# TARGET T0307 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.278 0.161 0.074 0.110 0.050 0.083 0.090 0.041 0.045 0.023 2 G 0.066 0.069 0.115 0.192 0.052 0.081 0.044 0.102 0.042 0.147 0.091 3 L 0.076 0.158 0.080 0.064 0.108 0.078 0.096 0.130 0.074 0.093 0.044 4 G 0.055 0.108 0.135 0.178 0.081 0.057 0.021 0.066 0.049 0.179 0.071 5 R 0.178 0.099 0.025 0.015 0.204 0.017 0.030 0.141 0.106 0.116 0.070 6 Q 0.130 0.163 0.059 0.019 0.233 0.020 0.038 0.148 0.069 0.077 0.045 7 S 0.218 0.128 0.036 0.013 0.304 0.012 0.027 0.100 0.040 0.071 0.050 8 L 0.242 0.180 0.025 0.011 0.362 0.012 0.013 0.054 0.024 0.027 0.051 9 N 0.241 0.116 0.025 0.006 0.409 0.007 0.011 0.054 0.020 0.047 0.065 10 I 0.297 0.092 0.012 0.005 0.330 0.008 0.014 0.067 0.043 0.064 0.068 11 M 0.143 0.217 0.044 0.012 0.403 0.012 0.015 0.062 0.033 0.029 0.031 12 T 0.222 0.165 0.061 0.009 0.267 0.009 0.035 0.096 0.034 0.047 0.056 13 F 0.152 0.095 0.075 0.106 0.127 0.069 0.047 0.095 0.049 0.096 0.088 14 S 0.011 0.187 0.149 0.244 0.043 0.104 0.093 0.114 0.029 0.019 0.007 15 G 0.023 0.033 0.056 0.090 0.020 0.027 0.013 0.163 0.144 0.363 0.068 16 Q 0.022 0.235 0.100 0.013 0.110 0.012 0.029 0.361 0.078 0.031 0.009 17 E 0.098 0.151 0.027 0.002 0.168 0.003 0.011 0.440 0.046 0.032 0.023 18 L 0.046 0.016 0.004 0.002 0.044 0.004 0.009 0.710 0.106 0.040 0.018 19 T 0.008 0.012 0.003 0.004 0.015 0.008 0.015 0.854 0.066 0.011 0.004 20 A 0.023 0.020 0.006 0.001 0.041 0.001 0.006 0.849 0.038 0.010 0.005 21 I 0.009 0.007 0.002 0.001 0.013 0.003 0.010 0.908 0.038 0.007 0.002 22 I 0.009 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.004 0.895 0.058 0.008 0.003 23 K 0.011 0.011 0.003 0.001 0.014 0.003 0.022 0.851 0.068 0.013 0.004 24 M 0.008 0.014 0.007 0.004 0.010 0.007 0.029 0.819 0.073 0.026 0.004 25 A 0.026 0.043 0.016 0.009 0.036 0.012 0.028 0.678 0.108 0.035 0.009 26 K 0.025 0.035 0.008 0.008 0.034 0.018 0.050 0.610 0.147 0.054 0.012 27 S 0.063 0.072 0.028 0.008 0.098 0.011 0.045 0.438 0.119 0.092 0.027 28 M 0.076 0.076 0.022 0.007 0.150 0.011 0.037 0.415 0.118 0.059 0.027 29 V 0.128 0.150 0.022 0.006 0.250 0.011 0.040 0.245 0.072 0.046 0.029 30 M 0.141 0.120 0.116 0.026 0.125 0.018 0.041 0.225 0.071 0.055 0.060 31 A 0.018 0.066 0.063 0.089 0.041 0.128 0.170 0.292 0.087 0.036 0.010 32 D 0.019 0.343 0.179 0.136 0.078 0.034 0.054 0.054 0.038 0.050 0.016 33 G 0.033 0.046 0.039 0.042 0.036 0.015 0.010 0.037 0.091 0.531 