# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.1882 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.226 0.186 0.090 0.007 0.032 0.072 0.089 0.013 0.009 0.012 0.017 0.012 0.023 0.004 0.032 0.019 0.013 0.041 0.025 0.040 0.015 2 K 0.017 0.151 0.202 0.267 0.008 0.022 0.050 0.081 0.011 0.006 0.009 0.009 0.012 0.020 0.011 0.016 0.012 0.007 0.025 0.008 0.016 0.042 3 M 0.016 0.166 0.282 0.090 0.007 0.018 0.107 0.063 0.021 0.009 0.014 0.024 0.013 0.025 0.006 0.021 0.009 0.018 0.017 0.020 0.036 0.019 4 A 0.027 0.190 0.286 0.156 0.007 0.014 0.148 0.028 0.013 0.005 0.014 0.009 0.009 0.016 0.010 0.014 0.012 0.006 0.010 0.005 0.011 0.011 5 N 0.037 0.238 0.256 0.157 0.016 0.018 0.137 0.007 0.012 0.005 0.006 0.012 0.006 0.015 0.007 0.014 0.003 0.004 0.012 0.008 0.017 0.014 6 H 0.012 0.271 0.114 0.430 0.033 0.024 0.025 0.008 0.005 0.003 0.010 0.005 0.005 0.009 0.004 0.008 0.003 0.009 0.012 0.002 0.005 0.002 7 P 0.006 0.073 0.262 0.547 0.015 0.018 0.031 0.005 0.003 0.002 0.002 0.007 0.003 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 8 R 0.008 0.406 0.037 0.386 0.027 0.028 0.051 0.023 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 9 P 0.008 0.039 0.390 0.206 0.007 0.296 0.013 0.020 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 10 G 0.018 0.064 0.048 0.074 0.013 0.079 0.266 0.380 0.003 0.003 0.004 0.010 0.003 0.006 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.002 11 D 0.004 0.023 0.054 0.014 0.002 0.507 0.030 0.340 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 12 I 0.001 0.027 0.026 0.012 0.001 0.019 0.121 0.783 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 13 I 0.001 0.002 0.027 0.005 0.001 0.014 0.035 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.002 0.003 0.036 0.003 0.001 0.007 0.044 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.003 0.007 0.050 0.004 0.001 0.018 0.041 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 16 S 0.009 0.024 0.233 0.022 0.001 0.073 0.059 0.561 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 17 L 0.010 0.048 0.218 0.064 0.001 0.072 0.055 0.511 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 0.003 18 D 0.009 0.014 0.118 0.025 0.004 0.046 0.065 0.706 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 19 E 0.002 0.007 0.372 0.006 0.001 0.009 0.341 0.256 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.016 0.008 0.069 0.013 0.001 0.004 0.847 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.821 0.013 0.011 0.003 0.030 0.020 0.073 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 22 V 0.003 0.072 0.133 0.159 0.001 0.158 0.006 0.064 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.387 0.001 0.002 0.002 23 S 0.003 0.244 0.041 0.254 0.008 0.053 0.026 0.348 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 24 L 0.001 0.002 0.042 0.003 0.001 0.853 0.002 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.003 0.027 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.002 0.061 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.002 0.002 0.412 0.002 0.001 0.003 0.126 0.451 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 M 0.041 0.013 0.266 0.019 0.001 0.005 0.598 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 32 E 0.807 0.015 0.013 0.003 0.031 0.004 0.106 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 33 I 0.002 0.317 0.046 0.336 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.271 0.001 0.003 0.001 34 A 0.004 0.220 0.037 0.643 0.033 0.029 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 35 P 0.003 0.007 0.183 0.032 0.003 0.741 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 36 S 0.002 0.012 0.043 0.015 0.001 0.033 0.198 0.682 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 T 0.005 0.044 0.026 0.034 0.001 0.093 0.070 0.708 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 38 A 0.002 0.011 0.086 0.013 0.001 0.089 0.026 0.755 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 39 S 0.001 0.002 0.032 0.002 0.001 0.006 0.060 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.002 0.022 0.002 0.001 0.009 0.050 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 41 L 0.002 0.003 0.063 0.003 0.001 0.008 0.036 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 42 L 0.012 0.026 0.355 0.016 0.001 0.008 0.064 0.470 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 0.004 0.004 0.005 0.004 43 T 0.223 0.019 0.128 0.038 0.007 0.022 0.478 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.002 0.005 0.005 44 G 0.556 0.017 0.039 0.007 0.081 0.023 0.172 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.074 0.001 0.003 0.001 45 K 0.014 0.131 0.139 0.171 0.003 0.037 0.024 0.064 0.003 0.001 0.004 0.004 0.005 0.005 0.003 0.003 0.004 0.001 0.374 0.001 0.003 0.007 46 A 0.013 0.167 0.223 0.228 0.002 0.032 0.070 0.119 0.006 0.002 0.004 0.012 0.019 0.017 0.003 0.008 0.004 0.001 0.023 0.003 0.008 0.038 47 A 0.064 0.123 0.101 0.070 0.016 0.039 0.132 0.118 0.004 0.002 0.006 0.008 0.007 0.022 0.006 0.009 0.003 0.003 0.247 0.003 0.012 0.005 48 L 0.011 0.150 0.328 0.106 0.003 0.081 0.078 0.051 0.004 0.003 0.003 0.016 0.006 0.009 0.005 0.007 0.002 0.001 0.097 0.006 0.015 0.018 49 T 0.007 0.200 0.075 0.155 0.012 0.294 0.011 0.193 0.003 0.001 0.002 0.008 0.004 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 0.007 0.008 0.004 0.002 50 P 0.002 0.002 0.072 0.020 0.002 0.674 0.001 