# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.151 0.071 0.013 0.020 0.034 0.051 0.087 0.007 0.005 0.053 0.507 2 A 0.087 0.065 0.004 0.024 0.055 0.069 0.098 0.008 0.002 0.035 0.553 3 S 0.050 0.046 0.002 0.020 0.040 0.069 0.095 0.004 0.001 0.030 0.643 4 K 0.038 0.021 0.008 0.048 0.085 0.113 0.115 0.007 0.003 0.053 0.509 5 K 0.051 0.022 0.002 0.060 0.090 0.146 0.095 0.010 0.001 0.046 0.475 6 V 0.039 0.013 0.002 0.074 0.066 0.087 0.084 0.003 0.001 0.040 0.590 7 H 0.009 0.006 0.002 0.188 0.152 0.207 0.069 0.003 0.001 0.050 0.315 8 Q 0.015 0.003 0.002 0.121 0.082 0.135 0.086 0.002 0.001 0.045 0.510 9 I 0.010 0.002 0.002 0.207 0.207 0.126 0.068 0.002 0.001 0.026 0.351 10 N 0.048 0.014 0.002 0.163 0.072 0.104 0.098 0.004 0.001 0.046 0.448 11 V 0.097 0.006 0.001 0.067 0.065 0.055 0.104 0.014 0.001 0.052 0.538 12 K 0.026 0.011 0.001 0.154 0.054 0.078 0.141 0.007 0.001 0.031 0.497 13 G 0.027 0.010 0.001 0.143 0.040 0.100 0.119 0.003 0.001 0.046 0.510 14 F 0.042 0.011 0.004 0.202 0.114 0.106 0.108 0.002 0.002 0.059 0.351 15 F 0.020 0.026 0.003 0.121 0.046 0.069 0.121 0.003 0.001 0.024 0.566 16 D 0.224 0.203 0.004 0.046 0.035 0.050 0.087 0.013 0.002 0.051 0.284 17 M 0.122 0.124 0.005 0.044 0.022 0.034 0.123 0.014 0.002 0.059 0.452 18 D 0.070 0.115 0.003 0.043 0.049 0.108 0.121 0.013 0.001 0.068 0.409 19 V 0.077 0.055 0.004 0.065 0.072 0.123 0.108 0.006 0.001 0.121 0.367 20 M 0.039 0.038 0.005 0.095 0.134 0.169 0.108 0.004 0.002 0.080 0.327 21 E 0.045 0.028 0.005 0.063 0.085 0.161 0.109 0.004 0.002 0.052 0.446 22 V 0.053 0.015 0.003 0.056 0.062 0.102 0.104 0.006 0.002 0.081 0.515 23 T 0.113 0.109 0.004 0.036 0.050 0.090 0.099 0.008 0.003 0.108 0.380 24 E 0.125 0.056 0.011 0.020 0.022 0.042 0.106 0.006 0.005 0.042 0.564 25 Q 0.044 0.084 0.003 0.020 0.062 0.077 0.096 0.015 0.001 0.029 0.568 26 T 0.210 0.092 0.004 0.015 0.036 0.063 0.088 0.009 0.002 0.042 0.439 27 K 0.083 0.109 0.006 0.067 0.064 0.102 0.090 0.016 0.002 0.059 0.402 28 E 0.052 0.031 0.007 0.046 0.046 0.102 0.118 0.004 0.002 0.084 0.507 29 A 0.035 0.037 0.003 0.098 0.173 0.192 0.075 0.005 0.001 0.067 0.314 30 E 0.028 0.026 0.002 0.098 0.075 0.158 0.104 0.003 0.001 0.063 0.442 31 Y 0.006 0.015 0.001 0.058 0.184 0.123 0.074 0.003 0.001 0.021 0.514 32 T 0.030 0.084 0.002 0.055 0.093 0.126 0.076 0.003 0.001 0.027 0.505 33 Y 0.006 0.048 0.001 0.039 0.070 0.068 0.080 0.008 0.001 0.032 0.647 34 D 0.048 0.814 0.005 0.011 0.006 0.008 0.016 0.005 0.003 0.023 0.060 35 F 0.106 0.832 0.007 0.003 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.006 0.030 36 K 0.095 0.353 0.003 0.016 0.025 0.032 0.034 0.007 0.001 0.178 0.256 37 E 0.034 0.450 0.011 0.022 0.018 0.024 0.059 0.005 0.003 0.128 0.245 38 I 0.106 0.394 0.017 0.026 0.019 0.024 