# TARGET T0308 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7493 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.001 0.002 0.796 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.085 0.065 0.004 0.005 0.030 2 V 0.001 0.002 0.337 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.593 0.015 0.001 0.013 0.027 3 H 0.001 0.001 0.041 0.002 0.001 0.001 0.016 0.058 0.858 0.007 0.001 0.010 0.007 4 V 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.069 0.600 0.317 0.001 0.001 0.001 0.005 5 L 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.854 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 6 C 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.802 0.068 0.001 0.001 0.002 0.002 7 L 0.017 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.055 0.648 0.244 0.001 0.001 0.011 0.006 8 G 0.011 0.004 0.278 0.020 0.001 0.001 0.024 0.058 0.484 0.048 0.005 0.018 0.051 9 L 0.001 0.016 0.569 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.092 0.254 0.019 0.017 0.020 10 D 0.001 0.006 0.112 0.003 0.032 0.006 0.001 0.001 0.003 0.353 0.480 0.001 0.004 11 N 0.001 0.005 0.058 0.001 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 0.233 0.652 0.002 0.001 12 S 0.001 0.027 0.193 0.001 0.059 0.049 0.001 0.001 0.003 0.225 0.424 0.002 0.013 13 G 0.010 0.029 0.418 0.001 0.020 0.078 0.001 0.001 0.005 0.239 0.154 0.016 0.029 14 K 0.031 0.018 0.121 0.001 0.018 0.614 0.004 0.002 0.004 0.065 0.045 0.036 0.044 15 T 0.032 0.009 0.042 0.001 0.017 0.804 0.004 0.002 0.002 0.011 0.018 0.012 0.046 16 T 0.036 0.003 0.020 0.004 0.013 0.874 0.003 0.001 0.001 0.007 0.009 0.015 0.013 17 I 0.017 0.002 0.008 0.002 0.029 0.910 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.003 0.012 18 I 0.016 0.001 0.009 0.008 0.055 0.867 0.002 0.001 0.001 0.003 0.019 0.008 0.011 19 N 0.019 0.002 0.012 0.011 0.141 0.686 0.002 0.001 0.001 0.011 0.085 0.008 0.022 20 K 0.032 0.005 0.036 0.002 0.114 0.551 0.003 0.001 0.003 0.025 0.190 0.012 0.025 21 L 0.019 0.038 0.181 0.003 0.048 0.327 0.005 0.001 0.006 0.151 0.149 0.020 0.050 22 K 0.002 0.027 0.482 0.014 0.021 0.083 0.001 0.001 0.003 0.243 0.075 0.021 0.028 23 P 0.001 0.006 0.265 0.007 0.117 0.124 0.001 0.001 0.001 0.136 0.317 0.005 0.021 24 S 0.001 0.003 0.207 0.005 0.176 0.137 0.001 0.001 0.001 0.115 0.346 0.004 0.006 25 N 0.001 0.008 0.396 0.005 0.122 0.115 0.001 0.001 0.004 0.149 0.178 0.007 0.015 26 A 0.001 0.016 0.615 0.005 0.050 0.103 0.001 0.001 0.009 0.097 0.055 0.013 0.035 27 Q 0.002 0.035 0.523 0.004 0.051 0.112 0.001 0.001 0.016 0.089 0.062 0.054 0.049 28 S 0.005 0.027 0.390 0.008 0.100 0.143 0.002 0.003 0.015 0.075 0.130 0.013 0.090 29 Q 0.005 0.014 0.308 0.015 0.067 0.100 0.002 0.002 0.012 0.212 0.165 0.068 0.031 30 N 0.009 0.014 0.404 0.008 0.046 0.064 0.003 0.002 0.020 0.152 0.131 0.038 0.110 31 I 0.018 0.054 0.440 0.011 0.012 0.036 0.005 0.001 0.023 0.184 0.037 0.034 0.144 32 L 0.007 0.022 0.476 0.014 0.006 0.017 0.002 0.001 0.020 0.184 0.019 0.193 0.039 33 P 0.011 0.020 0.521 0.025 0.014 0.015 0.004 0.001 0.025 0.117 0.077 0.012 0.158 34 T 0.065 0.045 0.301 0.013 0.028 0.019 0.013 0.006 0.035 0.116 0.090 0.170 0.099 35 I 0.078 0.030 0.188 0.018 0.043 0.027 0.018 0.006 0.035 0.163 0.111 0.089 0.195 36 G 0.073 0.008 0.245 0.043 0.023 0.014 0.011 0.001 0.016 0.157 0.129 0.186 0.095 37 F 0.127 0.014 0.246 0.066 0.008 0.004 0.017 0.001 0.016 0.106 0.050 0.058 0.287 38 S 0.161 0.015 0.176 0.007 0.004 0.002 0.024 0.001 0.029 0.030 0.013 