# TARGET T0308 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7493 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.185 0.201 0.058 0.004 0.366 0.005 0.014 0.019 0.027 0.071 0.051 2 V 0.251 0.162 0.014 0.001 0.541 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 3 H 0.237 0.048 0.006 0.009 0.625 0.013 0.028 0.006 0.002 0.004 0.022 4 V 0.172 0.069 0.002 0.001 0.754 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 5 L 0.182 0.027 0.001 0.001 0.781 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 6 C 0.467 0.009 0.002 0.001 0.435 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.083 7 L 0.099 0.046 0.014 0.045 0.103 0.031 0.099 0.045 0.024 0.287 0.206 8 G 0.016 0.163 0.305 0.341 0.043 0.039 0.008 0.006 0.010 0.051 0.018 9 L 0.049 0.242 0.162 0.059 0.173 0.020 0.013 0.081 0.109 0.066 0.026 10 D 0.011 0.022 0.033 0.044 0.015 0.142 0.308 0.253 0.143 0.020 0.010 11 N 0.032 0.031 0.028 0.029 0.029 0.022 0.056 0.123 0.128 0.437 0.086 12 S 0.033 0.298 0.117 0.061 0.128 0.067 0.103 0.080 0.044 0.054 0.016 13 G 0.038 0.086 0.098 0.074 0.041 0.029 0.013 0.086 0.067 0.358 0.111 14 K 0.082 0.073 0.017 0.009 0.132 0.012 0.027 0.481 0.096 0.032 0.038 15 T 0.065 0.038 0.008 0.008 0.122 0.012 0.023 0.551 0.107 0.039 0.028 16 T 0.043 0.054 0.013 0.005 0.092 0.005 0.016 0.679 0.067 0.018 0.007 17 I 0.040 0.017 0.005 0.003 0.044 0.003 0.012 0.775 0.067 0.023 0.012 18 I 0.029 0.019 0.004 0.003 0.035 0.007 0.024 0.645 0.184 0.037 0.014 19 N 0.016 0.034 0.007 0.005 0.034 0.018 0.074 0.581 0.189 0.036 0.007 20 K 0.048 0.051 0.021 0.003 0.071 0.007 0.064 0.382 0.176 0.156 0.021 21 L 0.170 0.138 0.044 0.017 0.172 0.018 0.046 0.158 0.071 0.094 0.071 22 K 0.040 0.277 0.242 0.060 0.133 0.028 0.037 0.092 0.045 0.030 0.016 23 P 0.029 0.068 0.049 0.042 0.052 0.048 0.087 0.337 0.181 0.084 0.023 24 S 0.040 0.102 0.063 0.037 0.079 0.028 0.072 0.142 0.128 0.252 0.056 25 N 0.119 0.117 0.067 0.036 0.163 0.020 0.039 0.087 0.072 0.182 0.098 26 A 0.122 0.191 0.060 0.013 0.209 0.018 0.037 0.108 0.095 0.088 0.060 27 Q 0.122 0.230 0.095 0.018 0.229 0.021 0.035 0.085 0.058 0.063 0.044 28 S 0.216 0.092 0.030 0.020 0.206 0.030 0.063 0.111 0.084 0.079 0.069 29 Q 0.086 0.197 0.065 0.062 0.193 0.066 0.048 0.075 0.080 0.082 0.045 30 N 0.179 0.147 0.031 0.008 0.404 0.006 0.024 0.066 0.036 0.054 0.044 31 I 0.248 0.097 0.031 0.018 0.252 0.016 0.025 0.049 0.047 0.108 0.107 32 L 0.030 0.449 0.278 0.024 0.177 0.005 0.007 0.018 0.006 0.003 0.004 33 P 0.200 0.249 0.048 0.006 0.324 0.007 0.019 0.037 0.024 0.032 0.054 34 T 0.202 0.177 0.067 0.020 0.336 0.015 0.022 0.039 0.031 0.041 0.050 35 I 0.092 0.054 0.022 0.054 0.100 0.113 0.166 0.168 0.104 0.078 0.049 36 G 0.156 0.145 0.131 0.062 0.226 0.025 0.026 0.028 0.028 0.104 0.069 37 F 0.247 0.157 0.026 0.010 0.369 0.011 0.013 0.020 0.024 0.060 0.063 38 S 0.210 0.191 0.056 0.011 0.419 0.006 0.009 0.010 0.008 0.036 0.045 39 I 0.496 0.041 0.005 0.007 0.235 0.009 0.008 0.007 0.016 0.034 0.143 40 E 0.110 0.219 0.062 0.017 0.510 0.021 0.016 0.012 0.009 0.012 0.013 41 K 0.493 0.031 0.004 0.001 0.375 0.003 0.004 0.006 0.004 0.016 0.062 