016 0.073 0.710 0.107 0.039 0.004 82 T 0.029 0.047 0.010 0.006 0.044 0.009 0.077 0.555 0.083 0.112 0.026 83 V 0.023 0.152 0.071 0.011 0.059 0.025 0.053 0.359 0.106 0.121 0.020 84 D 0.069 0.081 0.036 0.011 0.077 0.006 0.012 0.359 0.122 0.147 0.080 85 V 0.015 0.054 0.020 0.006 0.042 0.010 0.022 0.585 0.196 0.038 0.012 86 S 0.013 0.026 0.009 0.003 0.030 0.006 0.037 0.711 0.128 0.032 0.006 87 R 0.019 0.013 0.004 0.002 0.026 0.004 0.018 0.558 0.237 0.108 0.011 88 L 0.024 0.043 0.010 0.008 0.049 0.008 0.028 0.516 0.250 0.054 0.011 89 R 0.022 0.048 0.019 0.012 0.058 0.015 0.076 0.463 0.196 0.081 0.010 90 R 0.077 0.046 0.024 0.010 0.113 0.011 0.085 0.256 0.131 0.207 0.042 91 L 0.129 0.248 0.095 0.021 0.243 0.012 0.022 0.063 0.055 0.066 0.046 92 V 0.061 0.299 0.197 0.027 0.203 0.012 0.022 0.083 0.048 0.025 0.024 93 T 0.098 0.164 0.075 0.014 0.198 0.020 0.052 0.186 0.113 0.049 0.029 94 Q 0.067 0.116 0.061 0.037 0.138 0.044 0.093 0.166 0.123 0.112 0.042 95 S 0.119 0.074 0.050 0.044 0.152 0.036 0.052 0.086 0.089 0.209 0.088 96 T 0.038 0.227 0.227 0.070 0.128 0.017 0.017 0.072 0.074 0.103 0.027 97 P 0.077 0.213 0.127 0.028 0.168 0.021 0.037 0.119 0.079 0.089 0.044