# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.013 0.524 0.004 0.054 0.080 0.001 0.001 0.008 0.112 0.157 0.016 0.027 2 A 0.003 0.031 0.520 0.006 0.044 0.072 0.001 0.002 0.007 0.133 0.127 0.018 0.035 3 S 0.003 0.015 0.604 0.007 0.038 0.056 0.001 0.001 0.008 0.133 0.077 0.027 0.031 4 K 0.005 0.013 0.336 0.058 0.091 0.087 0.001 0.002 0.007 0.162 0.164 0.026 0.048 5 K 0.014 0.019 0.304 0.012 0.064 0.101 0.005 0.007 0.035 0.118 0.126 0.119 0.075 6 V 0.021 0.017 0.387 0.010 0.046 0.079 0.009 0.014 0.070 0.054 0.040 0.033 0.218 7 H 0.031 0.024 0.248 0.056 0.020 0.055 0.017 0.021 0.107 0.097 0.031 0.251 0.042 8 Q 0.028 0.018 0.182 0.016 0.017 0.028 0.014 0.023 0.170 0.043 0.026 0.031 0.404 9 I 0.046 0.017 0.252 0.070 0.010 0.031 0.024 0.030 0.108 0.057 0.023 0.258 0.075 10 N 0.043 0.018 0.266 0.016 0.010 0.021 0.016 0.024 0.097 0.052 0.028 0.089 0.320 11 V 0.044 0.024 0.229 0.015 0.030 0.045 0.015 0.023 0.088 0.056 0.046 0.128 0.259 12 K 0.031 0.014 0.198 0.111 0.083 0.076 0.010 0.018 0.036 0.106 0.189 0.065 0.065 13 G 0.027 0.012 0.247 0.014 0.089 0.066 0.011 0.014 0.041 0.147 0.205 0.061 0.067 14 F 0.041 0.019 0.265 0.011 0.054 0.048 0.015 0.020 0.062 0.068 0.096 0.034 0.268 15 F 0.045 0.039 0.315 0.037 0.032 0.044 0.014 0.011 0.033 0.139 0.058 0.190 0.044 16 D 0.020 0.017 0.454 0.019 0.029 0.038 0.004 0.003 0.032 0.126 0.077 0.029 0.152 17 M 0.030 0.013 0.402 0.050 0.045 0.083 0.007 0.007 0.030 0.116 0.070 0.053 0.094 18 D 0.041 0.016 0.288 0.048 0.031 0.088 0.011 0.010 0.036 0.085 0.040 0.252 0.054 19 V 0.048 0.012 0.233 0.014 0.046 0.131 0.015 0.008 0.045 0.032 0.050 0.028 0.338 20 M 0.088 0.021 0.172 0.167 0.031 0.153 0.031 0.029 0.049 0.038 0.026 0.131 0.065 21 E 0.066 0.011 0.132 0.007 0.023 0.128 0.014 0.020 0.073 0.032 0.015 0.350 0.129 22 V 0.021 0.011 0.241 0.028 0.033 0.212 0.004 0.007 0.030 0.052 0.041 0.026 0.293 23 T 0.009 0.015 0.336 0.129 0.038 0.203 0.002 0.003 0.017 0.084 0.059 0.063 0.042 24 E 0.005 0.009 0.283 0.006 0.074 0.241 0.001 0.003 0.012 0.102 0.096 0.076 0.091 25 Q 0.002 0.012 0.197 0.011 0.076 0.310 0.001 0.001 0.003 0.141 0.176 0.014 0.056 26 T 0.001 0.007 0.376 0.002 0.068 0.200 0.001 0.001 0.004 0.163 0.146 0.022 0.011 27 K 0.001 0.008 0.293 0.003 0.109 0.295 0.001 0.001 0.002 0.086 0.178 0.003 0.021 28 E 0.002 0.010 0.182 0.008 0.141 0.378 0.001 0.001 0.001 0.064 0.188 0.018 0.008 29 A 0.002 0.006 0.291 0.003 0.137 0.355 0.001 0.001 0.005 0.071 0.100 0.006 0.022 30 E 0.005 0.014 0.303 0.008 0.079 0.335 0.002 0.002 0.016 0.061 0.088 0.055 0.031 31 Y 0.005 0.032 0.300 0.004 0.050 0.279 0.004 0.011 0.038 0.084 0.087 0.027 0.080 32 T 0.004 0.030 0.409 0.007 0.028 0.242 0.003 0.005 0.040 0.126 0.064 0.021 0.022 33 Y 0.001 0.018 0.394 0.001 0.018 0.222 0.001 0.002 0.019 0.212 0.071 0.021 0.021 34 D 