# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7493 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.005 0.001 0.001 0.060 0.039 0.028 0.181 0.002 0.001 0.018 0.666 2 V 0.002 0.002 0.001 0.296 0.041 0.029 0.105 0.001 0.001 0.050 0.475 3 H 0.001 0.001 0.001 0.855 0.037 0.034 0.010 0.001 0.001 0.036 0.027 4 V 0.001 0.001 0.001 0.770 0.031 0.036 0.014 0.001 0.001 0.029 0.119 5 L 0.001 0.001 0.001 0.951 0.021 0.011 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 6 C 0.001 0.001 0.001 0.900 0.014 0.027 0.007 0.001 0.001 0.027 0.024 7 L 0.002 0.001 0.001 0.824 0.018 0.046 0.021 0.001 0.001 0.030 0.059 8 G 0.033 0.002 0.001 0.404 0.025 0.088 0.123 0.001 0.002 0.044 0.276 9 L 0.101 0.011 0.002 0.093 0.018 0.037 0.204 0.004 0.003 0.098 0.429 10 D 0.090 0.097 0.002 0.017 0.009 0.011 0.141 0.007 0.002 0.065 0.561 11 N 0.108 0.140 0.001 0.010 0.011 0.018 0.128 0.010 0.001 0.058 0.515 12 S 0.015 0.083 0.001 0.015 0.016 0.027 0.112 0.002 0.001 0.378 0.349 13 G 0.005 0.465 0.002 0.009 0.025 0.023 0.035 0.003 0.001 0.293 0.140 14 K 0.014 0.910 0.002 0.001 0.004 0.004 0.006 0.009 0.001 0.009 0.041 15 T 0.013 0.634 0.002 0.006 0.008 0.011 0.008 0.003 0.001 0.258 0.056 16 T 0.008 0.868 0.005 0.002 0.002 0.003 0.007 0.004 0.002 0.055 0.044 17 I 0.087 0.732 0.020 0.003 0.002 0.003 0.010 0.062 0.007 0.032 0.043 18 I 0.121 0.449 0.068 0.008 0.004 0.006 0.028 0.056 0.061 0.076 0.122 19 N 0.207 0.047 0.001 0.005 0.004 0.007 0.132 0.002 0.001 0.034 0.559 20 K 0.012 0.023 0.008 0.022 0.005 0.012 0.153 0.002 0.004 0.044 0.716 21 L 0.019 0.013 0.016 0.023 0.004 0.008 0.224 0.004 0.007 0.034 0.647 22 K 0.448 0.035 0.004 0.013 0.007 0.010 0.081 0.021 0.004 0.073 0.304 23 P 0.215 0.025 0.002 0.006 0.001 0.002 0.085 0.005 0.001 0.063 0.595 24 S 0.054 0.009 0.002 0.012 0.004 0.014 0.099 0.003 0.001 0.055 0.746 25 N 0.030 0.013 0.002 0.023 0.015 0.038 0.106 0.003 0.001 0.052 0.717 26 A 0.050 0.024 0.003 0.022 0.037 0.050 0.102 0.004 0.001 0.046 0.661 27 Q 0.113 0.025 0.006 0.040 0.080 0.082 0.091 0.011 0.003 0.077 0.472 28 S 0.107 0.013 0.002 0.017 0.033 0.059 0.097 0.008 0.001 0.042 0.621 29 Q 0.096 0.004 0.001 0.025 0.029 0.051 0.100 0.005 0.001 0.032 0.657 30 N 0.017 0.003 0.001 0.057 0.054 0.085 0.108 0.002 0.001 0.025 0.649 31 I 0.007 0.003 0.001 0.038 0.049 0.075 0.087 0.002 0.001 0.023 0.715 32 L 0.020 0.001 0.001 0.039 0.186 0.100 0.112 0.008 0.001 0.037 0.495 33 P 0.025 0.003 0.001 0.074 0.070 0.075 0.099 0.003 0.001 0.028 0.621 34 T 0.047 0.002 0.001 0.045 0.040 0.059 0.083 0.002 0.001 0.034 0.687 35 I 0.014 0.001 0.001 0.045 0.059 0.081 0.122 0.007 0.001 0.030 0.639 36 G 0.063 0.009 0.002 0.043 0.032 0.062 0.124 0.004 0.001 0.034 0.626 37 F 0.030 0.004 0.003 0.072 0.105 0.166 0.111 0.004 0.001 0.049 0.454 38 S 0.019 0.005 0.001 0.065 0.106 0.231 0.092 0.003 0.001 0.045 0.432 39 I 0.016 0.007 0.001 0.048 0.120 0.203 0.079 0.002 0.001 0.041 0.481 40 E 0.002 0.002 0.001 0.064 0.251 0.421 0.038 0.001 0.001 0.030 0.191 41 K 0.002 0.001 0.001 0.037 0.208 0.465 0.030 