# TARGET T0308 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2613 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.036 0.004 0.001 0.004 0.082 0.873 2 V 0.250 0.009 0.003 0.011 0.043 0.683 3 H 0.788 0.013 0.003 0.006 0.019 0.170 4 V 0.934 0.002 0.004 0.004 0.009 0.047 5 L 0.966 0.002 0.002 0.002 0.005 0.022 6 C 0.959 0.003 0.002 0.001 0.007 0.028 7 L 0.822 0.003 0.004 0.002 0.038 0.131 8 G 0.516 0.022 0.004 0.002 0.140 0.317 9 L 0.063 0.025 0.007 0.002 0.799 0.104 10 D 0.004 0.002 0.026 0.008 0.922 0.039 11 N 0.001 0.003 0.039 0.014 0.911 0.032 12 S 0.006 0.012 0.027 0.039 0.868 0.048 13 G 0.014 0.030 0.009 0.062 0.285 0.599 14 K 0.022 0.026 0.019 0.669 0.103 0.161 15 T 0.015 0.003 0.030 0.721 0.104 0.127 16 T 0.004 0.003 0.060 0.874 0.029 0.029 17 I 0.001 0.001 0.038 0.957 0.004 0.001 18 I 0.001 0.001 0.030 0.965 0.004 0.001 19 N 0.001 0.001 0.013 0.978 0.008 0.001 20 K 0.001 0.001 0.010 0.965 0.019 0.006 21 L 0.004 0.008 0.011 0.890 0.065 0.024 22 K 0.012 0.017 0.026 0.706 0.179 0.060 23 P 0.032 0.007 0.027 0.250 0.459 0.225 24 S 0.076 0.007 0.037 0.050 0.506 0.325 25 N 0.199 0.017 0.025 0.031 0.331 0.397 26 A 0.348 0.039 0.018 0.020 0.247 0.329 27 Q 0.319 0.031 0.017 0.016 0.284 0.332 28 S 0.253 0.018 0.025 0.013 0.391 0.299 29 Q 0.244 0.011 0.020 0.007 0.390 0.327 30 N 0.371 0.017 0.009 0.004 0.283 0.316 31 I 0.511 0.023 0.005 0.003 0.149 0.310 32 L 0.595 0.012 0.004 0.002 0.135 0.252 33 P 0.611 0.008 0.006 0.002 0.145 0.228 34 T 0.669 0.009 0.006 0.002 0.138 0.177 35 I 0.758 0.008 0.005 0.002 0.104 0.124 36 G 0.771 0.004 0.003 0.001 0.098 0.124 37 F 0.843 0.004 0.002 0.001 0.072 0.078 38 S 0.899 0.003 0.001 0.001 0.045 0.051 39 I 0.957 0.001 0.001 0.001 0.015 0.026 40 E 0.969 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 41 K 0.967 0.003 0.001 0.001 0.012 0.018 42 F 0.938 0.002 0.001 0.001 0.032 0.026 43 K 0.846 0.005 0.003 0.002 0.080 0.064 44 S 0.478 0.012 0.011 0.007 0.432 0.061 45 S 0.113 0.009 0.025 0.020 0.740 0.094 46 S 0.149 0.004 0.008 0.004 0.590 0.245 47 L 0.681 0.012 0.001 0.002 0.146 0.158 48 S 0.901 0.002 0.001 0.001 0.010 0.086 49 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 50 T 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 51 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 52 F 0.934 0.002 0.001 0.002 0.013 0.048 53 D 0.643 0.011 0.003 0.005 0.112 0.226 54 M 0.119 0.008 0.010 0.023 0.482 0.358 55 S 0.030 0.012 0.012 0.023 0.633 0.290 56 G 0.019 0.011 0.015 0.054 0.590 0.310 57 Q 0.033 0.012 0.044 0.302 0.366 0.243 58 G 0.049 0.014 0.076 0.561 0.195 0.105 59 R 0.034 0.007 0.080 0.569 0.185 0.125 60 Y 0.027 0.005 0.065 0.650 0.160 0.093 61 R 0.026 0.006 0.055 0.639 0.148 0.125 62 N 0.028 0.009 0.062 0.661 0.130 0.109 63 L 0.034 0.011 0.071 0.644 0.114 0.126 64 W 0.026 0.005 0.070 0.711 0.082 0.105 65 E 0.012 0.003 0.173 0.674 0.098 0.040 66 H 0.013 0.003 0.154 0.680 0.107 0.043 67 Y 0.025 0.005 0.137 0.611 0.156 0.065 68 Y 0.044 0.008 0.140 0.516 0.252 0.040 69 K 0.022 0.005 0.108 0.387 0.374 0.104 70 E 0.026 0.003 0.035 0.053 0.511 0.372 71 G 0.082 0.003 0.003 0.005 0.375 0.532 72 Q 0.235 0.003 0.001 0.001 0.087 0.674 73 A 0.982 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 74 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 75 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 76 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 77 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 78 I 0.870 0.005 0.001 0.001 0.031 0.093 79 D 0.521 0.017 0.003 0.002 0.343 0.115 80 S 0.093 0.007 0.028 0.011 0.750 0.111 81 S 0.030 0.008 0.024 0.008 0.835 0.095 82 D 0.027 