# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.010 0.451 0.004 0.057 0.041 0.001 0.001 0.004 0.136 0.274 0.010 0.012 2 A 0.004 0.042 0.501 0.004 0.040 0.033 0.002 0.002 0.007 0.166 0.146 0.015 0.037 3 S 0.003 0.019 0.655 0.005 0.023 0.021 0.001 0.001 0.011 0.131 0.054 0.037 0.039 4 K 0.008 0.014 0.346 0.103 0.050 0.031 0.002 0.002 0.009 0.211 0.138 0.031 0.056 5 K 0.022 0.017 0.325 0.016 0.040 0.050 0.010 0.012 0.065 0.121 0.091 0.123 0.108 6 V 0.046 0.018 0.325 0.010 0.027 0.033 0.028 0.028 0.104 0.037 0.029 0.064 0.251 7 H 0.067 0.020 0.193 0.062 0.011 0.022 0.046 0.038 0.146 0.080 0.020 0.243 0.053 8 Q 0.060 0.012 0.133 0.015 0.009 0.011 0.038 0.038 0.285 0.026 0.015 0.032 0.327 9 I 0.103 0.009 0.155 0.065 0.006 0.010 0.070 0.061 0.160 0.032 0.016 0.239 0.074 10 N 0.090 0.016 0.182 0.023 0.007 0.010 0.043 0.055 0.155 0.052 0.021 0.076 0.271 11 V 0.086 0.014 0.165 0.014 0.019 0.020 0.038 0.066 0.177 0.039 0.033 0.124 0.204 12 K 0.070 0.012 0.160 0.118 0.051 0.040 0.032 0.088 0.082 0.081 0.122 0.068 0.076 13 G 0.060 0.013 0.190 0.020 0.065 0.048 0.037 0.054 0.097 0.132 0.135 0.073 0.078 14 F 0.079 0.016 0.189 0.014 0.043 0.038 0.047 0.093 0.121 0.055 0.063 0.023 0.218 15 F 0.064 0.043 0.270 0.025 0.018 0.031 0.028 0.033 0.057 0.135 0.029 0.229 0.037 16 D 0.014 0.021 0.460 0.015 0.031 0.034 0.005 0.005 0.046 0.148 0.045 0.015 0.161 17 M 0.022 0.014 0.292 0.061 0.099 0.160 0.006 0.009 0.028 0.121 0.114 0.022 0.052 18 D 0.043 0.013 0.240 0.050 0.072 0.139 0.009 0.015 0.028 0.121 0.063 0.179 0.028 19 V 0.052 0.010 0.190 0.015 0.099 0.164 0.013 0.010 0.039 0.049 0.063 0.016 0.280 20 M 0.101 0.029 0.134 0.153 0.056 0.212 0.028 0.039 0.042 0.039 0.038 0.079 0.050 21 E 0.094 0.011 0.112 0.004 0.033 0.142 0.016 0.022 0.059 0.036 0.022 0.362 0.085 22 V 0.034 0.013 0.210 0.011 0.036 0.166 0.006 0.007 0.026 0.052 0.047 0.018 0.372 23 T 0.010 0.021 0.334 0.154 0.039 0.123 0.002 0.001 0.013 0.136 0.075 0.060 0.032 24 E 0.004 0.007 0.267 0.008 0.076 0.104 0.001 0.001 0.006 0.193 0.203 0.061 0.069 25 Q 0.003 0.015 0.190 0.008 0.064 0.108 0.001 0.001 0.001 0.234 0.299 0.014 0.061 26 T 0.002 0.011 0.383 0.002 0.068 0.072 0.001 0.001 0.002 0.235 0.163 0.036 0.026 27 K 0.002 0.008 0.244 0.008 0.131 0.181 0.001 0.001 0.002 0.132 0.265 0.004 0.023 28 E 0.011 0.013 0.183 0.023 0.140 0.199 0.002 0.001 0.003 0.095 0.254 0.053 0.024 29 A 0.036 0.008 0.279 0.008 0.118 0.213 0.005 0.003 0.019 0.058 0.082 0.024 0.147 30 E 0.067 0.018 0.221 0.040 0.060 0.185 0.011 0.002 0.016 0.072 0.051 0.178 0.079 31 Y 0.058 0.017 0.181 0.005 0.031 0.148 0.019 0.015 0.037 0.042 0.066 0.122 0.258 32 T 0.079 0.030 0.258 0.018 0.021 0.146 0.022 0.006 0.054 0.114 0.072 0.079 0.099 33 Y 0.010 0.027 0.378 0.001 0.009 0.145 0.005 0.001 0.022 0.184 0.045 0.102 0.071 34 D 0.002 0.022 0.628 0.002 0.002 0.103 0.001 0.001 0.005 0.094 0.019 0.008 0.113 35 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 38 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 40 S 0.001 0.001 0.007 0.001 0.033 0.868 0.001 0.001 0.001 0.006 0.082 0.002 0.002 