0.001 0.001 0.038 0.218 42 F 0.001 0.001 0.003 0.070 0.330 0.318 0.036 0.001 0.002 0.036 0.204 43 K 0.248 0.001 0.004 0.032 0.138 0.197 0.039 0.006 0.005 0.103 0.227 44 S 0.443 0.001 0.001 0.008 0.013 0.018 0.042 0.002 0.001 0.055 0.417 45 S 0.004 0.001 0.001 0.005 0.007 0.018 0.085 0.002 0.001 0.010 0.870 46 S 0.002 0.001 0.001 0.014 0.010 0.021 0.136 0.001 0.001 0.013 0.802 47 L 0.001 0.001 0.001 0.082 0.325 0.180 0.083 0.001 0.001 0.048 0.279 48 S 0.002 0.001 0.001 0.266 0.167 0.203 0.036 0.001 0.001 0.072 0.255 49 F 0.001 0.001 0.001 0.285 0.199 0.190 0.029 0.001 0.001 0.034 0.261 50 T 0.001 0.001 0.001 0.544 0.150 0.152 0.024 0.001 0.001 0.044 0.083 51 V 0.007 0.001 0.001 0.396 0.127 0.138 0.045 0.001 0.001 0.083 0.202 52 F 0.003 0.001 0.001 0.455 0.065 0.117 0.078 0.001 0.001 0.033 0.247 53 D 0.120 0.006 0.002 0.164 0.032 0.064 0.117 0.003 0.003 0.056 0.435 54 M 0.187 0.011 0.004 0.052 0.025 0.029 0.114 0.004 0.003 0.079 0.493 55 S 0.029 0.014 0.001 0.015 0.011 0.018 0.124 0.004 0.001 0.025 0.757 56 G 0.160 0.123 0.003 0.010 0.016 0.022 0.099 0.010 0.001 0.034 0.521 57 Q 0.179 0.169 0.002 0.010 0.023 0.027 0.098 0.020 0.001 0.049 0.422 58 G 0.099 0.166 0.003 0.012 0.025 0.043 0.095 0.008 0.001 0.066 0.482 59 R 0.040 0.419 0.004 0.016 0.035 0.052 0.077 0.007 0.001 0.044 0.306 60 Y 0.066 0.556 0.004 0.012 0.027 0.034 0.049 0.012 0.001 0.027 0.213 61 R 0.066 0.489 0.004 0.019 0.043 0.050 0.047 0.009 0.001 0.053 0.218 62 N 0.034 0.562 0.005 0.016 0.021 0.039 0.047 0.006 0.002 0.045 0.222 63 L 0.048 0.640 0.014 0.013 0.020 0.024 0.032 0.011 0.004 0.051 0.144 64 W 0.078 0.711 0.007 0.006 0.013 0.018 0.022 0.025 0.003 0.019 0.098 65 E 0.122 0.369 0.006 0.010 0.015 0.026 0.045 0.011 0.003 0.056 0.338 66 H 0.072 0.096 0.051 0.018 0.017 0.027 0.089 0.007 0.022 0.156 0.444 67 Y 0.219 0.033 0.010 0.011 0.013 0.020 0.116 0.012 0.005 0.107 0.453 68 Y 0.187 0.014 0.008 0.020 0.008 0.014 0.109 0.006 0.006 0.083 0.545 69 K 0.071 0.006 0.002 0.022 0.007 0.011 0.155 0.002 0.001 0.033 0.690 70 E 0.009 0.001 0.001 0.035 0.009 0.019 0.150 0.001 0.001 0.024 0.748 71 G 0.007 0.001 0.001 0.084 0.036 0.035 0.164 0.001 0.001 0.049 0.622 72 Q 0.002 0.001 0.001 0.506 0.043 0.064 0.072 0.001 0.001 0.056 0.255 73 A 0.001 0.001 0.001 0.609 0.048 0.082 0.030 0.001 0.001 0.061 0.170 74 I 0.001 0.001 0.001 0.827 0.057 0.045 0.006 0.001 0.001 0.032 0.032 75 I 0.001 0.001 0.001 0.855 0.047 0.046 0.004 0.001 0.001 0.017 0.030 76 F 0.001 0.001 0.001 0.788 0.073 0.078 0.005 0.001 0.001 0.026 0.030 77 V 0.001 0.001 0.001 0.578 0.113 0.167 0.020 0.001 0.001 0.051 0.070 78 I 0.004 0.001 0.001 0.331 0.120 0.282 0.050 0.001 0.001 0.070 0.140 79 D 0.137 0.022 0.004 0.117 0.084 0.149 0.120 0.003 0.008 0.089 0.268 80 S 0.147 0.027 0.007 0.033 0.038 0.052 0.132 0.007 0.007 0.062 0.488 81 S 0.104 0.092 0.002 0.008 0.016 0.024 0.114 0.012 0.002 0.034 0.592 82 D 0.304 0.234 0.004 0.005 0.013 0.017 0.065 0.014 0.002 0.028 0.314 83 R 0.114 0.352 0.004 0.005 0.016 0.024 0.060 0.013 0.001 0.019 0.391 