# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.1882 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.030 0.063 0.041 0.071 0.086 0.012 0.599 2 K 0.085 0.032 0.051 0.053 0.080 0.135 0.014 0.549 3 M 0.036 0.020 0.033 0.020 0.036 0.056 0.007 0.793 4 A 0.072 0.038 0.047 0.037 0.060 0.135 0.014 0.596 5 N 0.113 0.021 0.028 0.018 0.022 0.086 0.026 0.687 6 H 0.083 0.013 0.065 0.023 0.025 0.055 0.010 0.725 7 P 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.984 8 R 0.040 0.007 0.041 0.027 0.061 0.274 0.005 0.545 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 10 G 0.024 0.018 0.022 0.022 0.053 0.194 0.005 0.662 11 D 0.462 0.011 0.010 0.006 0.007 0.081 0.008 0.416 12 I 0.062 0.088 0.024 0.015 0.020 0.064 0.002 0.724 13 I 0.077 0.171 0.024 0.042 0.168 0.122 0.008 0.389 14 Q 0.051 0.215 0.020 0.013 0.047 0.062 0.007 0.586 15 E 0.042 0.308 0.005 0.006 0.014 0.081 0.008 0.537 16 S 0.066 0.692 0.006 0.006 0.007 0.020 0.010 0.193 17 L 0.061 0.708 0.009 0.008 0.019 0.009 0.014 0.174 18 D 0.041 0.546 0.015 0.007 0.024 0.034 0.015 0.318 19 E 0.078 0.441 0.012 0.004 0.006 0.020 0.019 0.419 20 L 0.171 0.622 0.012 0.005 0.003 0.016 0.046 0.126 21 N 0.590 0.067 0.024 0.004 0.002 0.023 0.100 0.188 22 V 0.094 0.075 0.579 0.014 0.010 0.058 0.008 0.162 23 S 0.024 0.090 0.036 0.014 0.028 0.427 0.005 0.376 24 L 0.056 0.163 0.071 0.009 0.036 0.072 0.006 0.586 25 R 0.013 0.214 0.024 0.004 0.012 0.317 0.003 0.413 26 E 0.037 0.224 0.006 0.002 0.004 0.427 0.006 0.296 27 F 0.011 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 28 A 0.003 0.969 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.021 29 R 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 30 A 0.067 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 31 M 0.121 0.810 0.006 0.004 0.002 0.001 0.042 0.016 32 E 0.504 0.152 0.027 0.007 0.004 0.007 0.155 0.144 33 I 0.089 0.107 0.518 0.018 0.017 0.024 0.026 0.202 34 A 0.014 0.038 0.030 0.012 0.017 0.076 0.003 0.809 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 36 S 0.006 0.015 0.016 0.006 0.012 0.282 0.002 0.661 37 T 0.293 0.042 0.012 0.002 0.003 0.183 0.011 0.454 38 A 0.100 0.665 0.019 0.006 0.010 0.038 0.003 0.159 39 S 0.014 0.863 0.014 0.007 0.011 0.026 0.002 0.063 40 R 0.047 0.818 0.008 0.005 0.007 0.016 0.007 0.092 41 L 0.056 0.881 0.008 0.004 0.007 0.008 0.009 0.028 42 L 0.034 0.912 0.010 0.006 0.005 0.005 0.011 0.017 43 T 0.031 0.885 0.022 0.008 0.007 0.004 0.020 0.024 44 G 0.295 0.296 0.043 0.009 0.011 0.014 0.165 0.168 45 K 0.363 0.142 0.153 0.013 0.014 0.062 0.035 0.217 46 A 0.018 0.079 0.075 0.013 0.013 0.065 0.013 0.723 47 A 0.069 0.062 0.067 0.018 0.025 0.082 0.024 0.653 48 L 0.171 0.062 0.211 0.018 0.018 0.112 0.019 0.389 49 T 0.055 0.063 0.050 0.018 0.025 0.234 0.005 0.549 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 51 E 0.004 0.024 0.002 0.002 0.006 0.474 0.001 0.487 52 M 0.069 0.148 0.001 0.001 0.002 0.571 0.005 0.204 53 A 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 54 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 55 K 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 56 L 0.018 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 57 S 0.017 0.952 0.003 0.003 0.004 0.001 0.007 0.013 58 V 0.034 0.883 0.008 0.003 0.004 0.004 0.017 0.048 59 V 0.052 0.836 0.022 0.006 0.006 0.008 0.016 0.054 60 I 0.038 0.772 0.031 0.011 0.009 0.012 0.023 0.104 61 G 0.139 0.344 0.065 0.019 0.017 0.035 0.063 0.319 62 S 0.118 0.180 0.124 0.015 0.015 0.083 0.031 0.434 63 S 0.047 0.090 0.021 0.010 0.015 0.135 0.009 0.673 64 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 65 Q 0.005 0.055 0.006 0.004 0.008 0.381 0.002 0.539 66 M 0.096 0.367 0.004 0.002 0.004 0.242 0.005 0.279 67 W 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 68 L 0.004 0.978 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 69 N 0.014 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 70 L 0.028 0.950 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.010 71 Q 0.013 0.966 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 72 N 0.017 0.939 0.003 0.001 0.001 0.007 0.008 0.024 73 A 0.048 0.904 0.004 0.001 0.001 0.003 0.011 0.027 74 W 0.050 0.854 0.014 0.002 0.002 0.010 0.012 0.056 75 S 0.061 0.727 0.015 0.006 0.005 0.044 0.021 0.120 76 L 0.023 0.752 0.026 0.004 0.014 0.011 0.004 0.166 77 A 0.012 0.577 0.006 0.004 0.011 0.111 0.005 0.274 78 E 0.025 0.751 0.002 0.002 0.002 0.117 0.004 0.096 79 A 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 80 E 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 81 K 0.025 0.937 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.021 82 T 0.114 0.821 0.005 0.002 0.002 0.002 0.023 0.032 83 V 0.116 0.661 0.017 0.007 0.010 0.010 0.029 0.150 84 D 0.057 0.383 0.029 0.013 0.016 0.067 0.026 0.408 85 V 0.037 0.130 0.023 0.006 0.008 0.036 0.010 0.750 86 S 0.040 0.247 0.019 0.010 0.012 0.190 0.012 0.470 87 R 0.154 0.235 0.021 0.011 0.015 0.126 0.019 0.419 88 L 0.097 0.469 0.028 0.021 0.026 0.089 0.012 0.259 89 R 0.099 0.329 0.036 0.038 0.047 0.092 0.023 0.336 90 R 0.118 0.326 0.046 0.042 0.049 0.052 0.021 0.347 91 L 0.128 0.247 0.075 0.077 0.109 0.054 0.022 0.289 92 V 0.047 0.120 0.065 0.074 0.092 0.053 0.012 0.538 93 T 0.036 0.113 0.067 0.072 0.117 0.061 0.012 0.522 94 Q 0.084 0.086 0.073 0.057 0.103 0.098 0.021 0.477 95 S 0.103 0.072 0.036 0.028 0.044 0.118 0.043 0.557 96 T 0.242 0.029 0.043 0.031 0.033 0.086 0.022 0.515 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998