# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2613 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.038 0.070 0.054 0.177 0.175 0.153 0.144 0.088 0.056 0.031 0.015 2 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.022 0.080 0.116 0.226 0.267 0.272 3 H 0.004 0.015 0.030 0.155 0.230 0.207 0.186 0.096 0.047 0.021 0.010 4 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.013 0.057 0.100 0.202 0.296 0.320 5 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.017 0.074 0.161 0.235 0.245 0.249 6 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 0.083 0.232 0.315 0.340 7 L 0.001 0.001 0.012 0.011 0.028 0.049 0.119 0.193 0.223 0.175 0.189 8 G 0.003 0.009 0.021 0.030 0.046 0.077 0.164 0.176 0.210 0.140 0.123 9 L 0.019 0.027 0.018 0.062 0.073 0.108 0.203 0.138 0.141 0.111 0.100 10 D 0.167 0.123 0.044 0.142 0.113 0.109 0.128 0.063 0.055 0.034 0.022 11 N 0.116 0.097 0.030 0.131 0.115 0.117 0.151 0.088 0.070 0.050 0.035 12 S 0.094 0.075 0.029 0.093 0.093 0.109 0.150 0.110 0.104 0.077 0.064 13 G 0.044 0.060 0.039 0.106 0.103 0.107 0.149 0.104 0.112 0.094 0.081 14 K 0.023 0.043 0.038 0.114 0.129 0.139 0.175 0.107 0.099 0.077 0.055 15 T 0.010 0.012 0.015 0.044 0.058 0.083 0.159 0.151 0.184 0.161 0.122 16 T 0.007 0.013 0.014 0.059 0.078 0.099 0.195 0.178 0.145 0.118 0.093 17 I 0.002 0.006 0.011 0.024 0.027 0.030 0.080 0.128 0.218 0.248 0.226 18 I 0.002 0.003 0.008 0.014 0.027 0.042 0.111 0.131 0.214 0.229 0.221 19 N 0.027 0.034 0.098 0.149 0.143 0.123 0.166 0.085 0.083 0.059 0.033 20 K 0.017 0.032 0.046 0.145 0.144 0.151 0.220 0.115 0.068 0.043 0.020 21 L 0.005 0.005 0.006 0.008 0.012 0.024 0.090 0.145 0.223 0.253 0.230 22 K 0.098 0.141 0.063 0.175 0.146 0.118 0.119 0.067 0.037 0.021 0.013 23 P 0.185 0.161 0.124 0.152 0.123 0.086 0.069 0.039 0.031 0.019 0.011 24 S 0.357 0.146 0.049 0.120 0.105 0.079 0.070 0.032 0.023 0.011 0.007 25 N 0.430 0.168 0.045 0.123 0.081 0.054 0.046 0.023 0.018 0.008 0.004 26 A 0.154 0.095 0.053 0.101 0.092 0.092 0.126 0.095 0.083 0.063 0.046 27 Q 0.120 0.158 0.070 0.150 0.124 0.107 0.111 0.071 0.044 0.025 0.019 28 S 0.129 0.133 0.089 0.148 0.116 0.096 0.098 0.069 0.056 0.039 0.026 29 Q 0.264 0.147 0.072 0.155 0.126 0.088 0.064 0.036 0.026 0.015 0.008 30 N 0.256 0.128 0.061 0.135 0.114 0.092 0.077 0.049 0.048 0.026 0.014 31 I 0.074 0.067 0.031 0.100 0.100 0.112 0.165 0.121 0.105 0.075 0.051 32 L 0.047 0.060 0.044 0.101 0.099 0.102 0.146 0.125 0.111 0.090 0.075 33 P 0.074 0.076 0.071 0.120 0.103 0.105 0.139 0.103 0.092 0.069 0.049 34 T 0.149 0.150 0.091 0.190 0.145 0.098 0.073 0.044 0.031 0.018 0.010 35 I 0.075 0.051 0.025 0.061 0.073 0.097 0.159 0.130 0.145 0.109 0.075 36 G 0.255 0.197 0.057 0.181 0.122 0.073 0.052 0.030 0.019 0.009 0.005 37 F 0.065 0.055 0.038 0.078 0.084 0.101 0.160 0.125 0.122 0.099 0.073 38 S 0.148 0.206 0.078 0.199 0.127 0.083 0.072 0.041 0.025 0.013 0.008 39 I 0.076 0.060 0.052 0.121 0.126 0.127 0.162 0.092 0.087 0.061 0.037 40 E 0.215 0.116 0.144 0.181 0.111 0.075 0.074 0.031 0.025 0.017 0.009 41 K 0.118 0.124 0.082 0.252 0.169 0.105 