# TARGET T0308 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.9228 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.001 0.001 0.828 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.061 0.050 0.005 0.007 0.033 2 V 0.002 0.002 0.333 0.003 0.001 0.001 0.012 0.008 0.553 0.033 0.001 0.018 0.036 3 H 0.003 0.001 0.033 0.006 0.001 0.001 0.030 0.150 0.745 0.008 0.001 0.014 0.009 4 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.763 0.176 0.001 0.001 0.001 0.003 5 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.906 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 6 C 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.112 0.789 0.080 0.001 0.001 0.001 0.003 7 L 0.011 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.050 0.691 0.221 0.001 0.001 0.006 0.004 8 G 0.007 0.002 0.274 0.034 0.001 0.001 0.019 0.062 0.485 0.048 0.007 0.029 0.033 9 L 0.001 0.020 0.472 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.125 0.294 0.021 0.009 0.037 10 D 0.001 0.013 0.228 0.005 0.032 0.007 0.001 0.001 0.012 0.429 0.264 0.003 0.007 11 N 0.001 0.007 0.130 0.002 0.052 0.012 0.001 0.001 0.002 0.316 0.474 0.002 0.003 12 S 0.001 0.023 0.203 0.002 0.057 0.045 0.001 0.001 0.003 0.214 0.439 0.002 0.010 13 G 0.011 0.025 0.338 0.002 0.027 0.057 0.001 0.001 0.005 0.309 0.175 0.021 0.027 14 K 0.047 0.021 0.191 0.001 0.032 0.369 0.006 0.003 0.008 0.120 0.080 0.054 0.066 15 T 0.113 0.028 0.123 0.007 0.027 0.410 0.012 0.004 0.007 0.035 0.032 0.046 0.155 16 T 0.169 0.010 0.074 0.026 0.023 0.477 0.013 0.002 0.006 0.027 0.016 0.085 0.070 17 I 0.115 0.007 0.027 0.010 0.055 0.650 0.009 0.001 0.004 0.009 0.023 0.018 0.072 18 I 0.106 0.004 0.027 0.042 0.096 0.573 0.010 0.002 0.004 0.009 0.040 0.037 0.050 19 N 0.152 0.004 0.033 0.028 0.119 0.413 0.012 0.003 0.004 0.019 0.085 0.045 0.082 20 K 0.201 0.013 0.073 0.006 0.072 0.302 0.018 0.004 0.009 0.036 0.110 0.052 0.105 21 L 0.077 0.055 0.251 0.007 0.017 0.116 0.014 0.003 0.014 0.156 0.062 0.061 0.166 22 K 0.003 0.023 0.646 0.021 0.005 0.017 0.001 0.001 0.004 0.163 0.023 0.049 0.046 23 P 0.001 0.008 0.182 0.010 0.060 0.049 0.001 0.001 0.001 0.151 0.513 0.005 0.021 24 S 0.001 0.002 0.170 0.006 0.121 0.043 0.001 0.001 0.001 0.130 0.515 0.006 0.005 25 N 0.001 0.008 0.360 0.008 0.115 0.056 0.001 0.001 0.003 0.253 0.168 0.010 0.018 26 A 0.006 0.041 0.407 0.004 0.077 0.090 0.002 0.001 0.010 0.096 0.158 0.020 0.088 27 Q 0.019 0.075 0.297 0.010 0.046 0.081 0.006 0.004 0.013 0.144 0.108 0.105 0.092 28 S 0.012 0.031 0.384 0.013 0.059 0.081 0.002 0.002 0.008 0.124 0.159 0.042 0.082 29 Q 0.011 0.010 0.196 0.015 0.062 0.066 0.002 0.001 0.006 0.269 0.274 0.041 0.048 30 N 0.025 0.021 0.325 0.012 0.037 0.033 0.005 0.001 0.011 0.187 0.154 0.070 0.119 31 I 0.044 0.067 0.335 0.011 0.018 0.026 0.008 0.001 0.016 0.151 0.040 0.049 0.233 32 L 0.017 0.023 0.421 0.025 0.012 0.020 0.003 0.001 0.013 0.183 0.028 0.198 0.054 33 P 0.019 0.021 0.474 0.038 0.016 0.014 0.006 0.001 0.015 0.122 0.059 0.020 0.196 34 T 0.069 0.046 0.335 0.025 0.023 0.015 0.013 0.004 0.024 0.121 0.060 0.137 0.127 35 I 0.079 0.035 0.190 0.016 0.041 0.027 0.018 0.004 0.029 0.158 0.109 0.117 0.177 36 G 0.081 0.011 0.259 0.052 0.030 0.015 0.013 0.001 0.014 0.142 0.148 0.107 0.129 37 F 0.130 0.013 0.253 0.102 0.010 0.003 0.018 0.001 0.020 0.146 0.054 0.080 0.170 38 S 0.133 0.013 0.230 0.004 0.004 0.001 0.025 0.001 0.048 0.038 