# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.9228 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.379 0.248 0.077 0.133 0.095 0.043 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 2 V 0.008 0.007 0.004 0.014 0.030 0.067 0.155 0.160 0.210 0.181 0.165 3 H 0.024 0.058 0.047 0.225 0.238 0.180 0.123 0.058 0.031 0.011 0.006 4 V 0.001 0.001 0.004 0.008 0.012 0.024 0.095 0.128 0.198 0.268 0.263 5 L 0.001 0.001 0.007 0.011 0.022 0.030 0.099 0.175 0.204 0.220 0.232 6 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.026 0.090 0.241 0.319 0.315 7 L 0.001 0.001 0.012 0.010 0.022 0.037 0.092 0.176 0.228 0.206 0.215 8 G 0.004 0.011 0.023 0.034 0.054 0.089 0.171 0.181 0.205 0.126 0.103 9 L 0.020 0.031 0.021 0.066 0.078 0.111 0.193 0.138 0.141 0.107 0.093 10 D 0.172 0.122 0.042 0.135 0.111 0.109 0.128 0.066 0.057 0.035 0.023 11 N 0.139 0.111 0.034 0.141 0.117 0.112 0.136 0.078 0.061 0.042 0.029 12 S 0.083 0.072 0.028 0.091 0.095 0.113 0.156 0.112 0.106 0.079 0.065 13 G 0.042 0.053 0.038 0.101 0.099 0.106 0.150 0.106 0.117 0.100 0.088 14 K 0.023 0.041 0.040 0.116 0.131 0.142 0.178 0.106 0.097 0.075 0.053 15 T 0.008 0.011 0.015 0.044 0.057 0.081 0.157 0.153 0.183 0.164 0.126 16 T 0.005 0.008 0.010 0.038 0.054 0.076 0.168 0.182 0.174 0.154 0.130 17 I 0.003 0.007 0.013 0.025 0.030 0.035 0.087 0.131 0.215 0.236 0.218 18 I 0.003 0.004 0.011 0.020 0.033 0.048 0.118 0.130 0.205 0.218 0.210 19 N 0.020 0.026 0.061 0.112 0.121 0.119 0.185 0.107 0.112 0.085 0.052 20 K 0.019 0.029 0.044 0.127 0.126 0.137 0.218 0.117 0.089 0.061 0.033 21 L 0.011 0.010 0.014 0.021 0.025 0.042 0.130 0.147 0.199 0.213 0.186 22 K 0.083 0.120 0.058 0.152 0.129 0.117 0.146 0.087 0.051 0.033 0.022 23 P 0.155 0.163 0.086 0.133 0.115 0.095 0.094 0.063 0.047 0.031 0.019 24 S 0.411 0.170 0.045 0.115 0.097 0.065 0.047 0.023 0.015 0.007 0.004 25 N 0.593 0.135 0.041 0.091 0.059 0.034 0.023 0.010 0.009 0.004 0.002 26 A 0.223 0.112 0.058 0.124 0.101 0.088 0.110 0.064 0.056 0.037 0.026 27 Q 0.066 0.112 0.055 0.121 0.109 0.111 0.163 0.110 0.073 0.046 0.034 28 S 0.073 0.097 0.096 0.139 0.116 0.106 0.127 0.092 0.066 0.051 0.037 29 Q 0.279 0.175 0.141 0.173 0.109 0.061 0.032 0.015 0.009 0.005 0.002 30 N 0.268 0.149 0.074 0.145 0.125 0.091 0.061 0.038 0.029 0.014 0.005 31 I 0.041 0.029 0.013 0.045 0.064 0.101 0.178 0.154 0.163 0.121 0.090 32 L 0.055 0.074 0.066 0.158 0.135 0.121 0.133 0.091 0.076 0.053 0.039 33 P 0.019 0.028 0.053 0.087 0.086 0.102 0.166 0.139 0.123 0.115 0.081 34 T 0.024 0.033 0.036 0.073 0.081 0.095 0.137 0.144 0.139 0.125 0.112 35 I 0.023 0.027 0.016 0.047 0.058 0.083 0.150 0.145 0.183 0.150 0.118 36 G 0.124 0.120 0.053 0.172 0.145 0.103 0.093 0.069 0.058 0.039 0.024 37 F 0.041 0.034 0.015 0.048 0.062 0.084 0.150 0.142 0.162 0.140 0.122 38 S 0.129 0.205 0.038 0.182 0.128 0.088 0.085 0.061 0.044 0.025 0.015 39 I 0.031 0.028 0.017 0.059 0.070 0.083 0.149 0.114 0.151 0.154 0.145 40 E 0.201 0.128 0.097 0.202 0.131 0.080 0.077 0.031 0.026 0.018 0.010 41 K 0.097 0.092 0.061 0.249 0.189 0.117 0.103 0.049 0.026 0.013 0.004 42 