# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.1882 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.019 0.038 0.049 0.059 0.107 0.116 0.545 2 K 0.173 0.013 0.019 0.040 0.054 0.118 0.097 0.484 3 M 0.061 0.004 0.012 0.012 0.021 0.095 0.033 0.761 4 A 0.016 0.002 0.026 0.021 0.046 0.153 0.016 0.720 5 N 0.036 0.004 0.033 0.018 0.035 0.146 0.045 0.683 6 H 0.019 0.010 0.048 0.029 0.038 0.181 0.031 0.644 7 P 0.046 0.011 0.041 0.011 0.017 0.103 0.018 0.753 8 R 0.362 0.157 0.037 0.028 0.018 0.088 0.071 0.238 9 P 0.065 0.436 0.014 0.004 0.010 0.055 0.016 0.400 10 G 0.080 0.425 0.046 0.008 0.015 0.043 0.079 0.303 11 D 0.044 0.587 0.043 0.043 0.020 0.047 0.089 0.127 12 I 0.080 0.383 0.059 0.010 0.013 0.052 0.188 0.215 13 I 0.148 0.663 0.014 0.005 0.006 0.013 0.100 0.050 14 Q 0.200 0.491 0.012 0.004 0.006 0.022 0.098 0.168 15 E 0.033 0.407 0.015 0.008 0.007 0.033 0.051 0.446 16 S 0.067 0.478 0.024 0.008 0.010 0.055 0.060 0.298 17 L 0.184 0.074 0.114 0.011 0.007 0.059 0.311 0.239 18 D 0.667 0.065 0.008 0.002 0.002 0.028 0.019 0.209 19 E 0.153 0.016 0.012 0.001 0.001 0.044 0.062 0.711 20 L 0.009 0.065 0.023 0.003 0.005 0.171 0.028 0.698 21 N 0.019 0.195 0.018 0.002 0.006 0.064 0.042 0.653 22 V 0.012 0.386 0.024 0.011 0.003 0.067 0.054 0.444 23 S 0.007 0.947 0.005 0.001 0.001 0.003 0.028 0.008 24 L 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.007 25 R 0.004 0.936 0.010 0.002 0.001 0.002 0.038 0.007 26 E 0.003 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 27 F 0.058 0.861 0.027 0.002 0.003 0.006 0.028 0.016 28 A 0.175 0.130 0.289 0.020 0.009 0.020 0.297 0.060 29 R 0.455 0.054 0.016 0.005 0.004 0.029 0.031 0.407 30 A 0.144 0.007 0.013 0.002 0.002 0.041 0.015 0.775 31 M 0.015 0.006 0.011 0.004 0.007 0.140 0.015 0.802 32 E 0.007 0.004 0.005 0.003 0.006 0.076 0.012 0.888 33 I 0.008 0.007 0.009 0.007 0.004 0.105 0.064 0.795 34 A 0.211 0.387 0.012 0.008 0.006 0.055 0.166 0.155 35 P 0.171 0.291 0.009 0.002 0.004 0.062 0.100 0.361 36 S 0.024 0.325 0.031 0.010 0.011 0.086 0.128 0.385 37 T 0.024 0.825 0.009 0.003 0.006 0.019 0.036 0.078 38 A 0.046 0.758 0.007 0.006 0.010 0.024 0.064 0.084 39 S 0.027 0.149 0.036 0.019 0.025 0.033 0.603 0.110 40 R 0.014 0.212 0.048 0.041 0.051 0.058 0.410 0.166 41 L 0.165 0.142 0.127 0.027 0.051 0.105 0.086 0.296 42 L 0.299 0.057 0.068 0.044 0.044 0.084 0.071 0.333 43 T 0.021 0.019 0.028 0.009 0.029 0.078 0.039 0.779 44 G 0.060 0.027 0.026 0.015 0.042 0.113 0.042 0.675 45 K 0.059 0.016 0.031 0.077 0.058 0.143 0.107 0.508 46 A 0.017 0.038 0.030 0.024 0.032 0.105 0.057 0.696 47 A 0.006 0.080 0.058 0.028 0.059 0.114 0.035 0.620 48 L 0.010 0.125 0.071 0.043 0.025 0.082 