# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0309/T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.030 0.042 0.080 0.004 0.040 0.014 0.003 0.004 0.002 0.039 0.094 0.593 0.005 0.005 0.029 2 A 0.014 0.036 0.107 0.087 0.006 0.038 0.024 0.007 0.002 0.001 0.031 0.062 0.539 0.013 0.012 0.021 3 S 0.008 0.025 0.081 0.056 0.004 0.115 0.019 0.008 0.003 0.002 0.032 0.035 0.565 0.006 0.022 0.019 4 K 0.014 0.070 0.059 0.095 0.001 0.027 0.005 0.006 0.005 0.002 0.112 0.038 0.521 0.002 0.008 0.035 5 K 0.037 0.057 0.052 0.091 0.007 0.068 0.024 0.001 0.007 0.002 0.023 0.147 0.420 0.024 0.004 0.036 6 V 0.016 0.032 0.196 0.087 0.008 0.057 0.046 0.007 0.001 0.001 0.042 0.025 0.429 0.014 0.027 0.014 7 H 0.004 0.182 0.148 0.192 0.002 0.038 0.007 0.015 0.006 0.003 0.016 0.051 0.282 0.002 0.018 0.035 8 Q 0.053 0.039 0.094 0.429 0.015 0.028 0.020 0.003 0.014 0.003 0.028 0.010 0.160 0.024 0.003 0.075 9 I 0.029 0.027 0.454 0.352 0.003 0.016 0.005 0.013 0.001 0.001 0.009 0.008 0.061 0.001 0.015 0.006 10 N 0.006 0.051 0.128 0.378 0.014 0.256 0.004 0.003 0.009 0.014 0.008 0.011 0.084 0.001 0.001 0.029 11 V 0.033 0.032 0.021 0.235 0.108 0.222 0.024 0.006 0.001 0.001 0.216 0.015 0.064 0.017 0.001 0.002 12 K 0.004 0.367 0.074 0.204 0.007 0.034 0.004 0.093 0.006 0.001 0.019 0.107 0.033 0.003 0.041 0.004 13 G 0.011 0.019 0.050 0.323 0.010 0.057 0.008 0.013 0.082 0.039 0.076 0.026 0.147 0.005 0.009 0.123 14 F 0.190 0.085 0.221 0.188 0.036 0.028 0.039 0.004 0.006 0.002 0.032 0.031 0.094 0.010 0.004 0.030 15 F 0.025 0.052 0.223 0.380 0.018 0.079 0.017 0.051 0.003 0.005 0.014 0.033 0.068 0.004 0.016 0.010 16 D 0.008 0.086 0.057 0.161 0.030 0.445 0.014 0.014 0.017 0.017 0.029 0.016 0.074 0.004 0.006 0.023 17 M 0.037 0.096 0.040 0.259 0.002 0.047 0.002 0.034 0.011 0.005 0.361 0.029 0.062 0.002 0.005 0.010 18 D 0.016 0.116 0.056 0.079 0.001 0.166 0.005 0.002 0.010 0.005 0.009 0.470 0.056 0.001 0.003 0.006 19 V 0.027 0.061 0.160 0.204 0.002 0.051 0.006 0.005 0.002 0.001 0.186 0.018 0.239 0.003 0.007 0.030 20 M 0.006 0.080 0.381 0.367 0.001 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.054 0.071 0.001 0.003 0.009 21 E 0.017 0.012 0.154 0.520 0.006 0.087 0.006 0.003 0.002 0.002 0.005 0.006 0.160 0.002 0.002 0.016 22 V 0.009 0.072 0.117 0.353 0.011 0.223 0.012 0.004 0.002 0.001 0.058 0.009 0.114 0.003 0.002 0.009 23 T 0.006 0.183 0.055 0.355 0.011 0.142 0.008 0.013 0.003 0.001 0.057 0.062 0.090 0.003 0.004 0.006 24 E 0.011 0.091 0.084 0.337 0.010 0.109 0.007 0.017 0.008 0.004 0.088 0.046 0.160 0.003 0.006 0.019 25 Q 0.027 0.120 0.147 0.208 0.018 0.078 0.026 0.009 0.011 0.006 0.075 0.060 0.151 0.017 0.006 0.040 26 T 0.024 0.093 0.151 0.166 0.007 0.182 0.021 0.021 0.004 0.003 0.046 0.056 0.189 0.003 0.025 0.010 27 K 0.010 0.214 0.117 0.215 0.002 0.088 0.006 0.010 0.012 0.004 0.097 0.049 0.131 0.003 0.005 0.036 28 E 0.050 0.133 0.134 0.474 0.002 0.028 0.003 0.003 0.009 0.001 0.018 0.048 0.072 0.002 0.004 0.018 29 A 0.016 0.021 0.410 0.310 0.002 0.066 0.006 0.002 0.002 0.001 0.025 0.014 0.114 0.001 0.003 0.008 30 E 0.005 0.123 0.176 0.618 0.003 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.034 0.001 0.001 0.007 31 Y 0.009 0.008 0.062 0.803 0.009 0.049 0.002 0.004 0.001 0.001 0.010 0.004 0.031 0.001 0.002 0.005 32 T 0.011 0.083 0.188 0.392 0.061 0.150 0.013 0.004 0.002 0.002 0.017 0.006 0.053 0.004 0.002 0.012 33 Y 0.010 0.088 0.032 0.720 0.003 0.039 0.001 0.026 0.002 0.004 0.030 0.014 0.024 0.001 0.003 0.004 34 D 0.002 0.006 0.003 0.020 0.002 0.893 0.001 0.002 0.002 0.009 0.008 0.028 0.024 0.001 0.001 0.001 35 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.892 0.011 0.050 0.001 0.001 0.001 36 K 0.001 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.889 0.060 0.001 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.967 0.001 0.001 0.001 38 I 0.001 0.003 0.022 0.004 