42 F 0.226 0.224 0.018 0.005 0.483 0.005 0.002 0.004 0.002 0.006 0.026 43 K 0.371 0.083 0.018 0.003 0.343 0.002 0.003 0.005 0.005 0.040 0.128 44 S 0.076 0.064 0.047 0.460 0.085 0.139 0.017 0.023 0.032 0.029 0.027 45 S 0.002 0.012 0.024 0.241 0.005 0.143 0.157 0.257 0.146 0.012 0.001 46 S 0.055 0.036 0.023 0.017 0.048 0.011 0.036 0.057 0.098 0.520 0.099 47 L 0.080 0.383 0.053 0.002 0.440 0.001 0.001 0.003 0.004 0.015 0.017 48 S 0.355 0.048 0.005 0.002 0.489 0.005 0.018 0.009 0.006 0.011 0.050 49 F 0.375 0.072 0.005 0.001 0.521 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 50 T 0.153 0.067 0.004 0.002 0.758 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 51 V 0.327 0.037 0.003 0.001 0.600 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 52 F 0.238 0.111 0.010 0.002 0.571 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.057 53 D 0.276 0.112 0.029 0.007 0.406 0.005 0.009 0.010 0.004 0.032 0.109 54 M 0.087 0.281 0.225 0.032 0.184 0.013 0.014 0.037 0.033 0.050 0.046 55 S 0.036 0.105 0.062 0.061 0.057 0.120 0.220 0.157 0.098 0.059 0.024 56 G 0.032 0.080 0.128 0.117 0.046 0.039 0.024 0.055 0.070 0.346 0.065 57 Q 0.067 0.144 0.068 0.047 0.124 0.039 0.051 0.229 0.105 0.084 0.042 58 G 0.014 0.031 0.020 0.023 0.027 0.036 0.042 0.472 0.227 0.086 0.024 59 R 0.032 0.032 0.016 0.005 0.038 0.007 0.036 0.656 0.111 0.049 0.018 60 Y 0.012 0.015 0.005 0.003 0.015 0.003 0.007 0.702 0.147 0.082 0.009 61 R 0.005 0.016 0.004 0.003 0.012 0.007 0.014 0.814 0.111 0.012 0.003 62 N 0.006 0.009 0.004 0.001 0.009 0.003 0.023 0.845 0.074 0.021 0.005 63 L 0.004 0.008 0.006 0.002 0.006 0.003 0.012 0.822 0.095 0.039 0.003 64 W 0.009 0.010 0.002 0.001 0.012 0.001 0.002 0.784 0.139 0.034 0.006 65 E 0.002 0.005 0.001 0.002 0.004 0.007 0.031 0.807 0.135 0.004 0.001 66 H 0.005 0.005 0.003 0.003 0.007 0.004 0.047 0.778 0.112 0.034 0.004 67 Y 0.008 0.006 0.003 0.005 0.008 0.013 0.071 0.599 0.200 0.080 0.007 68 Y 0.070 0.044 0.007 0.004 0.065 0.003 0.008 0.363 0.262 0.126 0.049 69 K 0.002 0.008 0.004 0.009 0.007 0.066 0.225 0.481 0.185 0.011 0.001 70 E 0.043 0.018 0.007 0.002 0.037 0.003 0.027 0.090 0.135 0.566 0.071 71 G 0.323 0.099 0.018 0.001 0.470 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.070 72 Q 0.013 0.002 0.001 0.031 0.022 0.160 0.629 0.105 0.021 0.009 0.006 73 A 0.201 0.090 0.007 0.001 0.694 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 74 I 0.140 0.014 0.001 0.001 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 75 I 0.272 0.008 0.001 0.001 0.706 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 76 F 0.181 0.049 0.001 0.001 0.746 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 77 V 0.435 0.023 0.001 0.001 0.434 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.088 78 I 0.112 0.303 0.055 0.011 0.425 0.011 0.011 0.010 0.004 0.014 0.046 79 D 0.337 0.068 0.018 0.001 0.466 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.095 80 S 0.060 0.062 0.020 0.011 0.062 0.018 0.037 0.190 0.383 0.122 0.037 81 S 0.015 0.063 0.051 0.052 0.033 0.077 0.146 0.155 0.183 0.202 0.024 82 D 0.117 0.213 0.076 0.024 0.279 0.017 0.031 0.054 