# TARGET T0311 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.9073 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.318 0.101 0.081 0.088 0.062 0.059 0.071 0.057 0.069 0.054 0.041 2 K 0.196 0.220 0.090 0.167 0.116 0.080 0.068 0.028 0.018 0.010 0.005 3 M 0.172 0.115 0.077 0.121 0.105 0.103 0.107 0.069 0.064 0.042 0.024 4 A 0.195 0.137 0.060 0.127 0.099 0.087 0.107 0.064 0.059 0.037 0.028 5 N 0.326 0.169 0.085 0.144 0.104 0.069 0.051 0.022 0.017 0.009 0.005 6 H 0.097 0.066 0.027 0.093 0.097 0.110 0.160 0.111 0.112 0.078 0.048 7 P 0.131 0.066 0.024 0.071 0.076 0.085 0.141 0.127 0.124 0.089 0.066 8 R 0.221 0.220 0.062 0.140 0.109 0.087 0.081 0.038 0.025 0.012 0.006 9 P 0.075 0.161 0.048 0.154 0.133 0.111 0.121 0.075 0.065 0.039 0.020 10 G 0.209 0.098 0.040 0.116 0.138 0.127 0.119 0.060 0.051 0.027 0.016 11 D 0.298 0.194 0.130 0.202 0.088 0.042 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 12 I 0.008 0.028 0.030 0.096 0.122 0.157 0.239 0.146 0.097 0.053 0.024 13 I 0.004 0.009 0.014 0.024 0.030 0.049 0.138 0.158 0.216 0.194 0.163 14 Q 0.031 0.056 0.154 0.290 0.235 0.136 0.070 0.015 0.008 0.003 0.001 15 E 0.079 0.108 0.344 0.220 0.110 0.067 0.042 0.013 0.009 0.005 0.003 16 S 0.006 0.013 0.024 0.047 0.062 0.102 0.255 0.164 0.145 0.099 0.082 17 L 0.002 0.003 0.007 0.010 0.018 0.050 0.175 0.178 0.215 0.195 0.148 18 D 0.106 0.198 0.462 0.173 0.046 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.258 0.174 0.206 0.166 0.099 0.061 0.026 0.005 0.003 0.001 0.001 20 L 0.033 0.023 0.013 0.041 0.051 0.097 0.230 0.163 0.163 0.117 0.071 21 N 0.474 0.242 0.046 0.121 0.061 0.032 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 22 V 0.007 0.008 0.008 0.017 0.029 0.057 0.176 0.204 0.226 0.167 0.100 23 S 0.029 0.500 0.087 0.164 0.091 0.056 0.032 0.015 0.012 0.007 0.007 24 L 0.011 0.014 0.011 0.058 0.125 0.186 0.221 0.147 0.118 0.071 0.039 25 R 0.352 0.154 0.075 0.161 0.124 0.072 0.039 0.011 0.008 0.003 0.001 26 E 0.006 0.041 0.122 0.457 0.206 0.099 0.050 0.012 0.005 0.002 0.001 27 F 0.002 0.003 0.009 0.010 0.008 0.010 0.044 0.089 0.200 0.256 0.371 28 A 0.001 0.001 0.015 0.012 0.032 0.117 0.251 0.203 0.181 0.121 0.066 29 R 0.004 0.020 0.668 0.202 0.065 0.024 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 30 A 0.001 0.008 0.036 0.047 0.110 0.238 0.358 0.107 0.056 0.027 0.012 31 M 0.002 0.002 0.004 0.006 0.006 0.012 0.067 0.105 0.225 0.274 0.297 32 E 0.696 0.185 0.046 0.044 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.009 0.013 0.019 0.036 0.048 0.087 0.196 0.184 0.190 0.130 0.088 34 A 0.076 0.485 0.077 0.118 0.072 0.056 0.053 0.023 0.019 0.011 0.010 35 P 0.213 0.098 0.039 0.151 0.178 0.157 0.102 0.030 0.018 0.008 0.005 36 S 0.587 0.148 0.070 0.082 0.045 0.028 0.021 0.008 0.006 0.003 0.002 37 T 0.002 0.011 0.013 0.091 0.133 0.207 0.266 0.138 0.081 0.038 0.019 38 A 0.003 0.003 0.007 0.009 0.011 0.019 0.085 0.140 0.238 0.250 0.236 39 S 0.007 0.020 0.136 0.183 0.233 0.219 0.127 0.038 0.022 0.010 0.004 40 R 0.004 0.034 0.239 0.272 0.164 0.131 0.091 0.029 0.020 0.011 0.005 41 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.014 0.078 0.127 0.226 0.260 0.277 42 L 0.001 0.002 0.009 0.008 0.012 0.028 0.118 0.139 0.210 0.220 0.254 43 T 0.014 0.088 0.279 0.316 0.175 0.076 0.036 0.009 0.005 0.002 0.001 44 G 0.255 0.160 0.146 0.183 0.110 0.079 0.045 0.011 0.006 0.003 0.002 45 K 0.099 0.152 0.078 0.195 0.142 0.110 0.116 0.048 0.031 0.017 0.012 46 A 0.055 0.066 0.032 0.091 0.112 0.155 0.200 0.102 0.083 0.058 0.047 47 A 0.168 0.175 0.096 0.219 0.142 0.089 0.063 0.023 0.015 0.007 0.005 48 L 0.002 0.002 0.001 0.006 0.009 0.016 