0.010 0.021 0.022 0.831 0.088 83 R 0.016 0.005 0.107 0.223 0.518 0.132 84 L 0.021 0.014 0.142 0.358 0.395 0.070 85 R 0.017 0.006 0.129 0.507 0.267 0.075 86 M 0.009 0.002 0.078 0.759 0.110 0.042 87 V 0.007 0.002 0.053 0.838 0.067 0.032 88 V 0.010 0.003 0.042 0.854 0.047 0.045 89 A 0.007 0.001 0.009 0.939 0.017 0.027 90 K 0.005 0.001 0.004 0.959 0.015 0.017 91 E 0.003 0.001 0.004 0.969 0.011 0.012 92 E 0.004 0.001 0.005 0.963 0.013 0.014 93 L 0.003 0.001 0.004 0.969 0.012 0.011 94 D 0.002 0.001 0.004 0.970 0.014 0.010 95 T 0.001 0.001 0.004 0.973 0.011 0.011 96 L 0.002 0.001 0.006 0.957 0.017 0.017 97 L 0.004 0.001 0.014 0.910 0.038 0.033 98 N 0.006 0.002 0.015 0.819 0.077 0.082 99 H 0.008 0.002 0.016 0.690 0.103 0.181 100 P 0.008 0.003 0.023 0.449 0.154 0.363 101 D 0.006 0.006 0.082 0.333 0.297 0.276 102 I 0.006 0.006 0.221 0.306 0.326 0.136 103 K 0.008 0.005 0.237 0.226 0.385 0.139 104 H 0.007 0.003 0.413 0.112 0.416 0.049 105 R 0.005 0.003 0.226 0.085 0.574 0.106 106 R 0.011 0.004 0.078 0.017 0.580 0.310 107 I 0.070 0.006 0.006 0.003 0.422 0.491 108 P 0.230 0.005 0.002 0.001 0.110 0.652 109 I 0.964 0.004 0.001 0.001 0.006 0.026 110 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 111 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 112 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 113 A 0.920 0.003 0.001 0.001 0.011 0.066 114 N 0.556 0.010 0.002 0.004 0.145 0.283 115 K 0.084 0.007 0.069 0.024 0.459 0.356 116 M 0.060 0.022 0.071 0.044 0.454 0.348 117 D 0.029 0.008 0.063 0.050 0.474 0.376 118 L 0.016 0.005 0.055 0.084 0.492 0.348 119 R 0.011 0.007 0.112 0.161 0.555 0.154 120 D 0.008 0.002 0.125 0.331 0.414 0.120 121 A 0.012 0.004 0.062 0.315 0.428 0.180 122 V 0.010 0.008 0.025 0.423 0.266 0.268 123 T 0.022 0.010 0.022 0.395 0.203 0.347 124 S 0.022 0.008 0.032 0.560 0.169 0.208 125 V 0.025 0.007 0.036 0.625 0.119 0.188 126 K 0.027 0.003 0.043 0.742 0.085 0.100 127 V 0.026 0.003 0.030 0.760 0.080 0.101 128 S 0.024 0.003 0.018 0.718 0.094 0.144 129 Q 0.010 0.001 0.010 0.805 0.072 0.103 130 L 0.005 0.001 0.007 0.830 0.067 0.090 131 L 0.004 0.002 0.007 0.836 0.058 0.092 132 C 0.004 0.002 0.009 0.797 0.076 0.113 133 L 0.003 0.001 0.010 0.841 0.080 0.065 134 E 0.002 0.001 0.009 0.887 0.054 0.047 135 N 0.002 0.002 0.014 0.903 0.046 0.032 136 I 0.003 0.001 0.040 0.888 0.048 0.021 137 K 0.002 0.001 0.045 0.872 0.054 0.026 138 D 0.003 0.001 0.035 0.835 0.079 0.046 139 K 0.011 0.005 0.019 0.337 0.229 0.399 140 P 0.013 0.002 0.003 0.012 0.183 0.787 141 W 0.125 0.007 0.002 0.006 0.173 0.686 142 H 0.497 0.006 0.002 0.005 0.064 0.426 143 I 0.909 0.006 0.001 0.004 0.010 0.070 144 C 0.949 0.003 0.001 0.005 0.006 0.037 145 A 0.918 0.003 0.002 0.009 0.013 0.054 146 S 0.747 0.006 0.010 0.032 0.057 0.149 147 D 0.417 0.005 0.033 0.062 0.241 0.242 148 A 0.240 0.009 0.077 0.157 0.371 0.146 149 I 0.178 0.014 0.140 0.216 0.338 0.114 150 K 0.079 0.011 0.081 0.318 0.298 0.213 151 G 0.028 0.003 0.018 0.091 0.389 0.472 152 E 0.029 0.009 0.018 0.096 0.371 0.477 153 G 0.052 0.067 0.011 0.092 0.164 0.614 154 L 0.006 0.002 0.018 0.909 0.034 0.030 155 Q 0.001 0.001 0.015 0.970 0.010 0.004 156 E 0.001 0.001 0.015 0.978 0.005 0.002 157 G 0.001 0.001 0.008 0.990 0.002 0.001 158 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 159 D 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 160 W 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.002 161 L 0.001 0.001 0.012 0.972 0.012 0.004 162 Q 0.001 0.001 0.055 0.905 0.029 0.010 163 D 0.001 0.001 0.044 0.777 0.086 0.091 164 Q 0.001 0.001 0.024 0.433 0.108 0.433 165 I 0.001 0.002 0.001 0.021 0.024 0.952