# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.9073 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.098 0.013 0.006 0.024 0.054 0.056 0.102 0.011 0.002 0.068 0.567 2 K 0.061 0.003 0.001 0.024 0.038 0.053 0.087 0.004 0.001 0.052 0.675 3 M 0.024 0.002 0.001 0.031 0.018 0.034 0.083 0.001 0.001 0.032 0.775 4 A 0.007 0.001 0.001 0.030 0.034 0.045 0.122 0.002 0.001 0.024 0.734 5 N 0.022 0.001 0.001 0.019 0.024 0.017 0.129 0.001 0.001 0.025 0.761 6 H 0.005 0.001 0.001 0.024 0.022 0.025 0.181 0.004 0.001 0.032 0.707 7 P 0.046 0.014 0.001 0.031 0.006 0.008 0.137 0.002 0.001 0.057 0.698 8 R 0.228 0.234 0.005 0.021 0.007 0.008 0.086 0.014 0.001 0.083 0.313 9 P 0.025 0.650 0.002 0.005 0.002 0.002 0.035 0.005 0.001 0.010 0.264 10 G 0.060 0.831 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.021 0.001 0.002 0.066 11 D 0.093 0.787 0.001 0.003 0.002 0.003 0.011 0.005 0.001 0.017 0.077 12 I 0.039 0.220 0.051 0.006 0.007 0.008 0.050 0.008 0.023 0.389 0.200 13 I 0.110 0.657 0.010 0.003 0.003 0.004 0.034 0.025 0.003 0.037 0.113 14 Q 0.093 0.510 0.010 0.004 0.003 0.005 0.028 0.017 0.005 0.015 0.309 15 E 0.075 0.512 0.006 0.006 0.007 0.015 0.046 0.005 0.002 0.019 0.306 16 S 0.013 0.540 0.005 0.007 0.005 0.020 0.041 0.004 0.003 0.033 0.330 17 L 0.156 0.150 0.148 0.004 0.008 0.010 0.048 0.026 0.042 0.132 0.277 18 D 0.610 0.115 0.003 0.004 0.003 0.004 0.031 0.018 0.002 0.054 0.156 19 E 0.091 0.037 0.001 0.006 0.001 0.003 0.069 0.001 0.001 0.039 0.749 20 L 0.014 0.202 0.003 0.023 0.003 0.007 0.084 0.002 0.001 0.037 0.626 21 N 0.021 0.404 0.001 0.010 0.012 0.015 0.064 0.005 0.001 0.058 0.409 22 V 0.027 0.439 0.002 0.015 0.012 0.013 0.065 0.007 0.001 0.115 0.305 23 S 0.006 0.841 0.001 0.008 0.004 0.004 0.013 0.001 0.001 0.070 0.050 24 L 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 25 R 0.006 0.963 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.013 26 E 0.008 0.891 0.010 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.003 0.043 0.031 27 F 0.069 0.716 0.017 0.003 0.002 0.002 0.015 0.019 0.007 0.095 0.054 28 A 0.056 0.054 0.371 0.004 0.001 0.002 0.017 0.019 0.281 0.108 0.086 29 R 0.500 0.034 0.002 0.004 0.002 0.004 0.065 0.009 0.002 0.038 0.340 30 A 0.027 0.013 0.001 0.008 0.001 0.004 0.066 0.001 0.001 0.021 0.857 31 M 0.015 0.002 0.001 0.009 0.002 0.005 0.163 0.001 0.001 0.022 0.780 32 E 0.005 0.002 0.001 0.030 0.006 0.015 0.135 0.001 0.001 0.089 0.716 33 I 0.004 0.006 0.001 0.009 0.004 0.005 0.084 0.002 0.001 0.067 0.820 34 A 0.174 0.603 0.003 0.006 0.001 0.002 0.027 0.019 0.001 0.046 0.118 35 P 0.157 0.295 0.007 0.009 0.001 0.001 0.026 0.004 0.001 0.258 0.242 36 S 0.012 0.461 0.003 0.007 0.003 0.004 0.046 0.004 0.001 0.222 0.237 37 T 0.018 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 0.026 38 A 0.026 0.906 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.005 0.029 39 S 0.035 0.266 0.002 0.003 0.002 0.002 0.028 0.003 0.001 0.499 0.160 40 R 0.011 0.519 0.026 0.002 0.001 0.002 0.033 0.005 0.009 0.254 0.136 41 L 0.226 0.199 0.153 0.003 0.001 0.001 0.040 0.087 0.032 0.115 0.143 42 L 0.254 0.218 0.010 0.010 0.002 0.003 0.053 0.015 0.010 0.076 0.348 43 T 0.074 0.129 0.001 0.003 0.001 0.002 0.080 0.001 0.001 0.016 0.691 44 G 0.053 0.111 0.023 0.023 0.002 0.008 0.132 0.059 0.006 0.075 0.508 45 K 0.284 0.157 0.003 0.011 0.004 0.007 0.113 0.023 0.002 0.053 0.345 46 A 0.108 0.048 0.001 0.040 0.007 0.011 0.109 0.001 0.001 0.024 0.648 47 A 0.013 0.078 0.002 0.058 0.009 0.019 0.149 0.001 0.001 0.025 0.646 48 L 0.011 0.172 0.002 0.056 0.014 0.015 0.111 0.007 0.001 0.088 0.523 49 T 0.024 0.924 