# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7493 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.017 0.001 0.021 0.029 0.032 0.058 0.005 0.837 2 V 0.010 0.001 0.069 0.084 0.077 0.046 0.002 0.713 3 H 0.009 0.001 0.395 0.256 0.266 0.026 0.002 0.046 4 V 0.001 0.001 0.645 0.093 0.110 0.006 0.001 0.145 5 L 0.001 0.001 0.934 0.035 0.030 0.001 0.001 0.001 6 C 0.001 0.001 0.904 0.040 0.042 0.001 0.001 0.012 7 L 0.001 0.001 0.974 0.009 0.015 0.001 0.001 0.002 8 G 0.001 0.001 0.852 0.029 0.045 0.018 0.001 0.057 9 L 0.001 0.001 0.515 0.026 0.090 0.061 0.001 0.308 10 D 0.001 0.001 0.063 0.011 0.041 0.112 0.001 0.772 11 N 0.018 0.001 0.012 0.004 0.010 0.198 0.005 0.751 12 S 0.149 0.002 0.010 0.004 0.004 0.301 0.012 0.518 13 G 0.138 0.029 0.033 0.017 0.011 0.263 0.028 0.481 14 K 0.090 0.071 0.081 0.022 0.043 0.233 0.008 0.451 15 T 0.006 0.098 0.032 0.018 0.038 0.070 0.002 0.737 16 T 0.034 0.270 0.021 0.028 0.080 0.180 0.006 0.381 17 I 0.034 0.727 0.013 0.013 0.029 0.058 0.005 0.121 18 I 0.020 0.889 0.005 0.007 0.018 0.012 0.004 0.046 19 N 0.028 0.914 0.002 0.006 0.006 0.005 0.008 0.031 20 K 0.215 0.637 0.009 0.008 0.007 0.005 0.057 0.061 21 L 0.244 0.515 0.037 0.017 0.022 0.013 0.074 0.078 22 K 0.140 0.310 0.064 0.057 0.084 0.044 0.036 0.265 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 24 S 0.026 0.033 0.022 0.017 0.029 0.128 0.014 0.730 25 N 0.333 0.023 0.017 0.007 0.005 0.070 0.032 0.512 26 A 0.165 0.046 0.068 0.024 0.024 0.083 0.012 0.579 27 Q 0.066 0.036 0.065 0.053 0.070 0.155 0.007 0.549 28 S 0.041 0.031 0.045 0.038 0.064 0.072 0.005 0.704 29 Q 0.058 0.041 0.054 0.060 0.100 0.131 0.011 0.546 30 N 0.113 0.035 0.044 0.043 0.065 0.157 0.027 0.515 31 I 0.160 0.039 0.079 0.046 0.068 0.083 0.035 0.491 32 L 0.053 0.014 0.057 0.083 0.078 0.084 0.007 0.624 33 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.988 34 T 0.019 0.005 0.052 0.084 0.230 0.107 0.004 0.499 35 I 0.071 0.013 0.069 0.116 0.144 0.063 0.006 0.518 36 G 0.024 0.012 0.027 0.075 0.115 0.088 0.006 0.652 37 F 0.127 0.009 0.040 0.083 0.126 0.133 0.010 0.472 38 S 0.105 0.018 0.041 0.125 0.145 0.152 0.011 0.403 39 I 0.032 0.007 0.029 0.067 0.151 0.084 0.005 0.625 40 E 0.018 0.016 0.055 0.426 0.323 0.053 0.005 0.104 41 K 0.027 0.007 0.024 0.099 0.226 0.041 0.004 0.572 42 F 0.017 0.010 0.097 0.370 0.403 0.020 0.003 0.079 43 K 0.016 0.010 0.055 0.285 0.308 0.045 0.004 0.276 44 S 0.013 0.008 0.056 0.194 0.388 0.032 0.005 0.304 45 S 0.018 0.005 0.042 0.111 0.202 0.087 0.009 0.527 46 S 0.052 0.002 0.021 0.043 0.059 0.164 0.033 0.627 47 L 0.221 0.002 0.081 0.084 0.069 0.169 0.021 0.354 48 S 0.021 0.001 0.182 0.166 0.163 0.137 0.006 0.325 49 F 0.007 0.001 0.211 0.164 0.295 0.050 0.002 0.270 50 T 0.001 0.001 0.712 0.151 0.120 0.005 0.001 0.010 51 V 0.001 0.001 0.480 0.156 0.186 0.009 0.001 0.169 52 F 0.001 0.001 0.823 0.052 0.104 0.003 0.001 0.018 53 D 0.001 0.001 0.469 0.135 0.214 0.034 0.001 0.147 54 M 0.003 0.001 0.335 0.050 0.171 0.076 0.002 0.362 55 S 0.006 0.001 0.036 0.010 0.031 0.590 0.003 0.324 56 G 0.117 0.003 