0.071 0.042 0.004 0.073 0.225 39 L 0.186 0.146 0.023 0.036 0.024 0.034 0.071 0.016 0.010 0.115 0.339 40 S 0.083 0.034 0.009 0.021 0.025 0.062 0.121 0.004 0.007 0.095 0.540 41 E 0.096 0.011 0.012 0.024 0.009 0.036 0.092 0.007 0.006 0.091 0.617 42 F 0.173 0.004 0.007 0.022 0.015 0.024 0.133 0.005 0.004 0.087 0.525 43 N 0.028 0.001 0.001 0.021 0.011 0.029 0.135 0.001 0.001 0.037 0.735 44 G 0.010 0.001 0.001 0.020 0.009 0.027 0.143 0.001 0.001 0.036 0.752 45 K 0.006 0.001 0.001 0.072 0.115 0.132 0.146 0.003 0.001 0.068 0.456 46 N 0.005 0.002 0.001 0.150 0.044 0.119 0.105 0.001 0.001 0.075 0.498 47 V 0.001 0.001 0.001 0.132 0.243 0.336 0.037 0.001 0.001 0.055 0.194 48 S 0.004 0.004 0.001 0.162 0.163 0.243 0.046 0.001 0.001 0.036 0.340 49 I 0.001 0.003 0.001 0.073 0.404 0.319 0.021 0.001 0.001 0.018 0.160 50 T 0.018 0.018 0.001 0.071 0.224 0.339 0.045 0.003 0.001 0.041 0.239 51 V 0.035 0.045 0.004 0.064 0.195 0.192 0.054 0.005 0.004 0.055 0.347 52 K 0.163 0.021 0.032 0.028 0.113 0.136 0.077 0.008 0.032 0.136 0.254 53 E 0.298 0.039 0.006 0.019 0.037 0.055 0.066 0.022 0.003 0.056 0.399 54 E 0.156 0.013 0.002 0.012 0.021 0.040 0.074 0.005 0.001 0.036 0.639 55 N 0.010 0.012 0.001 0.041 0.079 0.147 0.093 0.002 0.001 0.028 0.585 56 E 0.005 0.005 0.001 0.029 0.053 0.150 0.079 0.001 0.001 0.040 0.635 57 L 0.007 0.003 0.004 0.052 0.322 0.119 0.074 0.002 0.001 0.049 0.366 58 P 0.089 0.015 0.003 0.097 0.055 0.104 0.087 0.006 0.002 0.064 0.477 59 V 0.223 0.020 0.002 0.031 0.028 0.026 0.053 0.010 0.001 0.060 0.548 60 K 0.022 0.016 0.001 0.073 0.041 0.055 0.092 0.005 0.001 0.019 0.676 61 G 0.008 0.015 0.002 0.045 0.048 0.122 0.096 0.004 0.001 0.027 0.632 62 V 0.033 0.012 0.011 0.151 0.217 0.109 0.086 0.005 0.005 0.041 0.331 63 E 0.220 0.041 0.004 0.143 0.056 0.078 0.060 0.022 0.002 0.053 0.322 64 M 0.412 0.014 0.001 0.035 0.020 0.024 0.059 0.003 0.001 0.033 0.399 65 A 0.007 0.006 0.001 0.071 0.019 0.051 0.131 0.001 0.001 0.008 0.703 66 G 0.005 0.016 0.001 0.017 0.016 0.026 0.078 0.001 0.001 0.009 0.831 67 D 0.094 0.045 0.002 0.024 0.215 0.095 0.115 0.036 0.002 0.085 0.287 68 P 0.156 0.125 0.008 0.021 0.010 0.016 0.080 0.006 0.004 0.053 0.521 69 L 0.217 0.093 0.006 0.017 0.028 0.042 0.063 0.009 0.002 0.046 0.476 70 E 0.098 0.060 0.002 0.017 0.021 0.038 0.089 0.005 0.001 0.043 0.625 71 H 0.042 0.037 0.005 0.018 0.018 0.038 0.098 0.005 0.002 0.037 0.699 72 H 0.145 0.027 0.004 0.020 0.033 0.041 0.083 0.009 0.002 0.058 0.576 73 H 0.100 0.008 0.001 0.008 0.017 0.023 0.089 0.003 0.001 0.039 0.710 74 H 0.038 0.006 0.001 0.012 0.016 0.025 0.101 0.002 0.001 0.030 0.769 75 H 0.023 0.007 0.001 0.012 0.014 0.019 0.122 0.002 0.001 0.025 0.774 76 H 0.036 0.009 0.001 0.011 0.029 0.031 0.146 0.008 0.001 0.042 0.687