# TARGET T0309 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.039 0.019 0.013 0.050 0.015 0.044 0.511 0.111 0.131 0.026 2 A 0.048 0.095 0.037 0.015 0.078 0.014 0.024 0.467 0.114 0.086 0.023 3 S 0.049 0.078 0.036 0.015 0.087 0.016 0.040 0.443 0.146 0.072 0.019 4 K 0.037 0.133 0.053 0.016 0.112 0.025 0.057 0.424 0.097 0.035 0.012 5 K 0.148 0.100 0.026 0.009 0.222 0.012 0.061 0.247 0.060 0.072 0.043 6 V 0.252 0.071 0.013 0.009 0.250 0.026 0.049 0.132 0.063 0.070 0.064 7 H 0.079 0.214 0.041 0.030 0.293 0.025 0.035 0.155 0.054 0.048 0.025 8 Q 0.285 0.078 0.013 0.004 0.341 0.005 0.020 0.080 0.041 0.066 0.066 9 I 0.123 0.270 0.024 0.010 0.434 0.015 0.022 0.046 0.020 0.013 0.022 10 N 0.355 0.064 0.012 0.003 0.408 0.003 0.009 0.019 0.011 0.029 0.088 11 V 0.281 0.124 0.054 0.020 0.300 0.017 0.018 0.048 0.027 0.046 0.064 12 K 0.019 0.049 0.027 0.127 0.029 0.150 0.297 0.141 0.076 0.069 0.016 13 G 0.048 0.122 0.187 0.248 0.095 0.072 0.024 0.041 0.038 0.091 0.035 14 F 0.187 0.101 0.015 0.008 0.336 0.012 0.024 0.088 0.078 0.080 0.070 15 F 0.111 0.211 0.100 0.034 0.286 0.028 0.025 0.066 0.040 0.054 0.046 16 D 0.422 0.040 0.014 0.005 0.305 0.006 0.023 0.027 0.016 0.037 0.104 17 M 0.112 0.204 0.072 0.013 0.225 0.014 0.017 0.129 0.115 0.070 0.029 18 D 0.174 0.130 0.031 0.009 0.273 0.011 0.046 0.184 0.047 0.046 0.049 19 V 0.254 0.047 0.007 0.008 0.176 0.013 0.034 0.153 0.135 0.120 0.054 20 M 0.074 0.277 0.050 0.014 0.375 0.018 0.018 0.111 0.035 0.013 0.015 21 E 0.261 0.132 0.022 0.002 0.398 0.002 0.009 0.094 0.015 0.023 0.042 22 V 0.297 0.072 0.012 0.010 0.252 0.015 0.029 0.141 0.037 0.050 0.086 23 T 0.052 0.262 0.102 0.046 0.165 0.040 0.035 0.203 0.052 0.030 0.014 24 E 0.078 0.073 0.038 0.008 0.101 0.006 0.018 0.492 0.109 0.050 0.027 25 Q 0.057 0.081 0.022 0.014 0.091 0.021 0.054 0.526 0.071 0.042 0.020 26 T 0.088 0.202 0.075 0.044 0.174 0.027 0.034 0.218 0.051 0.062 0.026 27 K 0.061 0.083 0.049 0.030 0.092 0.030 0.044 0.433 0.085 0.060 0.032 28 E 0.105 0.103 0.023 0.020 0.161 0.028 0.056 0.317 0.073 0.074 0.039 29 A 0.121 0.142 0.035 0.018 0.264 0.019 0.033 0.208 0.069 0.052 0.039 30 E 0.149 0.102 0.014 0.006 0.235 0.016 0.064 0.227 0.076 0.060 0.051 31 Y 0.175 0.136 0.029 0.007 0.281 0.007 0.020 0.145 0.055 0.084 0.059 32 T 0.125 0.122 0.022 0.011 0.225 0.021 0.040 0.287 0.063 0.048 0.037 33 Y 0.040 0.163 0.088 0.033 0.115 0.067 0.046 0.274 0.068 0.070 0.035 34 D 0.212 0.105 0.034 0.002 0.200 0.001 0.007 0.290 0.035 0.051 0.062 35 F 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.755 0.190 0.036 0.003 36 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.932 0.060 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.022 0.001 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.945 