# TARGET T0309 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.435 0.127 0.080 0.107 0.067 0.054 0.051 0.029 0.026 0.015 0.009 2 A 0.291 0.133 0.050 0.075 0.069 0.078 0.104 0.069 0.062 0.042 0.028 3 S 0.278 0.210 0.101 0.157 0.092 0.068 0.049 0.020 0.014 0.007 0.004 4 K 0.330 0.180 0.104 0.120 0.090 0.065 0.051 0.025 0.019 0.010 0.006 5 K 0.171 0.155 0.140 0.194 0.120 0.090 0.071 0.027 0.018 0.009 0.005 6 V 0.080 0.086 0.099 0.148 0.080 0.069 0.108 0.086 0.102 0.085 0.056 7 H 0.070 0.086 0.106 0.156 0.137 0.134 0.143 0.073 0.053 0.029 0.013 8 Q 0.048 0.101 0.201 0.258 0.158 0.100 0.072 0.029 0.019 0.010 0.004 9 I 0.060 0.060 0.099 0.093 0.069 0.072 0.132 0.110 0.129 0.106 0.071 10 N 0.073 0.135 0.134 0.226 0.155 0.112 0.090 0.034 0.023 0.012 0.006 11 V 0.056 0.078 0.090 0.072 0.045 0.050 0.111 0.105 0.147 0.136 0.109 12 K 0.086 0.147 0.157 0.254 0.163 0.093 0.057 0.020 0.013 0.006 0.003 13 G 0.161 0.134 0.104 0.129 0.101 0.095 0.108 0.061 0.053 0.035 0.020 14 F 0.110 0.100 0.077 0.146 0.103 0.091 0.114 0.077 0.079 0.058 0.044 15 F 0.091 0.083 0.072 0.086 0.070 0.085 0.137 0.100 0.116 0.093 0.069 16 D 0.113 0.162 0.121 0.218 0.137 0.090 0.075 0.036 0.025 0.014 0.009 17 M 0.111 0.092 0.076 0.106 0.096 0.100 0.137 0.095 0.088 0.060 0.039 18 D 0.169 0.208 0.133 0.199 0.114 0.075 0.057 0.021 0.013 0.007 0.004 19 V 0.070 0.071 0.074 0.133 0.114 0.109 0.146 0.093 0.088 0.062 0.040 20 M 0.160 0.137 0.138 0.130 0.104 0.097 0.113 0.052 0.039 0.020 0.010 21 E 0.107 0.161 0.206 0.298 0.125 0.058 0.031 0.009 0.004 0.002 0.001 22 V 0.052 0.048 0.084 0.070 0.068 0.088 0.170 0.126 0.127 0.098 0.068 23 T 0.084 0.152 0.210 0.231 0.141 0.082 0.060 0.020 0.012 0.006 0.003 24 E 0.203 0.134 0.293 0.160 0.091 0.059 0.039 0.012 0.007 0.003 0.001 25 Q 0.132 0.116 0.220 0.198 0.119 0.090 0.073 0.024 0.015 0.008 0.005 26 T 0.050 0.138 0.198 0.148 0.108 0.102 0.124 0.057 0.042 0.023 0.010 27 K 0.238 0.144 0.211 0.170 0.095 0.063 0.047 0.015 0.010 0.004 0.002 28 E 0.253 0.180 0.281 0.148 0.071 0.036 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 29 A 0.104 0.080 0.158 0.118 0.095 0.114 0.150 0.074 0.057 0.033 0.017 30 E 0.145 0.187 0.207 0.226 0.115 0.061 0.036 0.011 0.007 0.003 0.002 31 Y 0.060 0.087 0.200 0.101 0.099 0.122 0.152 0.075 0.058 0.032 0.012 32 T 0.047 0.124 0.206 0.261 0.162 0.099 0.063 0.020 0.012 0.005 0.002 33 Y 0.086 0.059 0.068 0.078 0.087 0.115 0.208 0.127 0.096 0.053 0.023 34 D 0.064 0.193 0.188 0.273 0.148 0.074 0.040 0.012 0.006 0.002 0.001 35 F 0.015 0.025 0.032 0.045 0.058 0.084 0.211 0.175 0.179 0.118 0.057 36 K 0.114 0.101 0.138 0.266 0.186 0.111 0.058 0.014 0.008 0.003 0.001 37 E 0.038 0.111 0.260 0.286 0.158 0.084 0.044 0.012 0.005 0.002 0.001 38 I 0.008 0.013 0.059 0.049 