# TARGET T0307 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.009 0.005 0.010 0.241 0.712 2 G 0.068 0.064 0.010 0.014 0.425 0.418 3 L 0.091 0.032 0.019 0.014 0.518 0.326 4 G 0.105 0.009 0.024 0.015 0.514 0.332 5 R 0.262 0.024 0.042 0.026 0.431 0.216 6 Q 0.369 0.031 0.031 0.034 0.248 0.286 7 S 0.501 0.029 0.022 0.028 0.166 0.254 8 L 0.536 0.013 0.016 0.039 0.151 0.244 9 N 0.593 0.012 0.015 0.050 0.114 0.215 10 I 0.731 0.012 0.019 0.066 0.074 0.097 11 M 0.721 0.007 0.015 0.084 0.069 0.104 12 T 0.644 0.024 0.012 0.096 0.071 0.154 13 F 0.341 0.016 0.013 0.202 0.113 0.315 14 S 0.071 0.008 0.003 0.146 0.105 0.667 15 G 0.003 0.001 0.005 0.942 0.023 0.027 16 Q 0.001 0.001 0.003 0.967 0.019 0.010 17 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.008 0.004 18 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 24 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 25 A 0.001 0.001 0.004 0.977 0.012 0.005 26 K 0.001 0.001 0.008 0.951 0.023 0.016 27 S 0.005 0.001 0.017 0.907 0.035 0.035 28 M 0.044 0.004 0.017 0.724 0.099 0.112 29 V 0.144 0.015 0.019 0.426 0.154 0.242 30 M 0.404 0.024 0.010 0.225 0.231 0.107 31 A 0.273 0.013 0.018 0.161 0.334 0.202 32 D 0.097 0.003 0.016 0.037 0.629 0.218 33 G 0.101 0.005 0.031 0.024 0.651 0.188 34 K 0.263 0.065 0.013 0.015 0.287 0.357 35 I 0.200 0.127 0.008 0.019 0.220 0.426 36 K 0.048 0.007 0.002 0.030 0.121 0.791 37 P 0.001 0.001 0.020 0.935 0.031 0.012 38 A 0.001 0.001 0.016 0.962 0.018 0.003 39 E 0.001 0.001 0.013 0.975 0.009 0.002 40 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 41 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 42 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 43 M 0.001 0.001 0.001 0.987 0.005 0.006 44 T 0.001 0.001 0.002 0.981 0.007 0.010 45 R 0.001 0.001 0.003 0.979 0.009 0.008 46 E 0.001 0.001 0.005 0.968 0.015 0.011 47 F 0.002 0.001 0.017 0.905 0.047 0.027 48 M 0.001 0.001 0.024 0.837 0.088 0.050 49 R 0.001 0.001 0.028 0.794 0.101 0.075 50 F 0.002 0.002 0.022 0.669 0.147 0.157 51 G 0.006 0.004 0.018 0.144 0.250 0.577 52 I 0.012 0.015 0.022 0.116 0.327 0.508 53 L 0.011 0.008 0.018 0.118 0.211 0.634 54 Q 0.004 0.002 0.105 0.555 0.188 0.146 55 D 0.005 0.002 0.130 0.687 0.107 0.068 56 Q 0.006 0.002 0.112 0.784 0.059 0.037 57 V 0.005 0.001 0.034 0.916 0.025 0.019 58 D 0.004 0.001 0.018 0.944 0.019 0.015 59 L 0.003 0.001 0.017 0.955 0.015 0.008 60 L 0.002 0.001 0.010 0.965 0.013 0.009 61 L 0.002 0.001 0.024 0.948 0.017 0.009 62 K 0.002 0.001 0.027 0.936 0.023 0.011 63 A 0.001 0.001 0.028 0.920 0.030 0.020 64 S 0.004 0.003 0.042 0.751 0.118 0.081 65 D 0.006 0.004 0.061 0.499 0.233 0.197 66 S 0.008 0.003 0.020 0.161 0.321 0.487 67 I 0.009 0.004 0.017 0.118 0.353 0.500 68 E 0.012 0.008 0.016 0.125 0.268 0.570 69 A 0.004 0.001 