0.086 0.037 0.017 0.007 0.002 42 F 0.012 0.008 0.011 0.010 0.016 0.036 0.104 0.167 0.212 0.226 0.196 43 K 0.171 0.288 0.086 0.239 0.119 0.056 0.026 0.010 0.004 0.001 0.001 44 S 0.215 0.125 0.140 0.113 0.094 0.075 0.075 0.054 0.049 0.038 0.021 45 S 0.347 0.202 0.043 0.137 0.105 0.067 0.053 0.024 0.012 0.006 0.003 46 S 0.456 0.217 0.057 0.119 0.071 0.040 0.019 0.011 0.007 0.002 0.001 47 L 0.036 0.029 0.019 0.039 0.062 0.097 0.156 0.165 0.154 0.141 0.103 48 S 0.110 0.220 0.088 0.232 0.167 0.099 0.043 0.024 0.011 0.004 0.002 49 F 0.001 0.002 0.004 0.007 0.011 0.027 0.080 0.119 0.209 0.274 0.267 50 T 0.023 0.065 0.054 0.202 0.223 0.164 0.128 0.074 0.035 0.020 0.013 51 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.009 0.018 0.065 0.091 0.223 0.294 0.288 52 F 0.005 0.006 0.015 0.030 0.048 0.066 0.134 0.149 0.186 0.190 0.172 53 D 0.002 0.006 0.011 0.039 0.051 0.073 0.177 0.175 0.193 0.158 0.115 54 M 0.002 0.003 0.008 0.012 0.017 0.029 0.079 0.128 0.211 0.247 0.265 55 S 0.013 0.016 0.015 0.039 0.055 0.079 0.161 0.182 0.186 0.139 0.115 56 G 0.033 0.071 0.049 0.117 0.116 0.115 0.148 0.114 0.113 0.072 0.052 57 Q 0.034 0.033 0.024 0.076 0.091 0.111 0.193 0.121 0.136 0.100 0.080 58 G 0.178 0.092 0.075 0.161 0.120 0.095 0.114 0.059 0.054 0.034 0.018 59 R 0.040 0.071 0.071 0.177 0.135 0.132 0.176 0.079 0.059 0.038 0.021 60 Y 0.013 0.025 0.042 0.052 0.058 0.092 0.204 0.151 0.150 0.128 0.084 61 R 0.048 0.054 0.106 0.164 0.151 0.143 0.162 0.073 0.049 0.034 0.017 62 N 0.154 0.118 0.266 0.191 0.101 0.073 0.052 0.023 0.013 0.007 0.002 63 L 0.024 0.044 0.043 0.082 0.092 0.122 0.212 0.149 0.110 0.076 0.045 64 W 0.022 0.028 0.023 0.038 0.050 0.090 0.183 0.162 0.174 0.134 0.098 65 E 0.114 0.101 0.173 0.252 0.172 0.095 0.053 0.018 0.012 0.006 0.002 66 H 0.080 0.057 0.159 0.165 0.129 0.124 0.138 0.063 0.043 0.028 0.014 67 Y 0.009 0.017 0.018 0.043 0.042 0.058 0.168 0.165 0.189 0.162 0.129 68 Y 0.010 0.012 0.023 0.028 0.039 0.070 0.169 0.170 0.178 0.167 0.134 69 K 0.060 0.110 0.232 0.258 0.144 0.084 0.057 0.024 0.015 0.010 0.006 70 E 0.088 0.132 0.108 0.182 0.178 0.144 0.089 0.043 0.023 0.010 0.003 71 G 0.005 0.005 0.003 0.011 0.016 0.037 0.109 0.137 0.222 0.231 0.223 72 Q 0.040 0.065 0.033 0.169 0.187 0.184 0.161 0.079 0.048 0.021 0.012 73 A 0.001 0.002 0.008 0.023 0.036 0.052 0.139 0.144 0.186 0.212 0.198 74 I 0.001 0.001 0.003 0.009 0.017 0.028 0.098 0.147 0.205 0.222 0.270 75 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.046 0.108 0.237 0.288 0.302 76 F 0.001 0.001 0.005 0.007 0.018 0.026 0.087 0.161 0.227 0.237 0.232 77 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.016 0.061 0.127 0.261 0.254 0.267 78 I 0.001 0.001 0.005 0.007 0.016 0.032 0.109 0.161 0.254 0.221 0.193 79 D 0.004 0.012 0.025 0.068 0.091 0.120 0.239 0.175 0.126 0.080 0.059 80 S 0.004 0.005 0.008 0.014 0.019 0.037 0.125 0.153 0.211 0.210 0.215 81 S 0.081 0.087 0.046 0.116 0.121 0.125 0.161 0.108 0.080 0.044 0.031 82 D 0.126 0.142 0.083 0.169 0.123 0.102 0.112 0.055 0.046 0.027 0.016 83 R 0.190 0.115 0.058 0.156 0.144 0.120 0.117 0.046 