0.349 0.189 39 I 0.193 0.006 0.072 0.019 0.006 0.003 0.019 0.001 0.021 0.018 0.008 0.052 0.582 40 E 0.150 0.001 0.031 0.042 0.002 0.001 0.009 0.001 0.010 0.016 0.002 0.695 0.040 41 K 0.099 0.002 0.033 0.012 0.001 0.001 0.015 0.001 0.023 0.005 0.001 0.020 0.788 42 F 0.141 0.006 0.048 0.022 0.001 0.002 0.027 0.001 0.030 0.004 0.002 0.614 0.102 43 K 0.168 0.023 0.088 0.018 0.001 0.002 0.036 0.004 0.043 0.009 0.006 0.031 0.573 44 S 0.085 0.027 0.183 0.018 0.011 0.006 0.019 0.004 0.024 0.044 0.087 0.343 0.148 45 S 0.001 0.001 0.019 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.875 0.003 0.003 46 S 0.001 0.001 0.022 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.822 0.001 0.004 47 L 0.051 0.005 0.391 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 0.031 0.092 0.004 0.304 0.087 48 S 0.138 0.002 0.131 0.005 0.001 0.001 0.232 0.023 0.142 0.017 0.001 0.033 0.278 49 F 0.225 0.001 0.028 0.006 0.001 0.001 0.397 0.123 0.049 0.001 0.001 0.132 0.038 50 T 0.212 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 0.516 0.154 0.034 0.001 0.001 0.015 0.044 51 V 0.113 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.529 0.228 0.073 0.001 0.001 0.027 0.015 52 F 0.176 0.001 0.034 0.011 0.001 0.001 0.433 0.153 0.118 0.001 0.001 0.018 0.054 53 D 0.076 0.004 0.306 0.010 0.001 0.001 0.101 0.115 0.226 0.015 0.002 0.063 0.080 54 M 0.003 0.004 0.734 0.013 0.005 0.002 0.003 0.004 0.051 0.101 0.029 0.028 0.024 55 S 0.001 0.007 0.278 0.001 0.030 0.011 0.001 0.001 0.012 0.225 0.426 0.002 0.008 56 G 0.001 0.006 0.165 0.001 0.037 0.020 0.001 0.001 0.001 0.518 0.246 0.003 0.002 57 Q 0.001 0.014 0.313 0.001 0.078 0.162 0.001 0.001 0.005 0.278 0.134 0.004 0.011 58 G 0.001 0.009 0.111 0.001 0.113 0.472 0.001 0.001 0.001 0.061 0.215 0.003 0.010 59 R 0.005 0.016 0.109 0.001 0.072 0.590 0.001 0.001 0.002 0.054 0.131 0.011 0.009 60 Y 0.003 0.005 0.052 0.001 0.064 0.784 0.001 0.001 0.002 0.014 0.061 0.002 0.013 61 R 0.001 0.001 0.029 0.003 0.033 0.874 0.001 0.001 0.001 0.018 0.033 0.005 0.002 62 N 0.005 0.002 0.028 0.001 0.030 0.858 0.001 0.001 0.001 0.016 0.040 0.005 0.014 63 L 0.005 0.002 0.032 0.001 0.021 0.884 0.001 0.001 0.002 0.015 0.025 0.004 0.008 64 W 0.002 0.003 0.052 0.001 0.014 0.888 0.001 0.001 0.002 0.012 0.011 0.005 0.010 65 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.033 0.926 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.003 66 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 0.887 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.002 0.002 67 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 0.898 0.001 0.001 0.001 0.004 0.054 0.001 0.001 68 Y 0.001 0.003 0.014 0.001 0.039 0.874 0.001 0.001 0.001 0.015 0.053 0.001 0.001 69 K 0.001 0.001 0.011 0.001 0.054 0.595 0.001 0.002 0.001 0.032 0.303 0.001 0.001 70 E 0.002 0.004 0.052 0.001 0.054 0.259 0.001 0.005 0.002 0.048 0.571 0.001 0.002 71 G 0.001 0.002 0.823 0.001 0.002 0.007 0.001 0.006 0.055 0.084 0.008 0.003 0.007 72 Q 0.001 0.001 0.182 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.774 0.004 0.001 0.001 73 A 0.002 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.045 0.574 0.352 0.008 0.001 0.001 0.002 74 I 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.059 0.893 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.934 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 76 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.918 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.073 