# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.9073 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.008 0.072 0.067 0.067 0.003 0.045 0.025 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.059 0.024 0.098 0.084 0.185 0.236 0.002 2 K 0.004 0.005 0.053 0.047 0.085 0.013 0.043 0.043 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.026 0.021 0.129 0.045 0.147 0.325 0.001 3 M 0.002 0.003 0.025 0.039 0.098 0.018 0.101 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.036 0.215 0.106 0.168 0.126 0.001 4 A 0.002 0.002 0.038 0.039 0.044 0.009 0.175 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.014 0.157 0.050 0.155 0.255 0.001 5 N 0.001 0.001 0.029 0.023 0.042 0.009 0.059 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.019 0.066 0.085 0.199 0.437 0.001 6 H 0.001 0.001 0.023 0.016 0.047 0.003 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.040 0.177 0.067 0.273 0.286 0.001 7 P 0.001 0.002 0.035 0.039 0.045 0.004 0.073 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.082 0.020 0.111 0.082 0.134 0.361 0.001 8 R 0.001 0.001 0.015 0.014 0.019 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.013 0.013 0.293 0.588 0.001 9 P 0.001 0.001 0.009 0.004 0.024 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 0.787 0.038 0.021 0.061 0.001 10 G 0.001 0.003 0.006 0.006 0.021 0.026 0.504 0.269 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.026 0.042 0.026 0.020 0.022 0.001 11 D 0.009 0.008 0.079 0.046 0.019 0.007 0.057 0.429 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.009 0.039 0.019 0.112 0.032 0.073 0.046 0.001 12 I 0.007 0.008 0.006 0.010 0.131 0.004 0.036 0.470 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.010 0.011 0.073 0.120 0.038 0.036 0.023 0.001 13 I 0.008 0.011 0.025 0.026 0.013 0.005 0.103 0.555 0.004 0.001 0.002 0.003 0.005 0.010 0.057 0.010 0.117 0.015 0.019 0.011 0.001 14 Q 0.003 0.004 0.007 0.016 0.012 0.006 0.038 0.740 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.005 0.108 0.009 0.009 0.009 0.001 15 E 0.001 0.004 0.004 0.004 0.009 0.019 0.069 0.762 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.078 0.010 0.005 0.010 0.001 16 S 0.002 0.004 0.007 0.009 0.024 0.006 0.071 0.636 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.177 0.019 0.010 0.019 0.001 17 L 0.002 0.003 0.007 0.007 0.024 0.007 0.101 0.529 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 0.152 0.049 0.030 0.039 0.001 18 D 0.001 0.001 0.015 0.010 0.008 0.035 0.081 0.551 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.213 0.011 0.018 0.030 0.001 19 E 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.021 0.292 0.046 0.183 0.158 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.122 0.085 0.037 0.018 0.001 20 L 0.001 0.001 0.004 0.007 0.006 0.007 0.401 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.088 0.007 0.171 0.277 0.001 21 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.017 0.845 0.057 0.019 0.001 22 V 0.001 0.001 0.017 0.008 0.004 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.043 0.037 0.014 0.220 0.633 0.001 23 S 0.001 0.001 0.005 0.005 0.039 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.009 0.014 0.194 0.689 0.001 24 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.004 0.001 0.002 0.067 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.014 0.807 0.035 0.020 0.009 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.915 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.033 0.908 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 0.136 0.086 0.309 0.234 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.186 0.012 0.007 0.005 0.001 31 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.585 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.074 0.016 0.088 0.166 0.001 32 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.005 0.156 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.068 0.662 0.053 0.022 0.001 33 I 0.001 0.001 0.014 0.008 0.008 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.066 0.051 0.035 0.234 0.540 0.001 34 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.016 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.023 0.020 0.193 0.700 0.001 35 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.001 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.031 0.780 0.052 0.024 0.038 0.001 36 S 0.001 0.001 0.008 0.005 0.003 0.023 0.166 0.609 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.007 0.088 0.005 0.017 0.026 0.001 37 T 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.049 0.815 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.029 0.037 0.008 0.018 0.016 0.001 38 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.757 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.204 0.006 0.004 0.001 0.001 39 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.025 0.861 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.071 0.005 0.002 0.001 0.001 42 L 0.007 0.005 0.008 0.029 0.006 0.019 0.174 0.296 0.103 0.084 0.001 0.002 0.002 0.016 0.020 0.009 0.163 0.023 0.012 0.020 0.001 43 T 0.001 0.002 0.003 0.008 0.013 0.013 0.486 0.085 0.026 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.013 0.208 0.019 0.017 0.074 0.001 44 G 0.001 0.001 0.008 0.005 0.019 0.006 0.231 0.045 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.017 0.083 0.413 0.063 0.062 0.002 45 K 0.001 0.001 0.035 0.006 0.027 0.003 0.043 0.046 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.030 0.055 0.242 0.169 0.196 0.121 0.002 46 A 0.004 0.004 0.046 0.018 0.037 0.033 0.100 0.101 0.014 0.002 0.003 0.003 0.006 0.019 0.078 0.039 0.206 0.054 0.113 0.119 0.002 47 A 0.004 0.005 0.023 0.023 0.039 0.027 0.108 0.086 0.004 0.001 0.004 0.005 0.006 0.025 0.071 0.080 0.145 0.075 0.137 0.127 0.004 48 L 0.006 0.006 0.024 0.037 0.034 0.003 0.057 0.037 0.002 0.001 0.006 0.005 0.020 0.036 0.120 0.050 0.185 0.104 0.085 0.180 