0.224 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.017 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.014 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 0.010 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.004 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.004 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.007 0.009 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 S 0.002 0.001 0.063 0.002 0.001 0.003 0.036 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.007 0.002 0.071 0.002 0.001 0.005 0.061 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 59 V 0.010 0.008 0.543 0.004 0.001 0.007 0.088 0.306 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.003 0.004 0.004 60 I 0.043 0.026 0.358 0.031 0.001 0.008 0.400 0.080 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.005 0.001 0.006 0.001 0.003 0.007 0.004 0.009 0.005 61 G 0.668 0.019 0.033 0.008 0.064 0.013 0.136 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.002 0.018 0.001 0.005 0.001 62 S 0.011 0.203 0.232 0.193 0.003 0.041 0.027 0.010 0.002 0.004 0.002 0.004 0.002 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 0.230 0.003 0.010 0.006 63 S 0.006 0.365 0.066 0.364 0.015 0.094 0.007 0.037 0.002 0.002 0.002 0.007 0.006 0.003 0.001 0.004 0.002 0.003 0.005 0.002 0.005 0.003 64 P 0.002 0.004 0.126 0.027 0.002 0.787 0.002 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.004 0.015 0.003 0.001 0.025 0.104 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 M 0.001 0.005 0.005 0.006 0.001 0.026 0.017 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 W 0.001 0.004 0.017 0.004 0.001 0.017 0.014 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 68 L 0.001 0.003 0.022 0.002 0.001 0.013 0.015 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.002 69 N 0.002 0.003 0.031 0.003 0.001 0.010 0.022 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 70 L 0.004 0.004 0.051 0.005 0.001 0.037 0.020 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 71 Q 0.004 0.003 0.068 0.004 0.001 0.020 0.017 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 72 N 0.003 0.005 0.048 0.009 0.001 0.014 0.043 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 A 0.012 0.011 0.102 0.007 0.001 0.067 0.102 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 74 W 0.007 0.007 0.069 0.010 0.001 0.047 0.032 0.818 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 75 S 0.004 0.011 0.038 0.011 0.001 0.026 0.023 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 76 L 0.002 0.005 0.059 0.006 0.001 0.095 0.018 0.807 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 77 A 0.001 0.002 0.028 0.002 0.001 0.013 0.018 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.002 0.020 0.002 0.001 0.008 0.032 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.001 0.004 0.046 0.007 0.001 0.011 0.031 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 80 E 0.006 0.016 0.171 0.012 0.001 0.019 0.081 0.676 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 81 K 0.013 0.016 0.134 0.013 0.001 0.023 0.144 0.630 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.002 0.003 0.006 82 T 0.021 0.067 0.219 0.053 0.002 0.053 0.141 0.395 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.011 0.003 0.004 0.009 83 V 0.024 0.122 0.280 0.177 0.002 0.051 0.060 0.223 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.005 0.006 0.003 0.014 0.002 0.005 0.008 84 D 0.059 0.153 0.152 0.116 0.013 0.077 0.122 0.230 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.003 0.005 0.005 0.008 0.015 0.003 0.008 0.014 85 V 0.012 0.075 0.273 0.086 0.003 0.204 0.053 0.222 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.002 0.006 0.005 0.004 0.020 0.003 0.006 0.010 86 S 0.011 0.058 0.125 0.080 0.003 0.033 0.110 0.523 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.005 0.007 0.003 0.007 0.003 0.004 0.012 87 R 0.015 0.088 0.139 0.071 0.001 0.089 0.102 0.409 0.003 0.001 0.002 0.004 0.004 0.004 0.003 0.007 0.012 0.002 0.011 0.004 0.008 0.019 88 L 0.013 0.086 0.188 0.068 0.002 0.038 0.101 0.380 0.004 0.002 0.003 0.006 0.005 0.006 0.002 0.012 0.017 0.005 0.016 0.010 0.016 0.019 89 R 0.022 0.066 0.144 0.061 0.004 0.036 0.120 0.333 0.006 0.003 0.005 0.009 0.006 0.008 0.004 0.020 0.030 0.005 0.033 0.023 0.029 0.031 90 R 0.023 0.107 0.132 0.072 0.003 0.041 0.101 0.235 0.012 0.005 0.006 0.011 0.010 0.014 0.008 0.026 0.039 0.006 0.034 0.017 0.028 0.070 91 L 0.012 0.171 0.146 0.120 0.003 0.024 0.043 0.181 0.018 0.007 0.011 0.012 0.012 0.020 0.006 0.028 0.026 0.015 0.044 0.032 0.037 0.033 92 V 0.013 0.139 0.165 0.187 0.004 0.017 0.042 0.142 0.016 0.005 0.011 0.012 0.017 0.024 0.009 0.028 0.033 0.006 0.019 0.022 0.029 0.060 93 T 0.012 0.164 0.238 0.100 0.004 0.016 0.092 0.079 0.016 0.010 0.014 0.016 0.015 0.020 0.011 0.022 0.016 0.018 0.014 0.032 0.050 0.041 94 Q 0.027 0.169 0.240 0.126 0.010 0.014 0.110 0.049 0.016 0.008 0.016 0.017 0.013 0.021 0.007 0.032 0.019 0.015 0.013 0.024 0.037 0.018 95 S 0.041 0.169 0.315 0.116 0.010 0.015 0.159 0.009 0.009 0.007 0.007 0.012 0.006 0.011 0.012 0.015 0.006 0.004 0.009 0.011 0.020 0.036 96 T 0.008 0.412 0.110 0.286 0.011 0.029 0.014 0.007 0.009 0.004 0.008 0.009 0.006 0.009 0.003 0.019 0.010 0.005 0.016 0.007 0.013 0.004 97 P 0.004 0.063 0.122 0.718 0.026 0.017 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006