# TARGET T0311 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.1882 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.563 0.259 0.116 0.048 0.013 0.002 0.001 2 K 0.686 0.227 0.063 0.019 0.004 0.001 0.001 3 M 0.447 0.287 0.166 0.079 0.019 0.003 0.001 4 A 0.284 0.265 0.211 0.156 0.067 0.015 0.001 5 N 0.285 0.292 0.214 0.137 0.056 0.015 0.001 6 H 0.124 0.180 0.232 0.247 0.163 0.050 0.004 7 P 0.207 0.207 0.205 0.194 0.125 0.055 0.007 8 R 0.133 0.192 0.224 0.223 0.153 0.065 0.010 9 P 0.185 0.226 0.206 0.183 0.123 0.064 0.013 10 G 0.159 0.243 0.225 0.195 0.119 0.051 0.009 11 D 0.172 0.322 0.247 0.156 0.072 0.026 0.004 12 I 0.024 0.089 0.204 0.328 0.259 0.089 0.007 13 I 0.015 0.035 0.098 0.268 0.386 0.186 0.012 14 Q 0.224 0.449 0.246 0.067 0.012 0.002 0.001 15 E 0.441 0.412 0.114 0.027 0.004 0.001 0.001 16 S 0.046 0.130 0.240 0.356 0.189 0.038 0.001 17 L 0.040 0.078 0.203 0.383 0.263 0.033 0.001 18 D 0.592 0.324 0.072 0.011 0.001 0.001 0.001 19 E 0.561 0.316 0.096 0.023 0.003 0.001 0.001 20 L 0.131 0.198 0.295 0.250 0.107 0.019 0.001 21 N 0.492 0.343 0.116 0.037 0.010 0.002 0.001 22 V 0.214 0.167 0.203 0.223 0.154 0.037 0.002 23 S 0.151 0.276 0.246 0.181 0.104 0.039 0.003 24 L 0.130 0.150 0.166 0.266 0.211 0.073 0.005 25 R 0.316 0.380 0.206 0.076 0.018 0.003 0.001 26 E 0.199 0.321 0.282 0.155 0.038 0.005 0.001 27 F 0.068 0.042 0.067 0.223 0.350 0.234 0.015 28 A 0.124 0.145 0.206 0.291 0.191 0.042 0.001 29 R 0.359 0.446 0.146 0.040 0.007 0.001 0.001 30 A 0.212 0.235 0.245 0.207 0.079 0.021 0.001 31 M 0.148 0.122 0.171 0.221 0.231 0.099 0.008 32 E 0.522 0.305 0.107 0.042 0.016 0.006 0.001 33 I 0.298 0.235 0.210 0.162 0.072 0.020 0.002 34 A 0.247 0.220 0.204 0.167 0.116 0.043 0.004 35 P 0.354 0.297 0.186 0.117 0.038 0.007 0.001 36 S 0.571 0.300 0.088 0.028 0.010 0.003 0.001 37 T 0.228 0.202 0.229 0.222 0.100 0.019 0.001 38 A 0.167 0.094 0.104 0.252 0.247 0.126 0.009 39 S 0.286 0.349 0.216 0.112 0.031 0.006 0.001 40 R 0.245 0.352 0.244 0.122 0.032 0.006 0.001 41 L 0.121 0.084 0.110 0.234 0.280 0.160 0.011 42 L 0.134 0.129 0.187 0.256 0.214 0.074 0.006 43 T 0.474 0.345 0.128 0.040 0.010 0.002 0.001 44 G 0.336 0.276 0.221 0.125 0.036 0.006 0.001 45 K 0.250 0.227 0.204 0.170 0.110 0.036 0.003 46 A 0.224 0.218 0.202 0.185 0.119 0.048 0.005 47 A 0.242 0.243 0.193 0.163 0.105 0.047 0.007 48 L 0.084 