# TARGET T0309 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.094 0.050 0.024 0.136 0.016 0.022 0.231 0.115 0.136 0.058 2 A 0.070 0.144 0.075 0.033 0.135 0.030 0.041 0.252 0.095 0.095 0.028 3 S 0.125 0.158 0.049 0.027 0.193 0.019 0.028 0.183 0.083 0.095 0.040 4 K 0.081 0.152 0.067 0.041 0.170 0.025 0.043 0.222 0.092 0.073 0.035 5 K 0.127 0.122 0.045 0.013 0.217 0.019 0.055 0.215 0.080 0.066 0.040 6 V 0.364 0.052 0.010 0.010 0.261 0.010 0.017 0.089 0.043 0.041 0.102 7 H 0.049 0.152 0.050 0.084 0.170 0.077 0.091 0.184 0.060 0.066 0.019 8 Q 0.291 0.065 0.015 0.006 0.354 0.004 0.013 0.063 0.033 0.079 0.077 9 I 0.197 0.198 0.023 0.011 0.453 0.017 0.015 0.031 0.013 0.014 0.027 10 N 0.309 0.086 0.025 0.010 0.353 0.009 0.011 0.020 0.012 0.042 0.125 11 V 0.266 0.090 0.039 0.040 0.204 0.022 0.019 0.060 0.054 0.092 0.113 12 K 0.029 0.076 0.056 0.212 0.052 0.177 0.166 0.096 0.067 0.052 0.017 13 G 0.090 0.099 0.113 0.143 0.141 0.041 0.029 0.064 0.059 0.127 0.094 14 F 0.170 0.111 0.050 0.032 0.231 0.026 0.047 0.109 0.084 0.084 0.056 15 F 0.111 0.205 0.088 0.045 0.235 0.029 0.038 0.069 0.047 0.082 0.050 16 D 0.228 0.105 0.037 0.017 0.288 0.014 0.023 0.048 0.049 0.102 0.088 17 M 0.112 0.143 0.045 0.026 0.178 0.020 0.022 0.117 0.141 0.137 0.059 18 D 0.069 0.098 0.048 0.025 0.134 0.035 0.079 0.222 0.100 0.146 0.045 19 V 0.294 0.059 0.010 0.007 0.242 0.006 0.013 0.112 0.080 0.098 0.079 20 M 0.088 0.242 0.068 0.034 0.269 0.030 0.037 0.125 0.044 0.038 0.025 21 E 0.190 0.182 0.044 0.005 0.366 0.005 0.011 0.080 0.021 0.040 0.055 22 V 0.342 0.091 0.024 0.012 0.270 0.013 0.014 0.080 0.023 0.042 0.089 23 T 0.058 0.263 0.112 0.070 0.193 0.065 0.053 0.119 0.031 0.021 0.015 24 E 0.148 0.131 0.091 0.031 0.170 0.019 0.025 0.162 0.061 0.090 0.072 25 Q 0.129 0.153 0.045 0.021 0.179 0.019 0.033 0.188 0.072 0.106 0.055 26 T 0.114 0.260 0.082 0.020 0.209 0.013 0.020 0.147 0.054 0.045 0.037 27 K 0.053 0.104 0.058 0.030 0.095 0.034 0.052 0.419 0.104 0.038 0.014 28 E 0.191 0.083 0.025 0.018 0.164 0.021 0.026 0.244 0.087 0.058 0.082 29 A 0.090 0.146 0.050 0.029 0.245 0.028 0.022 0.238 0.089 0.033 0.030 30 E 0.150 0.070 0.023 0.009 0.231 0.012 0.025 0.271 0.115 0.047 0.047 31 Y 0.102 0.104 0.031 0.024 0.204 0.018 0.023 0.246 0.129 0.084 0.036 32 T 0.130 0.088 0.023 0.008 0.205 0.009 0.035 0.270 0.116 0.078 0.038 33 Y 0.057 0.167 0.078 0.020 0.171 0.027 0.043 0.285 0.086 0.039 0.027 34 D 0.131 0.122 0.040 0.009 0.152 0.005 0.015 0.343 0.076 0.051 0.056 35 F 0.005 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.632 0.313 0.031 0.003 36 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.844 0.133 0.003 0.001 37 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.028 0.883 0.065 0.007 0.001 38 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.017 