0.035 0.831 0.083 0.046 70 S 0.003 0.001 0.017 0.934 0.030 0.017 71 Q 0.003 0.001 0.010 0.968 0.011 0.008 72 A 0.003 0.001 0.005 0.981 0.005 0.006 73 V 0.002 0.001 0.002 0.989 0.003 0.003 74 A 0.002 0.001 0.005 0.985 0.005 0.002 75 L 0.001 0.001 0.007 0.983 0.005 0.003 76 I 0.001 0.001 0.009 0.976 0.009 0.005 77 A 0.001 0.001 0.013 0.962 0.014 0.010 78 R 0.003 0.001 0.017 0.835 0.069 0.075 79 M 0.003 0.003 0.008 0.129 0.181 0.676 80 D 0.003 0.003 0.010 0.076 0.335 0.574 81 E 0.001 0.001 0.096 0.587 0.258 0.058 82 E 0.001 0.001 0.069 0.696 0.192 0.041 83 R 0.001 0.002 0.053 0.806 0.092 0.046 84 K 0.002 0.001 0.007 0.931 0.020 0.040 85 K 0.001 0.001 0.004 0.962 0.018 0.014 86 Y 0.001 0.001 0.007 0.958 0.020 0.014 87 V 0.002 0.001 0.003 0.973 0.010 0.012 88 A 0.001 0.001 0.002 0.983 0.007 0.007 89 S 0.001 0.001 0.002 0.978 0.008 0.012 90 Y 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.005 91 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.005 92 G 0.001 0.001 0.012 0.962 0.016 0.010 93 V 0.001 0.001 0.013 0.951 0.022 0.013 94 I 0.002 0.001 0.013 0.914 0.039 0.031 95 M 0.008 0.014 0.019 0.822 0.059 0.078 96 A 0.019 0.014 0.027 0.530 0.253 0.158 97 S 0.016 0.005 0.044 0.311 0.375 0.248 98 D 0.010 0.004 0.029 0.077 0.524 0.356 99 G 0.015 0.010 0.017 0.025 0.561 0.371 100 D 0.031 0.045 0.009 0.022 0.264 0.629 101 I 0.037 0.066 0.012 0.039 0.245 0.600 102 D 0.022 0.013 0.005 0.031 0.403 0.526 103 D 0.004 0.002 0.040 0.540 0.357 0.057 104 N 0.003 0.002 0.042 0.743 0.182 0.027 105 E 0.002 0.001 0.022 0.937 0.033 0.005 106 L 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.005 107 A 0.001 0.001 0.002 0.983 0.006 0.007 108 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 109 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 110 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 113 S 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.002 114 T 0.001 0.001 0.007 0.979 0.010 0.004 115 L 0.001 0.001 0.012 0.965 0.014 0.009 116 C 0.001 0.001 0.008 0.884 0.025 0.082 117 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.964 118 L 0.004 0.004 0.001 0.004 0.043 0.945 119 P 0.012 0.003 0.001 0.007 0.069 0.908 120 T 0.072 0.014 0.087 0.346 0.193 0.288 121 M 0.162 0.005 0.139 0.422 0.134 0.138 122 T 0.222 0.005 0.149 0.417 0.101 0.105 123 V 0.169 0.006 0.048 0.673 0.033 0.071 124 M 0.193 0.011 0.041 0.650 0.044 0.062 125 E 0.191 0.006 0.040 0.614 0.065 0.084 126 A 0.115 0.003 0.043 0.632 0.100 0.107 127 I 0.068 0.013 0.084 0.524 0.205 0.106 128 N 0.064 0.005 0.097 0.377 0.319 0.138 129 N 0.060 0.005 0.097 0.278 0.383 0.176 130 M 0.074 0.019 0.096 0.203 0.382 0.226 131 K 0.047 0.015 0.052 0.149 0.287 0.451 132 N 0.020 0.006 0.024 0.087 0.172 0.691 133 L 0.001 0.001 0.002 0.011 0.048 0.937