# TARGET T0309 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.130 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.012 0.122 0.562 2 A 0.071 0.182 0.010 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.010 0.111 0.523 3 S 0.076 0.177 0.005 0.001 0.006 0.003 0.004 0.001 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.012 0.048 0.549 4 K 0.110 0.153 0.007 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.017 0.066 0.547 5 K 0.080 0.110 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.024 0.252 0.465 6 V 0.133 0.198 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.021 0.109 0.391 7 H 0.037 0.332 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.358 0.012 0.033 0.210 8 Q 0.078 0.204 0.019 0.001 0.005 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.015 0.063 0.417 9 I 0.072 0.182 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.003 0.003 0.443 0.006 0.026 0.230 10 N 0.033 0.145 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.411 0.010 0.042 0.338 11 V 0.039 0.118 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.324 0.009 0.034 0.404 12 K 0.015 0.085 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.001 0.329 0.008 0.099 0.433 13 G 0.062 0.042 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.200 0.027 0.084 0.560 14 F 0.202 0.072 0.027 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.232 0.012 0.051 0.379 15 F 0.062 0.093 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.286 0.008 0.079 0.443 16 D 0.054 0.066 0.008 0.002 0.021 0.003 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.261 0.011 0.041 0.517 17 M 0.103 0.071 0.010 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.224 0.013 0.083 0.481 18 D 0.030 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.009 0.252 0.397 19 V 0.109 0.048 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.012 0.089 0.481 20 M 0.051 0.159 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.312 0.007 0.138 0.309 21 E 0.118 0.109 0.008 0.001 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.004 0.226 0.019 0.131 0.352 22 V 0.116 0.211 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.143 0.009 0.040 0.456 23 T 0.029 0.226 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.007 0.040 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.152 0.007 0.055 0.455 24 E 0.029 0.167 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.118 0.015 0.052 0.599 25 Q 0.031 0.121 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.022 0.266 0.485 26 T 0.075 0.166 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.032 0.193 0.468 27 K 0.035 0.413 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.018 0.034 0.437 28 E 0.020 0.158 0.054 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.011 0.143 0.559 29 A 0.068 0.210 0.006 0.003 0.008 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.030 0.061 0.468 30 E 0.063 0.246 0.012 0.001 0.001 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.019 0.086 0.471 31 Y 0.046 0.208 0.030 0.004 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.013 0.059 0.469 32 T 0.057 0.197 0.005 0.001 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.008 0.056 0.490 33 Y 0.030 0.193 0.007 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.321 0.009 0.042 0.386 34 D 0.026 0.140 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.006 0.164 0.549 35 F 0.017 0.137 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.008 0.096 0.511 36 K 0.009 0.184 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.015 0.240 0.475 37 E 0.059 0.164 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.404 0.347 38 I 0.030 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.081 39 L 0.020 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.052 40 S 0.035 0.851 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.014 0.004 0.079 41 E 0.139 0.688 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 0.005 0.101 42 F 0.168 0.617 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.069 0.017 0.114 43 N 0.145 0.366 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.066 0.048 0.334 44 G 0.121 0.122 0.068 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.061 0.081 0.490 45 K 0.195 0.011 0.084 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.023 0.267 0.362 46 N 0.009 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.068 0.878 47 V 0.008 0.002 0.002 0.003 0.022 0.020 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.697 0.005 0.031 0.189 48 S 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.412 0.003 0.092 0.451 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.001 0.014 0.072 50 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.638 0.001 0.056 0.285 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.023 0.007 0.003 0.760 0.002 0.017 0.168 52 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.577 0.003 0.082 0.318 53 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.016 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.002 0.287 0.006 0.168 0.489 54 E 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.007 0.078 0.674 55 N 0.073 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.217 0.013 0.077 0.592 56 E 0.412 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.028 0.055 0.425 57 L 0.099 0.049 0.015 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.205 0.008 0.110 0.477 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 V 0.009 0.005 0.004 0.002 0.016 0.039 0.036 0.007 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.002 0.066 0.560 60 K 0.027 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.449 0.004 0.057 0.423 61 G 0.034 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.010 0.053 0.691 62 V 0.103 0.027 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.003 0.003 0.003 0.465 0.005 0.057 0.304 63 E 0.014 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.004 0.372 0.002 0.086 0.451 64 M 0.023 0.048 0.002 0.001 0.017 0.003 0.003 0.002 0.018 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.004 0.003 0.286 0.007 0.070 0.497 65 A 0.029 0.033 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.005 0.429 0.012 0.075 0.397 66 G 0.082 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.013 0.085 0.610 67 D 0.085 0.009 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.006 0.169 0.601 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 69 L 0.015 0.007 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.005 0.371 0.510 70 E 0.204 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.009 0.250 0.461 71 H 0.260 0.263 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.009 0.033 0.390 72 H 0.169 0.296 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.014 0.053 0.378 73 H 0.130 0.236 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.095 0.017 0.052 0.438 74 H 0.132 0.185 0.016 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.086 0.023 0.067 0.464 75 H 0.138 0.138 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.081 0.022 0.075 0.514 76 H 0.115 0.091 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.069 0.015 0.075 0.595