0.835 0.101 0.025 0.003 39 L 0.015 0.008 0.004 0.003 0.015 0.003 0.009 0.615 0.220 0.090 0.016 40 S 0.006 0.043 0.012 0.004 0.022 0.010 0.048 0.632 0.196 0.023 0.003 41 E 0.020 0.027 0.008 0.007 0.023 0.012 0.207 0.535 0.102 0.052 0.008 42 F 0.050 0.121 0.142 0.078 0.091 0.095 0.120 0.107 0.057 0.104 0.037 43 N 0.053 0.119 0.062 0.251 0.058 0.083 0.091 0.100 0.053 0.084 0.046 44 G 0.031 0.054 0.064 0.075 0.040 0.037 0.021 0.071 0.120 0.409 0.078 45 K 0.036 0.228 0.087 0.048 0.123 0.047 0.086 0.140 0.129 0.056 0.021 46 N 0.231 0.070 0.023 0.013 0.242 0.013 0.019 0.033 0.062 0.168 0.126 47 V 0.191 0.192 0.040 0.012 0.417 0.005 0.008 0.020 0.023 0.045 0.048 48 S 0.296 0.101 0.023 0.004 0.456 0.005 0.008 0.015 0.009 0.027 0.056 49 I 0.257 0.151 0.022 0.006 0.490 0.004 0.003 0.009 0.006 0.016 0.035 50 T 0.182 0.228 0.040 0.003 0.500 0.002 0.003 0.008 0.003 0.008 0.023 51 V 0.284 0.158 0.046 0.016 0.318 0.011 0.006 0.051 0.019 0.027 0.064 52 K 0.080 0.282 0.131 0.033 0.188 0.031 0.042 0.122 0.031 0.023 0.036 53 E 0.145 0.155 0.109 0.040 0.221 0.030 0.030 0.142 0.053 0.035 0.041 54 E 0.047 0.082 0.041 0.097 0.083 0.081 0.087 0.248 0.127 0.077 0.029 55 N 0.063 0.090 0.044 0.044 0.116 0.018 0.030 0.136 0.108 0.295 0.058 56 E 0.099 0.169 0.094 0.040 0.177 0.016 0.028 0.097 0.095 0.141 0.043 57 L 0.058 0.430 0.230 0.012 0.220 0.003 0.005 0.019 0.009 0.005 0.009 58 P 0.192 0.267 0.064 0.005 0.317 0.006 0.013 0.029 0.022 0.028 0.057 59 V 0.255 0.146 0.062 0.021 0.275 0.015 0.012 0.042 0.036 0.055 0.082 60 K 0.022 0.054 0.047 0.123 0.040 0.172 0.244 0.163 0.074 0.046 0.015 61 G 0.100 0.086 0.091 0.093 0.112 0.022 0.014 0.065 0.062 0.271 0.084 62 V 0.163 0.219 0.046 0.013 0.370 0.009 0.013 0.073 0.040 0.028 0.026 63 E 0.202 0.113 0.056 0.023 0.293 0.022 0.039 0.076 0.038 0.052 0.085 64 M 0.149 0.167 0.111 0.072 0.194 0.032 0.032 0.070 0.040 0.069 0.064 65 A 0.038 0.157 0.085 0.092 0.089 0.069 0.114 0.141 0.078 0.108 0.028 66 G 0.047 0.064 0.079 0.142 0.049 0.047 0.024 0.044 0.060 0.341 0.103 67 D 0.046 0.287 0.281 0.066 0.161 0.011 0.014 0.058 0.033 0.025 0.019 68 P 0.091 0.193 0.070 0.015 0.135 0.013 0.032 0.213 0.128 0.068 0.042 69 L 0.082 0.085 0.036 0.016 0.131 0.017 0.041 0.256 0.178 0.116 0.042 70 E 0.075 0.103 0.045 0.020 0.116 0.029 0.061 0.280 0.138 0.091 0.042 71 H 0.107 0.098 0.048 0.027 0.148 0.026 0.055 0.218 0.114 0.103 0.055 72 H 0.081 0.105 0.057 0.038 0.147 0.033 0.055 0.212 0.127 0.102 0.043 73 H 0.089 0.096 0.042 0.033 0.141 0.030 0.059 0.196 0.122 0.138 0.054 74 H 0.086 0.111 0.056 0.039 0.150 0.031 0.057 0.163 0.099 0.150 0.058 75 H 0.084 0.128 0.069 0.043 0.147 0.031 0.051 0.151 0.093 0.143 0.060 76 H 0.087 0.134 0.082 0.038 0.156 0.025 0.038 0.132 0.095 0.153 0.059