0.038 0.090 0.060 83 R 0.037 0.036 0.015 0.008 0.040 0.011 0.026 0.347 0.248 0.184 0.049 84 L 0.040 0.091 0.032 0.009 0.090 0.017 0.048 0.398 0.130 0.108 0.036 85 R 0.040 0.199 0.073 0.008 0.083 0.005 0.011 0.447 0.072 0.049 0.014 86 M 0.015 0.013 0.006 0.002 0.021 0.002 0.003 0.821 0.090 0.018 0.009 87 V 0.002 0.012 0.004 0.001 0.008 0.004 0.015 0.896 0.054 0.003 0.001 88 V 0.009 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.005 0.921 0.034 0.011 0.005 89 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.903 0.068 0.015 0.001 90 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.911 0.070 0.004 0.001 91 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.950 0.030 0.003 0.001 92 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.928 0.040 0.021 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.890 0.101 0.005 0.001 94 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.916 0.079 0.001 0.001 95 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.898 0.078 0.012 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.739 0.202 0.039 0.001 97 L 0.004 0.010 0.002 0.002 0.005 0.005 0.049 0.721 0.163 0.036 0.003 98 N 0.010 0.013 0.007 0.005 0.013 0.013 0.083 0.144 0.126 0.561 0.025 99 H 0.141 0.228 0.091 0.005 0.371 0.003 0.014 0.040 0.025 0.032 0.051 100 P 0.019 0.075 0.027 0.007 0.044 0.010 0.031 0.359 0.368 0.049 0.011 101 D 0.072 0.034 0.014 0.006 0.084 0.014 0.082 0.266 0.191 0.193 0.044 102 I 0.060 0.134 0.040 0.014 0.116 0.022 0.034 0.183 0.181 0.176 0.039 103 K 0.071 0.084 0.030 0.025 0.109 0.034 0.116 0.244 0.133 0.095 0.059 104 H 0.076 0.055 0.041 0.028 0.075 0.020 0.022 0.085 0.181 0.341 0.076 105 R 0.027 0.181 0.071 0.029 0.163 0.024 0.078 0.250 0.133 0.031 0.012 106 R 0.154 0.026 0.015 0.003 0.101 0.007 0.024 0.047 0.083 0.355 0.186 107 I 0.017 0.608 0.175 0.001 0.196 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 P 0.307 0.076 0.003 0.001 0.593 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 109 I 0.185 0.062 0.003 0.001 0.739 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 110 L 0.165 0.037 0.001 0.001 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 111 F 0.301 0.024 0.001 0.001 0.643 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 112 F 0.344 0.052 0.007 0.002 0.394 0.002 0.003 0.004 0.001 0.038 0.153 113 A 0.151 0.186 0.059 0.071 0.325 0.042 0.020 0.015 0.008 0.045 0.079 114 N 0.052 0.209 0.139 0.111 0.128 0.049 0.039 0.063 0.047 0.123 0.043 115 K 0.110 0.098 0.073 0.030 0.160 0.018 0.029 0.115 0.151 0.130 0.084 116 M 0.050 0.183 0.074 0.024 0.141 0.024 0.056 0.181 0.155 0.078 0.034 117 D 0.164 0.114 0.037 0.008 0.229 0.011 0.047 0.116 0.079 0.118 0.077 118 L 0.042 0.180 0.088 0.016 0.100 0.009 0.018 0.248 0.181 0.096 0.021 119 R 0.016 0.060 0.026 0.014 0.035 0.032 0.080 0.390 0.272 0.064 0.011 120 D 0.043 0.083 0.043 0.015 0.085 0.017 0.071 0.311 0.161 0.133 0.038 121 A 0.045 0.048 0.018 0.005 0.057 0.008 0.040 0.343 0.201 0.201 0.035 122 V 0.082 0.181 0.052 0.010 0.163 0.012 0.036 0.249 0.094 0.084 0.034 123 T 0.055 0.213 0.094 0.023 0.134 0.020 0.037 0.249 0.081 0.068 0.025 