F 0.008 0.004 0.006 0.006 0.010 0.024 0.075 0.129 0.211 0.261 0.265 43 K 0.108 0.257 0.063 0.261 0.150 0.079 0.047 0.022 0.008 0.003 0.002 44 S 0.067 0.054 0.059 0.059 0.068 0.079 0.121 0.121 0.131 0.136 0.105 45 S 0.379 0.230 0.039 0.145 0.098 0.052 0.032 0.013 0.007 0.003 0.002 46 S 0.539 0.203 0.040 0.099 0.059 0.030 0.013 0.008 0.006 0.002 0.001 47 L 0.026 0.018 0.006 0.018 0.037 0.065 0.123 0.163 0.190 0.187 0.168 48 S 0.122 0.232 0.058 0.222 0.164 0.103 0.048 0.028 0.015 0.005 0.003 49 F 0.002 0.003 0.007 0.013 0.017 0.033 0.087 0.112 0.193 0.266 0.266 50 T 0.019 0.054 0.047 0.176 0.214 0.171 0.150 0.086 0.041 0.024 0.017 51 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.014 0.055 0.084 0.227 0.300 0.302 52 F 0.005 0.006 0.015 0.033 0.054 0.077 0.149 0.153 0.179 0.176 0.153 53 D 0.002 0.007 0.013 0.044 0.057 0.080 0.187 0.170 0.183 0.148 0.108 54 M 0.002 0.003 0.007 0.012 0.017 0.028 0.082 0.125 0.210 0.248 0.268 55 S 0.009 0.012 0.013 0.031 0.046 0.069 0.154 0.185 0.196 0.157 0.128 56 G 0.026 0.064 0.052 0.119 0.125 0.123 0.151 0.116 0.109 0.068 0.047 57 Q 0.023 0.024 0.024 0.065 0.083 0.110 0.192 0.126 0.150 0.113 0.091 58 G 0.110 0.070 0.066 0.159 0.124 0.105 0.143 0.078 0.070 0.048 0.026 59 R 0.019 0.044 0.051 0.142 0.129 0.138 0.205 0.105 0.081 0.056 0.031 60 Y 0.005 0.009 0.022 0.026 0.033 0.061 0.160 0.148 0.193 0.195 0.149 61 R 0.027 0.037 0.088 0.151 0.158 0.156 0.179 0.086 0.058 0.041 0.020 62 N 0.054 0.065 0.161 0.165 0.123 0.122 0.133 0.081 0.050 0.032 0.014 63 L 0.010 0.021 0.023 0.046 0.056 0.082 0.178 0.169 0.169 0.139 0.109 64 W 0.014 0.018 0.017 0.029 0.042 0.073 0.158 0.158 0.193 0.168 0.129 65 E 0.087 0.096 0.139 0.257 0.190 0.108 0.067 0.025 0.017 0.009 0.004 66 H 0.065 0.049 0.093 0.131 0.117 0.132 0.172 0.090 0.073 0.050 0.028 67 Y 0.012 0.021 0.017 0.048 0.047 0.062 0.165 0.158 0.181 0.159 0.129 68 Y 0.013 0.017 0.026 0.038 0.045 0.073 0.168 0.156 0.167 0.162 0.135 69 K 0.051 0.090 0.160 0.220 0.153 0.111 0.097 0.046 0.032 0.024 0.015 70 E 0.080 0.128 0.096 0.189 0.178 0.144 0.094 0.046 0.027 0.012 0.005 71 G 0.005 0.005 0.003 0.012 0.018 0.040 0.113 0.131 0.216 0.232 0.225 72 Q 0.023 0.042 0.023 0.137 0.169 0.182 0.197 0.104 0.067 0.034 0.021 73 A 0.001 0.002 0.006 0.019 0.029 0.043 0.124 0.136 0.195 0.226 0.220 74 I 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.024 0.088 0.140 0.207 0.232 0.283 75 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.048 0.116 0.240 0.284 0.290 76 F 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.021 0.075 0.151 0.232 0.244 0.254 77 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.052 0.115 0.262 0.263 0.285 78 I 0.001 0.001 0.006 0.010 0.022 0.044 0.138 0.177 0.243 0.195 0.165 79 D 0.002 0.007 0.018 0.046 0.065 0.098 0.238 0.183 0.152 0.106 0.084 80 S 0.004 0.005 0.008 0.017 0.022 0.039 0.134 0.160 0.206 0.206 0.199 81 S 0.055 0.062 0.043 0.094 0.103 0.117 0.175 0.131 0.106 0.066 0.048 82 D 0.080 0.146 0.079 0.163 0.127 0.112 0.126 0.066 0.053 0.030 0.018 83 R 0.139 0.093 0.047 0.150 0.159 0.143 0.145 0.057 