# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.66891 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.124 0.159 0.006 0.017 0.024 0.031 0.047 0.017 0.001 0.002 0.572 2 G 0.226 0.043 0.008 0.011 0.013 0.013 0.063 0.021 0.001 0.009 0.593 3 L 0.164 0.019 0.234 0.021 0.012 0.023 0.065 0.002 0.001 0.010 0.449 4 G 0.016 0.005 0.004 0.033 0.027 0.025 0.164 0.002 0.001 0.001 0.723 5 R 0.052 0.005 0.010 0.040 0.018 0.031 0.040 0.001 0.001 0.005 0.799 6 Q 0.014 0.017 0.001 0.075 0.063 0.092 0.181 0.001 0.001 0.003 0.555 7 S 0.068 0.029 0.001 0.096 0.069 0.119 0.190 0.002 0.001 0.017 0.410 8 L 0.101 0.090 0.002 0.161 0.079 0.143 0.078 0.004 0.001 0.012 0.329 9 N 0.106 0.071 0.004 0.124 0.136 0.137 0.135 0.007 0.001 0.015 0.264 10 I 0.148 0.058 0.022 0.115 0.068 0.114 0.068 0.006 0.001 0.015 0.385 11 M 0.023 0.028 0.010 0.220 0.226 0.210 0.070 0.004 0.001 0.003 0.206 12 T 0.030 0.025 0.011 0.091 0.047 0.104 0.128 0.003 0.001 0.005 0.557 13 F 0.039 0.034 0.011 0.245 0.114 0.254 0.063 0.002 0.001 0.004 0.234 14 S 0.030 0.028 0.003 0.104 0.044 0.075 0.192 0.002 0.001 0.005 0.518 15 G 0.019 0.018 0.002 0.024 0.011 0.019 0.125 0.001 0.001 0.003 0.777 16 Q 0.013 0.053 0.002 0.020 0.006 0.015 0.150 0.001 0.001 0.003 0.737 17 E 0.032 0.138 0.001 0.012 0.011 0.027 0.373 0.002 0.001 0.013 0.392 18 L 0.064 0.574 0.002 0.005 0.004 0.014 0.085 0.003 0.001 0.004 0.245 19 T 0.029 0.846 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.113 20 A 0.011 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.049 21 I 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 22 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 23 K 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 24 M 0.008 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 25 A 0.010 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 26 K 0.012 0.949 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 0.011 27 S 0.051 0.788 0.006 0.002 0.003 0.008 0.001 0.101 0.001 0.001 0.040 28 M 0.198 0.481 0.007 0.011 0.019 0.006 0.001 0.205 0.001 0.001 0.071 29 V 0.130 0.406 0.083 0.104 0.056 0.049 0.007 0.034 0.001 0.001 0.130 30 M 0.007 0.093 0.051 0.165 0.187 0.273 0.053 0.007 0.001 0.001 0.163 31 A 0.015 0.055 0.003 0.301 0.156 0.291 0.055 0.003 0.001 0.001 0.118 32 D 0.033 0.036 0.003 0.169 0.064 0.108 0.151 0.003 0.001 0.005 0.430 33 G 0.065 0.010 0.011 0.135 0.047 0.049 0.216 0.002 0.001 0.021 0.442 34 K 0.109 0.006 0.017 0.071 0.018 0.025 0.344 0.002 0.001 0.025 0.383 35 I 0.089 0.008 0.029 0.145 0.049 0.078 0.173 0.002 0.001 0.023 0.406 36 K 0.025 0.006 0.004 0.106 0.083 0.135 0.272 0.001 0.001 0.004 0.365 37 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.988 38 A 0.005 0.006 0.001 0.035 0.035 0.110 0.134 0.001 0.001 0.003 0.673 39 E 0.075 0.029 0.001 0.020 0.038 0.114 0.284 0.001 0.001 0.018 0.421 40 I 0.115 0.492 0.001 0.054 0.044 0.059 0.029 0.003 0.001 0.002 0.200 41 A 0.046 0.740 0.002 0.017 0.009 0.020 0.021 0.001 0.001 0.001 0.143 42 V 0.041 0.775 0.002 0.011 0.011 0.018 0.017 0.004 0.001 0.001 0.120 43 M 0.049 0.830 0.006 0.011 0.010 0.031 0.011 0.007 0.001 0.001 0.045 44 T 0.017 0.879 0.006 0.007 0.008 0.016 0.012 0.007 