0.659 0.244 0.001 0.001 0.001 0.003 78 I 0.049 0.002 0.058 0.005 0.001 0.001 0.090 0.171 0.572 0.005 0.001 0.027 0.020 79 D 0.004 0.007 0.483 0.009 0.001 0.001 0.004 0.012 0.341 0.041 0.007 0.034 0.057 80 S 0.001 0.008 0.367 0.005 0.075 0.011 0.001 0.001 0.023 0.158 0.310 0.005 0.034 81 S 0.001 0.007 0.164 0.003 0.086 0.024 0.001 0.001 0.004 0.236 0.461 0.009 0.004 82 D 0.001 0.007 0.239 0.003 0.083 0.042 0.001 0.001 0.002 0.398 0.220 0.002 0.005 83 R 0.001 0.006 0.253 0.001 0.065 0.198 0.001 0.001 0.002 0.211 0.250 0.002 0.010 84 L 0.003 0.027 0.234 0.001 0.056 0.360 0.001 0.001 0.007 0.124 0.148 0.021 0.016 85 R 0.006 0.030 0.256 0.001 0.036 0.489 0.001 0.001 0.011 0.062 0.052 0.009 0.045 86 M 0.002 0.002 0.072 0.001 0.009 0.879 0.001 0.001 0.002 0.012 0.011 0.003 0.007 87 V 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.001 88 V 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.003 89 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 90 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 91 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 94 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 95 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 97 L 0.001 0.002 0.006 0.001 0.012 0.863 0.001 0.001 0.001 0.007 0.107 0.001 0.001 98 N 0.001 0.003 0.029 0.001 0.012 0.453 0.001 0.001 0.001 0.033 0.468 0.001 0.001 99 H 0.001 0.002 0.577 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.380 0.019 0.001 0.001 100 P 0.001 0.012 0.330 0.002 0.089 0.049 0.001 0.001 0.001 0.106 0.408 0.001 0.002 101 D 0.001 0.009 0.208 0.002 0.162 0.069 0.001 0.001 0.001 0.178 0.363 0.002 0.007 102 I 0.001 0.035 0.236 0.002 0.283 0.134 0.001 0.001 0.005 0.146 0.130 0.010 0.016 103 K 0.002 0.037 0.274 0.003 0.166 0.157 0.001 0.001 0.005 0.090 0.229 0.009 0.027 104 H 0.002 0.031 0.237 0.003 0.164 0.078 0.001 0.001 0.008 0.149 0.294 0.011 0.020 105 R 0.001 0.005 0.281 0.010 0.077 0.011 0.001 0.002 0.009 0.189 0.399 0.007 0.008 106 R 0.004 0.010 0.324 0.011 0.021 0.001 0.004 0.001 0.037 0.301 0.257 0.005 0.024 107 I 0.002 0.004 0.520 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.152 0.238 0.001 0.066 0.011 108 P 0.003 0.002 0.476 0.016 0.001 0.001 0.014 0.010 0.397 0.034 0.001 0.003 0.044 109 I 0.010 0.001 0.024 0.003 0.001 0.001 0.115 0.419 0.411 0.001 0.001 0.009 0.008 110 L 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.128 0.758 0.096 0.001 0.001 0.002 0.002 111 F 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.873 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.851 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.031 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.078 0.441 0.385 0.002 0.001 0.011 0.014 114 N 0.024 0.005 0.298 0.031 0.002 0.001 0.020 0.041 0.430 0.047 0.003 0.031 0.068 115 K 0.005 0.010 0.412 0.016 0.049 0.034 0.003 0.006 0.096 0.192 0.122 0.027 0.028 116 M 0.003 0.014 0.362 0.003 0.063 0.050 0.002 0.001 0.020 0.270 0.171 0.013 0.029 117 D 0.002 0.032 0.475 0.005 0.049 0.095 0.001 0.001 0.007 0.193 0.106 0.013 0.020 118 L 0.001 0.023 0.310 0.001 0.111 0.274 0.001 0.001 0.003 0.111 0.140 0.008 0.018 119 R 0.002 0.005 0.081 0.001 0.192 0.405 0.001 0.001 0.001 0.065 0.230 0.005 0.011 120 D 0.002 0.004 0.103 0.005 0.190 0.390 0.001 0.001 0.001 0.075 0.213 0.006 0.010 121 A 0.003 0.005 0.146 0.003 0.127 0.444 0.001 0.001 0.002 0.066 0.176 0.007 0.019 122 V 0.003 0.010 0.274 0.005 0.032 0.417 0.001 0.001 0.004 0.104 0.097 0.022 0.031 