# TARGET T0308 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2613 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.295 0.410 0.207 0.072 0.015 0.002 0.001 2 V 0.008 0.045 0.116 0.307 0.388 0.132 0.005 3 H 0.002 0.035 0.107 0.259 0.364 0.219 0.014 4 V 0.001 0.001 0.003 0.021 0.103 0.543 0.329 5 L 0.001 0.001 0.002 0.011 0.047 0.319 0.619 6 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.198 0.779 7 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.082 0.393 0.495 8 G 0.006 0.018 0.044 0.109 0.246 0.402 0.174 9 L 0.021 0.077 0.131 0.226 0.253 0.216 0.076 10 D 0.066 0.182 0.206 0.218 0.186 0.107 0.035 11 N 0.135 0.213 0.210 0.198 0.148 0.077 0.019 12 S 0.097 0.141 0.176 0.235 0.192 0.129 0.031 13 G 0.032 0.052 0.084 0.178 0.290 0.292 0.072 14 K 0.012 0.052 0.093 0.171 0.249 0.285 0.138 15 T 0.029 0.091 0.144 0.208 0.228 0.219 0.081 16 T 0.011 0.048 0.120 0.257 0.264 0.218 0.081 17 I 0.006 0.007 0.009 0.032 0.125 0.476 0.345 18 I 0.006 0.016 0.044 0.147 0.309 0.388 0.089 19 N 0.021 0.101 0.194 0.268 0.243 0.157 0.016 20 K 0.007 0.034 0.125 0.319 0.335 0.169 0.011 21 L 0.008 0.028 0.063 0.186 0.412 0.284 0.018 22 K 0.101 0.290 0.308 0.214 0.073 0.013 0.001 23 P 0.433 0.380 0.132 0.045 0.009 0.001 0.001 24 S 0.451 0.346 0.138 0.051 0.011 0.002 0.001 25 N 0.611 0.268 0.089 0.025 0.005 0.001 0.001 26 A 0.317 0.214 0.188 0.180 0.084 0.016 0.001 27 Q 0.321 0.237 0.197 0.150 0.078 0.017 0.001 28 S 0.393 0.298 0.167 0.099 0.035 0.008 0.001 29 Q 0.291 0.280 0.201 0.144 0.062 0.020 0.003 30 N 0.166 0.194 0.199 0.212 0.149 0.068 0.011 31 I 0.135 0.195 0.179 0.200 0.181 0.095 0.015 32 L 0.072 0.141 0.190 0.244 0.203 0.126 0.025 33 P 0.083 0.111 0.126 0.204 0.240 0.196 0.039 34 T 0.112 0.197 0.207 0.212 0.159 0.092 0.022 35 I 0.098 0.127 0.155 0.235 0.221 0.138 0.026 36 G 0.165 0.227 0.199 0.195 0.133 0.070 0.012 37 F 0.118 0.158 0.195 0.231 0.186 0.096 0.016 38 S 0.141 0.237 0.232 0.204 0.124 0.055 0.007 39 I 0.098 0.191 0.241 0.250 0.155 0.061 0.005 40 E 0.060 0.136 0.179 0.257 0.253 0.108 0.007 41 K 0.103 0.326 0.315 0.180 0.061 0.014 0.001 42 F 0.030 0.060 0.130 0.327 0.327 0.121 0.005 43 K 0.362 0.398 0.161 0.063 0.014 0.002 0.001 44 S 0.320 0.265 0.192 0.153 0.060 0.009 0.001 45 S 0.558 0.311 0.098 0.028 0.004 0.001 0.001 46 S 0.474 0.415 0.089 0.018 0.003 0.001 0.001 47 L 0.009 0.063 0.173 0.396 0.304 0.053 0.001 48 S 0.010 0.150 0.335 0.367 0.117 0.020 0.001 49 F 0.001 0.001 0.005 0.039 0.254 0.575 0.126 50 T 0.002 0.025 0.117 0.274 0.346 0.208 0.028 51 V 0.002 0.005 0.012 0.040 0.133 0.474 0.334 52 F 0.003 0.011 0.025 0.065 0.147 0.381 0.368 53 D 0.004 0.015 0.033 0.079 0.150 0.398 0.320 54 M 0.009 0.026 0.042 0.090 0.182 0.352 0.298 55 S 0.034 