84 L 0.054 0.442 0.002 0.004 0.033 0.047 0.055 0.010 0.001 0.018 0.333 85 R 0.033 0.702 0.003 0.003 0.016 0.015 0.034 0.006 0.001 0.022 0.164 86 M 0.025 0.837 0.002 0.002 0.006 0.007 0.015 0.004 0.001 0.012 0.088 87 V 0.020 0.898 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.002 0.001 0.017 0.045 88 V 0.004 0.927 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.022 0.031 89 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 90 K 0.012 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.072 0.015 91 E 0.002 0.275 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.695 0.018 92 E 0.005 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.016 0.014 93 L 0.030 0.870 0.014 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.003 0.020 0.032 94 D 0.066 0.334 0.013 0.004 0.001 0.001 0.034 0.007 0.009 0.342 0.189 95 T 0.108 0.390 0.004 0.003 0.001 0.002 0.054 0.012 0.003 0.120 0.304 96 L 0.247 0.065 0.036 0.009 0.001 0.003 0.077 0.019 0.015 0.155 0.373 97 L 0.056 0.075 0.010 0.021 0.003 0.008 0.169 0.002 0.008 0.038 0.610 98 N 0.015 0.072 0.001 0.003 0.001 0.003 0.075 0.001 0.001 0.005 0.824 99 H 0.407 0.102 0.008 0.002 0.004 0.004 0.074 0.061 0.004 0.072 0.262 100 P 0.232 0.057 0.005 0.003 0.001 0.002 0.082 0.015 0.004 0.070 0.529 101 D 0.228 0.075 0.005 0.005 0.001 0.006 0.048 0.003 0.002 0.021 0.606 102 I 0.218 0.035 0.012 0.007 0.006 0.007 0.061 0.004 0.003 0.055 0.591 103 K 0.061 0.009 0.001 0.006 0.009 0.013 0.096 0.007 0.001 0.034 0.762 104 H 0.213 0.009 0.001 0.009 0.009 0.008 0.076 0.002 0.001 0.032 0.640 105 R 0.024 0.002 0.001 0.040 0.035 0.029 0.181 0.001 0.001 0.019 0.668 106 R 0.005 0.002 0.001 0.026 0.008 0.017 0.151 0.002 0.001 0.015 0.775 107 I 0.007 0.004 0.001 0.304 0.095 0.031 0.140 0.002 0.001 0.038 0.379 108 P 0.001 0.003 0.001 0.703 0.038 0.045 0.040 0.001 0.001 0.028 0.143 109 I 0.001 0.001 0.001 0.689 0.084 0.110 0.010 0.001 0.001 0.046 0.060 110 L 0.001 0.001 0.001 0.898 0.029 0.019 0.006 0.001 0.001 0.010 0.037 111 F 0.001 0.001 0.001 0.801 0.084 0.060 0.005 0.001 0.001 0.029 0.019 112 F 0.007 0.002 0.001 0.723 0.043 0.080 0.019 0.001 0.001 0.061 0.065 113 A 0.014 0.005 0.001 0.567 0.056 0.111 0.060 0.001 0.001 0.046 0.138 114 N 0.032 0.015 0.001 0.189 0.091 0.196 0.130 0.003 0.001 0.076 0.264 115 K 0.083 0.034 0.004 0.085 0.098 0.126 0.158 0.003 0.003 0.060 0.346 116 M 0.023 0.043 0.004 0.035 0.053 0.080 0.147 0.006 0.003 0.035 0.572 117 D 0.180 0.306 0.006 0.008 0.021 0.029 0.083 0.019 0.005 0.049 0.294 118 L 0.336 0.262 0.011 0.005 0.005 0.010 0.052 0.019 0.004 0.046 0.250 119 R 0.138 0.106 0.004 0.006 0.009 0.018 0.065 0.008 0.002 0.079 0.566 120 D 0.074 0.125 0.006 0.008 0.016 0.029 0.094 0.004 0.002 0.116 0.526 121 A 0.067 0.302 0.007 0.009 0.015 0.019 0.080 0.009 0.002 0.053 0.436 122 V 0.103 0.367 0.005 0.007 0.019 0.020 0.058 0.016 0.002 0.034 0.369 123 T 0.113 0.424 0.002 0.006 0.011 0.018 0.055 0.011 0.001 0.040 0.321 124 S 0.047 0.245 0.004 0.011 0.008 0.013 0.062 0.006 0.001 0.258 0.344 125 V 0.017 