0.039 0.008 0.001 39 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.827 0.126 0.026 0.002 40 S 0.003 0.021 0.005 0.001 0.011 0.006 0.025 0.788 0.127 0.012 0.001 41 E 0.007 0.008 0.010 0.003 0.006 0.006 0.149 0.681 0.080 0.043 0.005 42 F 0.023 0.028 0.030 0.059 0.022 0.123 0.216 0.307 0.078 0.093 0.019 43 N 0.020 0.301 0.105 0.244 0.056 0.059 0.068 0.057 0.028 0.043 0.020 44 G 0.013 0.014 0.030 0.082 0.008 0.028 0.007 0.033 0.074 0.627 0.086 45 K 0.014 0.402 0.166 0.032 0.138 0.024 0.056 0.083 0.049 0.030 0.005 46 N 0.359 0.058 0.016 0.004 0.273 0.004 0.009 0.013 0.018 0.071 0.175 47 V 0.103 0.376 0.061 0.005 0.405 0.005 0.006 0.008 0.006 0.008 0.018 48 S 0.305 0.092 0.013 0.002 0.504 0.003 0.008 0.008 0.004 0.012 0.048 49 I 0.284 0.132 0.014 0.001 0.523 0.002 0.002 0.004 0.003 0.006 0.031 50 T 0.159 0.212 0.029 0.002 0.548 0.002 0.005 0.008 0.004 0.007 0.023 51 V 0.339 0.145 0.033 0.003 0.363 0.002 0.006 0.014 0.006 0.014 0.074 52 K 0.095 0.325 0.100 0.042 0.240 0.041 0.031 0.036 0.024 0.027 0.038 53 E 0.147 0.188 0.082 0.034 0.228 0.024 0.032 0.089 0.084 0.037 0.054 54 E 0.048 0.118 0.043 0.054 0.091 0.121 0.132 0.194 0.121 0.049 0.030 55 N 0.100 0.105 0.030 0.028 0.155 0.011 0.030 0.074 0.085 0.292 0.089 56 E 0.193 0.148 0.041 0.008 0.220 0.012 0.040 0.062 0.073 0.111 0.091 57 L 0.038 0.541 0.149 0.008 0.217 0.003 0.006 0.019 0.008 0.004 0.007 58 P 0.254 0.159 0.047 0.006 0.375 0.006 0.017 0.042 0.019 0.021 0.054 59 V 0.235 0.113 0.083 0.034 0.261 0.035 0.040 0.056 0.030 0.042 0.070 60 K 0.013 0.048 0.060 0.143 0.027 0.142 0.275 0.198 0.049 0.034 0.013 61 G 0.068 0.091 0.131 0.117 0.089 0.034 0.010 0.051 0.048 0.267 0.094 62 V 0.113 0.256 0.051 0.006 0.400 0.006 0.008 0.051 0.051 0.032 0.026 63 E 0.228 0.107 0.029 0.005 0.346 0.014 0.056 0.071 0.026 0.030 0.087 64 M 0.182 0.107 0.052 0.030 0.232 0.024 0.030 0.061 0.060 0.135 0.087 65 A 0.046 0.128 0.083 0.097 0.114 0.112 0.162 0.134 0.053 0.052 0.020 66 G 0.018 0.048 0.098 0.187 0.026 0.062 0.027 0.041 0.058 0.375 0.062 67 D 0.148 0.240 0.121 0.008 0.381 0.003 0.012 0.028 0.013 0.012 0.036 68 P 0.050 0.162 0.046 0.006 0.115 0.008 0.016 0.289 0.216 0.063 0.030 69 L 0.045 0.080 0.024 0.010 0.075 0.019 0.071 0.347 0.217 0.086 0.023 70 E 0.054 0.060 0.025 0.020 0.071 0.041 0.105 0.381 0.136 0.082 0.026 71 H 0.073 0.085 0.041 0.023 0.108 0.025 0.048 0.244 0.123 0.171 0.058 72 H 0.095 0.087 0.040 0.022 0.111 0.026 0.041 0.214 0.136 0.163 0.065 73 H 0.078 0.113 0.047 0.026 0.121 0.028 0.055 0.211 0.142 0.129 0.052 74 H 0.080 0.095 0.044 0.025 0.120 0.024 0.061 0.201 0.133 0.160 0.056 75 H 0.090 0.124 0.065 0.027 0.141 0.026 0.056 0.159 0.114 0.146 0.053 76 H 0.106 0.158 0.079 0.026 0.170 0.019 0.035 0.157 0.094 0.105 0.051