0.061 0.078 0.128 0.200 0.294 0.204 56 G 0.068 0.108 0.118 0.169 0.204 0.222 0.110 57 Q 0.048 0.078 0.115 0.203 0.249 0.224 0.083 58 G 0.104 0.187 0.185 0.194 0.172 0.123 0.035 59 R 0.113 0.192 0.216 0.215 0.145 0.091 0.028 60 Y 0.051 0.069 0.102 0.200 0.282 0.238 0.058 61 R 0.071 0.135 0.187 0.237 0.209 0.130 0.030 62 N 0.291 0.263 0.177 0.125 0.079 0.051 0.013 63 L 0.086 0.120 0.158 0.220 0.216 0.160 0.041 64 W 0.062 0.067 0.084 0.157 0.263 0.301 0.065 65 E 0.098 0.174 0.211 0.242 0.177 0.082 0.014 66 H 0.146 0.260 0.214 0.187 0.130 0.056 0.007 67 Y 0.051 0.099 0.169 0.279 0.256 0.134 0.012 68 Y 0.028 0.053 0.090 0.221 0.341 0.246 0.022 69 K 0.109 0.268 0.236 0.219 0.130 0.036 0.002 70 E 0.084 0.288 0.300 0.233 0.078 0.017 0.001 71 G 0.011 0.034 0.071 0.187 0.376 0.303 0.019 72 Q 0.002 0.023 0.105 0.283 0.384 0.190 0.012 73 A 0.001 0.002 0.011 0.048 0.163 0.580 0.196 74 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.294 0.670 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.105 0.889 76 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.104 0.884 77 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.146 0.836 78 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.041 0.289 0.657 79 D 0.002 0.007 0.024 0.078 0.232 0.419 0.238 80 S 0.005 0.018 0.044 0.102 0.271 0.426 0.135 81 S 0.040 0.112 0.188 0.291 0.231 0.115 0.022 82 D 0.164 0.269 0.236 0.176 0.107 0.043 0.005 83 R 0.256 0.284 0.210 0.156 0.068 0.023 0.002 84 L 0.426 0.292 0.148 0.081 0.037 0.014 0.002 85 R 0.187 0.259 0.247 0.177 0.095 0.032 0.003 86 M 0.101 0.158 0.219 0.273 0.188 0.058 0.004 87 V 0.413 0.326 0.150 0.070 0.029 0.011 0.002 88 V 0.193 0.309 0.260 0.157 0.061 0.017 0.003 89 A 0.038 0.066 0.115 0.232 0.325 0.204 0.021 90 K 0.146 0.259 0.276 0.194 0.088 0.032 0.004 91 E 0.223 0.438 0.220 0.080 0.028 0.011 0.001 92 E 0.030 0.082 0.158 0.269 0.304 0.146 0.010 93 L 0.015 0.042 0.128 0.300 0.340 0.165 0.010 94 D 0.247 0.446 0.203 0.073 0.023 0.007 0.001 95 T 0.118 0.276 0.311 0.210 0.071 0.013 0.001 96 L 0.023 0.039 0.087 0.264 0.399 0.182 0.007 97 L 0.147 0.257 0.264 0.207 0.098 0.026 0.001 98 N 0.465 0.317 0.125 0.063 0.022 0.006 0.001 99 H 0.221 0.257 0.229 0.184 0.084 0.023 0.002 100 P 0.388 0.240 0.168 0.122 0.060 0.020 0.002 101 D 0.490 0.247 0.122 0.081 0.041 0.016 0.002 102 I 0.412 0.254 0.156 0.112 0.051 0.014 0.001 103 K 0.330 0.274 0.189 0.138 0.056 0.011 0.001 104 H 0.282 0.243 0.185 0.170 0.097 0.022 0.001 105 R 0.294 0.311 0.207 0.136 0.045 0.007 0.001 106 R 0.195 0.389 0.248 0.128 0.035 0.005 0.001 107 I 0.009 0.045 0.122 0.295 0.374 0.150 0.006 108 P 0.002 0.019 0.083 0.275 0.379 0.225 0.017 109 I 0.001 0.001 0.006 0.034 0.157 0.523 0.278 110 