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.013 0.021 50 P 0.011 0.943 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 0.026 51 E 0.004 0.961 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.017 52 M 0.016 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.032 0.015 53 A 0.004 0.110 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.866 0.010 54 I 0.005 0.803 0.004 0.003 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.129 0.043 55 K 0.023 0.882 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.015 0.046 56 L 0.047 0.642 0.021 0.008 0.001 0.002 0.020 0.022 0.009 0.106 0.120 57 S 0.154 0.191 0.032 0.006 0.001 0.003 0.069 0.012 0.034 0.178 0.320 58 V 0.334 0.067 0.015 0.009 0.001 0.003 0.075 0.033 0.011 0.111 0.340 59 V 0.139 0.021 0.004 0.014 0.001 0.003 0.141 0.007 0.005 0.041 0.623 60 I 0.027 0.006 0.001 0.015 0.001 0.002 0.157 0.001 0.001 0.014 0.776 61 G 0.008 0.017 0.001 0.020 0.003 0.007 0.215 0.002 0.001 0.034 0.694 62 S 0.025 0.137 0.001 0.015 0.003 0.004 0.172 0.012 0.001 0.062 0.568 63 S 0.067 0.851 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.008 0.001 0.013 0.040 64 P 0.053 0.846 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.026 0.059 65 Q 0.020 0.269 0.005 0.009 0.005 0.008 0.033 0.003 0.001 0.542 0.106 66 M 0.026 0.754 0.002 0.006 0.006 0.006 0.020 0.005 0.001 0.110 0.065 67 W 0.042 0.801 0.008 0.007 0.004 0.007 0.015 0.012 0.001 0.025 0.078 68 L 0.046 0.460 0.004 0.021 0.014 0.020 0.036 0.004 0.001 0.196 0.198 69 N 0.024 0.651 0.006 0.007 0.005 0.013 0.034 0.006 0.003 0.090 0.160 70 L 0.136 0.510 0.042 0.008 0.005 0.007 0.039 0.034 0.011 0.079 0.129 71 Q 0.186 0.273 0.024 0.017 0.007 0.012 0.068 0.015 0.016 0.101 0.283 72 N 0.074 0.292 0.001 0.005 0.003 0.006 0.078 0.004 0.001 0.022 0.515 73 A 0.043 0.444 0.007 0.013 0.003 0.006 0.061 0.007 0.002 0.038 0.376 74 W 0.030 0.608 0.007 0.011 0.004 0.006 0.061 0.011 0.002 0.035 0.224 75 S 0.010 0.912 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.003 0.001 0.006 0.054 76 L 0.026 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.003 0.024 77 A 0.036 0.795 0.003 0.004 0.001 0.002 0.012 0.007 0.001 0.067 0.070 78 E 0.054 0.227 0.048 0.006 0.003 0.005 0.034 0.008 0.020 0.462 0.134 79 A 0.200 0.323 0.021 0.008 0.004 0.007 0.052 0.027 0.007 0.170 0.181 80 E 0.156 0.121 0.020 0.012 0.006 0.015 0.071 0.012 0.014 0.061 0.513 81 K 0.065 0.066 0.003 0.011 0.005 0.011 0.073 0.002 0.002 0.022 0.740 82 T 0.047 0.042 0.002 0.005 0.007 0.018 0.077 0.004 0.001 0.042 0.754 83 V 0.049 0.047 0.005 0.005 0.006 0.010 0.095 0.014 0.002 0.038 0.730 84 D 0.269 0.224 0.005 0.005 0.003 0.007 0.045 0.008 0.003 0.022 0.410 85 V 0.163 0.142 0.007 0.008 0.005 0.011 0.058 0.007 0.002 0.033 0.564 86 S 0.106 0.121 0.004 0.014 0.022 0.036 0.089 0.008 0.002 0.036 0.562 87 R 0.118 0.104 0.005 0.032 0.036 0.058 0.090 0.012 0.002 0.047 0.496 88 L 0.080 0.048 0.002 0.045 0.056 0.073 0.112 0.007 0.001 0.045 0.530 89 R 0.022 0.010 0.002 0.063 0.079 0.154 0.101 0.002 0.001 0.050 0.516 90 R 0.006 0.010 0.003 0.081 0.107 0.192 0.087 0.002 0.001 0.057 0.455 91 L 0.059 0.007 0.006 0.073 0.131 0.155 0.092 0.006 0.002 0.095 0.374 92 V 0.051 0.004 0.002 0.070 0.099 0.128 0.088 0.007 0.001 0.077 0.473 93 T 0.055 0.002 0.001 0.026 0.032 0.053 0.086 0.002 0.001 0.044 0.700 94 Q 0.009 0.001 0.001 0.031 0.042 0.071 0.128 0.004 0.001 0.033 0.682 95 S 0.020 0.003 0.001 0.024 0.022 0.026 0.127 0.002 0.001 0.022 0.754 96 T 0.068 0.004 0.001 0.025 0.055 0.053 0.135 0.012 0.001 0.053 0.592 97 P 0.072 0.010 0.001 0.019 0.013 0.017 0.121 0.005 0.001 0.036 0.707