# TARGET T0311 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.1882 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.148 0.215 0.074 0.009 0.267 0.007 0.014 0.075 0.056 0.083 0.052 2 K 0.101 0.283 0.102 0.008 0.297 0.011 0.025 0.085 0.033 0.029 0.025 3 M 0.138 0.175 0.067 0.009 0.239 0.010 0.028 0.135 0.080 0.075 0.043 4 A 0.041 0.180 0.209 0.079 0.112 0.050 0.071 0.131 0.056 0.051 0.020 5 N 0.054 0.236 0.214 0.067 0.150 0.022 0.040 0.072 0.037 0.073 0.034 6 H 0.038 0.430 0.279 0.011 0.154 0.005 0.009 0.029 0.014 0.016 0.014 7 P 0.032 0.462 0.275 0.008 0.150 0.005 0.010 0.018 0.010 0.015 0.015 8 R 0.013 0.331 0.525 0.015 0.068 0.007 0.010 0.019 0.005 0.003 0.004 9 P 0.011 0.079 0.042 0.019 0.026 0.052 0.180 0.463 0.099 0.017 0.012 10 G 0.009 0.032 0.030 0.037 0.018 0.021 0.010 0.161 0.170 0.457 0.055 11 D 0.028 0.169 0.039 0.003 0.150 0.003 0.020 0.440 0.094 0.036 0.017 12 I 0.056 0.105 0.029 0.001 0.074 0.001 0.006 0.605 0.078 0.028 0.015 13 I 0.013 0.014 0.005 0.003 0.015 0.003 0.007 0.654 0.210 0.064 0.012 14 Q 0.005 0.013 0.003 0.003 0.011 0.007 0.023 0.739 0.187 0.005 0.003 15 E 0.005 0.006 0.005 0.007 0.005 0.011 0.086 0.762 0.085 0.023 0.006 16 S 0.003 0.011 0.008 0.007 0.005 0.015 0.079 0.618 0.112 0.139 0.003 17 L 0.073 0.085 0.028 0.003 0.098 0.004 0.007 0.493 0.114 0.063 0.032 18 D 0.003 0.025 0.033 0.009 0.004 0.012 0.057 0.653 0.193 0.008 0.003 19 E 0.005 0.010 0.007 0.002 0.007 0.003 0.063 0.728 0.141 0.029 0.005 20 L 0.002 0.767 0.140 0.003 0.056 0.002 0.006 0.011 0.005 0.005 0.002 21 N 0.106 0.004 0.003 0.001 0.016 0.002 0.002 0.010 0.007 0.298 0.550 22 V 0.034 0.564 0.121 0.003 0.244 0.002 0.002 0.009 0.002 0.008 0.010 23 S 0.016 0.717 0.179 0.001 0.076 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.840 0.156 0.003 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.002 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.044 0.006 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.875 0.108 0.006 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.828 0.109 0.019 0.001 31 M 0.002 0.782 0.118 0.002 0.075 0.001 0.003 0.009 0.004 0.004 0.001 32 E 0.087 0.003 0.002 0.002 0.009 0.003 0.008 0.015 0.019 0.428 0.424 33 I 0.018 0.543 0.274 0.007 0.118 0.002 0.006 0.013 0.005 0.008 0.006 34 A 0.008 0.699 0.199 0.002 0.077 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.002 35 P 0.010 0.026 0.006 0.001 0.020 0.002 0.006 0.479 0.425 0.019 0.006 36 S 0.002 0.018 0.011 0.002 0.009 0.007 0.016 0.841 0.080 0.011 0.003 37 T 0.002 0.013 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.801 0.073 0.100 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.096 0.011 0.001 39 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.055 0.002 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.952 0.034 0.006 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.921 0.055 0.007 0.001 42 L 0.003 0.003 0.003 0.003 0.002 0.008 0.063 0.805 0.073 0.034 0.003 43 T 0.003 0.479 0.147 0.056 0.028 0.029 0.058 0.108 0.026 0.061 0.004 44 G 0.023 0.062 0.064 0.054 0.026 0.018 0.012 0.040 0.043 0.522 0.135 45 K 0.086 0.064 0.024 0.024 0.096 0.023 0.045 0.136 0.164 0.264 0.073 46 A 0.041 0.347 0.116 0.024 0.204 0.015 0.035 0.113 0.062 0.027 0.015 47 A 0.110 0.212 0.098 0.012 0.152 0.020 0.034 0.087 0.051 0.142 0.081 48 L 0.095 0.402 0.116 0.009 0.215 0.003 0.008 0.053 0.024 0.041 0.034 49 T 0.004 