# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.9073 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.229 0.181 0.092 0.006 0.032 0.069 0.088 0.014 0.009 0.013 0.017 0.012 0.024 0.004 0.032 0.020 0.013 0.042 0.026 0.041 0.015 2 K 0.016 0.152 0.193 0.273 0.008 0.022 0.048 0.081 0.011 0.006 0.009 0.009 0.012 0.021 0.011 0.016 0.012 0.007 0.024 0.008 0.016 0.044 3 M 0.015 0.165 0.282 0.088 0.007 0.018 0.102 0.064 0.021 0.009 0.014 0.024 0.013 0.025 0.006 0.022 0.009 0.019 0.017 0.021 0.038 0.019 4 A 0.027 0.186 0.287 0.152 0.007 0.013 0.154 0.028 0.013 0.005 0.015 0.009 0.009 0.016 0.010 0.015 0.011 0.006 0.010 0.005 0.011 0.011 5 N 0.039 0.236 0.254 0.150 0.017 0.018 0.142 0.007 0.012 0.005 0.006 0.012 0.006 0.015 0.007 0.015 0.003 0.004 0.012 0.008 0.017 0.014 6 H 0.013 0.270 0.116 0.429 0.033 0.024 0.025 0.008 0.005 0.003 0.010 0.005 0.005 0.009 0.004 0.008 0.003 0.009 0.013 0.002 0.005 0.003 7 P 0.006 0.074 0.260 0.548 0.015 0.018 0.031 0.005 0.003 0.002 0.002 0.007 0.003 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 8 R 0.008 0.403 0.037 0.391 0.027 0.027 0.050 0.023 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 9 P 0.008 0.040 0.390 0.210 0.007 0.290 0.013 0.020 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 10 G 0.018 0.065 0.048 0.075 0.013 0.079 0.267 0.375 0.003 0.003 0.004 0.011 0.004 0.006 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.002 11 D 0.004 0.023 0.055 0.014 0.002 0.507 0.030 0.338 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 12 I 0.001 0.028 0.026 0.012 0.001 0.019 0.122 0.780 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 13 I 0.001 0.002 0.027 0.005 0.001 0.014 0.035 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.002 0.003 0.036 0.003 0.001 0.007 0.044 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 15 E 0.003 0.007 0.050 0.004 0.001 0.018 0.041 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 16 S 0.009 0.024 0.231 0.022 0.001 0.073 0.060 0.561 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 17 L 0.010 0.049 0.219 0.065 0.001 0.071 0.055 0.509 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 0.003 18 D 0.009 0.014 0.120 0.026 0.004 0.046 0.066 0.702 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 19 E 0.002 0.007 0.374 0.006 0.001 0.009 0.339 0.256 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.016 0.008 0.070 0.014 0.001 0.005 0.843 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.817 0.013 0.011 0.003 0.030 0.021 0.075 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 22 V 0.003 0.074 0.134 0.160 0.001 0.157 0.006 0.064 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.383 0.001 0.002 0.002 23 S 0.003 0.249 0.041 0.256 0.008 0.053 0.025 0.342 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 24 L 0.001 0.002 0.042 0.003 0.001 0.853 0.002 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.003 0.027 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.002 0.061 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.002 0.002 0.409 0.002 0.001 0.003 0.126 0.454 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 M 0.041 0.014 0.268 0.019 0.001 0.005 0.595 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 32 E 0.804 0.015 0.013 0.003 0.031 0.004 0.108 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 33 I 0.002 0.318 0.047 0.336 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.269 0.001 0.003 0.001 34 A 0.004 0.221 0.037 0.641 0.033 0.029 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 35 P 0.003 0.007 0.182 0.032 0.003 0.743 