0.042 0.058 0.162 0.153 0.203 0.155 0.098 39 L 0.003 0.017 0.088 0.070 0.055 0.076 0.187 0.148 0.157 0.127 0.072 40 S 0.013 0.050 0.438 0.200 0.143 0.079 0.045 0.015 0.010 0.005 0.002 41 E 0.037 0.078 0.185 0.191 0.161 0.145 0.127 0.039 0.021 0.010 0.005 42 F 0.024 0.018 0.020 0.030 0.030 0.051 0.145 0.151 0.215 0.196 0.119 43 N 0.128 0.161 0.078 0.148 0.116 0.117 0.120 0.051 0.040 0.024 0.017 44 G 0.439 0.179 0.121 0.097 0.054 0.040 0.031 0.015 0.012 0.008 0.005 45 K 0.208 0.194 0.113 0.190 0.114 0.078 0.059 0.021 0.013 0.007 0.004 46 N 0.151 0.157 0.071 0.176 0.146 0.112 0.088 0.039 0.029 0.018 0.013 47 V 0.034 0.029 0.022 0.060 0.064 0.085 0.155 0.137 0.171 0.135 0.109 48 S 0.099 0.193 0.121 0.262 0.160 0.082 0.049 0.017 0.010 0.004 0.003 49 I 0.009 0.011 0.012 0.027 0.036 0.058 0.145 0.151 0.206 0.193 0.153 50 T 0.094 0.256 0.110 0.284 0.142 0.059 0.032 0.010 0.006 0.003 0.002 51 V 0.029 0.034 0.023 0.060 0.063 0.077 0.155 0.140 0.172 0.143 0.104 52 K 0.176 0.209 0.108 0.224 0.149 0.071 0.038 0.013 0.008 0.004 0.002 53 E 0.183 0.161 0.097 0.188 0.122 0.091 0.080 0.033 0.023 0.013 0.009 54 E 0.200 0.132 0.086 0.173 0.118 0.094 0.083 0.042 0.033 0.023 0.016 55 N 0.195 0.117 0.075 0.115 0.096 0.106 0.117 0.064 0.053 0.037 0.025 56 E 0.281 0.216 0.149 0.174 0.080 0.043 0.028 0.011 0.008 0.005 0.004 57 L 0.063 0.058 0.040 0.071 0.070 0.087 0.144 0.122 0.140 0.120 0.086 58 P 0.157 0.216 0.094 0.231 0.135 0.075 0.045 0.018 0.014 0.008 0.007 59 V 0.081 0.045 0.025 0.050 0.054 0.068 0.112 0.108 0.157 0.149 0.149 60 K 0.174 0.222 0.128 0.233 0.118 0.060 0.037 0.013 0.008 0.004 0.003 61 G 0.202 0.184 0.069 0.137 0.098 0.079 0.085 0.052 0.045 0.031 0.019 62 V 0.073 0.070 0.047 0.090 0.087 0.102 0.132 0.093 0.118 0.096 0.091 63 E 0.134 0.161 0.120 0.221 0.137 0.083 0.067 0.029 0.022 0.014 0.012 64 M 0.066 0.073 0.063 0.113 0.111 0.116 0.151 0.095 0.093 0.070 0.050 65 A 0.152 0.110 0.071 0.136 0.097 0.090 0.117 0.071 0.066 0.049 0.041 66 G 0.540 0.136 0.053 0.085 0.056 0.042 0.036 0.017 0.015 0.011 0.009 67 D 0.140 0.231 0.098 0.168 0.107 0.080 0.079 0.040 0.030 0.016 0.009 68 P 0.342 0.218 0.071 0.130 0.084 0.059 0.044 0.020 0.016 0.010 0.006 69 L 0.245 0.086 0.037 0.079 0.073 0.079 0.107 0.077 0.093 0.069 0.055 70 E 0.240 0.257 0.122 0.177 0.090 0.046 0.034 0.015 0.011 0.005 0.003 71 H 0.166 0.135 0.081 0.161 0.122 0.104 0.097 0.055 0.042 0.024 0.012 72 H 0.219 0.139 0.067 0.126 0.104 0.098 0.104 0.058 0.045 0.027 0.014 73 H 0.165 0.135 0.100 0.150 0.118 0.097 0.097 0.056 0.046 0.026 0.011 74 H 0.239 0.137 0.086 0.141 0.097 0.080 0.085 0.050 0.045 0.027 0.012 75 H 0.263 0.157 0.069 0.120 0.095 0.080 0.083 0.052 0.044 0.025 0.011 76 H 0.340 0.154 0.056 0.114 0.083 0.071 0.070 0.044 0.037 0.021 0.010