0.016 0.265 0.222 39 I 0.133 0.006 0.132 0.020 0.004 0.001 0.020 0.001 0.035 0.021 0.005 0.030 0.591 40 E 0.099 0.001 0.030 0.032 0.001 0.001 0.010 0.001 0.020 0.015 0.001 0.767 0.023 41 K 0.067 0.002 0.026 0.007 0.001 0.001 0.020 0.002 0.045 0.003 0.001 0.013 0.813 42 F 0.157 0.006 0.068 0.056 0.001 0.002 0.056 0.004 0.062 0.004 0.002 0.467 0.116 43 K 0.163 0.017 0.101 0.022 0.001 0.001 0.065 0.010 0.086 0.008 0.005 0.049 0.472 44 S 0.069 0.020 0.244 0.018 0.010 0.004 0.022 0.008 0.038 0.049 0.059 0.262 0.196 45 S 0.002 0.001 0.047 0.030 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.729 0.008 0.009 46 S 0.002 0.001 0.036 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.776 0.004 0.008 47 L 0.072 0.007 0.406 0.003 0.002 0.001 0.023 0.003 0.012 0.077 0.014 0.216 0.166 48 S 0.298 0.004 0.080 0.005 0.001 0.001 0.157 0.011 0.033 0.015 0.001 0.107 0.288 49 F 0.459 0.001 0.023 0.003 0.001 0.001 0.219 0.027 0.017 0.002 0.001 0.159 0.091 50 T 0.450 0.001 0.016 0.021 0.001 0.001 0.303 0.037 0.017 0.002 0.001 0.050 0.102 51 V 0.312 0.001 0.030 0.020 0.001 0.002 0.358 0.060 0.048 0.002 0.001 0.081 0.085 52 F 0.382 0.002 0.060 0.036 0.002 0.006 0.223 0.044 0.048 0.005 0.002 0.061 0.128 53 D 0.180 0.006 0.244 0.042 0.008 0.013 0.084 0.044 0.093 0.029 0.012 0.109 0.136 54 M 0.024 0.009 0.511 0.030 0.033 0.023 0.010 0.006 0.053 0.103 0.059 0.049 0.092 55 S 0.004 0.019 0.295 0.006 0.080 0.046 0.002 0.002 0.024 0.188 0.290 0.011 0.034 56 G 0.003 0.012 0.209 0.003 0.078 0.059 0.001 0.001 0.006 0.307 0.300 0.009 0.012 57 Q 0.001 0.015 0.260 0.002 0.109 0.175 0.001 0.001 0.007 0.273 0.135 0.008 0.015 58 G 0.003 0.011 0.156 0.002 0.214 0.267 0.001 0.001 0.003 0.081 0.240 0.005 0.018 59 R 0.007 0.019 0.124 0.002 0.144 0.330 0.001 0.001 0.005 0.077 0.259 0.015 0.017 60 Y 0.009 0.014 0.153 0.002 0.116 0.483 0.001 0.001 0.006 0.044 0.133 0.006 0.031 61 R 0.004 0.003 0.123 0.002 0.065 0.615 0.001 0.001 0.002 0.077 0.074 0.025 0.008 62 N 0.006 0.009 0.098 0.001 0.050 0.657 0.001 0.001 0.003 0.036 0.094 0.008 0.037 63 L 0.007 0.008 0.058 0.001 0.051 0.767 0.001 0.001 0.003 0.028 0.058 0.006 0.012 64 W 0.003 0.005 0.069 0.001 0.046 0.804 0.001 0.001 0.003 0.023 0.024 0.006 0.015 65 E 0.001 0.001 0.017 0.004 0.108 0.814 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.002 0.004 66 H 0.001 0.002 0.009 0.001 0.173 0.725 0.001 0.001 0.003 0.006 0.073 0.003 0.005 67 Y 0.001 0.002 0.010 0.001 0.080 0.811 0.001 0.001 0.002 0.014 0.077 0.001 0.002 68 Y 0.001 0.008 0.017 0.001 0.040 0.798 0.001 0.001 0.003 0.023 0.108 0.001 0.002 69 K 0.001 0.001 0.012 0.001 0.032 0.556 0.001 0.002 0.001 0.050 0.345 0.001 0.001 70 E 0.001 0.003 0.075 0.001 0.030 0.180 0.001 0.001 0.001 0.058 0.643 0.001 0.004 71 G 0.003 0.004 0.831 0.001 0.003 0.009 0.002 0.003 0.036 0.081 0.012 0.005 0.012 72 Q 0.001 0.001 0.292 0.023 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.652 0.003 0.004 0.003 73 A 0.008 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.098 0.405 0.439 0.010 0.001 0.005 0.010 74 I 0.009 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.105 0.803 0.064 0.001 0.001 0.002 0.001 75 I 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.882 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 76 F 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.851 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.038 