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 36 S 0.002 0.012 0.043 0.015 0.001 0.033 0.196 0.685 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 T 0.005 0.043 0.026 0.034 0.001 0.092 0.071 0.711 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 38 A 0.002 0.011 0.086 0.013 0.001 0.088 0.026 0.757 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 39 S 0.001 0.002 0.032 0.002 0.001 0.006 0.060 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.002 0.022 0.002 0.001 0.009 0.050 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 41 L 0.002 0.003 0.063 0.003 0.001 0.008 0.036 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 42 L 0.012 0.026 0.355 0.017 0.001 0.008 0.064 0.470 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 0.004 0.004 0.005 0.004 43 T 0.222 0.019 0.127 0.038 0.007 0.022 0.479 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.002 0.005 0.005 44 G 0.556 0.017 0.039 0.007 0.081 0.023 0.172 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.074 0.001 0.003 0.001 45 K 0.014 0.131 0.140 0.171 0.003 0.037 0.024 0.064 0.003 0.001 0.004 0.004 0.005 0.005 0.003 0.003 0.004 0.001 0.372 0.001 0.003 0.007 46 A 0.013 0.165 0.225 0.226 0.002 0.031 0.072 0.120 0.006 0.002 0.004 0.012 0.019 0.017 0.003 0.008 0.004 0.001 0.022 0.003 0.008 0.038 47 A 0.065 0.122 0.101 0.068 0.016 0.039 0.134 0.117 0.004 0.002 0.006 0.008 0.007 0.021 0.006 0.009 0.003 0.003 0.248 0.003 0.012 0.005 48 L 0.011 0.150 0.327 0.106 0.003 0.081 0.077 0.051 0.004 0.003 0.003 0.016 0.006 0.009 0.005 0.007 0.002 0.001 0.099 0.006 0.015 0.018 49 T 0.007 0.202 0.075 0.156 0.012 0.292 0.011 0.192 0.003 0.001 0.002 0.008 0.004 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 0.007 0.008 0.004 0.002 50 P 0.002 0.002 0.073 0.021 0.003 0.674 0.002 0.222 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.017 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.014 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.007 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.004 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.004 0.015 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.008 0.010 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 S 0.002 0.001 0.065 0.002 0.001 0.003 0.037 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.007 0.003 0.073 0.002 0.001 0.006 0.062 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 59 V 0.011 0.009 0.540 0.005 0.001 0.007 0.089 0.305 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.003 0.005 0.004 60 I 0.043 0.028 0.361 0.033 0.001 0.009 0.388 0.081 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.005 0.002 0.006 0.001 0.003 0.007 0.004 0.009 0.006 61 G 0.656 0.020 0.035 0.009 0.065 0.013 0.138 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.002 0.019 0.001 0.006 0.001 62 S 0.012 0.205 0.238 0.194 0.003 0.042 0.028 0.010 0.002 0.004 0.002 0.004 0.002 0.006 0.003 0.006 0.001 0.001 0.219 0.003 0.010 0.006 63 S 0.006 0.366 0.066 0.363 0.016 0.093 0.007 0.037 0.002 0.002 0.002 0.007 0.006 0.003 0.001 0.005 0.002 0.003 0.005 0.002 0.005 0.003 64 P 0.002 0.005 0.128 0.027 0.002 0.784 0.002 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.004 0.016 0.003 0.001 0.025 0.106 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 M 0.001 0.005 0.005 0.007 0.001 0.027 0.018 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 W 0.001 0.004 0.018 0.005 0.001 0.018 0.015 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 68 L 0.001 0.003 0.023 0.002 0.001 0.013 0.016 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.002 69 N 