# TARGET T0311 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 219 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.741 0.182 0.057 0.017 0.003 0.001 0.001 2 K 0.805 0.153 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 3 M 0.756 0.157 0.056 0.022 0.007 0.001 0.001 4 A 0.807 0.142 0.038 0.010 0.002 0.001 0.001 5 N 0.750 0.172 0.055 0.019 0.004 0.001 0.001 6 H 0.731 0.167 0.060 0.033 0.008 0.001 0.001 7 P 0.691 0.197 0.078 0.027 0.007 0.001 0.001 8 R 0.544 0.268 0.109 0.057 0.019 0.004 0.001 9 P 0.514 0.266 0.124 0.069 0.022 0.005 0.001 10 G 0.593 0.253 0.114 0.033 0.006 0.001 0.001 11 D 0.642 0.285 0.062 0.010 0.001 0.001 0.001 12 I 0.320 0.296 0.211 0.138 0.032 0.003 0.001 13 I 0.489 0.160 0.098 0.144 0.092 0.016 0.001 14 Q 0.423 0.382 0.149 0.041 0.004 0.001 0.001 15 E 0.497 0.382 0.097 0.021 0.003 0.001 0.001 16 S 0.107 0.184 0.222 0.274 0.173 0.039 0.001 17 L 0.111 0.110 0.230 0.359 0.160 0.029 0.001 18 D 0.604 0.324 0.058 0.011 0.002 0.001 0.001 19 E 0.680 0.241 0.057 0.017 0.004 0.001 0.001 20 L 0.223 0.291 0.276 0.170 0.036 0.004 0.001 21 N 0.512 0.329 0.110 0.037 0.010 0.001 0.001 22 V 0.214 0.185 0.205 0.241 0.127 0.026 0.001 23 S 0.154 0.320 0.265 0.180 0.068 0.012 0.001 24 L 0.059 0.158 0.223 0.261 0.212 0.079 0.007 25 R 0.247 0.346 0.224 0.128 0.044 0.010 0.001 26 E 0.148 0.379 0.283 0.139 0.041 0.009 0.001 27 F 0.016 0.035 0.088 0.252 0.405 0.194 0.010 28 A 0.027 0.087 0.207 0.327 0.250 0.093 0.007 29 R 0.250 0.484 0.183 0.062 0.016 0.005 0.001 30 A 0.077 0.201 0.294 0.286 0.115 0.026 0.002 31 M 0.020 0.041 0.088 0.250 0.348 0.230 0.023 32 E 0.179 0.340 0.247 0.132 0.072 0.027 0.004 33 I 0.090 0.165 0.232 0.278 0.176 0.055 0.005 34 A 0.124 0.298 0.251 0.206 0.092 0.027 0.001 35 P 0.085 0.272 0.345 0.211 0.072 0.013 0.001 36 S 0.369 0.409 0.158 0.050 0.012 0.002 0.001 37 T 0.034 0.140 0.254 0.309 0.211 0.048 0.004 38 A 0.013 0.019 0.034 0.132 0.361 0.393 0.047 39 S 0.032 0.193 0.345 0.299 0.110 0.019 0.001 40 R 0.117 0.358 0.303 0.162 0.049 0.011 0.001 41 L 0.028 0.042 0.066 0.169 0.352 0.314 0.030 42 L 0.019 0.034 0.100 0.296 0.372 0.167 0.012 43 T 0.188 0.445 0.254 0.087 0.020 0.005 0.001 44 G 0.283 0.302 0.217 0.141 0.047 0.010 0.001 45 K 0.111 0.215 0.238 0.210 0.153 0.064 0.009 46 A 0.137 0.257 0.235 0.217 0.121 0.030 0.003 47 A 0.119 0.243 0.219 0.216 0.138 0.055 0.009 48 