# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.9073 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.030 0.063 0.041 0.071 0.086 0.012 0.596 2 K 0.083 0.032 0.050 0.051 0.079 0.133 0.014 0.558 3 M 0.036 0.020 0.033 0.020 0.037 0.056 0.007 0.791 4 A 0.072 0.038 0.047 0.037 0.060 0.136 0.014 0.596 5 N 0.115 0.022 0.028 0.018 0.022 0.086 0.026 0.683 6 H 0.084 0.014 0.065 0.024 0.025 0.055 0.010 0.723 7 P 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.985 8 R 0.040 0.007 0.041 0.027 0.062 0.273 0.005 0.545 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 10 G 0.024 0.018 0.023 0.023 0.053 0.193 0.005 0.663 11 D 0.461 0.011 0.010 0.006 0.007 0.081 0.008 0.418 12 I 0.062 0.086 0.024 0.015 0.020 0.064 0.002 0.727 13 I 0.077 0.170 0.024 0.042 0.169 0.122 0.007 0.389 14 Q 0.051 0.215 0.020 0.013 0.047 0.062 0.007 0.585 15 E 0.042 0.308 0.005 0.007 0.014 0.081 0.008 0.535 16 S 0.066 0.691 0.006 0.006 0.007 0.021 0.010 0.193 17 L 0.061 0.706 0.009 0.008 0.019 0.009 0.014 0.174 18 D 0.041 0.545 0.016 0.007 0.024 0.034 0.015 0.318 19 E 0.079 0.439 0.012 0.004 0.006 0.020 0.019 0.420 20 L 0.172 0.620 0.013 0.005 0.003 0.016 0.046 0.126 21 N 0.587 0.068 0.025 0.004 0.002 0.024 0.100 0.190 22 V 0.095 0.076 0.573 0.014 0.010 0.059 0.008 0.165 23 S 0.024 0.090 0.036 0.014 0.028 0.426 0.005 0.376 24 L 0.057 0.162 0.071 0.009 0.036 0.073 0.006 0.586 25 R 0.013 0.214 0.023 0.004 0.012 0.315 0.003 0.415 26 E 0.037 0.224 0.006 0.002 0.004 0.424 0.006 0.298 27 F 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 28 A 0.003 0.969 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.020 29 R 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 30 A 0.067 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 31 M 0.121 0.810 0.006 0.004 0.002 0.001 0.041 0.016 32 E 0.504 0.152 0.027 0.007 0.004 0.007 0.155 0.144 33 I 0.090 0.107 0.517 0.018 0.017 0.024 0.026 0.201 34 A 0.014 0.038 0.030 0.012 0.017 0.076 0.003 0.810 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 36 S 0.006 0.015 0.016 0.006 0.012 0.280 0.002 0.663 37 T 0.292 0.042 0.012 0.002 0.003 0.183 0.011 0.455 38 A 0.101 0.663 0.019 0.006 0.010 0.039 0.003 0.160 39 S 0.014 0.863 0.014 0.007 0.011 0.026 0.002 0.063 40 R 0.047 0.818 0.008 0.005 0.007 0.016 0.007 0.093 41 L 0.057 0.880 0.008 0.004 0.007 0.008 0.009 0.028 42 L 0.034 0.911 0.010 0.006 0.005 0.005 0.011 0.017 43 T 0.031 0.884 0.022 0.008 0.007 0.004 0.020 0.025 44 G 0.295 0.295 0.043 0.009 0.011 0.014 0.164 0.170 45 K 0.362 0.143 0.152 0.013 0.014 0.063 0.035 0.218 46 A 0.018 0.080 0.075 0.013 0.013 0.066 0.013 0.722 47 A 0.070 0.063 0.067 0.018 0.025 0.082 0.024 0.651 48 L 0.173 0.063 0.210 0.018 0.018 0.112 0.019 0.388 49 T 0.056 0.063 0.050 0.018 0.025 0.233 0.006 0.549 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 51 E 0.004 0.024 0.002 0.002 0.006 0.473 0.001 0.487 52 M 0.070 0.151 0.001 0.001 0.002 0.563 0.005 0.208 53 A 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 54 I 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 55 K 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 56 L 0.018 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 57 S 0.017 0.951 0.003 0.003 0.004 0.001 0.007 0.013 58 V 0.035 0.879 0.009 0.003 0.004 0.004 0.017 0.049 59 V 0.053 0.831 0.023 0.006 0.006 0.008 0.016 0.056 60 I 0.038 0.767 0.032 0.012 0.009 0.012 0.024 0.107 61 G 0.137 0.340 0.066 0.019 0.018 0.035 0.062 0.323 62 S 0.117 0.176 0.123 0.015 0.016 0.084 0.031 0.437 63 S 0.047 0.088 0.021 0.010 0.015 0.136 0.009 0.674 64 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 65 Q 0.005 0.054 0.006 0.004 0.009 0.382 0.002 0.538 66 M 0.098 0.361 0.004 0.002 0.004 0.246 0.005 0.279 67 W 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 68 L 0.005 0.977 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 69 N 0.015 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 70 L 0.029 0.949 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.011 71 Q 0.014 0.965 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 72 N 0.018 0.937 0.003 0.001 0.002 0.007 0.008 0.025 73 A 0.049 0.902 0.004 0.001 0.001 0.004 0.011 0.028 74 W 0.051 0.850 0.014 0.002 0.002 0.010 0.013 0.057 75 S 0.064 0.720 0.015 0.006 0.005 0.045 0.021 0.123 76 L 0.024 0.737 0.027 0.004 0.015 0.012 0.004 0.178 77 A 0.012 0.579 0.006 0.005 0.011 0.111 0.005 0.271 78 E 0.025 0.757 0.002 0.002 0.002 0.114 0.005 0.093 79 A 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 80 E 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 81 K 0.024 0.939 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 0.021 82 T 0.113 0.819 0.005 0.002 0.002 0.002 0.023 0.034 83 V 0.124 0.635 0.019 0.008 0.012 0.011 0.030 0.161 84 D 0.059 0.358 0.032 0.014 0.018 0.076 0.027 0.415 85 V 0.042 0.124 0.021 0.006 0.008 0.042 0.012 0.744 86 S 0.046 0.216 0.017 0.009 0.012 0.165 0.013 0.521 87 R 0.167 0.189 0.023 0.011 0.017 0.115 0.019 0.458 88 L 0.092 0.323 0.031 0.025 0.029 0.139 0.014 0.347 89 R 0.107 0.210 0.032 0.032 0.043 0.105 0.023 0.447 90 R 0.148 0.299 0.054 0.048 0.055 0.060 0.020 0.316 91 L 0.110 0.206 0.088 0.088 0.118 0.062 0.019 0.309 92 V 0.029 0.081 0.062 0.066 0.087 0.044 0.008 0.624 93 T 0.036 0.102 0.077 0.087 0.149 0.064 0.011 0.474 94 Q 0.082 0.081 0.074 0.064 0.109 0.100 0.021 0.470 95 S 0.108 0.074 0.044 0.033 0.055 0.116 0.042 0.528 96 T 0.234 0.031 0.049 0.039 0.042 0.093 0.020 0.492 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998