# TARGET T0309 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.500 0.238 0.125 0.083 0.037 0.014 0.002 2 A 0.405 0.219 0.158 0.127 0.067 0.021 0.002 3 S 0.522 0.251 0.125 0.069 0.025 0.007 0.001 4 K 0.544 0.270 0.119 0.048 0.015 0.003 0.001 5 K 0.383 0.305 0.184 0.086 0.031 0.009 0.001 6 V 0.092 0.134 0.202 0.269 0.215 0.080 0.008 7 H 0.149 0.227 0.226 0.203 0.132 0.055 0.008 8 Q 0.219 0.315 0.237 0.145 0.061 0.020 0.003 9 I 0.091 0.094 0.147 0.277 0.265 0.114 0.013 10 N 0.207 0.323 0.252 0.141 0.055 0.020 0.003 11 V 0.081 0.089 0.142 0.259 0.274 0.140 0.016 12 K 0.337 0.297 0.196 0.109 0.044 0.015 0.002 13 G 0.265 0.241 0.191 0.162 0.097 0.040 0.004 14 F 0.165 0.143 0.160 0.215 0.185 0.115 0.018 15 F 0.190 0.164 0.187 0.211 0.159 0.079 0.011 16 D 0.355 0.296 0.174 0.103 0.047 0.021 0.004 17 M 0.271 0.190 0.178 0.173 0.125 0.055 0.008 18 D 0.344 0.235 0.174 0.128 0.079 0.035 0.005 19 V 0.180 0.159 0.180 0.197 0.165 0.103 0.016 20 M 0.194 0.167 0.180 0.204 0.169 0.076 0.008 21 E 0.283 0.305 0.207 0.123 0.058 0.021 0.003 22 V 0.174 0.172 0.202 0.238 0.156 0.053 0.005 23 T 0.361 0.278 0.186 0.113 0.049 0.012 0.001 24 E 0.610 0.258 0.088 0.034 0.009 0.002 0.001 25 Q 0.562 0.253 0.117 0.052 0.014 0.003 0.001 26 T 0.602 0.218 0.099 0.055 0.020 0.004 0.001 27 K 0.587 0.262 0.101 0.039 0.009 0.001 0.001 28 E 0.586 0.272 0.097 0.035 0.009 0.002 0.001 29 A 0.394 0.231 0.184 0.130 0.051 0.009 0.001 30 E 0.407 0.386 0.150 0.044 0.011 0.002 0.001 31 Y 0.173 0.156 0.205 0.272 0.159 0.033 0.002 32 T 0.222 0.311 0.259 0.145 0.051 0.012 0.001 33 Y 0.162 0.188 0.212 0.235 0.154 0.046 0.004 34 D 0.265 0.348 0.225 0.110 0.039 0.011 0.001 35 F 0.056 0.054 0.113 0.275 0.351 0.143 0.008 36 K 0.269 0.345 0.237 0.113 0.029 0.006 0.001 37 E 0.295 0.433 0.185 0.065 0.017 0.004 0.001 38 I 0.074 0.076 0.141 0.307 0.299 0.097 0.006 39 L 0.069 0.168 0.260 0.301 0.161 0.039 0.002 40 S 0.412 0.352 0.146 0.064 0.021 0.005 0.001 41 E 0.256 0.353 0.231 0.119 0.033 0.007 0.001 42 F 0.139 0.133 0.189 0.269 0.205 0.061 0.004 43 N 0.488 0.314 0.133 0.049 0.013 0.003 0.001 44 G 0.566 0.256 0.113 0.047 0.015 0.003 0.001 45 K 0.490 0.286 0.143 0.060 0.017 0.003 0.001 46 N 0.290 0.336 0.211 0.115 0.039 0.008 0.001 47 V 0.088 0.116 0.199 0.284 0.234 0.075 0.004 48 S 0.128 0.288 0.287 0.195 0.079 0.022 0.002 49 I 0.043 0.063 0.118 0.258 0.333 0.171 0.014 50 T 0.114 0.271 0.278 0.216 0.092 0.025 0.002 51 V 0.040 0.119 0.248 0.346 0.204 0.042 0.001 52 K 0.358 0.394 0.180 0.054 0.011 0.002 0.001 53 E 0.543 0.311 0.105 0.033 0.007 0.001 0.001 54 E 0.534 0.260 0.134 0.055 0.014 0.002 0.001 55 N 0.427 0.324 0.167 0.065 0.016 0.002 0.001 56 E 0.454 0.339 0.148 0.048 0.009 0.001 0.001 57 L 0.130 0.167 0.241 0.292 0.144 0.025 0.001 58 P 0.269 0.346 0.227 0.114 0.037 0.007 0.001 59 V 0.147 0.157 0.218 0.269 0.166 0.041 0.002 60 K 0.486 0.290 0.136 0.060 0.021 0.006 0.001 61 G 0.387 0.253 0.167 0.123 0.055 0.015 0.001 62 V 0.296 0.178 0.168 0.188 0.122 0.045 0.003 63 E 0.405 0.318 0.165 0.078 0.026 0.007 0.001 64 M 0.392 0.256 0.169 0.113 0.051 0.018 0.002 65 A 0.513 0.218 0.131 0.085 0.040 0.012 0.001 66 G 0.686 0.177 0.078 0.038 0.015 0.005 0.001