124 S 0.074 0.061 0.021 0.009 0.107 0.014 0.037 0.417 0.136 0.083 0.041 125 V 0.074 0.170 0.024 0.005 0.218 0.006 0.015 0.344 0.072 0.041 0.030 126 K 0.137 0.102 0.021 0.002 0.206 0.004 0.017 0.383 0.044 0.048 0.037 127 V 0.068 0.080 0.019 0.004 0.101 0.005 0.011 0.595 0.062 0.031 0.024 128 S 0.020 0.096 0.034 0.007 0.046 0.004 0.007 0.687 0.061 0.031 0.007 129 Q 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.927 0.049 0.004 0.001 130 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.957 0.025 0.002 0.001 131 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.039 0.010 0.001 132 C 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.926 0.056 0.009 0.001 133 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.862 0.116 0.006 0.001 134 E 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.007 0.074 0.843 0.062 0.004 0.001 135 N 0.005 0.004 0.003 0.003 0.005 0.005 0.043 0.654 0.159 0.113 0.007 136 I 0.052 0.047 0.008 0.005 0.046 0.011 0.032 0.435 0.249 0.090 0.024 137 K 0.013 0.035 0.016 0.016 0.019 0.041 0.128 0.438 0.229 0.055 0.010 138 D 0.031 0.023 0.022 0.014 0.033 0.020 0.092 0.159 0.175 0.387 0.047 139 K 0.070 0.378 0.177 0.015 0.211 0.007 0.022 0.036 0.027 0.030 0.028 140 P 0.109 0.116 0.060 0.028 0.117 0.028 0.039 0.073 0.103 0.224 0.102 141 W 0.150 0.307 0.056 0.004 0.399 0.003 0.003 0.009 0.011 0.020 0.037 142 H 0.129 0.196 0.024 0.004 0.528 0.005 0.017 0.036 0.019 0.019 0.021 143 I 0.436 0.058 0.008 0.002 0.434 0.002 0.003 0.005 0.004 0.007 0.042 144 C 0.090 0.324 0.066 0.008 0.480 0.004 0.005 0.010 0.002 0.003 0.008 145 A 0.432 0.062 0.011 0.002 0.352 0.003 0.007 0.011 0.002 0.014 0.104 146 S 0.189 0.173 0.047 0.024 0.335 0.031 0.027 0.029 0.021 0.054 0.071 147 D 0.166 0.195 0.035 0.009 0.481 0.007 0.006 0.023 0.014 0.027 0.036 148 A 0.094 0.175 0.134 0.011 0.126 0.006 0.019 0.274 0.097 0.029 0.035 149 I 0.043 0.029 0.013 0.037 0.048 0.085 0.185 0.399 0.091 0.045 0.024 150 K 0.009 0.481 0.215 0.121 0.074 0.029 0.020 0.032 0.008 0.007 0.004 151 G 0.042 0.022 0.042 0.076 0.022 0.032 0.013 0.095 0.054 0.398 0.203 152 E 0.011 0.265 0.226 0.114 0.061 0.091 0.117 0.077 0.014 0.018 0.006 153 G 0.050 0.190 0.210 0.085 0.043 0.012 0.007 0.191 0.024 0.107 0.082 154 L 0.011 0.006 0.002 0.001 0.011 0.004 0.006 0.785 0.144 0.021 0.009 155 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.930 0.052 0.003 0.001 156 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.042 0.006 0.001 157 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.029 0.004 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.035 0.001 0.001 159 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 160 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.022 0.002 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.081 0.009 0.001 162 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.867 0.121 0.003 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.069 0.802 0.107 0.016 0.001 164 Q 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.005 0.075 0.620 0.169 0.118 0.003 165 I 0.064 0.064 0.013 0.003 0.067 0.005 0.021 0.446 0.177 0.097 0.042