0.002 0.003 0.031 0.004 0.001 0.010 0.022 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 70 L 0.004 0.004 0.053 0.005 0.001 0.038 0.020 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 71 Q 0.004 0.004 0.070 0.004 0.001 0.021 0.018 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 72 N 0.003 0.006 0.049 0.009 0.001 0.014 0.044 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 73 A 0.013 0.012 0.105 0.007 0.001 0.069 0.103 0.675 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 74 W 0.007 0.008 0.071 0.010 0.001 0.047 0.033 0.811 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 75 S 0.004 0.012 0.040 0.012 0.001 0.027 0.024 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 76 L 0.002 0.006 0.062 0.007 0.001 0.095 0.019 0.802 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 77 A 0.001 0.002 0.031 0.002 0.001 0.014 0.019 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.002 0.022 0.003 0.001 0.009 0.035 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.002 0.005 0.052 0.008 0.001 0.012 0.035 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 80 E 0.008 0.019 0.185 0.014 0.001 0.020 0.088 0.643 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.003 0.003 81 K 0.015 0.019 0.151 0.016 0.002 0.025 0.153 0.585 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.007 0.003 0.004 0.007 82 T 0.023 0.078 0.221 0.061 0.002 0.051 0.143 0.365 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.005 0.007 0.013 0.003 0.004 0.011 83 V 0.025 0.136 0.279 0.188 0.003 0.051 0.057 0.194 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.002 0.006 0.006 0.004 0.015 0.003 0.005 0.010 84 D 0.054 0.172 0.161 0.133 0.014 0.080 0.116 0.186 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.004 0.005 0.004 0.012 0.015 0.003 0.008 0.014 85 V 0.013 0.075 0.298 0.098 0.004 0.181 0.056 0.200 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.002 0.006 0.005 0.004 0.020 0.003 0.006 0.011 86 S 0.014 0.077 0.131 0.096 0.004 0.037 0.121 0.463 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.001 0.004 0.006 0.004 0.007 0.003 0.003 0.014 87 R 0.015 0.099 0.174 0.088 0.001 0.107 0.092 0.340 0.003 0.001 0.002 0.004 0.004 0.004 0.002 0.008 0.013 0.002 0.011 0.004 0.009 0.017 88 L 0.016 0.078 0.184 0.068 0.003 0.034 0.125 0.375 0.004 0.002 0.003 0.006 0.004 0.006 0.002 0.011 0.015 0.005 0.017 0.010 0.016 0.018 89 R 0.024 0.067 0.127 0.060 0.004 0.040 0.131 0.326 0.006 0.002 0.005 0.009 0.007 0.008 0.004 0.022 0.032 0.004 0.040 0.022 0.027 0.035 90 R 0.023 0.126 0.126 0.073 0.002 0.040 0.089 0.201 0.012 0.006 0.007 0.011 0.011 0.015 0.008 0.029 0.042 0.007 0.040 0.021 0.033 0.081 91 L 0.011 0.171 0.125 0.122 0.003 0.021 0.034 0.169 0.019 0.007 0.012 0.014 0.013 0.021 0.005 0.034 0.029 0.014 0.059 0.041 0.045 0.032 92 V 0.013 0.129 0.163 0.190 0.004 0.018 0.039 0.137 0.017 0.006 0.011 0.011 0.018 0.025 0.012 0.028 0.031 0.005 0.018 0.020 0.028 0.078 93 T 0.012 0.149 0.228 0.082 0.004 0.015 0.096 0.086 0.017 0.010 0.017 0.019 0.016 0.022 0.010 0.025 0.018 0.020 0.013 0.045 0.064 0.034 94 Q 0.031 0.159 0.229 0.111 0.011 0.014 0.121 0.057 0.017 0.007 0.017 0.016 0.014 0.022 0.007 0.036 0.019 0.013 0.014 0.027 0.037 0.022 95 S 0.034 0.176 0.333 0.098 0.007 0.015 0.155 0.008 0.009 0.008 0.007 0.012 0.006 0.011 0.013 0.017 0.006 0.005 0.009 0.013 0.023 0.035 96 T 0.008 0.406 0.113 0.289 0.012 0.028 0.012 0.007 0.009 0.003 0.009 0.010 0.006 0.010 0.002 0.021 0.010 0.005 0.017 0.007 0.013 0.004 97 P 0.003 0.059 0.115 0.738 0.027 0.016 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006