0.120 34 K 0.079 0.334 0.062 0.004 0.309 0.006 0.028 0.055 0.052 0.050 0.020 35 I 0.199 0.275 0.097 0.004 0.339 0.002 0.005 0.010 0.008 0.015 0.046 36 K 0.012 0.467 0.398 0.020 0.065 0.004 0.008 0.014 0.005 0.003 0.003 37 P 0.067 0.157 0.067 0.010 0.102 0.009 0.020 0.316 0.189 0.034 0.030 38 A 0.022 0.090 0.030 0.005 0.069 0.012 0.021 0.445 0.231 0.061 0.014 39 E 0.079 0.052 0.011 0.003 0.106 0.004 0.024 0.495 0.115 0.089 0.021 40 I 0.103 0.061 0.010 0.004 0.159 0.004 0.010 0.426 0.115 0.080 0.027 41 A 0.072 0.069 0.014 0.005 0.158 0.010 0.025 0.510 0.086 0.033 0.018 42 V 0.075 0.079 0.015 0.004 0.118 0.007 0.027 0.567 0.055 0.028 0.025 43 M 0.079 0.085 0.032 0.011 0.126 0.012 0.032 0.474 0.068 0.058 0.025 44 T 0.061 0.122 0.036 0.016 0.101 0.014 0.022 0.452 0.098 0.060 0.019 45 R 0.015 0.026 0.008 0.004 0.024 0.004 0.013 0.705 0.172 0.022 0.008 46 E 0.018 0.023 0.009 0.003 0.030 0.007 0.045 0.744 0.096 0.020 0.006 47 F 0.019 0.012 0.003 0.004 0.021 0.009 0.030 0.739 0.120 0.037 0.007 48 M 0.038 0.048 0.013 0.005 0.050 0.010 0.025 0.620 0.135 0.037 0.018 49 R 0.030 0.032 0.011 0.005 0.047 0.009 0.050 0.649 0.094 0.062 0.011 50 F 0.042 0.142 0.039 0.035 0.089 0.022 0.036 0.374 0.122 0.078 0.022 51 G 0.020 0.055 0.048 0.053 0.038 0.033 0.036 0.448 0.170 0.077 0.021 52 I 0.057 0.062 0.018 0.005 0.074 0.007 0.053 0.591 0.087 0.031 0.015 53 L 0.048 0.057 0.022 0.016 0.062 0.014 0.032 0.526 0.121 0.075 0.027 54 Q 0.026 0.075 0.023 0.023 0.052 0.044 0.061 0.524 0.132 0.029 0.011 55 D 0.034 0.061 0.036 0.008 0.054 0.009 0.038 0.552 0.120 0.068 0.020 56 Q 0.028 0.040 0.017 0.005 0.038 0.007 0.020 0.664 0.095 0.072 0.014 57 V 0.047 0.079 0.012 0.004 0.111 0.004 0.007 0.582 0.100 0.037 0.016 58 D 0.039 0.017 0.003 0.003 0.046 0.007 0.027 0.749 0.078 0.018 0.013 59 L 0.035 0.036 0.012 0.002 0.062 0.002 0.014 0.722 0.077 0.028 0.009 60 L 0.041 0.028 0.007 0.003 0.065 0.006 0.025 0.692 0.086 0.036 0.011 61 L 0.054 0.090 0.017 0.007 0.094 0.012 0.040 0.531 0.092 0.044 0.019 62 K 0.053 0.096 0.057 0.011 0.079 0.013 0.057 0.402 0.098 0.101 0.034 63 A 0.050 0.124 0.071 0.019 0.087 0.023 0.051 0.331 0.120 0.093 0.029 64 S 0.055 0.168 0.056 0.028 0.108 0.024 0.040 0.303 0.116 0.073 0.029 65 D 0.045 0.070 0.036 0.016 0.062 0.016 0.031 0.358 0.156 0.167 0.042 66 S 0.050 0.083 0.033 0.007 0.094 0.008 0.028 0.456 0.111 0.104 0.026 67 I 0.080 0.122 0.027 0.005 0.143 0.007 0.017 0.422 0.091 