0.001 0.021 0.550 0.001 0.009 0.241 0.001 0.001 0.005 0.111 0.035 0.002 0.025 35 F 0.001 0.001 0.013 0.001 0.015 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.018 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 0.945 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.002 0.003 38 I 0.002 0.005 0.003 0.001 0.024 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.002 39 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.024 0.917 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.001 0.002 40 S 0.001 0.001 0.016 0.001 0.064 0.829 0.001 0.001 0.001 0.011 0.071 0.002 0.003 41 E 0.001 0.002 0.055 0.001 0.066 0.739 0.001 0.001 0.001 0.024 0.104 0.001 0.007 42 F 0.001 0.009 0.253 0.003 0.083 0.317 0.001 0.001 0.005 0.177 0.136 0.010 0.005 43 N 0.001 0.004 0.183 0.002 0.024 0.056 0.001 0.001 0.002 0.080 0.636 0.006 0.005 44 G 0.002 0.006 0.197 0.006 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.173 0.565 0.008 0.023 45 K 0.006 0.013 0.445 0.010 0.013 0.006 0.002 0.001 0.010 0.302 0.074 0.090 0.029 46 N 0.020 0.013 0.277 0.013 0.006 0.003 0.006 0.001 0.033 0.068 0.022 0.056 0.482 47 V 0.052 0.006 0.186 0.067 0.004 0.002 0.015 0.005 0.113 0.034 0.007 0.388 0.120 48 S 0.089 0.008 0.114 0.031 0.004 0.003 0.052 0.016 0.253 0.022 0.005 0.134 0.270 49 I 0.210 0.007 0.077 0.019 0.003 0.003 0.149 0.049 0.126 0.004 0.004 0.145 0.204 50 T 0.200 0.010 0.052 0.027 0.003 0.004 0.118 0.030 0.141 0.011 0.003 0.232 0.169 51 V 0.113 0.008 0.145 0.024 0.010 0.012 0.050 0.016 0.138 0.016 0.006 0.084 0.379 52 K 0.037 0.008 0.230 0.188 0.023 0.020 0.013 0.008 0.076 0.071 0.016 0.202 0.108 53 E 0.022 0.012 0.297 0.041 0.066 0.040 0.006 0.005 0.060 0.095 0.039 0.046 0.271 54 E 0.023 0.020 0.320 0.046 0.092 0.072 0.004 0.006 0.028 0.075 0.089 0.071 0.153 55 N 0.011 0.016 0.298 0.022 0.072 0.069 0.003 0.004 0.011 0.184 0.183 0.087 0.040 56 E 0.005 0.013 0.293 0.017 0.057 0.029 0.002 0.002 0.011 0.251 0.191 0.016 0.114 57 L 0.001 0.009 0.478 0.006 0.017 0.013 0.001 0.001 0.006 0.311 0.025 0.119 0.014 58 P 0.002 0.008 0.648 0.003 0.040 0.018 0.001 0.001 0.006 0.059 0.067 0.004 0.145 59 V 0.007 0.029 0.507 0.007 0.079 0.027 0.002 0.001 0.016 0.124 0.047 0.117 0.038 60 K 0.006 0.008 0.212 0.052 0.172 0.042 0.002 0.001 0.012 0.094 0.351 0.015 0.032 61 G 0.005 0.007 0.172 0.017 0.101 0.023 0.003 0.002 0.026 0.156 0.439 0.030 0.019 62 V 0.013 0.022 0.485 0.007 0.042 0.035 0.011 0.006 0.070 0.062 0.033 0.050 0.165 63 E 0.016 0.034 0.351 0.006 0.043 0.047 0.018 0.005 0.109 0.046 0.028 0.190 0.108 64 M 0.019 0.032 0.288 0.010 0.081 0.085 0.011 0.015 0.116 0.056 0.071 0.061 0.156 65 A 0.006 0.035 0.313 0.034 0.046 0.060 0.006 0.007 0.051 0.158 0.210 0.034 0.039 66 G 0.001 0.012 0.532 0.010 0.034 0.024 0.001 0.001 0.012 0.224 0.088 0.021 0.041