0.081 0.119 0.215 0.244 0.205 0.052 49 T 0.120 0.133 0.131 0.200 0.175 0.176 0.065 50 P 0.104 0.163 0.181 0.190 0.167 0.139 0.056 51 E 0.210 0.240 0.197 0.159 0.106 0.063 0.027 52 M 0.069 0.087 0.113 0.163 0.217 0.249 0.102 53 A 0.067 0.082 0.087 0.159 0.237 0.270 0.097 54 I 0.058 0.130 0.193 0.263 0.204 0.121 0.031 55 K 0.044 0.094 0.177 0.280 0.249 0.128 0.028 56 L 0.023 0.020 0.027 0.073 0.192 0.425 0.240 57 S 0.052 0.114 0.164 0.248 0.227 0.151 0.044 58 V 0.098 0.208 0.224 0.206 0.145 0.091 0.028 59 V 0.066 0.098 0.123 0.197 0.235 0.214 0.068 60 I 0.070 0.080 0.112 0.189 0.232 0.231 0.086 61 G 0.185 0.205 0.157 0.156 0.133 0.116 0.048 62 S 0.153 0.157 0.178 0.202 0.167 0.105 0.039 63 S 0.188 0.220 0.184 0.159 0.119 0.087 0.043 64 P 0.145 0.150 0.149 0.189 0.179 0.134 0.053 65 Q 0.126 0.202 0.207 0.189 0.143 0.094 0.038 66 M 0.037 0.044 0.084 0.168 0.256 0.301 0.110 67 W 0.033 0.042 0.050 0.074 0.149 0.380 0.272 68 L 0.025 0.033 0.063 0.146 0.248 0.354 0.131 69 N 0.037 0.098 0.179 0.288 0.218 0.139 0.042 70 L 0.047 0.034 0.058 0.141 0.253 0.374 0.092 71 Q 0.079 0.059 0.048 0.074 0.159 0.415 0.165 72 N 0.108 0.119 0.168 0.231 0.198 0.146 0.031 73 A 0.117 0.159 0.210 0.255 0.169 0.077 0.013 74 W 0.133 0.111 0.109 0.167 0.240 0.202 0.038 75 S 0.168 0.186 0.173 0.190 0.157 0.114 0.013 76 L 0.193 0.166 0.184 0.201 0.173 0.075 0.008 77 A 0.374 0.241 0.188 0.132 0.054 0.011 0.001 78 E 0.268 0.359 0.207 0.125 0.035 0.006 0.001 79 A 0.160 0.137 0.185 0.271 0.200 0.044 0.003 80 E 0.357 0.309 0.190 0.104 0.035 0.005 0.001 81 K 0.585 0.289 0.090 0.029 0.006 0.001 0.001 82 T 0.479 0.296 0.143 0.065 0.015 0.002 0.001 83 V 0.405 0.270 0.185 0.103 0.032 0.005 0.001 84 D 0.684 0.217 0.064 0.026 0.007 0.001 0.001 85 V 0.627 0.213 0.098 0.046 0.013 0.002 0.001 86 S 0.649 0.228 0.077 0.033 0.010 0.002 0.001 87 R 0.358 0.247 0.195 0.141 0.050 0.009 0.001 88 L 0.339 0.290 0.207 0.117 0.040 0.007 0.001 89 R 0.452 0.265 0.157 0.089 0.031 0.006 0.001 90 R 0.337 0.242 0.196 0.143 0.065 0.016 0.001 91 L 0.251 0.229 0.212 0.189 0.094 0.024 0.001 92 V 0.286 0.245 0.205 0.166 0.076 0.021 0.001 93 T 0.286 0.214 0.193 0.177 0.099 0.030 0.002 94 Q 0.507 0.262 0.131 0.068 0.025 0.006 0.001 95 S 0.679 0.199 0.072 0.034 0.012 0.004 0.001 96 T 0.605 0.201 0.109 0.059 0.021 0.005 0.001 97 P 0.729 0.165 0.063 0.030 0.010 0.003 0.001