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.319 0.640 111 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.219 0.754 112 F 0.001 0.001 0.003 0.012 0.042 0.251 0.691 113 A 0.001 0.004 0.011 0.034 0.095 0.363 0.493 114 N 0.002 0.008 0.027 0.087 0.237 0.448 0.192 115 K 0.005 0.028 0.077 0.169 0.349 0.314 0.059 116 M 0.030 0.110 0.227 0.280 0.227 0.113 0.013 117 D 0.107 0.211 0.263 0.230 0.139 0.047 0.003 118 L 0.119 0.189 0.218 0.262 0.170 0.041 0.002 119 R 0.438 0.311 0.152 0.071 0.022 0.005 0.001 120 D 0.623 0.212 0.099 0.046 0.016 0.004 0.001 121 A 0.567 0.233 0.113 0.061 0.021 0.005 0.001 122 V 0.584 0.220 0.118 0.055 0.018 0.004 0.001 123 T 0.564 0.244 0.103 0.057 0.025 0.007 0.001 124 S 0.423 0.250 0.171 0.109 0.038 0.008 0.001 125 V 0.604 0.249 0.089 0.043 0.013 0.003 0.001 126 K 0.540 0.272 0.116 0.054 0.016 0.003 0.001 127 V 0.402 0.230 0.160 0.134 0.061 0.013 0.001 128 S 0.420 0.276 0.164 0.095 0.036 0.008 0.001 129 Q 0.625 0.235 0.087 0.039 0.011 0.003 0.001 130 L 0.555 0.248 0.106 0.058 0.024 0.008 0.001 131 L 0.282 0.248 0.194 0.152 0.091 0.031 0.003 132 C 0.211 0.230 0.208 0.197 0.114 0.037 0.003 133 L 0.358 0.292 0.177 0.114 0.045 0.013 0.001 134 E 0.398 0.323 0.155 0.084 0.031 0.008 0.001 135 N 0.158 0.173 0.201 0.253 0.167 0.045 0.002 136 I 0.199 0.183 0.197 0.234 0.141 0.043 0.003 137 K 0.505 0.293 0.121 0.057 0.018 0.005 0.001 138 D 0.426 0.289 0.145 0.089 0.039 0.011 0.001 139 K 0.185 0.234 0.228 0.206 0.112 0.032 0.002 140 P 0.197 0.335 0.239 0.150 0.060 0.017 0.001 141 W 0.029 0.054 0.100 0.230 0.347 0.219 0.023 142 H 0.025 0.103 0.199 0.300 0.253 0.110 0.011 143 I 0.007 0.016 0.040 0.125 0.281 0.415 0.117 144 C 0.006 0.016 0.038 0.110 0.239 0.403 0.189 145 A 0.012 0.038 0.079 0.150 0.212 0.323 0.186 146 S 0.005 0.011 0.024 0.077 0.202 0.433 0.248 147 D 0.016 0.051 0.092 0.172 0.279 0.302 0.088 148 A 0.016 0.033 0.058 0.138 0.276 0.385 0.095 149 I 0.047 0.119 0.176 0.276 0.246 0.117 0.018 150 K 0.163 0.286 0.277 0.183 0.069 0.021 0.002 151 G 0.221 0.334 0.224 0.143 0.061 0.017 0.002 152 E 0.255 0.345 0.228 0.122 0.040 0.009 0.001 153 G 0.093 0.196 0.238 0.234 0.170 0.062 0.007 154 L 0.010 0.034 0.077 0.216 0.375 0.257 0.030 155 Q 0.036 0.246 0.352 0.257 0.093 0.015 0.001 156 E 0.044 0.220 0.342 0.290 0.090 0.014 0.001 157 G 0.007 0.013 0.021 0.085 0.303 0.510 0.061 158 V 0.002 0.008 0.028 0.136 0.371 0.411 0.044 159 D 0.042 0.277 0.404 0.216 0.053 0.008 0.001 160 W 0.021 0.081 0.239 0.412 0.207 0.039 0.001 161 L 0.008 0.014 0.017 0.067 0.287 0.560 0.046 162 Q 0.029 0.112 0.273 0.367 0.188 0.031 0.001 163 D 0.254 0.514 0.172 0.049 0.009 0.002 0.001 164 Q 0.108 0.194 0.331 0.293 0.067 0.007 0.001 165 I 0.163 0.188 0.191 0.230 0.181 0.045 0.002