0.021 0.012 0.015 0.232 0.024 0.576 57 Q 0.186 0.009 0.031 0.010 0.020 0.269 0.008 0.468 58 G 0.005 0.006 0.005 0.006 0.007 0.041 0.002 0.929 59 R 0.064 0.042 0.011 0.020 0.049 0.168 0.007 0.640 60 Y 0.150 0.190 0.025 0.031 0.070 0.102 0.009 0.424 61 R 0.083 0.304 0.026 0.028 0.068 0.097 0.009 0.384 62 N 0.046 0.452 0.015 0.022 0.029 0.080 0.008 0.349 63 L 0.079 0.604 0.009 0.010 0.020 0.057 0.010 0.210 64 W 0.062 0.685 0.010 0.008 0.022 0.038 0.011 0.163 65 E 0.039 0.707 0.011 0.007 0.015 0.043 0.011 0.168 66 H 0.056 0.766 0.005 0.005 0.006 0.029 0.012 0.121 67 Y 0.126 0.711 0.005 0.004 0.008 0.017 0.018 0.111 68 Y 0.040 0.843 0.010 0.006 0.011 0.009 0.008 0.073 69 K 0.059 0.612 0.016 0.020 0.023 0.033 0.033 0.205 70 E 0.285 0.237 0.022 0.021 0.017 0.032 0.120 0.266 71 G 0.402 0.080 0.095 0.042 0.039 0.051 0.069 0.224 72 Q 0.027 0.015 0.461 0.234 0.107 0.059 0.016 0.081 73 A 0.008 0.004 0.370 0.131 0.146 0.059 0.008 0.273 74 I 0.001 0.001 0.881 0.054 0.057 0.003 0.001 0.003 75 I 0.001 0.001 0.818 0.104 0.059 0.003 0.001 0.015 76 F 0.001 0.001 0.950 0.023 0.024 0.001 0.001 0.002 77 V 0.001 0.001 0.898 0.040 0.046 0.003 0.001 0.013 78 I 0.001 0.001 0.758 0.074 0.127 0.007 0.001 0.033 79 D 0.001 0.001 0.290 0.110 0.327 0.051 0.001 0.220 80 S 0.005 0.001 0.184 0.050 0.159 0.088 0.002 0.511 81 S 0.010 0.001 0.008 0.007 0.018 0.785 0.003 0.167 82 D 0.235 0.004 0.007 0.008 0.012 0.210 0.016 0.507 83 R 0.076 0.043 0.014 0.008 0.013 0.346 0.011 0.490 84 L 0.123 0.053 0.012 0.012 0.019 0.422 0.020 0.339 85 R 0.131 0.146 0.013 0.017 0.026 0.220 0.013 0.434 86 M 0.101 0.272 0.019 0.032 0.077 0.061 0.008 0.430 87 V 0.032 0.174 0.019 0.025 0.051 0.106 0.005 0.588 88 V 0.031 0.222 0.006 0.015 0.030 0.160 0.006 0.530 89 A 0.035 0.769 0.005 0.007 0.018 0.027 0.003 0.136 90 K 0.020 0.753 0.004 0.004 0.011 0.025 0.005 0.178 91 E 0.024 0.731 0.003 0.003 0.004 0.051 0.005 0.181 92 E 0.018 0.916 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.048 93 L 0.010 0.962 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.021 94 D 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 95 T 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 96 L 0.023 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 97 L 0.030 0.933 0.002 0.001 0.002 0.002 0.009 0.021 98 N 0.155 0.615 0.012 0.004 0.003 0.005 0.124 0.083 99 H 0.440 0.231 0.064 0.011 0.008 0.011 0.057 0.177 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 101 D 0.005 0.009 0.012 0.015 0.027 0.111 0.004 0.816 102 I 0.273 0.023 0.037 0.013 0.013 0.075 0.011 0.554 103 K 0.124 0.066 0.039 0.024 0.029 0.161 0.008 0.549 104 H 0.175 0.068 0.041 0.028 0.036 0.127 0.012 0.513 105 R 0.121 0.062 0.035 0.038 0.042 0.111 0.022 0.569 106 R 0.104 0.019 0.025 0.036 0.044 0.107 0.076 0.589 107 I 0.297 0.003 0.082 0.084 0.069 0.100 0.022 0.343 108 P 0.001 0.001 0.007 0.006 0.003 0.003 0.001 0.980 109 I 0.002 0.001 0.264 0.134 0.428 0.036 0.001 0.135 110 L 0.001 0.001 0.827 0.084 0.070 0.002 0.001 0.015 111 F 0.001 0.001 0.874 0.072 0.046 0.001 0.001 0.008 112 F 