0.087 0.557 49 T 0.027 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 50 P 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 51 E 0.002 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 52 M 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 53 A 0.006 0.528 0.007 0.002 0.004 0.008 0.434 0.011 54 I 0.003 0.656 0.006 0.006 0.005 0.005 0.309 0.011 55 K 0.014 0.884 0.006 0.003 0.005 0.006 0.053 0.029 56 L 0.030 0.606 0.032 0.019 0.029 0.026 0.188 0.070 57 S 0.068 0.215 0.055 0.049 0.062 0.054 0.317 0.181 58 V 0.383 0.042 0.025 0.025 0.025 0.078 0.074 0.348 59 V 0.080 0.015 0.028 0.023 0.026 0.126 0.089 0.612 60 I 0.020 0.014 0.014 0.006 0.014 0.162 0.033 0.736 61 G 0.007 0.023 0.019 0.009 0.017 0.167 0.020 0.737 62 S 0.026 0.170 0.012 0.011 0.007 0.094 0.031 0.649 63 S 0.070 0.892 0.002 0.001 0.001 0.005 0.014 0.016 64 P 0.030 0.915 0.002 0.001 0.001 0.007 0.014 0.031 65 Q 0.017 0.602 0.022 0.004 0.005 0.015 0.258 0.076 66 M 0.008 0.904 0.003 0.003 0.003 0.006 0.056 0.016 67 W 0.021 0.902 0.007 0.001 0.003 0.009 0.031 0.026 68 L 0.014 0.612 0.014 0.009 0.009 0.017 0.263 0.062 69 N 0.010 0.774 0.008 0.003 0.004 0.009 0.153 0.040 70 L 0.040 0.824 0.006 0.003 0.004 0.012 0.069 0.043 71 Q 0.073 0.548 0.025 0.015 0.012 0.031 0.198 0.098 72 N 0.041 0.709 0.006 0.003 0.004 0.024 0.056 0.158 73 A 0.021 0.761 0.009 0.002 0.003 0.025 0.023 0.157 74 W 0.022 0.714 0.029 0.009 0.006 0.030 0.048 0.143 75 S 0.033 0.895 0.003 0.001 0.001 0.009 0.018 0.041 76 L 0.041 0.886 0.009 0.001 0.001 0.006 0.024 0.033 77 A 0.022 0.863 0.009 0.003 0.003 0.012 0.025 0.062 78 E 0.044 0.210 0.030 0.006 0.007 0.028 0.516 0.159 79 A 0.065 0.459 0.016 0.008 0.007 0.046 0.258 0.142 80 E 0.153 0.366 0.024 0.009 0.014 0.040 0.098 0.296 81 K 0.070 0.178 0.006 0.005 0.008 0.070 0.033 0.631 82 T 0.043 0.107 0.015 0.009 0.011 0.092 0.149 0.573 83 V 0.046 0.196 0.010 0.008 0.007 0.111 0.096 0.525 84 D 0.148 0.476 0.010 0.004 0.005 0.046 0.072 0.238 85 V 0.096 0.397 0.012 0.006 0.006 0.062 0.049 0.372 86 S 0.066 0.437 0.022 0.008 0.012 0.055 0.069 0.331 87 R 0.109 0.441 0.023 0.009 0.012 0.049 0.076 0.280 88 L 0.141 0.270 0.026 0.015 0.020 0.077 0.083 0.368 89 R 0.051 0.108 0.035 0.026 0.035 0.086 0.190 0.470 90 R 0.038 0.082 0.031 0.024 0.046 0.110 0.128 0.543 91 L 0.082 0.030 0.061 0.060 0.075 0.103 0.142 0.447 92 V 0.059 0.011 0.031 0.056 0.067 0.116 0.109 0.551 93 T 0.083 0.008 0.019 0.019 0.033 0.096 0.060 0.682 94 Q 0.035 0.003 0.014 0.023 0.036 0.141 0.027 0.719 95 S 0.027 0.003 0.009 0.009 0.016 0.101 0.026 0.810 96 T 0.081 0.010 0.014 0.021 0.026 0.152 0.052 0.645 97 P 0.044 0.008 0.017 0.015 0.025 0.115 0.035 0.740