41 E 0.001 0.002 0.039 0.001 0.047 0.759 0.001 0.001 0.001 0.021 0.123 0.001 0.006 42 F 0.001 0.008 0.196 0.005 0.075 0.292 0.001 0.001 0.002 0.221 0.184 0.013 0.003 43 N 0.001 0.003 0.192 0.002 0.027 0.045 0.001 0.001 0.001 0.089 0.629 0.005 0.005 44 G 0.002 0.006 0.258 0.007 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.179 0.496 0.010 0.027 45 K 0.004 0.010 0.379 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.010 0.380 0.060 0.107 0.022 46 N 0.017 0.009 0.301 0.015 0.005 0.001 0.006 0.001 0.037 0.079 0.019 0.042 0.468 47 V 0.045 0.005 0.164 0.065 0.002 0.001 0.016 0.007 0.148 0.032 0.005 0.426 0.085 48 S 0.089 0.005 0.084 0.021 0.002 0.001 0.076 0.038 0.357 0.015 0.004 0.084 0.225 49 I 0.156 0.004 0.052 0.016 0.001 0.001 0.216 0.164 0.228 0.003 0.002 0.073 0.083 50 T 0.184 0.008 0.034 0.018 0.001 0.002 0.204 0.102 0.204 0.007 0.002 0.123 0.112 51 V 0.117 0.006 0.147 0.034 0.007 0.007 0.085 0.051 0.226 0.015 0.004 0.081 0.221 52 K 0.030 0.005 0.201 0.337 0.015 0.014 0.014 0.015 0.119 0.069 0.010 0.097 0.072 53 E 0.027 0.009 0.331 0.049 0.050 0.030 0.009 0.009 0.120 0.093 0.024 0.065 0.184 54 E 0.031 0.014 0.330 0.057 0.053 0.048 0.008 0.011 0.051 0.059 0.057 0.056 0.225 55 N 0.020 0.027 0.308 0.032 0.043 0.047 0.007 0.010 0.029 0.152 0.093 0.172 0.058 56 E 0.009 0.014 0.293 0.024 0.040 0.024 0.003 0.004 0.023 0.224 0.112 0.029 0.202 57 L 0.002 0.007 0.440 0.011 0.017 0.012 0.001 0.001 0.006 0.324 0.022 0.144 0.016 58 P 0.002 0.005 0.558 0.004 0.051 0.018 0.001 0.001 0.005 0.072 0.097 0.005 0.182 59 V 0.007 0.025 0.495 0.005 0.085 0.025 0.002 0.001 0.012 0.133 0.050 0.113 0.047 60 K 0.008 0.008 0.194 0.050 0.193 0.043 0.002 0.001 0.010 0.121 0.314 0.020 0.036 61 G 0.008 0.008 0.178 0.014 0.104 0.019 0.004 0.003 0.031 0.207 0.375 0.028 0.022 62 V 0.021 0.027 0.394 0.004 0.030 0.027 0.019 0.011 0.112 0.052 0.022 0.056 0.226 63 E 0.016 0.070 0.359 0.003 0.032 0.037 0.023 0.007 0.164 0.037 0.023 0.131 0.098 64 M 0.006 0.030 0.404 0.009 0.092 0.062 0.007 0.011 0.119 0.066 0.083 0.019 0.093 65 A 0.001 0.012 0.167 0.011 0.046 0.053 0.003 0.004 0.029 0.119 0.535 0.014 0.005 66 G 0.001 0.013 0.287 0.004 0.021 0.018 0.002 0.001 0.007 0.250 0.373 0.004 0.019 67 D 0.001 0.017 0.614 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 0.334 0.010 0.008 0.004 68 P 0.001 0.018 0.273 0.002 0.093 0.135 0.001 0.001 0.002 0.134 0.325 0.003 0.015 69 L 0.001 0.019 0.183 0.002 0.182 0.159 0.001 0.003 0.004 0.072 0.356 0.008 0.011 70 E 0.003 0.018 0.178 0.002 0.261 0.175 0.003 0.004 0.015 0.103 0.206 0.009 0.022 71 H 0.003 0.041 0.200 0.008 0.159 0.168 0.003 0.005 0.021 0.153 0.222 0.007 0.011 72 H 0.002 0.033 0.270 0.003 0.161 0.153 0.001 0.002 0.014 0.115 0.224 0.007 0.016 73 H 0.001 0.012 0.244 0.004 0.169 0.103 0.001 0.002 0.006 0.153 0.282 0.011 0.013 74 H 0.003 0.038 0.281 0.002 0.098 0.099 0.001 0.001 0.003 0.149 0.289 0.011 0.024 75 H 0.001 0.049 0.436 0.002 0.051 0.077 0.001 0.001 0.008 0.184 0.169 0.007 0.014 76 H 0.001 0.012 0.676 0.001 0.020 0.030 0.001 0.001 0.003 0.209 0.041 0.004 0.004