0.055 0.093 0.204 0.275 0.337 49 T 0.009 0.327 0.070 0.210 0.136 0.086 0.066 0.035 0.029 0.017 0.016 50 P 0.084 0.040 0.021 0.113 0.169 0.187 0.183 0.092 0.064 0.032 0.015 51 E 0.652 0.105 0.048 0.072 0.047 0.030 0.026 0.010 0.006 0.002 0.001 52 M 0.001 0.004 0.006 0.053 0.079 0.145 0.285 0.187 0.141 0.070 0.031 53 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.028 0.061 0.166 0.284 0.449 54 I 0.002 0.006 0.142 0.134 0.162 0.187 0.173 0.080 0.062 0.037 0.015 55 K 0.001 0.004 0.078 0.152 0.202 0.220 0.203 0.067 0.045 0.021 0.008 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.042 0.134 0.288 0.514 57 S 0.001 0.001 0.005 0.010 0.020 0.052 0.204 0.236 0.247 0.161 0.065 58 V 0.002 0.018 0.243 0.166 0.146 0.140 0.141 0.066 0.043 0.022 0.012 59 V 0.001 0.005 0.023 0.034 0.054 0.108 0.274 0.172 0.160 0.111 0.059 60 I 0.007 0.008 0.008 0.015 0.014 0.024 0.096 0.133 0.241 0.257 0.198 61 G 0.161 0.123 0.055 0.113 0.096 0.110 0.133 0.079 0.063 0.041 0.028 62 S 0.044 0.072 0.050 0.119 0.115 0.122 0.171 0.119 0.095 0.058 0.035 63 S 0.080 0.410 0.080 0.153 0.095 0.064 0.053 0.025 0.020 0.012 0.008 64 P 0.141 0.046 0.025 0.095 0.145 0.162 0.160 0.090 0.072 0.042 0.023 65 Q 0.521 0.164 0.061 0.103 0.062 0.037 0.030 0.010 0.007 0.003 0.001 66 M 0.003 0.016 0.017 0.093 0.114 0.164 0.242 0.153 0.110 0.058 0.030 67 W 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.020 0.075 0.128 0.241 0.259 0.256 68 L 0.010 0.014 0.125 0.109 0.125 0.179 0.229 0.093 0.064 0.036 0.016 69 N 0.003 0.024 0.266 0.330 0.204 0.099 0.050 0.013 0.007 0.003 0.001 70 L 0.001 0.001 0.009 0.009 0.011 0.026 0.121 0.156 0.243 0.231 0.193 71 Q 0.001 0.003 0.022 0.026 0.034 0.061 0.210 0.210 0.221 0.145 0.066 72 N 0.010 0.038 0.474 0.158 0.119 0.096 0.073 0.020 0.009 0.003 0.001 73 A 0.008 0.025 0.157 0.137 0.143 0.195 0.230 0.063 0.028 0.011 0.003 74 W 0.008 0.008 0.039 0.017 0.017 0.033 0.149 0.172 0.247 0.210 0.100 75 S 0.011 0.054 0.115 0.149 0.125 0.135 0.177 0.088 0.074 0.049 0.022 76 L 0.005 0.024 0.161 0.173 0.181 0.173 0.143 0.068 0.048 0.019 0.005 77 A 0.199 0.091 0.319 0.129 0.082 0.066 0.071 0.023 0.014 0.005 0.002 78 E 0.012 0.032 0.174 0.182 0.170 0.174 0.173 0.051 0.022 0.007 0.002 79 A 0.004 0.007 0.098 0.025 0.026 0.053 0.175 0.153 0.195 0.157 0.106 80 E 0.002 0.015 0.234 0.236 0.233 0.147 0.093 0.024 0.011 0.004 0.001 81 K 0.015 0.051 0.730 0.097 0.052 0.029 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 82 T 0.046 0.100 0.147 0.180 0.150 0.139 0.139 0.049 0.030 0.014 0.007 83 V 0.055 0.032 0.027 0.034 0.044 0.083 0.221 0.171 0.166 0.115 0.052 84 D 0.298 0.282 0.147 0.143 0.066 0.032 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 85 V 0.186 0.118 0.131 0.131 0.103 0.094 0.101 0.052 0.046 0.027 0.012 86 S 0.372 0.224 0.085 0.119 0.065 0.045 0.039 0.019 0.016 0.009 0.006 87 R 0.150 0.104 0.078 0.142 0.122 0.126 0.127 0.066 0.048 0.026 0.012 88 L 0.126 0.100 0.107 0.130 0.111 0.113 0.130 0.074 0.061 0.034 0.016 89 R 0.101 0.095 0.186 0.170 0.132 0.115 0.099 0.047 0.033 0.017 0.007 90 R 0.093 0.095 0.185 0.173 0.123 0.104 0.107 0.050 0.040 0.021 0.010 91 L 0.074 0.084 0.109 0.134 0.114 0.119 0.141 0.085 0.074 0.044 0.021 92 V 0.077 0.067 0.088 0.112 0.109 0.117 0.152 0.097 0.091 0.058 0.031 93 T 0.120 0.126 0.125 0.133 0.109 0.094 0.109 0.067 0.060 0.038 0.020 94 Q 0.193 0.146 0.124 0.175 0.128 0.091 0.073 0.032 0.022 0.011 0.004 95 S 0.305 0.141 0.061 0.113 0.088 0.076 0.078 0.049 0.044 0.028 0.016 96 T 0.253 0.147 0.051 0.105 0.090 0.082 0.091 0.063 0.058 0.038 0.021 97 P 0.476 0.155 0.042 0.079 0.059 0.051 0.051 0.032 0.029 0.018 0.009