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.126 0.600 0.212 0.001 0.001 0.003 0.007 78 I 0.146 0.003 0.077 0.007 0.001 0.001 0.157 0.174 0.335 0.007 0.001 0.039 0.052 79 D 0.011 0.008 0.553 0.011 0.001 0.002 0.005 0.011 0.200 0.058 0.008 0.046 0.085 80 S 0.002 0.006 0.370 0.005 0.058 0.044 0.001 0.001 0.013 0.167 0.298 0.007 0.029 81 S 0.001 0.011 0.203 0.002 0.059 0.076 0.001 0.001 0.004 0.280 0.352 0.007 0.004 82 D 0.001 0.007 0.290 0.001 0.063 0.171 0.001 0.001 0.002 0.346 0.112 0.001 0.007 83 R 0.001 0.002 0.033 0.001 0.049 0.780 0.001 0.001 0.001 0.034 0.099 0.001 0.002 84 L 0.001 0.006 0.030 0.001 0.042 0.812 0.001 0.001 0.001 0.021 0.079 0.003 0.004 85 R 0.002 0.006 0.045 0.001 0.022 0.865 0.001 0.001 0.002 0.017 0.031 0.002 0.007 86 M 0.001 0.001 0.015 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 88 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 90 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 94 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 95 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 97 L 0.001 0.002 0.008 0.001 0.014 0.843 0.001 0.001 0.001 0.009 0.122 0.001 0.001 98 N 0.001 0.003 0.036 0.001 0.011 0.388 0.001 0.001 0.001 0.035 0.525 0.001 0.001 99 H 0.001 0.001 0.632 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.338 0.013 0.001 0.001 100 P 0.001 0.007 0.259 0.002 0.133 0.053 0.001 0.001 0.001 0.105 0.439 0.001 0.001 101 D 0.001 0.011 0.168 0.001 0.178 0.075 0.001 0.001 0.002 0.174 0.381 0.002 0.007 102 I 0.001 0.048 0.240 0.002 0.281 0.143 0.001 0.001 0.007 0.139 0.107 0.009 0.022 103 K 0.002 0.035 0.322 0.004 0.139 0.216 0.001 0.001 0.005 0.066 0.180 0.009 0.019 104 H 0.001 0.018 0.191 0.002 0.297 0.110 0.001 0.001 0.004 0.086 0.272 0.004 0.013 105 R 0.001 0.004 0.087 0.008 0.147 0.019 0.001 0.001 0.002 0.186 0.537 0.004 0.004 106 R 0.003 0.006 0.152 0.011 0.045 0.002 0.002 0.001 0.009 0.156 0.595 0.004 0.016 107 I 0.002 0.005 0.679 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.072 0.177 0.002 0.034 0.020 108 P 0.008 0.003 0.565 0.040 0.001 0.001 0.016 0.017 0.200 0.088 0.001 0.019 0.042 109 I 0.023 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.127 0.473 0.331 0.002 0.001 0.008 0.017 110 L 0.038 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.184 0.665 0.098 0.001 0.001 0.005 0.004 111 F 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.719 0.049 0.001 0.001 0.002 0.003 112 F 0.060 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.118 0.657 0.133 0.001 0.001 0.011 0.007 113 A 0.080 0.002 0.102 0.006 0.001 0.001 0.077 0.235 0.393 0.012 0.002 0.035 0.056 114 N 0.034 0.008 0.375 0.040 0.006 0.006 0.015 0.016 0.208 0.133 0.015 0.041 0.101 115 K 0.005 0.020 0.310 0.015 0.071 0.061 0.003 0.002 0.057 0.237 0.160 0.032 0.027 116 M 0.003 0.019 0.323 0.003 0.062 0.065 0.001 0.001 0.014 0.267 0.198 0.012 0.032 117 D 0.002 0.030 0.525 0.003 0.040 0.109 0.001 0.001 0.005 0.160 0.095 0.009 0.020 118 L 0.001 0.023 0.268 0.001 0.141 0.329 0.001 0.001 0.002 0.091 0.129 0.005 0.010 119 R 0.001 0.003 0.052 0.001 0.279 0.348 0.001 0.001 0.001 0.047 0.260 0.002 0.006 120 D 0.001 0.003 0.058 0.006 0.292 0.312 0.001 0.001 0.001 0.079 0.239 0.004 0.005 121 A 0.003 0.007 0.149 0.002 0.146 0.392 0.001 0.001 0.002 0.066 0.208 0.005 0.017 122 V 0.003 0.019 0.407 0.002 0.017 0.296 0.001 0.001 0.004 0.128 0.074 0.024 0.023 123 T 0.001 0.018 0.641 0.001 0.012 