# TARGET T0308 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.9228 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 2 V 0.294 0.009 0.001 0.001 0.004 0.002 0.691 3 H 0.753 0.002 0.001 0.001 0.073 0.004 0.167 4 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 5 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 6 C 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 7 L 0.946 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.047 8 G 0.511 0.004 0.002 0.001 0.062 0.007 0.413 9 L 0.140 0.012 0.020 0.006 0.271 0.047 0.505 10 D 0.022 0.007 0.091 0.022 0.227 0.441 0.190 11 N 0.016 0.005 0.091 0.058 0.182 0.552 0.096 12 S 0.035 0.018 0.034 0.192 0.325 0.194 0.201 13 G 0.076 0.014 0.010 0.154 0.410 0.105 0.232 14 K 0.109 0.008 0.010 0.673 0.047 0.045 0.108 15 T 0.157 0.011 0.008 0.700 0.033 0.017 0.076 16 T 0.197 0.007 0.009 0.670 0.035 0.011 0.072 17 I 0.166 0.002 0.017 0.763 0.015 0.021 0.015 18 I 0.140 0.003 0.037 0.773 0.006 0.026 0.015 19 N 0.158 0.002 0.058 0.656 0.014 0.076 0.036 20 K 0.145 0.007 0.064 0.492 0.043 0.185 0.063 21 L 0.203 0.057 0.026 0.268 0.073 0.174 0.198 22 K 0.038 0.008 0.006 0.014 0.083 0.014 0.837 23 P 0.022 0.008 0.120 0.080 0.114 0.393 0.263 24 S 0.011 0.004 0.128 0.034 0.094 0.628 0.101 25 N 0.024 0.007 0.163 0.028 0.235 0.334 0.209 26 A 0.093 0.027 0.069 0.045 0.175 0.141 0.449 27 Q 0.218 0.067 0.038 0.046 0.144 0.086 0.401 28 S 0.193 0.019 0.040 0.036 0.109 0.082 0.521 29 Q 0.148 0.008 0.073 0.049 0.219 0.269 0.234 30 N 0.234 0.013 0.037 0.019 0.191 0.240 0.265 31 I 0.437 0.056 0.015 0.012 0.093 0.036 0.352 32 L 0.466 0.023 0.008 0.010 0.098 0.028 0.367 33 P 0.414 0.017 0.017 0.008 0.095 0.058 0.391 34 T 0.451 0.024 0.014 0.005 0.102 0.047 0.357 35 I 0.455 0.038 0.016 0.004 0.133 0.080 0.274 36 G 0.337 0.010 0.006 0.001 0.095 0.042 0.509 37 F 0.305 0.006 0.003 0.001 0.066 0.014 0.605 38 S 0.610 0.018 0.002 0.001 0.037 0.018 0.314 39 I 0.749 0.009 0.002 0.001 0.036 0.007 0.197 40 E 0.869 0.002 0.001 0.001 0.026 0.002 0.099 41 K 0.960 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 42 F 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 43 K 0.956 0.006 0.001 0.003 0.002 0.003 0.030 44 S 0.806 0.004 0.002 0.002 0.006 0.016 0.163 45 S 0.075 0.001 0.006 0.001 0.193 0.673 0.052 46 S 0.161 0.001 0.006 0.001 0.119 0.681 0.032 47 L 0.803 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.181 48 S 0.927 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.059 49 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 50 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 51 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 52 F 0.918 0.002 0.001 0.005 0.008 0.001 0.066 53 D 0.622 0.003 0.003 0.011 0.028 0.008 0.324 54 M 0.199 0.006 0.020 0.035 0.221 0.131 0.387 55 S 0.080 0.030 0.037 0.069 0.277 0.273 0.234 56 G 0.070 0.013 0.065 0.178 0.185 0.309 0.180 57 Q 0.052 0.018 0.101 0.363 0.098 0.149 0.220 58 G 0.038 0.012 0.155 0.509 0.048 0.132 0.106 59 R 0.021 0.008 0.178 0.491 0.040 0.171 0.091 60 Y 0.025 0.008 0.142 0.526 0.034 0.159 0.106 61 R 0.021 0.006 0.129 0.537 0.068 0.141 0.099 62 N 0.020 0.007 0.103 0.549 0.052 0.163 0.107 63 L 0.018 0.006 0.077 0.608 0.054 0.115 0.122 64 W 0.017 0.005 0.061 0.644 0.056 0.061 0.157 65 E 0.012 0.002 0.096 0.730 0.031 0.080 0.049 66 H 0.014 0.002 0.130 0.701 0.029 0.097 0.027 67 Y 0.039 0.012 0.108 0.639 0.039 0.109 0.054 68 Y 0.060 0.023 0.104 0.483 0.056 0.174 0.100 69 K 0.035 0.002 0.074 0.275 0.060 0.514 0.039 70 E 0.035 0.005 0.069 0.050 0.088 0.668 0.083 71 G 0.113 0.004 0.011 0.002 0.099 0.038 0.733 72 Q 0.140 0.002 0.003 0.001 0.538 0.041 0.276 73 A 0.967 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.022 74 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 75 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 78 I 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 79 D 0.655 0.006 0.001 0.001 0.017 0.003 0.318 80 S 0.091 0.003 0.057 0.033 0.209 0.405 0.201 81 S 0.021 0.012 0.067 0.058 0.379 0.334 0.129 82 D 0.021 0.007 0.107 0.089 0.346 0.180 