0.657 0.004 0.007 0.006 0.008 0.038 0.006 0.001 0.063 0.194 126 K 0.022 0.827 0.002 0.004 0.002 0.004 0.012 0.004 0.001 0.020 0.103 127 V 0.008 0.881 0.003 0.004 0.002 0.002 0.010 0.003 0.001 0.022 0.064 128 S 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.014 129 Q 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.009 130 L 0.017 0.844 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.083 0.038 131 L 0.016 0.607 0.025 0.003 0.001 0.001 0.023 0.004 0.008 0.221 0.091 132 C 0.050 0.814 0.011 0.001 0.001 0.001 0.013 0.027 0.002 0.026 0.053 133 L 0.076 0.541 0.018 0.004 0.002 0.004 0.027 0.011 0.012 0.076 0.228 134 E 0.060 0.191 0.067 0.005 0.002 0.006 0.063 0.005 0.041 0.098 0.461 135 N 0.322 0.035 0.011 0.002 0.002 0.008 0.045 0.022 0.006 0.103 0.444 136 I 0.309 0.005 0.007 0.005 0.001 0.004 0.045 0.004 0.004 0.069 0.547 137 K 0.035 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.057 0.001 0.001 0.011 0.884 138 D 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.060 0.001 0.001 0.006 0.922 139 K 0.021 0.001 0.001 0.005 0.029 0.011 0.182 0.015 0.001 0.032 0.704 140 P 0.021 0.002 0.001 0.057 0.009 0.015 0.153 0.003 0.001 0.027 0.714 141 W 0.009 0.001 0.001 0.082 0.023 0.054 0.122 0.002 0.001 0.036 0.669 142 H 0.006 0.002 0.001 0.431 0.112 0.131 0.059 0.001 0.001 0.039 0.218 143 I 0.002 0.002 0.001 0.345 0.053 0.098 0.055 0.001 0.001 0.022 0.420 144 C 0.002 0.002 0.001 0.322 0.265 0.180 0.033 0.001 0.001 0.026 0.167 145 A 0.008 0.005 0.001 0.261 0.109 0.143 0.066 0.002 0.001 0.031 0.374 146 S 0.009 0.004 0.001 0.172 0.203 0.209 0.050 0.003 0.001 0.057 0.292 147 D 0.036 0.009 0.004 0.214 0.102 0.183 0.086 0.003 0.003 0.114 0.246 148 A 0.071 0.007 0.005 0.097 0.106 0.155 0.074 0.003 0.003 0.077 0.401 149 I 0.106 0.014 0.003 0.083 0.067 0.085 0.113 0.005 0.003 0.071 0.450 150 K 0.069 0.041 0.001 0.016 0.012 0.018 0.099 0.005 0.001 0.034 0.703 151 G 0.139 0.204 0.001 0.006 0.006 0.009 0.075 0.007 0.001 0.025 0.527 152 E 0.009 0.138 0.001 0.014 0.017 0.022 0.112 0.006 0.001 0.036 0.645 153 G 0.009 0.879 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.027 0.065 154 L 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.011 155 Q 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 0.010 156 E 0.004 0.924 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.061 0.006 157 G 0.001 0.950 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.028 0.012 158 V 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.004 159 D 0.005 0.892 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.069 0.026 160 W 0.023 0.708 0.035 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.013 0.129 0.066 161 L 0.195 0.532 0.037 0.003 0.001 0.001 0.018 0.051 0.018 0.075 0.069 162 Q 0.263 0.153 0.034 0.005 0.001 0.003 0.049 0.019 0.033 0.094 0.344 163 D 0.108 0.047 0.002 0.005 0.002 0.004 0.103 0.002 0.001 0.025 0.704 164 Q 0.016 0.030 0.004 0.011 0.002 0.006 0.123 0.002 0.002 0.029 0.775 165 I 0.076 0.019 0.007 0.015 0.007 0.008 0.163 0.014 0.003 0.054 0.633