0.190 0.001 0.001 0.005 0.060 0.034 0.009 0.027 124 S 0.001 0.004 0.157 0.003 0.060 0.642 0.001 0.001 0.004 0.056 0.054 0.002 0.015 125 V 0.001 0.002 0.052 0.002 0.033 0.807 0.001 0.001 0.004 0.045 0.034 0.015 0.004 126 K 0.001 0.002 0.054 0.001 0.018 0.883 0.001 0.001 0.007 0.008 0.010 0.003 0.013 127 V 0.001 0.005 0.044 0.001 0.005 0.905 0.001 0.001 0.013 0.008 0.007 0.005 0.006 128 S 0.002 0.001 0.067 0.001 0.006 0.878 0.001 0.001 0.005 0.015 0.012 0.004 0.007 129 Q 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 0.965 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.001 0.002 130 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.002 0.001 131 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.001 0.001 132 C 0.001 0.002 0.016 0.001 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.001 0.002 133 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.019 0.928 0.001 0.001 0.001 0.007 0.033 0.001 0.001 134 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.046 0.857 0.001 0.001 0.001 0.007 0.080 0.001 0.001 135 N 0.001 0.001 0.009 0.001 0.078 0.795 0.001 0.001 0.001 0.007 0.109 0.001 0.001 136 I 0.001 0.006 0.036 0.001 0.105 0.698 0.001 0.001 0.001 0.032 0.119 0.001 0.003 137 K 0.001 0.004 0.049 0.001 0.083 0.435 0.001 0.001 0.001 0.038 0.381 0.002 0.003 138 D 0.001 0.004 0.082 0.001 0.046 0.118 0.001 0.001 0.001 0.101 0.641 0.001 0.003 139 K 0.001 0.006 0.396 0.002 0.007 0.010 0.001 0.001 0.003 0.506 0.064 0.003 0.003 140 P 0.001 0.006 0.717 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 0.004 0.125 0.110 0.002 0.007 141 W 0.003 0.013 0.549 0.013 0.011 0.004 0.004 0.004 0.132 0.186 0.014 0.022 0.046 142 H 0.020 0.020 0.183 0.006 0.006 0.003 0.030 0.021 0.430 0.035 0.003 0.182 0.060 143 I 0.040 0.019 0.075 0.003 0.002 0.004 0.066 0.053 0.361 0.004 0.001 0.025 0.349 144 C 0.037 0.006 0.108 0.147 0.002 0.005 0.044 0.032 0.416 0.008 0.002 0.158 0.034 145 A 0.045 0.006 0.192 0.012 0.003 0.006 0.035 0.025 0.331 0.028 0.006 0.044 0.267 146 S 0.040 0.014 0.353 0.038 0.013 0.022 0.023 0.025 0.139 0.117 0.028 0.069 0.119 147 D 0.019 0.037 0.354 0.014 0.036 0.060 0.007 0.011 0.092 0.119 0.075 0.114 0.062 148 A 0.007 0.009 0.156 0.003 0.178 0.116 0.002 0.003 0.015 0.094 0.365 0.007 0.045 149 I 0.012 0.012 0.103 0.002 0.155 0.104 0.002 0.003 0.006 0.091 0.473 0.023 0.013 150 K 0.004 0.020 0.082 0.002 0.109 0.071 0.001 0.001 0.003 0.149 0.540 0.005 0.013 151 G 0.001 0.004 0.256 0.001 0.028 0.041 0.001 0.001 0.002 0.316 0.339 0.004 0.007 152 E 0.002 0.016 0.309 0.002 0.023 0.143 0.001 0.001 0.001 0.264 0.221 0.007 0.010 153 G 0.003 0.068 0.304 0.001 0.025 0.302 0.001 0.001 0.003 0.139 0.126 0.009 0.020 154 L 0.001 0.003 0.064 0.001 0.018 0.861 0.001 0.001 0.002 0.019 0.025 0.002 0.005 155 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 156 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 157 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 159 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 160 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 162 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 163 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.883 0.001 0.001 0.001 0.004 0.094 0.001 0.001 164 Q 0.001 0.001 0.039 0.001 0.016 0.769 0.001 0.001 0.001 0.010 0.165 0.001 0.001 165 I 0.001 0.003 0.855 0.001 0.005 0.060 0.001 0.001 0.001 0.066 0.009 0.001 0.001