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.931 0.002 0.001 0.012 39 L 0.001 0.008 0.014 0.023 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.907 0.004 0.007 0.004 40 S 0.001 0.004 0.013 0.020 0.001 0.022 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.884 0.006 0.006 0.019 41 E 0.013 0.018 0.021 0.022 0.015 0.007 0.020 0.004 0.004 0.001 0.044 0.007 0.542 0.162 0.013 0.108 42 F 0.002 0.002 0.015 0.002 0.057 0.002 0.260 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.031 0.596 0.016 0.006 43 N 0.001 0.005 0.018 0.003 0.001 0.002 0.003 0.213 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.001 0.712 0.010 44 G 0.016 0.008 0.007 0.005 0.003 0.005 0.011 0.001 0.251 0.106 0.007 0.003 0.012 0.012 0.001 0.552 45 K 0.923 0.011 0.019 0.012 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.007 0.004 0.001 0.007 0.001 46 N 0.011 0.130 0.659 0.104 0.001 0.008 0.002 0.001 0.022 0.003 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.047 47 V 0.081 0.008 0.133 0.765 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 S 0.003 0.006 0.357 0.628 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 T 0.001 0.004 0.008 0.964 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.011 0.004 0.844 0.014 0.115 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 K 0.001 0.145 0.007 0.435 0.046 0.305 0.001 0.014 0.003 0.002 0.027 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 53 E 0.004 0.065 0.010 0.166 0.194 0.203 0.015 0.033 0.006 0.008 0.238 0.030 0.016 0.010 0.001 0.002 54 E 0.004 0.190 0.048 0.103 0.022 0.075 0.018 0.140 0.011 0.005 0.123 0.119 0.032 0.014 0.090 0.006 55 N 0.016 0.096 0.053 0.112 0.005 0.065 0.016 0.043 0.090 0.044 0.067 0.081 0.107 0.006 0.060 0.139 56 E 0.217 0.154 0.187 0.136 0.003 0.006 0.014 0.004 0.059 0.004 0.014 0.024 0.031 0.007 0.008 0.133 57 L 0.095 0.015 0.590 0.146 0.005 0.052 0.023 0.003 0.002 0.002 0.005 0.010 0.029 0.001 0.005 0.016 58 P 0.011 0.101 0.505 0.244 0.011 0.068 0.004 0.005 0.002 0.003 0.011 0.004 0.018 0.001 0.001 0.013 59 V 0.014 0.014 0.015 0.156 0.331 0.338 0.041 0.003 0.003 0.003 0.040 0.012 0.009 0.020 0.001 0.001 60 K 0.003 0.450 0.042 0.106 0.001 0.011 0.001 0.315 0.003 0.001 0.016 0.019 0.005 0.001 0.028 0.001 61 G 0.004 0.014 0.035 0.461 0.001 0.018 0.001 0.005 0.300 0.043 0.027 0.012 0.015 0.001 0.001 0.064 62 V 0.380 0.010 0.313 0.206 0.005 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 0.036 0.001 0.001 0.003 63 E 0.005 0.027 0.174 0.582 0.034 0.104 0.003 0.004 0.001 0.001 0.008 0.014 0.037 0.002 0.001 0.003 64 M 0.001 0.006 0.005 0.088 0.765 0.049 0.033 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.007 0.032 0.001 0.001 65 A 0.001 0.103 0.012 0.114 0.014 0.028 0.003 0.582 0.007 0.003 0.019 0.006 0.012 0.002 0.090 0.004 66 G 0.009 0.050 0.028 0.136 0.002 0.006 0.002 0.010 0.369 0.208 0.009 0.012 0.012 0.001 0.003 0.143 67 D 0.577 0.010 0.040 0.048 0.005 0.215 0.007 0.003 0.003 0.010 0.012 0.030 0.034 0.001 0.002 0.003 68 P 0.009 0.071 0.101 0.046 0.005 0.151 0.003 0.017 0.001 0.002 0.494 0.032 0.061 0.002 0.002 0.004 69 L 0.004 0.079 0.017 0.144 0.010 0.049 0.004 0.005 0.009 0.002 0.057 0.546 0.064 0.004 0.003 0.003 70 E 0.013 0.049 0.095 0.187 0.016 0.042 0.025 0.013 0.007 0.003 0.034 0.081 0.384 0.013 0.018 0.020 71 H 0.011 0.027 0.149 0.126 0.014 0.065 0.037 0.021 0.009 0.005 0.039 0.035 0.372 0.018 0.026 0.047 72 H 0.026 0.049 0.123 0.122 0.017 0.059 0.041 0.022 0.011 0.008 0.061 0.046 0.326 0.021 0.025 0.042 73 H 0.040 0.050 0.100 0.143 0.022 0.067 0.035 0.027 0.016 0.009 0.056 0.060 0.272 0.025 0.025 0.051 74 H 0.039 0.065 0.142 0.129 0.033 0.060 0.045 0.022 0.016 0.010 0.052 0.052 0.213 0.033 0.027 0.060 75 H 0.035 0.067 0.129 0.106 0.049 0.087 0.075 0.031 0.012 0.010 0.056 0.056 0.170 0.038 0.035 0.042 76 H 0.032 0.088 0.116 0.090 0.027 0.100 0.046 0.062 0.017 0.014 0.086 0.066 0.146 0.020 0.050 0.040