123 T 0.004 0.012 0.356 0.005 0.022 0.381 0.001 0.001 0.008 0.081 0.067 0.026 0.038 124 S 0.004 0.006 0.232 0.005 0.021 0.548 0.002 0.001 0.010 0.065 0.056 0.008 0.044 125 V 0.007 0.005 0.167 0.006 0.013 0.617 0.003 0.002 0.013 0.066 0.037 0.041 0.022 126 K 0.006 0.006 0.213 0.001 0.007 0.642 0.004 0.002 0.019 0.018 0.013 0.022 0.046 127 V 0.005 0.008 0.142 0.002 0.006 0.737 0.004 0.001 0.021 0.015 0.011 0.018 0.030 128 S 0.005 0.002 0.163 0.002 0.006 0.740 0.002 0.001 0.010 0.020 0.011 0.014 0.023 129 Q 0.003 0.001 0.014 0.001 0.006 0.952 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.003 0.004 130 L 0.002 0.001 0.012 0.001 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.003 0.002 131 L 0.002 0.001 0.008 0.001 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.002 132 C 0.002 0.001 0.016 0.001 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.002 0.003 133 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.002 134 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.020 0.903 0.001 0.001 0.001 0.006 0.059 0.001 0.001 135 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.036 0.845 0.001 0.001 0.001 0.009 0.098 0.001 0.001 136 I 0.001 0.005 0.031 0.001 0.067 0.727 0.001 0.001 0.001 0.024 0.142 0.001 0.002 137 K 0.001 0.004 0.060 0.001 0.072 0.454 0.001 0.001 0.001 0.044 0.359 0.002 0.002 138 D 0.001 0.004 0.140 0.001 0.051 0.151 0.001 0.001 0.001 0.131 0.515 0.002 0.004 139 K 0.001 0.008 0.385 0.002 0.011 0.018 0.001 0.001 0.004 0.439 0.126 0.003 0.004 140 P 0.001 0.006 0.679 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.009 0.134 0.139 0.003 0.008 141 W 0.001 0.011 0.579 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.193 0.146 0.005 0.012 0.037 142 H 0.003 0.008 0.169 0.003 0.001 0.001 0.009 0.004 0.625 0.034 0.001 0.125 0.017 143 I 0.006 0.013 0.064 0.001 0.001 0.001 0.024 0.015 0.616 0.002 0.001 0.004 0.256 144 C 0.005 0.004 0.061 0.031 0.001 0.001 0.017 0.013 0.739 0.003 0.001 0.118 0.007 145 A 0.006 0.003 0.140 0.006 0.001 0.001 0.014 0.021 0.653 0.005 0.001 0.006 0.145 146 S 0.016 0.018 0.293 0.038 0.007 0.007 0.023 0.056 0.378 0.041 0.011 0.049 0.061 147 D 0.012 0.037 0.307 0.009 0.022 0.025 0.007 0.037 0.286 0.080 0.037 0.081 0.060 148 A 0.004 0.006 0.174 0.004 0.222 0.085 0.002 0.006 0.028 0.083 0.349 0.005 0.032 149 I 0.006 0.008 0.074 0.001 0.168 0.088 0.001 0.003 0.008 0.074 0.548 0.014 0.008 150 K 0.001 0.011 0.037 0.001 0.102 0.050 0.001 0.001 0.002 0.090 0.698 0.002 0.004 151 G 0.001 0.003 0.183 0.001 0.024 0.023 0.001 0.001 0.001 0.288 0.470 0.003 0.004 152 E 0.002 0.023 0.438 0.002 0.018 0.066 0.001 0.001 0.001 0.264 0.161 0.008 0.016 153 G 0.003 0.109 0.391 0.001 0.021 0.170 0.001 0.001 0.004 0.159 0.098 0.012 0.032 154 L 0.001 0.003 0.096 0.001 0.020 0.819 0.001 0.001 0.002 0.028 0.024 0.002 0.006 155 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 156 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.953 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 157 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 159 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 160 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 162 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 163 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.001 0.001 164 Q 0.001 0.001 0.013 0.001 0.017 0.854 0.001 0.001 0.001 0.004 0.112 0.001 0.001 165 I 0.001 0.004 0.733 0.001 0.009 0.136 0.001 0.001 0.001 0.098 0.017 0.001 0.001