0.051 0.034 68 E 0.060 0.134 0.066 0.012 0.091 0.011 0.023 0.459 0.063 0.051 0.029 69 A 0.016 0.028 0.013 0.005 0.027 0.005 0.012 0.730 0.117 0.039 0.009 70 S 0.012 0.045 0.022 0.007 0.026 0.011 0.022 0.746 0.074 0.027 0.007 71 Q 0.008 0.010 0.004 0.001 0.010 0.001 0.007 0.836 0.086 0.031 0.005 72 A 0.007 0.008 0.003 0.001 0.010 0.001 0.007 0.905 0.047 0.010 0.002 73 V 0.006 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.900 0.059 0.011 0.002 74 A 0.007 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.918 0.044 0.004 0.001 75 L 0.006 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.011 0.919 0.041 0.008 0.002 76 I 0.007 0.006 0.002 0.001 0.009 0.003 0.014 0.834 0.099 0.022 0.003 77 A 0.012 0.039 0.010 0.004 0.024 0.011 0.046 0.707 0.114 0.028 0.005 78 R 0.048 0.046 0.023 0.004 0.050 0.007 0.047 0.523 0.087 0.139 0.027 79 M 0.029 0.215 0.087 0.015 0.085 0.014 0.023 0.341 0.090 0.085 0.016 80 D 0.067 0.206 0.084 0.010 0.154 0.006 0.011 0.351 0.057 0.034 0.020 81 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.821 0.149 0.011 0.001 82 E 0.002 0.008 0.004 0.001 0.005 0.002 0.016 0.883 0.061 0.017 0.002 83 R 0.005 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 0.823 0.081 0.060 0.004 84 K 0.005 0.007 0.002 0.001 0.010 0.002 0.006 0.876 0.071 0.016 0.003 85 K 0.005 0.013 0.004 0.001 0.011 0.004 0.024 0.886 0.044 0.007 0.002 86 Y 0.008 0.008 0.004 0.001 0.010 0.002 0.013 0.883 0.049 0.018 0.003 87 V 0.014 0.010 0.002 0.001 0.014 0.002 0.008 0.814 0.105 0.024 0.006 88 A 0.013 0.018 0.003 0.002 0.019 0.005 0.019 0.795 0.112 0.011 0.004 89 S 0.008 0.011 0.010 0.005 0.010 0.019 0.118 0.750 0.059 0.007 0.003 90 Y 0.023 0.019 0.014 0.013 0.023 0.021 0.077 0.616 0.082 0.099 0.012 91 L 0.093 0.192 0.030 0.025 0.124 0.020 0.034 0.279 0.096 0.071 0.036 92 G 0.064 0.059 0.043 0.081 0.067 0.053 0.024 0.256 0.128 0.159 0.065 93 V 0.097 0.154 0.033 0.006 0.284 0.012 0.046 0.265 0.061 0.030 0.012 94 I 0.267 0.088 0.014 0.005 0.342 0.010 0.026 0.123 0.033 0.033 0.059 95 M 0.140 0.219 0.050 0.010 0.346 0.009 0.019 0.067 0.039 0.063 0.037 96 A 0.138 0.228 0.167 0.027 0.176 0.015 0.029 0.091 0.042 0.043 0.045 97 S 0.045 0.130 0.119 0.110 0.080 0.086 0.096 0.187 0.082 0.043 0.023 98 D 0.023 0.243 0.177 0.119 0.072 0.043 0.074 0.083 0.082 0.069 0.015 99 G 0.022 0.067 0.104 0.130 0.032 0.052 0.028 0.068 0.108 0.320 0.070 100 D 0.198 0.121 0.037 0.005 0.296 0.006 