0.250 83 R 0.007 0.004 0.094 0.556 0.063 0.220 0.056 84 L 0.009 0.002 0.075 0.702 0.039 0.123 0.050 85 R 0.011 0.006 0.043 0.829 0.019 0.047 0.046 86 M 0.010 0.002 0.007 0.925 0.013 0.013 0.031 87 V 0.007 0.001 0.005 0.954 0.008 0.016 0.010 88 V 0.005 0.001 0.003 0.969 0.003 0.012 0.006 89 A 0.002 0.001 0.002 0.980 0.002 0.006 0.008 90 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.002 0.003 91 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.003 93 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 94 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 95 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 96 L 0.001 0.001 0.007 0.961 0.001 0.029 0.001 97 L 0.001 0.001 0.014 0.824 0.004 0.154 0.003 98 N 0.001 0.001 0.017 0.329 0.018 0.619 0.017 99 H 0.001 0.002 0.007 0.019 0.308 0.028 0.636 100 P 0.002 0.002 0.209 0.080 0.086 0.473 0.148 101 D 0.011 0.015 0.274 0.061 0.105 0.401 0.132 102 I 0.029 0.061 0.381 0.087 0.123 0.138 0.182 103 K 0.028 0.019 0.193 0.126 0.098 0.249 0.287 104 H 0.017 0.007 0.243 0.091 0.107 0.375 0.161 105 R 0.015 0.002 0.133 0.040 0.114 0.563 0.133 106 R 0.019 0.005 0.065 0.010 0.283 0.468 0.150 107 I 0.113 0.005 0.001 0.001 0.332 0.004 0.545 108 P 0.291 0.004 0.001 0.001 0.113 0.007 0.585 109 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 110 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 111 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 113 A 0.782 0.001 0.001 0.002 0.021 0.003 0.189 114 N 0.489 0.006 0.005 0.004 0.095 0.026 0.376 115 K 0.171 0.022 0.122 0.071 0.172 0.123 0.319 116 M 0.106 0.033 0.149 0.149 0.210 0.187 0.164 117 D 0.045 0.024 0.101 0.119 0.091 0.142 0.478 118 L 0.010 0.006 0.293 0.341 0.056 0.212 0.082 119 R 0.004 0.001 0.385 0.293 0.033 0.243 0.040 120 D 0.006 0.002 0.335 0.260 0.061 0.286 0.051 121 A 0.023 0.013 0.125 0.418 0.089 0.218 0.114 122 V 0.074 0.022 0.032 0.301 0.151 0.114 0.306 123 T 0.088 0.012 0.019 0.257 0.110 0.094 0.419 124 S 0.053 0.006 0.020 0.660 0.073 0.057 0.131 125 V 0.070 0.005 0.011 0.717 0.060 0.038 0.099 126 K 0.094 0.007 0.007 0.723 0.028 0.023 0.120 127 V 0.122 0.016 0.005 0.598 0.037 0.011 0.210 128 S 0.084 0.006 0.007 0.610 0.041 0.015 0.237 129 Q 0.012 0.001 0.007 0.914 0.018 0.027 0.021 130 L 0.004 0.001 0.004 0.948 0.011 0.019 0.013 131 L 0.006 0.001 0.010 0.920 0.010 0.023 0.031 132 C 0.006 0.001 0.011 0.925 0.007 0.019 0.031 133 L 0.004 0.001 0.014 0.946 0.006 0.016 0.014 134 E 0.002 0.001 0.028 0.913 0.007 0.042 0.008 135 N 0.002 0.001 0.026 0.881 0.006 0.071 0.012 136 I 0.008 0.009 0.070 0.734 0.029 0.102 0.048 137 K 0.005 0.004 0.118 0.497 0.026 0.309 0.040 138 D 0.005 0.001 0.078 0.256 0.102 0.509 0.050 139 K 0.010 0.002 0.010 0.018 0.668 0.098 0.194 140 P 0.051 0.007 0.016 0.008 0.173 0.192 0.553 141 W 0.331 0.012 0.007 0.004 0.082 0.018 0.546 142 H 0.824 0.011 0.003 0.002 0.023 0.005 0.132 143 I 0.955 0.004 0.002 0.003 0.006 0.001 0.030 144 C 0.935 0.002 0.001 0.004 0.009 0.002 0.047 145 A 0.847 0.004 0.002 0.006 0.023 0.006 0.113 146 S 0.657 0.008 0.003 0.010 0.046 0.009 0.268 147 D 0.458 0.016 0.005 0.014 0.064 0.016 0.427 148 A 0.141 0.008 0.054 0.131 0.108 0.368 0.190 149 I 0.073 0.014 0.081 0.149 0.107 0.446 0.130 150 K 0.027 0.007 0.074 0.129 0.094 0.600 0.068 151 G 0.011 0.003 0.027 0.050 0.138 0.686 0.086 152 E 0.031 0.016 0.020 0.128 0.342 0.231 0.233 153 G 0.064 0.073 0.019 0.243 0.129 0.190 0.281 154 L 0.019 0.006 0.014 0.707 0.015 0.013 0.227 155 Q 0.011 0.002 0.021 0.889 0.010 0.009 0.058 156 E 0.010 0.002 0.021 0.936 0.007 0.010 0.014 157 G 0.004 0.001 0.013 0.961 0.002 0.010 0.009 158 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.002 0.003 159 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 160 W 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 161 L 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.015 0.001 162 Q 0.001 0.001 0.015 0.952 0.002 0.028 0.002 163 D 0.001 0.001 0.022 0.804 0.005 0.162 0.007 164 Q 0.001 0.001 0.029 0.515 0.007 0.398 0.048 165 I 0.002 0.002 0.002 0.033 0.036 0.007 0.917