0.001 0.001 0.947 0.016 0.026 0.001 0.001 0.010 113 A 0.001 0.001 0.959 0.013 0.020 0.002 0.001 0.006 114 N 0.001 0.001 0.622 0.060 0.120 0.062 0.001 0.135 115 K 0.002 0.001 0.469 0.037 0.133 0.058 0.001 0.298 116 M 0.007 0.002 0.125 0.030 0.063 0.404 0.002 0.366 117 D 0.055 0.009 0.023 0.028 0.049 0.546 0.012 0.278 118 L 0.158 0.122 0.038 0.030 0.055 0.086 0.010 0.501 119 R 0.042 0.065 0.011 0.010 0.027 0.466 0.016 0.363 120 D 0.206 0.101 0.005 0.006 0.010 0.318 0.024 0.330 121 A 0.149 0.541 0.005 0.006 0.009 0.053 0.012 0.226 122 V 0.106 0.399 0.013 0.012 0.020 0.101 0.027 0.322 123 T 0.080 0.335 0.021 0.017 0.021 0.082 0.024 0.421 124 S 0.062 0.239 0.014 0.013 0.025 0.036 0.009 0.602 125 V 0.122 0.232 0.033 0.030 0.048 0.124 0.018 0.394 126 K 0.111 0.241 0.027 0.024 0.027 0.132 0.016 0.421 127 V 0.055 0.381 0.043 0.024 0.032 0.065 0.005 0.395 128 S 0.018 0.492 0.018 0.027 0.039 0.079 0.004 0.321 129 Q 0.034 0.363 0.017 0.009 0.037 0.055 0.008 0.477 130 L 0.029 0.503 0.006 0.005 0.009 0.137 0.006 0.306 131 L 0.034 0.778 0.001 0.002 0.003 0.081 0.005 0.096 132 C 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 133 L 0.005 0.969 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.019 134 E 0.012 0.941 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.034 135 N 0.037 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.020 136 I 0.044 0.903 0.004 0.002 0.004 0.002 0.011 0.030 137 K 0.120 0.636 0.010 0.007 0.009 0.021 0.050 0.147 138 D 0.226 0.327 0.036 0.009 0.008 0.020 0.126 0.249 139 K 0.289 0.164 0.065 0.026 0.017 0.032 0.058 0.349 140 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 141 W 0.017 0.004 0.115 0.040 0.050 0.083 0.006 0.686 142 H 0.058 0.004 0.307 0.080 0.047 0.053 0.008 0.444 143 I 0.007 0.001 0.086 0.016 0.030 0.022 0.001 0.837 144 C 0.009 0.002 0.639 0.096 0.112 0.036 0.001 0.104 145 A 0.005 0.003 0.224 0.070 0.073 0.046 0.001 0.577 146 S 0.007 0.006 0.274 0.100 0.235 0.051 0.002 0.326 147 D 0.023 0.013 0.126 0.089 0.155 0.119 0.004 0.471 148 A 0.055 0.030 0.123 0.085 0.182 0.090 0.009 0.427 149 I 0.054 0.037 0.044 0.035 0.070 0.485 0.013 0.263 150 K 0.275 0.074 0.024 0.018 0.032 0.330 0.035 0.213 151 G 0.348 0.268 0.031 0.021 0.018 0.027 0.038 0.249 152 E 0.161 0.068 0.076 0.022 0.027 0.157 0.031 0.458 153 G 0.069 0.031 0.016 0.012 0.020 0.161 0.014 0.676 154 L 0.222 0.113 0.043 0.020 0.089 0.086 0.010 0.417 155 Q 0.014 0.062 0.014 0.005 0.016 0.190 0.004 0.696 156 E 0.039 0.138 0.004 0.003 0.006 0.232 0.004 0.575 157 G 0.044 0.662 0.003 0.002 0.004 0.038 0.003 0.244 158 V 0.011 0.819 0.006 0.002 0.007 0.015 0.003 0.137 159 D 0.003 0.936 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.050 160 W 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 161 L 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 162 Q 0.008 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 163 D 0.019 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 164 Q 0.129 0.750 0.012 0.002 0.001 0.004 0.042 0.061 165 I 0.058 0.827 0.015 0.005 0.004 0.005 0.017 0.069