# TARGET T0309 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.006 0.018 0.244 0.133 0.560 2 A 0.051 0.009 0.021 0.211 0.171 0.536 3 S 0.048 0.008 0.018 0.118 0.218 0.591 4 K 0.089 0.005 0.036 0.109 0.307 0.454 5 K 0.269 0.020 0.045 0.089 0.215 0.362 6 V 0.376 0.007 0.046 0.081 0.220 0.270 7 H 0.479 0.005 0.061 0.091 0.163 0.201 8 Q 0.720 0.010 0.025 0.069 0.072 0.104 9 I 0.726 0.011 0.012 0.089 0.046 0.115 10 N 0.546 0.005 0.013 0.093 0.106 0.237 11 V 0.607 0.010 0.012 0.059 0.125 0.185 12 K 0.483 0.009 0.018 0.050 0.174 0.267 13 G 0.571 0.009 0.034 0.044 0.166 0.175 14 F 0.686 0.021 0.026 0.023 0.131 0.113 15 F 0.595 0.021 0.028 0.027 0.174 0.155 16 D 0.390 0.016 0.020 0.028 0.274 0.272 17 M 0.335 0.008 0.026 0.028 0.349 0.253 18 D 0.378 0.005 0.022 0.034 0.206 0.355 19 V 0.700 0.008 0.027 0.073 0.089 0.104 20 M 0.811 0.006 0.012 0.068 0.046 0.057 21 E 0.875 0.004 0.006 0.069 0.017 0.029 22 V 0.794 0.005 0.010 0.088 0.042 0.061 23 T 0.600 0.006 0.014 0.093 0.141 0.147 24 E 0.368 0.006 0.043 0.169 0.258 0.155 25 Q 0.207 0.013 0.041 0.168 0.357 0.214 26 T 0.150 0.009 0.032 0.121 0.457 0.230 27 K 0.128 0.008 0.064 0.274 0.342 0.184 28 E 0.174 0.007 0.068 0.298 0.275 0.178 29 A 0.251 0.006 0.068 0.359 0.188 0.127 30 E 0.341 0.009 0.035 0.315 0.115 0.184 31 Y 0.300 0.015 0.020 0.288 0.126 0.252 32 T 0.284 0.010 0.010 0.219 0.108 0.369 33 Y 0.206 0.018 0.013 0.177 0.129 0.457 34 D 0.141 0.025 0.009 0.166 0.147 0.513 35 F 0.011 0.001 0.026 0.894 0.036 0.033 36 K 0.010 0.001 0.034 0.918 0.026 0.011 37 E 0.014 0.001 0.036 0.905 0.034 0.010 38 I 0.020 0.004 0.027 0.897 0.035 0.018 39 L 0.012 0.004 0.019 0.917 0.033 0.015 40 S 0.013 0.001 0.038 0.848 0.070 0.030 41 E 0.017 0.003 0.043 0.749 0.119 0.069 42 F 0.033 0.022 0.045 0.479 0.304 0.117 43 N 0.018 0.007 0.021 0.064 0.612 0.279 44 G 0.013 0.001 0.026 0.015 0.657 0.288 45 K 0.136 0.028 0.035 0.011 0.547 0.244 46 N 0.333 0.015 0.014 0.006 0.292 0.342 47 V 0.634 0.007 0.005 0.002 0.131 0.220 48 S 0.916 0.004 0.001 0.001 0.017 0.062 49 I 0.952 0.005 0.001 0.001 0.008 0.034 50 T 0.921 0.004 0.001 0.001 0.015 0.058 51 V 0.822 0.006 0.005 0.003 0.038 0.126 52 K 0.629 0.006 0.015 0.007 0.104 0.240 53 E 0.532 0.013 0.092 0.019 0.177 0.166 54 E 0.360 0.013 0.170 0.030 0.265 0.161 55 N 0.328 0.014 0.148 0.041 0.303 0.165 56 E 0.368 0.027 0.030 0.020 0.269 0.286 57 L 0.388 0.027 0.012 0.018 0.185 0.370 58 P 0.342 0.019 0.016 0.017 0.218 0.388 59 V 0.332 0.019 0.041 0.033 0.277 0.298 60 K 0.260 0.014 0.045 0.059 0.297 0.326 61 G 0.373 0.010 0.060 0.099 0.222 0.236 62 V 0.624 0.014 0.029 0.086 0.092 0.155 63 E 0.756 0.022 0.019 0.079 0.038 0.087 64 M 0.651 0.026 0.025 0.065 0.129 0.104 65 A 0.324 0.020 0.019 0.065 0.296 0.276 66 G 0.100 0.018 0.015 0.042 0.383 0.443 67 D 0.048 0.016 0.009 0.031 0.460 0.435 68 P 0.019 0.012 0.089 0.189 0.390 0.302 69 L 0.025 0.011 0.205 0.202 0.383 0.174 70 E 0.027 0.008 0.290 0.229 0.335 0.110 71 H 0.035 0.011 0.196 0.297 0.278 0.182 72 H 0.047 0.015 0.157 0.268 0.288 0.225 73 H 0.059 0.013 0.129 0.227 0.277 0.295 74 H 0.061 0.011 0.079 0.153 0.243 0.453 75 H 0.044 0.028 0.026 0.148 0.144 0.610 76 H 0.003 0.001 0.001 0.002 0.023 0.971