0.037 0.020 0.010 84 L 0.360 0.130 0.112 0.159 0.075 0.052 0.052 0.024 0.019 0.011 0.005 85 R 0.038 0.151 0.073 0.182 0.158 0.150 0.134 0.067 0.030 0.013 0.004 86 M 0.004 0.006 0.013 0.020 0.034 0.079 0.205 0.175 0.191 0.156 0.117 87 V 0.169 0.079 0.304 0.221 0.106 0.058 0.038 0.013 0.007 0.004 0.002 88 V 0.020 0.075 0.137 0.261 0.189 0.149 0.108 0.040 0.014 0.005 0.001 89 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.036 0.089 0.226 0.306 0.330 90 K 0.033 0.045 0.064 0.176 0.261 0.219 0.142 0.038 0.015 0.006 0.002 91 E 0.096 0.059 0.697 0.105 0.027 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.003 0.013 0.019 0.045 0.066 0.141 0.381 0.181 0.082 0.044 0.025 93 L 0.002 0.003 0.004 0.007 0.011 0.036 0.165 0.190 0.237 0.200 0.145 94 D 0.051 0.047 0.520 0.217 0.099 0.039 0.018 0.004 0.003 0.002 0.001 95 T 0.034 0.056 0.312 0.254 0.155 0.103 0.066 0.014 0.004 0.001 0.001 96 L 0.002 0.001 0.005 0.004 0.004 0.009 0.067 0.114 0.242 0.290 0.260 97 L 0.030 0.040 0.054 0.085 0.122 0.158 0.249 0.135 0.066 0.038 0.023 98 N 0.072 0.155 0.556 0.139 0.049 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 99 H 0.080 0.050 0.053 0.099 0.146 0.190 0.218 0.093 0.041 0.020 0.011 100 P 0.629 0.118 0.065 0.065 0.040 0.028 0.024 0.013 0.012 0.005 0.002 101 D 0.230 0.150 0.117 0.242 0.127 0.063 0.043 0.016 0.007 0.003 0.001 102 I 0.017 0.015 0.023 0.016 0.031 0.065 0.160 0.206 0.170 0.157 0.141 103 K 0.108 0.246 0.101 0.247 0.123 0.077 0.052 0.026 0.012 0.005 0.003 104 H 0.261 0.181 0.201 0.142 0.097 0.056 0.029 0.015 0.010 0.006 0.002 105 R 0.335 0.131 0.051 0.132 0.110 0.086 0.072 0.037 0.025 0.014 0.008 106 R 0.340 0.239 0.048 0.142 0.098 0.064 0.034 0.019 0.011 0.003 0.001 107 I 0.006 0.009 0.008 0.019 0.032 0.063 0.129 0.172 0.199 0.197 0.166 108 P 0.038 0.071 0.083 0.170 0.159 0.157 0.132 0.080 0.056 0.030 0.024 109 I 0.004 0.007 0.026 0.056 0.066 0.094 0.183 0.143 0.164 0.151 0.105 110 L 0.003 0.006 0.015 0.036 0.051 0.066 0.149 0.158 0.173 0.175 0.169 111 F 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.015 0.060 0.109 0.239 0.279 0.280 112 F 0.004 0.007 0.023 0.037 0.055 0.070 0.137 0.167 0.183 0.175 0.142 113 A 0.008 0.016 0.037 0.054 0.071 0.099 0.164 0.149 0.175 0.128 0.099 114 N 0.015 0.025 0.028 0.065 0.078 0.107 0.190 0.142 0.156 0.114 0.081 115 K 0.034 0.029 0.028 0.079 0.086 0.109 0.197 0.127 0.135 0.105 0.072 116 M 0.075 0.055 0.063 0.118 0.099 0.112 0.173 0.099 0.092 0.067 0.048 117 D 0.030 0.061 0.048 0.130 0.112 0.119 0.202 0.110 0.082 0.060 0.045 118 L 0.030 0.034 0.035 0.055 0.055 0.070 0.164 0.134 0.150 0.150 0.125 119 R 0.182 0.140 0.097 0.203 0.148 0.094 0.072 0.029 0.019 0.010 0.005 120 D 0.267 0.150 0.146 0.163 0.108 0.071 0.049 0.020 0.015 0.007 0.003 121 A 0.133 0.075 0.053 0.134 0.110 0.106 0.173 0.089 0.064 0.041 0.023 122 V 0.147 0.094 0.085 0.107 0.095 0.100 0.140 0.093 0.070 0.044 0.026 123 T 0.070 0.167 0.159 0.181 0.123 0.101 0.092 0.053 0.030 0.015 0.008 124 S 0.111 0.124 0.131 0.159 0.149 0.129 0.101 0.049 0.027 0.013 0.006 125 V 0.338 0.093 0.111 0.121 