0.561 0.345 0.005 0.020 0.001 0.001 0.052 0.006 0.005 0.001 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.887 0.111 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 52 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.060 0.008 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.014 0.003 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.902 0.090 0.005 0.001 57 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.803 0.174 0.003 0.001 58 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.074 0.805 0.102 0.009 0.001 59 V 0.006 0.008 0.007 0.006 0.010 0.034 0.339 0.485 0.064 0.038 0.004 60 I 0.041 0.451 0.117 0.024 0.166 0.015 0.035 0.032 0.020 0.069 0.031 61 G 0.042 0.030 0.048 0.064 0.023 0.063 0.019 0.031 0.034 0.481 0.165 62 S 0.059 0.325 0.185 0.025 0.201 0.009 0.022 0.038 0.023 0.071 0.041 63 S 0.024 0.559 0.221 0.004 0.133 0.001 0.001 0.034 0.009 0.008 0.007 64 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.754 0.231 0.004 0.001 65 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.937 0.048 0.005 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.039 0.019 0.001 67 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.028 0.005 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.046 0.002 0.001 69 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.953 0.030 0.005 0.001 70 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.914 0.066 0.010 0.001 71 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.871 0.094 0.010 0.001 72 N 0.001 0.008 0.004 0.002 0.002 0.003 0.019 0.812 0.131 0.016 0.001 73 A 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.004 0.037 0.857 0.062 0.024 0.003 74 W 0.018 0.250 0.051 0.008 0.081 0.010 0.017 0.405 0.070 0.074 0.015 75 S 0.135 0.090 0.027 0.003 0.091 0.002 0.007 0.455 0.047 0.080 0.063 76 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.839 0.140 0.014 0.001 77 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.051 0.002 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.041 0.009 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.924 0.059 0.008 0.001 80 E 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.859 0.106 0.016 0.001 81 K 0.003 0.010 0.005 0.002 0.006 0.005 0.046 0.761 0.125 0.035 0.003 82 T 0.013 0.040 0.012 0.003 0.035 0.007 0.075 0.601 0.093 0.110 0.011 83 V 0.062 0.300 0.085 0.010 0.149 0.011 0.028 0.175 0.062 0.086 0.032 84 D 0.237 0.096 0.043 0.011 0.209 0.007 0.016 0.143 0.044 0.090 0.103 85 V 0.036 0.073 0.017 0.003 0.072 0.003 0.009 0.469 0.228 0.074 0.015 86 S 0.018 0.045 0.016 0.004 0.044 0.010 0.038 0.662 0.122 0.033 0.008 87 R 0.035 0.043 0.012 0.004 0.062 0.004 0.020 0.625 0.121 0.063 0.010 88 L 0.038 0.073 0.030 0.007 0.081 0.011 0.024 0.562 0.101 0.058 0.015 89 R 0.048 0.079 0.027 0.010 0.094 0.011 0.027 0.508 0.100 0.074 0.022 90 R 0.103 0.128 0.037 0.005 0.198 0.008 0.032 0.298 0.077 0.081 0.034 91 L 0.072 0.304 0.096 0.005 0.251 0.005 0.018 0.175 0.038 0.023 0.013 92 V 0.140 0.202 0.057 0.006 0.291 0.007 0.027 0.184 0.036 0.024 0.027 93 T 0.103 0.168 0.057 0.015 0.201 0.018 0.049 0.188 0.086 0.077 0.036 94 Q 0.052 0.277 0.137 0.017 0.198 0.018 0.044 0.157 0.055 0.030 0.015 95 S 0.099 0.205 0.116 0.020 0.191 0.016 0.051 0.103 0.059 0.092 0.049 96 T 0.047 0.381 0.273 0.020 0.166 0.007 0.016 0.042 0.018 0.014 0.015 97 P 0.046 0.330 0.129 0.016 0.143 0.020 0.042 0.135 0.078 0.039 0.022