0.003 49 T 0.003 0.002 0.015 0.016 0.031 0.001 0.009 0.081 0.003 0.001 0.006 0.005 0.004 0.021 0.017 0.049 0.043 0.016 0.352 0.322 0.003 50 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.868 0.008 0.002 0.003 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.053 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 52 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.930 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 57 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.906 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.053 0.003 0.002 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.020 0.069 0.765 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.081 0.010 0.003 0.003 0.001 59 V 0.001 0.001 0.004 0.007 0.004 0.016 0.224 0.183 0.093 0.094 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.008 0.274 0.036 0.018 0.022 0.001 60 I 0.001 0.001 0.003 0.008 0.006 0.017 0.272 0.080 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.011 0.245 0.054 0.064 0.201 0.001 61 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.011 0.205 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.152 0.296 0.088 0.150 0.001 62 S 0.001 0.001 0.015 0.009 0.011 0.001 0.036 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.027 0.240 0.104 0.186 0.322 0.001 63 S 0.001 0.001 0.010 0.006 0.013 0.001 0.009 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.127 0.027 0.433 0.288 0.001 64 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.160 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.802 0.011 0.005 0.006 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.048 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 0.002 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.026 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 0.003 0.002 0.002 0.001 67 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 68 L 0.003 0.003 0.003 0.004 0.001 0.005 0.033 0.862 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.069 0.002 0.001 0.002 0.001 69 N 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.047 0.848 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.056 0.008 0.003 0.005 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.029 0.854 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.061 0.021 0.005 0.007 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.022 0.883 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.005 0.005 0.003 0.001 72 N 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.016 0.057 0.802 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.058 0.008 0.008 0.006 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.059 0.609 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.260 0.012 0.011 0.010 0.001 74 W 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.052 0.760 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.104 0.018 0.018 0.025 0.001 75 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.024 0.833 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.063 0.021 0.011 0.024 0.001 76 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.805 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.160 0.004 0.004 0.005 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.001 0.002 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.028 0.865 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.069 0.006 0.005 0.004 0.001 80 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.008 0.061 0.795 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.082 0.010 0.007 0.009 0.001 81 K 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.018 0.132 0.606 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.135 0.023 0.013 0.019 0.001 82 T 0.001 0.001 0.006 0.008 0.012 0.010 0.134 0.411 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.154 0.061 0.074 0.090 0.001 83 V 0.001 0.001 0.006 0.009 0.029 0.005 0.085 0.192 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.308 0.084 0.112 0.137 0.001 84 D 0.001 0.001 0.013 0.017 0.023 0.009 0.113 0.201 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.103 0.084 0.222 0.175 0.001 85 V 0.001 0.001 0.014 0.013 0.040 0.008 0.064 0.176 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.419 0.053 0.073 0.108 0.001 86 S 0.001 0.001 0.017 0.022 0.036 0.016 0.196 0.315 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.114 0.057 0.097 0.088 0.001 87 R 0.002 0.003 0.018 0.033 0.065 0.007 0.101 0.174 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.028 0.183 0.081 0.130 0.125 0.001 88 L 0.004 0.005 0.042 0.046 0.073 0.015 0.155 0.224 0.007 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.036 0.018 0.153 0.042 0.068 0.099 0.001 89 R 0.008 0.011 0.043 0.083 0.104 0.016 0.148 0.140 0.006 0.002 0.002 0.002 0.005 0.005 0.050 0.029 0.108 0.062 0.086 0.089 0.002 90 R 0.014 0.017 0.039 0.062 0.234 0.004 0.079 0.078 0.005 0.001 0.004 0.004 0.011 0.008 0.055 0.043 0.085 0.051 0.127 0.074 0.003 91 L 0.019 0.019 0.145 0.132 0.079 0.004 0.030 0.063 0.004 0.001 0.007 0.006 0.012 0.010 0.071 0.024 0.057 0.038 0.151 0.122 0.004 92 V 0.009 0.014 0.026 0.052 0.339 0.007 0.039 0.051 0.005 0.001 0.002 0.003 0.006 0.005 0.036 0.067 0.114 0.055 0.076 0.092 0.002 93 T 0.011 0.014 0.083 0.110 0.088 0.011 0.106 0.041 0.010 0.004 0.004 0.003 0.008 0.006 0.141 0.026 0.107 0.041 0.086 0.098 0.002 94 Q 0.009 0.008 0.057 0.100 0.110 0.014 0.089 0.020 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.045 0.025 0.157 0.039 0.108 0.197 0.002 95 S 0.005 0.006 0.030 0.033 0.177 0.006 0.165 0.009 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.029 0.039 0.085 0.140 0.117 0.143 0.001 96 T 0.003 0.003 0.087 0.070 0.034 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.048 0.013 0.049 0.042 0.199 0.425 0.001 97 P 0.002 0.003 0.026 0.030 0.163 0.003 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.028 0.109 0.051 0.141 0.383 0.001