0.096 0.079 0.070 0.037 0.031 0.016 0.007 126 K 0.245 0.196 0.126 0.217 0.114 0.058 0.028 0.010 0.004 0.001 0.001 127 V 0.005 0.007 0.013 0.015 0.018 0.040 0.140 0.171 0.207 0.210 0.174 128 S 0.038 0.114 0.139 0.152 0.152 0.150 0.123 0.068 0.037 0.018 0.009 129 Q 0.061 0.084 0.346 0.229 0.134 0.084 0.038 0.013 0.007 0.003 0.001 130 L 0.122 0.045 0.187 0.138 0.106 0.121 0.141 0.067 0.039 0.024 0.010 131 L 0.016 0.036 0.041 0.104 0.088 0.128 0.266 0.137 0.100 0.054 0.029 132 C 0.004 0.019 0.077 0.043 0.038 0.064 0.160 0.159 0.175 0.166 0.095 133 L 0.012 0.026 0.132 0.168 0.211 0.195 0.166 0.047 0.022 0.015 0.006 134 E 0.200 0.077 0.477 0.134 0.055 0.031 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 135 N 0.030 0.035 0.047 0.141 0.120 0.137 0.259 0.124 0.064 0.031 0.013 136 I 0.004 0.003 0.007 0.003 0.006 0.018 0.091 0.148 0.225 0.249 0.246 137 K 0.053 0.152 0.235 0.324 0.143 0.056 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 138 D 0.185 0.159 0.413 0.113 0.067 0.037 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 139 K 0.143 0.066 0.031 0.084 0.093 0.126 0.196 0.116 0.076 0.043 0.026 140 P 0.429 0.232 0.059 0.103 0.073 0.052 0.025 0.015 0.008 0.002 0.001 141 W 0.015 0.014 0.031 0.041 0.057 0.089 0.153 0.158 0.173 0.151 0.118 142 H 0.039 0.090 0.113 0.196 0.150 0.131 0.138 0.070 0.037 0.020 0.016 143 I 0.004 0.007 0.027 0.043 0.044 0.061 0.142 0.128 0.189 0.203 0.151 144 C 0.019 0.029 0.078 0.094 0.092 0.101 0.172 0.122 0.111 0.105 0.076 145 A 0.023 0.045 0.051 0.157 0.140 0.144 0.181 0.114 0.078 0.046 0.019 146 S 0.021 0.018 0.027 0.035 0.048 0.078 0.149 0.160 0.192 0.167 0.107 147 D 0.172 0.147 0.113 0.215 0.133 0.084 0.070 0.031 0.020 0.010 0.005 148 A 0.085 0.063 0.060 0.108 0.094 0.101 0.176 0.103 0.092 0.073 0.045 149 I 0.199 0.157 0.100 0.144 0.107 0.085 0.095 0.046 0.033 0.021 0.015 150 K 0.153 0.255 0.084 0.189 0.114 0.081 0.067 0.030 0.016 0.007 0.003 151 G 0.332 0.144 0.081 0.115 0.111 0.084 0.057 0.037 0.023 0.011 0.005 152 E 0.532 0.123 0.056 0.099 0.064 0.049 0.036 0.021 0.013 0.005 0.003 153 G 0.121 0.205 0.082 0.173 0.159 0.109 0.069 0.043 0.025 0.010 0.004 154 L 0.002 0.003 0.005 0.008 0.012 0.028 0.089 0.123 0.214 0.239 0.278 155 Q 0.046 0.067 0.120 0.227 0.220 0.157 0.098 0.035 0.018 0.009 0.004 156 E 0.028 0.042 0.168 0.273 0.141 0.121 0.120 0.058 0.027 0.016 0.006 157 G 0.001 0.005 0.011 0.015 0.021 0.037 0.109 0.170 0.239 0.229 0.163 158 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.049 0.154 0.187 0.255 0.196 0.132 159 D 0.027 0.040 0.377 0.224 0.159 0.085 0.049 0.018 0.012 0.007 0.002 160 W 0.004 0.012 0.044 0.114 0.133 0.196 0.311 0.117 0.040 0.020 0.008 161 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.026 0.066 0.222 0.322 0.351 162 Q 0.008 0.011 0.031 0.050 0.108 0.174 0.297 0.152 0.085 0.057 0.027 163 D 0.053 0.085 0.584 0.161 0.067 0.029 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 164 Q 0.060 0.063 0.075 0.138 0.145 0.191 0.214 0.073 0.029 0.010 0.004 165 I 0.056 0.031 0.025 0.031 0.029 0.049 0.146 0.162 0.193 0.162 0.116