0.030 0.016 0.008 84 L 0.244 0.132 0.094 0.150 0.092 0.077 0.090 0.047 0.040 0.023 0.012 85 R 0.062 0.131 0.099 0.179 0.139 0.135 0.134 0.063 0.034 0.017 0.007 86 M 0.032 0.037 0.079 0.092 0.100 0.135 0.212 0.122 0.094 0.063 0.034 87 V 0.187 0.097 0.269 0.188 0.101 0.068 0.051 0.020 0.011 0.006 0.002 88 V 0.059 0.116 0.171 0.207 0.136 0.124 0.107 0.045 0.022 0.010 0.003 89 A 0.011 0.023 0.039 0.033 0.038 0.074 0.193 0.178 0.178 0.143 0.091 90 K 0.099 0.099 0.144 0.220 0.184 0.130 0.082 0.023 0.011 0.005 0.002 91 E 0.223 0.100 0.460 0.134 0.046 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 92 E 0.019 0.044 0.060 0.101 0.100 0.148 0.279 0.133 0.065 0.036 0.017 93 L 0.007 0.011 0.017 0.023 0.032 0.078 0.230 0.193 0.184 0.137 0.089 94 D 0.074 0.067 0.480 0.196 0.098 0.046 0.023 0.007 0.005 0.003 0.001 95 T 0.049 0.069 0.294 0.247 0.144 0.098 0.070 0.019 0.007 0.003 0.001 96 L 0.008 0.005 0.015 0.014 0.016 0.032 0.137 0.158 0.229 0.220 0.164 97 L 0.045 0.050 0.076 0.109 0.117 0.138 0.209 0.109 0.072 0.046 0.030 98 N 0.094 0.156 0.459 0.169 0.070 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 99 H 0.071 0.050 0.054 0.088 0.116 0.152 0.213 0.125 0.064 0.041 0.024 100 P 0.502 0.166 0.059 0.077 0.057 0.046 0.039 0.025 0.019 0.007 0.003 101 D 0.338 0.186 0.109 0.176 0.094 0.046 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 102 I 0.086 0.049 0.044 0.046 0.072 0.106 0.171 0.143 0.118 0.092 0.074 103 K 0.181 0.251 0.098 0.232 0.109 0.060 0.039 0.016 0.009 0.003 0.002 104 H 0.144 0.126 0.146 0.159 0.117 0.098 0.092 0.049 0.033 0.023 0.012 105 R 0.204 0.141 0.086 0.165 0.119 0.097 0.087 0.045 0.028 0.017 0.010 106 R 0.220 0.205 0.088 0.181 0.121 0.085 0.050 0.027 0.016 0.006 0.002 107 I 0.017 0.023 0.019 0.044 0.068 0.114 0.168 0.164 0.159 0.132 0.092 108 P 0.040 0.062 0.056 0.152 0.150 0.162 0.152 0.092 0.072 0.037 0.025 109 I 0.003 0.005 0.013 0.042 0.059 0.089 0.192 0.163 0.169 0.152 0.112 110 L 0.001 0.002 0.009 0.020 0.029 0.039 0.106 0.142 0.196 0.217 0.239 111 F 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.013 0.054 0.108 0.236 0.281 0.291 112 F 0.001 0.003 0.015 0.020 0.036 0.049 0.117 0.169 0.209 0.206 0.175 113 A 0.002 0.006 0.020 0.028 0.044 0.071 0.151 0.165 0.215 0.162 0.135 114 N 0.007 0.013 0.021 0.045 0.058 0.090 0.185 0.160 0.183 0.138 0.101 115 K 0.025 0.025 0.029 0.076 0.085 0.112 0.209 0.133 0.135 0.102 0.069 116 M 0.077 0.057 0.066 0.124 0.105 0.119 0.178 0.095 0.084 0.057 0.038 117 D 0.037 0.064 0.049 0.126 0.106 0.118 0.206 0.108 0.084 0.059 0.043 118 L 0.044 0.051 0.047 0.076 0.071 0.085 0.182 0.126 0.124 0.110 0.084 119 R 0.183 0.140 0.111 0.196 0.141 0.092 0.074 0.029 0.019 0.010 0.005 120 D 0.286 0.163 0.155 0.164 0.101 0.062 0.039 0.015 0.010 0.004 0.001 121 A 0.163 0.086 0.072 0.138 0.108 0.103 0.151 0.076 0.054 0.032 0.017 122 V 0.148 0.099 0.099 0.113 0.102 0.108 0.140 0.079 0.058 0.034 0.018 123 T 0.082 0.156 0.217 0.193 0.118 0.090 0.074 0.036 0.020 0.010 0.004 124 S 0.091 0.092 0.144 0.152 0.140 0.135 0.130 0.060 0.032 0.016 0.007 125 V 0.332 