0.001 0.001 0.048 45 R 0.017 0.694 0.002 0.003 0.005 0.005 0.009 0.005 0.001 0.001 0.260 46 E 0.046 0.733 0.005 0.002 0.005 0.008 0.035 0.007 0.001 0.002 0.158 47 F 0.074 0.756 0.007 0.005 0.008 0.020 0.036 0.015 0.001 0.004 0.075 48 M 0.034 0.892 0.006 0.004 0.004 0.008 0.006 0.007 0.001 0.001 0.038 49 R 0.091 0.744 0.003 0.002 0.003 0.005 0.003 0.021 0.001 0.001 0.127 50 F 0.184 0.559 0.016 0.006 0.006 0.007 0.006 0.034 0.001 0.001 0.182 51 G 0.197 0.187 0.033 0.014 0.010 0.010 0.046 0.074 0.001 0.003 0.426 52 I 0.086 0.065 0.366 0.025 0.010 0.018 0.042 0.004 0.001 0.003 0.380 53 L 0.025 0.056 0.005 0.055 0.026 0.045 0.178 0.004 0.001 0.001 0.605 54 Q 0.074 0.049 0.004 0.033 0.007 0.012 0.049 0.002 0.001 0.004 0.766 55 D 0.036 0.108 0.003 0.010 0.003 0.007 0.146 0.001 0.001 0.003 0.682 56 Q 0.125 0.096 0.002 0.019 0.014 0.019 0.370 0.011 0.001 0.024 0.321 57 V 0.222 0.465 0.009 0.018 0.005 0.013 0.077 0.003 0.001 0.009 0.178 58 D 0.014 0.686 0.002 0.010 0.008 0.011 0.041 0.004 0.001 0.001 0.224 59 L 0.043 0.704 0.001 0.002 0.004 0.004 0.013 0.004 0.001 0.001 0.223 60 L 0.043 0.882 0.002 0.002 0.003 0.007 0.009 0.004 0.001 0.001 0.047 61 L 0.025 0.894 0.003 0.003 0.006 0.018 0.009 0.010 0.001 0.001 0.031 62 K 0.044 0.858 0.004 0.002 0.003 0.006 0.003 0.009 0.001 0.001 0.070 63 A 0.081 0.801 0.004 0.003 0.003 0.004 0.003 0.028 0.001 0.001 0.074 64 S 0.120 0.687 0.021 0.007 0.004 0.007 0.010 0.028 0.001 0.001 0.113 65 D 0.048 0.450 0.028 0.011 0.006 0.010 0.049 0.024 0.001 0.001 0.372 66 S 0.124 0.352 0.016 0.007 0.002 0.004 0.067 0.016 0.001 0.002 0.409 67 I 0.196 0.364 0.016 0.006 0.002 0.004 0.095 0.009 0.001 0.005 0.301 68 E 0.096 0.400 0.021 0.005 0.002 0.005 0.208 0.005 0.001 0.006 0.250 69 A 0.045 0.446 0.009 0.003 0.001 0.002 0.066 0.006 0.001 0.001 0.420 70 S 0.037 0.594 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 0.001 0.002 0.335 71 Q 0.042 0.626 0.004 0.001 0.001 0.001 0.126 0.005 0.001 0.006 0.188 72 A 0.009 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.045 73 V 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 74 A 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 75 L 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 76 I 0.015 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 77 A 0.011 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.009 78 R 0.097 0.729 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.001 0.001 0.027 79 M 0.318 0.590 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.022 80 D 0.022 0.595 0.026 0.003 0.001 0.001 0.038 0.032 0.001 0.001 0.281 81 E 0.007 0.248 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.716 82 E 0.008 0.357 0.001 0.001 0.001 0.001 0.345 0.002 0.001 0.002 0.284 83 R 0.047 0.594 0.001 0.001 0.001 0.001 0.277 0.013 0.001 0.005 0.061 84 K 0.016 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 85 K 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 86 Y 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 87 V 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 88 A 0.013 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 89 S 0.012 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 