# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.057 0.031 0.039 0.088 0.098 0.008 0.613 2 A 0.129 0.105 0.032 0.048 0.086 0.205 0.019 0.377 3 S 0.285 0.132 0.029 0.040 0.063 0.119 0.029 0.304 4 K 0.204 0.136 0.046 0.045 0.045 0.072 0.025 0.426 5 K 0.178 0.070 0.035 0.030 0.046 0.220 0.028 0.393 6 V 0.150 0.122 0.127 0.060 0.113 0.114 0.022 0.291 7 H 0.033 0.216 0.127 0.158 0.141 0.061 0.015 0.248 8 Q 0.023 0.053 0.155 0.062 0.119 0.056 0.011 0.520 9 I 0.030 0.057 0.242 0.182 0.182 0.045 0.010 0.252 10 N 0.030 0.028 0.200 0.156 0.189 0.079 0.015 0.304 11 V 0.019 0.014 0.247 0.094 0.144 0.053 0.008 0.421 12 K 0.012 0.016 0.313 0.164 0.149 0.087 0.006 0.254 13 G 0.043 0.008 0.109 0.052 0.101 0.149 0.017 0.521 14 F 0.071 0.012 0.373 0.066 0.095 0.068 0.011 0.304 15 F 0.016 0.011 0.300 0.129 0.121 0.130 0.009 0.284 16 D 0.024 0.010 0.102 0.070 0.149 0.102 0.010 0.534 17 M 0.038 0.016 0.234 0.086 0.183 0.124 0.011 0.308 18 D 0.066 0.012 0.052 0.077 0.104 0.449 0.014 0.226 19 V 0.082 0.021 0.084 0.067 0.131 0.125 0.010 0.480 20 M 0.060 0.065 0.084 0.211 0.301 0.145 0.006 0.127 21 E 0.068 0.054 0.059 0.213 0.240 0.111 0.014 0.241 22 V 0.044 0.101 0.065 0.167 0.275 0.046 0.007 0.295 23 T 0.025 0.114 0.035 0.128 0.294 0.083 0.008 0.314 24 E 0.038 0.096 0.021 0.074 0.141 0.084 0.012 0.536 25 Q 0.052 0.175 0.011 0.034 0.060 0.239 0.018 0.413 26 T 0.131 0.277 0.016 0.033 0.057 0.137 0.026 0.325 27 K 0.039 0.540 0.014 0.044 0.037 0.042 0.014 0.270 28 E 0.045 0.307 0.019 0.039 0.058 0.122 0.027 0.384 29 A 0.205 0.332 0.036 0.070 0.090 0.072 0.032 0.163 30 E 0.158 0.345 0.025 0.109 0.123 0.050 0.015 0.175 31 Y 0.090 0.158 0.062 0.195 0.221 0.062 0.018 0.195 32 T 0.058 0.106 0.041 0.163 0.216 0.041 0.008 0.368 33 Y 0.025 0.080 0.037 0.174 0.223 0.043 0.006 0.412 34 D 0.025 0.072 0.018 0.080 0.129 0.174 0.008 0.494 35 F 0.080 0.086 0.023 0.037 0.121 0.086 0.012 0.553 36 K 0.052 0.188 0.015 0.029 0.052 0.270 0.008 0.386 37 E 0.068 0.221 0.010 0.014 0.025 0.262 0.013 0.387 38 I 0.037 0.799 0.009 0.011 0.016 0.020 0.005 0.104 39 L 0.017 0.831 0.013 0.014 0.035 0.009 0.005 0.077 40 S 0.038 0.699 0.010 0.020 0.036 0.018 0.014 0.165 41 E 0.180 0.512 0.014 0.017 0.031 0.021 0.051 0.174 42 F 0.260 0.440 0.017 0.019 0.019 0.052 0.062 0.131 43 N 0.178 0.209 0.047 0.033 0.025 0.115 0.136 0.256 44 G 0.179 0.145 0.081 0.048 0.029 0.043 0.116 0.360 45 K 0.340 0.018 0.096 0.027 0.043 0.225 0.031 0.221 46 N 0.015 0.006 0.038 0.038 0.031 0.083 0.007 0.782 47 V 0.060 0.008 0.123 0.239 0.374 0.079 0.006 0.109 48 S 0.014 0.002 0.081 0.183 0.231 0.059 0.003 0.427 49 I 0.011 0.002 0.078 0.306 0.423 0.028 0.002 0.149 50 T 0.007 0.003 0.052 0.266 0.306 0.041 0.001 0.324 51 V 0.006 0.003 0.040 0.190 0.381 0.032 0.001 0.348 52 K 0.009 0.007 0.037 0.175 0.411 0.099 0.002 0.261 53 E 0.022 0.017 0.023 0.094 0.217 0.160 0.007 0.460 54 E 0.072 0.094 0.030 0.072 0.119 0.133 0.012 0.468 55 N 0.143 0.084 0.017 0.071 0.069 0.093 0.074 0.449 56 E 0.288 0.037 0.043 0.036 0.044 0.055 0.101 0.396 57 L 0.201 0.013 0.064 0.116 0.104 0.124 0.016 0.364 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 59 V 0.009 0.002 0.055 0.086 0.320 0.100 0.002 0.425 60 K 0.029 0.007 0.155 0.240 0.138 0.047 0.003 0.381 61 G 0.017 0.005 0.060 0.115 0.194 0.033 0.003 0.572 62 V 0.053 0.005 0.335 0.148 0.262 0.033 0.003 0.161 63 E 0.012 0.012 0.222 0.171 0.165 0.060 0.004 0.354 64 M 0.021 0.017 0.124 0.093 0.210 0.091 0.007 0.438 65 A 0.039 0.031 0.203 0.092 0.161 0.089 0.013 0.371 66 G 0.089 0.023 0.089 0.037 0.059 0.066 0.058 0.578 67 D 0.194 0.009 0.117 0.039 0.047 0.142 0.015 0.439 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 69 L 0.017 0.005 0.020 0.023 0.121 0.404 0.004 0.407 70 E 0.265 0.013 0.015 0.009 0.016 0.381 0.012 0.289 71 H 0.295 0.150 0.017 0.019 0.025 0.062 0.009 0.423 72 H 0.214 0.140 0.049 0.026 0.043 0.089 0.013 0.426 73 H 0.148 0.091 0.037 0.028 0.040 0.101 0.023 0.531 74 H 0.177 0.096 0.037 0.039 0.073 0.084 0.029 0.465 75 H 0.136 0.062 0.036 0.033 0.063 0.091 0.021 0.558 76 H 0.074 0.048 0.034 0.031 0.047 0.092 0.014 0.661