0.103 0.155 0.121 0.085 0.070 0.060 0.032 0.024 0.012 0.005 126 K 0.195 0.185 0.146 0.208 0.114 0.075 0.048 0.017 0.008 0.003 0.001 127 V 0.021 0.035 0.048 0.049 0.053 0.086 0.195 0.166 0.148 0.119 0.080 128 S 0.069 0.123 0.137 0.178 0.149 0.135 0.111 0.051 0.028 0.014 0.007 129 Q 0.160 0.118 0.354 0.189 0.097 0.051 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 130 L 0.091 0.042 0.141 0.133 0.106 0.129 0.175 0.085 0.052 0.032 0.014 131 L 0.016 0.034 0.053 0.079 0.076 0.117 0.245 0.147 0.120 0.072 0.041 132 C 0.008 0.032 0.144 0.092 0.078 0.107 0.184 0.127 0.105 0.083 0.040 133 L 0.023 0.038 0.234 0.176 0.171 0.153 0.125 0.041 0.020 0.013 0.005 134 E 0.177 0.085 0.338 0.171 0.089 0.064 0.043 0.016 0.010 0.004 0.001 135 N 0.047 0.044 0.064 0.124 0.099 0.115 0.229 0.124 0.084 0.048 0.022 136 I 0.017 0.016 0.034 0.021 0.030 0.057 0.173 0.168 0.181 0.167 0.137 137 K 0.079 0.174 0.245 0.278 0.123 0.055 0.030 0.009 0.004 0.002 0.001 138 D 0.245 0.164 0.284 0.124 0.082 0.052 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 139 K 0.206 0.099 0.042 0.099 0.099 0.113 0.148 0.088 0.057 0.031 0.018 140 P 0.369 0.237 0.068 0.121 0.088 0.058 0.028 0.017 0.010 0.003 0.001 141 W 0.015 0.014 0.023 0.035 0.053 0.089 0.155 0.158 0.176 0.153 0.129 142 H 0.045 0.103 0.099 0.222 0.165 0.129 0.120 0.059 0.030 0.016 0.011 143 I 0.004 0.006 0.021 0.039 0.040 0.054 0.131 0.128 0.190 0.217 0.172 144 C 0.013 0.018 0.045 0.056 0.064 0.081 0.161 0.144 0.151 0.151 0.116 145 A 0.021 0.047 0.051 0.170 0.157 0.147 0.166 0.111 0.072 0.041 0.017 146 S 0.011 0.010 0.017 0.021 0.033 0.060 0.127 0.160 0.215 0.202 0.144 147 D 0.169 0.147 0.096 0.218 0.142 0.088 0.072 0.033 0.021 0.010 0.005 148 A 0.083 0.060 0.054 0.103 0.085 0.093 0.172 0.105 0.103 0.086 0.056 149 I 0.176 0.165 0.088 0.148 0.116 0.091 0.100 0.048 0.033 0.021 0.015 150 K 0.150 0.243 0.077 0.184 0.114 0.086 0.077 0.036 0.021 0.010 0.004 151 G 0.363 0.144 0.082 0.117 0.109 0.077 0.048 0.030 0.018 0.008 0.003 152 E 0.541 0.125 0.061 0.105 0.060 0.044 0.031 0.017 0.010 0.004 0.002 153 G 0.067 0.177 0.067 0.142 0.156 0.129 0.103 0.077 0.050 0.021 0.009 154 L 0.001 0.003 0.005 0.010 0.015 0.038 0.115 0.140 0.218 0.212 0.242 155 Q 0.057 0.066 0.175 0.249 0.206 0.127 0.073 0.025 0.013 0.006 0.002 156 E 0.018 0.032 0.118 0.299 0.160 0.141 0.140 0.058 0.019 0.010 0.003 157 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.007 0.034 0.094 0.257 0.325 0.271 158 V 0.001 0.001 0.004 0.011 0.031 0.108 0.262 0.215 0.190 0.118 0.061 159 D 0.019 0.029 0.600 0.178 0.097 0.044 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 160 W 0.001 0.005 0.019 0.081 0.114 0.220 0.398 0.121 0.026 0.011 0.004 161 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.178 0.347 0.437 162 Q 0.002 0.005 0.028 0.040 0.127 0.222 0.343 0.126 0.056 0.037 0.014 163 D 0.016 0.040 0.781 0.104 0.035 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 164 Q 0.021 0.029 0.055 0.107 0.125 0.224 0.308 0.091 0.028 0.009 0.003 165 I 0.023 0.013 0.016 0.013 0.013 0.027 0.116 0.159 0.224 0.224 0.172