0.022 0.064 0.048 0.120 0.083 101 I 0.155 0.147 0.060 0.016 0.175 0.017 0.020 0.104 0.100 0.107 0.100 102 D 0.060 0.178 0.151 0.054 0.136 0.036 0.038 0.107 0.059 0.134 0.048 103 D 0.042 0.060 0.036 0.016 0.068 0.012 0.021 0.349 0.261 0.106 0.029 104 N 0.018 0.025 0.012 0.004 0.022 0.004 0.012 0.448 0.225 0.198 0.031 105 E 0.016 0.037 0.009 0.004 0.033 0.007 0.028 0.634 0.142 0.082 0.008 106 L 0.036 0.053 0.015 0.003 0.063 0.005 0.014 0.647 0.101 0.044 0.018 107 A 0.012 0.018 0.009 0.003 0.020 0.005 0.016 0.803 0.082 0.024 0.007 108 L 0.013 0.011 0.003 0.001 0.017 0.001 0.006 0.854 0.072 0.018 0.004 109 W 0.012 0.009 0.002 0.001 0.020 0.002 0.007 0.857 0.071 0.013 0.004 110 T 0.006 0.008 0.002 0.001 0.011 0.002 0.014 0.910 0.040 0.004 0.001 111 L 0.009 0.004 0.001 0.002 0.009 0.002 0.012 0.883 0.056 0.019 0.004 112 I 0.013 0.015 0.002 0.002 0.024 0.005 0.014 0.770 0.126 0.023 0.005 113 S 0.018 0.024 0.005 0.003 0.031 0.007 0.035 0.730 0.123 0.019 0.006 114 T 0.010 0.016 0.017 0.008 0.012 0.014 0.145 0.662 0.097 0.015 0.004 115 L 0.021 0.022 0.017 0.021 0.021 0.060 0.221 0.430 0.105 0.068 0.014 116 C 0.017 0.448 0.137 0.063 0.078 0.026 0.049 0.070 0.039 0.058 0.014 117 G 0.030 0.033 0.061 0.089 0.019 0.037 0.015 0.042 0.054 0.504 0.118 118 L 0.028 0.387 0.266 0.019 0.138 0.010 0.021 0.074 0.034 0.014 0.009 119 P 0.059 0.220 0.069 0.016 0.176 0.017 0.054 0.250 0.085 0.029 0.025 120 T 0.086 0.103 0.030 0.010 0.131 0.012 0.035 0.310 0.146 0.099 0.037 121 M 0.075 0.127 0.031 0.006 0.204 0.008 0.017 0.392 0.083 0.028 0.029 122 T 0.066 0.151 0.031 0.003 0.167 0.003 0.013 0.487 0.048 0.015 0.016 123 V 0.048 0.027 0.007 0.002 0.052 0.003 0.009 0.705 0.094 0.039 0.013 124 M 0.015 0.017 0.003 0.003 0.024 0.004 0.010 0.794 0.113 0.011 0.006 125 E 0.012 0.016 0.005 0.002 0.017 0.003 0.021 0.830 0.082 0.007 0.004 126 A 0.011 0.011 0.009 0.004 0.013 0.006 0.032 0.840 0.055 0.015 0.004 127 I 0.019 0.021 0.007 0.010 0.024 0.018 0.024 0.703 0.130 0.035 0.009 128 N 0.010 0.037 0.015 0.017 0.018 0.033 0.068 0.640 0.124 0.033 0.006 129 N 0.033 0.024 0.014 0.005 0.029 0.005 0.027 0.383 0.131 0.302 0.048 130 M 0.053 0.053 0.015 0.008 0.073 0.010 0.026 0.402 0.226 0.100 0.035 131 K 0.018 0.053 0.019 0.025 0.037 0.065 0.142 0.438 0.160 0.032 0.011 132 N 0.116 0.055 0.028 0.008 0.108 0.007 0.035 0.230 0.117 0.215 0.081 133 L 0.068 0.137 0.048 0.013 0.127 0.015 0.034 0.294 0.151 0.081 0.034