L 0.026 0.047 0.081 0.183 0.287 0.293 0.084 49 T 0.029 0.092 0.130 0.189 0.251 0.220 0.089 50 P 0.020 0.071 0.116 0.210 0.310 0.207 0.065 51 E 0.042 0.146 0.195 0.286 0.190 0.106 0.035 52 M 0.005 0.013 0.025 0.072 0.158 0.400 0.327 53 A 0.002 0.006 0.010 0.032 0.108 0.416 0.427 54 I 0.007 0.036 0.098 0.245 0.309 0.258 0.047 55 K 0.002 0.013 0.057 0.222 0.366 0.285 0.053 56 L 0.001 0.003 0.004 0.014 0.087 0.451 0.441 57 S 0.002 0.011 0.049 0.170 0.316 0.355 0.097 58 V 0.013 0.143 0.280 0.302 0.175 0.075 0.011 59 V 0.010 0.037 0.108 0.287 0.345 0.186 0.028 60 I 0.007 0.023 0.051 0.128 0.292 0.416 0.082 61 G 0.063 0.189 0.241 0.250 0.176 0.071 0.011 62 S 0.084 0.177 0.198 0.258 0.186 0.077 0.020 63 S 0.192 0.321 0.220 0.144 0.079 0.035 0.008 64 P 0.093 0.186 0.209 0.245 0.185 0.068 0.014 65 Q 0.146 0.279 0.242 0.186 0.096 0.039 0.012 66 M 0.050 0.080 0.111 0.203 0.266 0.221 0.069 67 W 0.061 0.058 0.063 0.110 0.194 0.356 0.160 68 L 0.114 0.158 0.166 0.227 0.166 0.131 0.037 69 N 0.090 0.142 0.189 0.245 0.181 0.124 0.029 70 L 0.019 0.026 0.038 0.091 0.254 0.442 0.130 71 Q 0.018 0.035 0.068 0.166 0.274 0.339 0.100 72 N 0.044 0.155 0.227 0.253 0.186 0.115 0.021 73 A 0.059 0.139 0.183 0.237 0.232 0.132 0.019 74 W 0.042 0.092 0.154 0.236 0.252 0.188 0.036 75 S 0.152 0.210 0.210 0.206 0.143 0.070 0.009 76 L 0.118 0.165 0.180 0.226 0.216 0.087 0.007 77 A 0.302 0.283 0.188 0.137 0.067 0.021 0.001 78 E 0.253 0.312 0.235 0.139 0.050 0.011 0.001 79 A 0.179 0.169 0.195 0.246 0.167 0.043 0.002 80 E 0.348 0.303 0.187 0.113 0.040 0.008 0.001 81 K 0.622 0.272 0.076 0.023 0.005 0.001 0.001 82 T 0.533 0.291 0.120 0.043 0.011 0.002 0.001 83 V 0.472 0.245 0.164 0.089 0.026 0.004 0.001 84 D 0.595 0.242 0.105 0.044 0.012 0.002 0.001 85 V 0.673 0.216 0.075 0.028 0.007 0.001 0.001 86 S 0.642 0.234 0.081 0.032 0.009 0.001 0.001 87 R 0.300 0.212 0.190 0.195 0.088 0.014 0.001 88 L 0.556 0.266 0.119 0.046 0.011 0.001 0.001 89 R 0.688 0.208 0.068 0.027 0.007 0.001 0.001 90 R 0.509 0.217 0.136 0.094 0.036 0.008 0.001 91 L 0.400 0.188 0.155 0.141 0.091 0.023 0.001 92 V 0.526 0.271 0.126 0.054 0.018 0.004 0.001 93 T 0.429 0.177 0.139 0.142 0.083 0.028 0.003 94 Q 0.553 0.228 0.109 0.066 0.032 0.011 0.001 95 S 0.549 0.206 0.113 0.080 0.038 0.013 0.002 96 T 0.677 0.169 0.074 0.050 0.022 0.006 0.001 97 P 0.750 0.152 0.052 0.028 0.013 0.005 0.001