90 Y 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.026 91 L 0.011 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 92 G 0.028 0.888 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.048 93 V 0.062 0.856 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.044 94 I 0.059 0.844 0.002 0.006 0.005 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 0.044 95 M 0.065 0.740 0.023 0.027 0.016 0.019 0.007 0.021 0.001 0.001 0.082 96 A 0.031 0.560 0.019 0.066 0.044 0.071 0.024 0.034 0.001 0.001 0.150 97 S 0.137 0.297 0.028 0.086 0.031 0.055 0.029 0.030 0.001 0.003 0.305 98 D 0.082 0.110 0.018 0.065 0.038 0.059 0.147 0.021 0.001 0.007 0.451 99 G 0.167 0.031 0.032 0.056 0.027 0.033 0.138 0.014 0.001 0.025 0.476 100 D 0.144 0.022 0.050 0.026 0.012 0.017 0.339 0.006 0.001 0.015 0.368 101 I 0.105 0.021 0.032 0.092 0.033 0.042 0.160 0.004 0.001 0.018 0.494 102 D 0.052 0.015 0.004 0.035 0.016 0.024 0.468 0.002 0.001 0.007 0.378 103 D 0.012 0.005 0.002 0.006 0.002 0.002 0.042 0.001 0.001 0.003 0.926 104 N 0.017 0.016 0.001 0.003 0.001 0.003 0.493 0.001 0.001 0.012 0.453 105 E 0.038 0.025 0.001 0.004 0.003 0.007 0.775 0.002 0.001 0.034 0.110 106 L 0.067 0.657 0.002 0.010 0.004 0.006 0.089 0.003 0.001 0.006 0.157 107 A 0.008 0.914 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.050 108 L 0.006 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 109 W 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 110 T 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 111 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 112 I 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 113 S 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 114 T 0.002 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 115 L 0.058 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.026 116 C 0.073 0.840 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.001 0.001 0.014 117 G 0.296 0.143 0.031 0.002 0.002 0.002 0.006 0.362 0.001 0.003 0.154 118 L 0.020 0.006 0.941 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.025 119 P 0.001 0.001 0.003 0.008 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.979 120 T 0.011 0.001 0.004 0.038 0.003 0.006 0.025 0.001 0.001 0.001 0.912 121 M 0.062 0.009 0.002 0.186 0.015 0.042 0.108 0.001 0.001 0.006 0.568 122 T 0.097 0.036 0.001 0.205 0.026 0.037 0.118 0.001 0.001 0.005 0.474 123 V 0.066 0.081 0.002 0.206 0.025 0.061 0.083 0.001 0.001 0.004 0.471 124 M 0.038 0.163 0.001 0.202 0.074 0.170 0.091 0.001 0.001 0.005 0.254 125 E 0.039 0.310 0.002 0.067 0.049 0.129 0.076 0.002 0.001 0.003 0.320 126 A 0.028 0.531 0.002 0.018 0.035 0.048 0.020 0.004 0.001 0.001 0.314 127 I 0.061 0.691 0.003 0.013 0.030 0.064 0.024 0.008 0.001 0.004 0.100 128 N 0.063 0.610 0.006 0.007 0.024 0.045 0.061 0.015 0.001 0.003 0.165 129 N 0.154 0.437 0.006 0.005 0.015 0.009 0.032 0.047 0.001 0.003 0.291 130 M 0.243 0.463 0.110 0.003 0.004 0.008 0.037 0.006 0.001 0.010 0.117 131 K 0.032 0.280 0.025 0.011 0.023 0.028 0.148 0.021 0.001 0.005 0.427 132 N 0.175 0.163 0.014 0.013 0.016 0.018 0.083 0.027 0.001 0.008 0.481 133 L 0.267 0.208 0.036 0.015 0.012 0.017 0.041 0.010 0.001 0.008 0.386